อารากอนเข้าเรียนที่โรงเรียนมัธยมปลายลอสลูนัสในระหว่างนั้นเขาได้เข้าร่วมการแข่งขันวิ่งครอสคันทรีและกรีฑาระดับมัธยมปลายของรัฐนิวเม็กซิโกหลายรายการ จนกระทั่งจบการศึกษาในปี 1977 เมื่อถึงเวลาที่เขาจบการศึกษาจากโรงเรียนมัธยมปลาย อารากอนเป็นแชมป์วิ่งครอสคันทรีระดับ AAA ของโรงเรียนมัธยมปลายรัฐนิวเม็กซิโกสองสมัย ในปี 1975 และ 1976 ^{[ 2 ]}แอมโบรส ซานเชซ ชาวเมืองลอสลูนัส สนใจการวิ่งของอารากอน เขาเคยถามอารากอนว่าเขาอยากไปเรียนต่อที่ไหน และเมื่ออารากอนบอกเขาว่าเขาวางแผนจะเข้าเรียนที่มหาวิทยาลัยนิวเม็กซิโกในระดับปริญญาตรี ซานเชซจึงโทรหาโค้ชโจ เพียน แห่งมหาวิทยาลัยนอเทรอดาม และแนะนำให้เขาไปดูตัวอารากอน^{[ 3 ]}เพียนไปเยี่ยมอารากอน และอารากอนได้รับทุนการศึกษาด้านกีฬา ซึ่งเขายอมรับ^{[ 3 ]}

ด้วยความร่วมมือระหว่างซานเชซและเพียน อารากอนจึงได้รับการคัดเลือกเข้าเรียนที่มหาวิทยาลัยนอเทรอดาม ในด้านวิชาการ อารากอนสนใจด้านการแพทย์ และตั้งใจจะศึกษาต่อในระดับบัณฑิตศึกษาหลังจากจบปริญญาตรี ในทีมกรีฑาของมหาวิทยาลัยนอเทรอดาม เขาเริ่มต้นจากการเป็นผู้เชี่ยวชาญด้านวิ่ง 800 เมตร และเป็นสมาชิกของทีมวิ่งผลัด 4x800 เมตรAll-America ของมหาวิทยาลัยนอเทรอดามในปี 1979 ^{[ 3 ]}อย่างไรก็ตาม โจ เพียน เชื่อมั่นว่าอารากอนมีศักยภาพมากกว่าในระยะ 1500 เมตรและไมล์ และในที่สุดก็ย้ายอารากอนจากระยะ 800 เมตรขึ้นไป ในเดือนกุมภาพันธ์ 1981 ในฐานะนักศึกษาปริญญาตรีปีสุดท้าย อารากอนวิ่งไมล์ในร่มในการแข่งขันที่แชมเปญ รัฐอิลลินอยส์ซึ่งเขาสามารถแซงหน้าจอห์น เกรโกเร็กได้ก่อนถึงเส้นชัย ผลการแข่งขันของอารากอนคือ 3:59.9 ซึ่งทำให้เขากลายเป็นนักวิ่งคนแรกของมหาวิทยาลัยนอเทรอดามและชาวนิวเม็กซิโกคนแรกที่วิ่งไมล์ได้ต่ำกว่า 4 นาที^{[ 3 ]}

หลังจากสำเร็จการศึกษาจากมหาวิทยาลัยนอเทรอดามในปี 1981 อารากอนยังคงฝึกซ้อมต่อไปและได้รับเลือกให้เป็นตัวแทนสหรัฐอเมริกาในการแข่งขันกีฬาแพนอเมริกันเกมส์ปี 1983ที่นั่นเขาลงแข่งขันวิ่ง 1,500 เมตรชาย และจบอันดับที่สามรองจากรอสส์ โดโนฮิว เพื่อนร่วมชาติและนักวิ่งจากวิลลาโนวา เขาผ่านการคัดเลือกเข้าสู่การแข่งขันคัดตัวโอลิมปิกปี 1984ในประเภทวิ่ง 1,500 เมตรชาย ซึ่งมีผู้เข้าแข่งขันฝีมือดีมากมาย เช่นสตีฟ สก็อตต์จิม สไปวีย์และซิดนีย์ มารีการแข่งขันคัดตัววิ่ง 1,500 เมตรชายปี 1984 กลายเป็นการแข่งขันที่โด่งดัง โดยอารากอนพุ่งตัวเข้าเส้นชัยและจบอันดับที่สี่ (โดยนักวิ่งสามคนแรกได้เข้าร่วมทีมโอลิมปิก) ด้วยระยะห่างที่เหลือเชื่อเพียง 1/500 วินาทีตามหลังซิดนีย์ มารี ที่ได้ อันดับสาม ^{[ 4 ]}ผู้สังเกตการณ์บางคนกล่าวว่าการที่อารากอนแพ้อย่างฉิวเฉียดนั้นเกิดจากการที่อารากอนพุ่งตัวประมาณหนึ่งเมตรก่อนถึงเส้นชัย ซึ่งบางคนคิดว่าทำให้เขาช้าลงในช่วงเวลาสำคัญ การปรากฏตัวครั้งสำคัญในระดับนานาชาติครั้งสุดท้ายของอารากอนคือในการแข่งขันกรีฑาชิงแชมป์โลกปี 1987ซึ่งเขาลงแข่งขันในประเภทวิ่ง 1,500 เมตรชาย แต่ไม่ผ่านเข้ารอบชิงชนะเลิศ