DREAM Challenges ( Dialogue for Reverse Engineering Assessment and Methods ) เป็นโครงการริเริ่มที่ไม่แสวงหาผลกำไรเพื่อส่งเสริม การวิจัย ด้านชีวการแพทย์และชีววิทยาเชิงระบบผ่านการแข่งขันแบบ crowdsourced ^{[ 1 ] [ 2 ]} DREAM Challenges เริ่มต้นในปี 2549 โดยร่วมมือกับSage Bionetworksเพื่อจัดหาแพลตฟอร์มสำหรับการแข่งขันที่ดำเนินการบน แพลตฟอร์ม Synapseมีการจัด DREAM Challenges มากกว่า 60 ครั้งในช่วงเวลากว่า 15 ปี^{[ 3 ]}

DREAM Challengesก่อตั้งขึ้นในปี 2549 โดยGustavo Stolovizkyจาก IBM Research ^{[ 4 ]}และ Andrea Califano จากมหาวิทยาลัยโคลัมเบีย ปัจจุบันประธานขององค์กร DREAM คือ Paul Boutros จากมหาวิทยาลัยแคลิฟอร์เนีย นอกจากนี้ยังมีประธานกิตติมศักดิ์ Justin Guinney และGustavo Stolovizkyและผู้อำนวยการ DREAM อีกหลายคน^{[ 5 ]}

ความท้าทายแต่ละรายการมุ่งเน้นไปที่การแก้ปัญหาการวิจัยทางชีวการแพทย์เฉพาะเรื่อง ซึ่งโดยทั่วไปจะจำกัดให้แคบลงเหลือเพียงโรคเฉพาะเจาะจง โรคที่ได้รับความสนใจอย่างมากคือโรคมะเร็งโดยความท้าทายในอดีตหลายรายการมุ่งเน้นไปที่มะเร็งเต้านมมะเร็งเม็ดเลือดขาวชนิดเฉียบพลันและมะเร็งต่อมลูกหมากหรือโรคที่คล้ายคลึงกัน^{[ 3 ]}ข้อมูลที่เกี่ยวข้องในความท้าทายแต่ละรายการสะท้อนถึงบริบทของโรค ในขณะที่มะเร็งมักเกี่ยวข้องกับข้อมูล เช่น การกลายพันธุ์ในจีโนมมนุษย์การแสดงออกของยีนและเครือข่ายยีนในทรานสคริปโตมิกส์ และ โปรตีโอมิกส์ขนาดใหญ่ความท้าทายใหม่ๆ ได้เปลี่ยนไปสู่ เทคโนโลยี การจัดลำดับเซลล์เดี่ยวรวมถึง คำถามการวิจัยที่เกี่ยวข้องกับ จุลินทรีย์ในลำไส้ ที่เกิดขึ้นใหม่ ซึ่งสะท้อนถึงแนวโน้มในชุมชนวิจัยที่กว้างขึ้น^{[ 6 ]}

แรงจูงใจสำหรับ DREAM Challenges คือการรวบรวมข้อมูลจากกลุ่มคนจำนวนมากผ่านการแข่งขัน เพื่อให้ได้แบบจำลองและข้อมูลเชิงลึกที่ดีกว่าการวิเคราะห์ที่ดำเนินการโดยหน่วยงานเดียว^{[ 7 ]}การแข่งขันที่ผ่านมาได้รับการตีพิมพ์ในวารสารทางวิทยาศาสตร์ชั้นนำ เช่น วารสารหลักของNature Portfolioและกลุ่มสำนักพิมพ์PLOS ^{[ 8 ]}ผลการแข่งขัน DREAM Challenges จะประกาศผ่านแพลตฟอร์มเว็บ และผู้เข้าร่วมที่มีผลงานดีที่สุดจะได้รับเชิญให้นำเสนอผลงานในการประชุมประจำปีRECOMB / ISCB Conferences with RSG/DREAM ^{[ 9 ]} ซึ่ง จัด โดยISCB

ในขณะที่ DREAM Challenges เน้นวิทยาศาสตร์และข้อมูลแบบเปิด เพื่อลดปัญหาที่เกิดจากข้อมูลที่มีความละเอียดอ่อนสูง เช่น จีโนมิกส์ในกลุ่มผู้ป่วย จึงได้มีการนำแนวทาง "โมเดลสู่ข้อมูล" มาใช้^{[ 10 ]}ในการแข่งขันดังกล่าว ผู้เข้าร่วมจะส่งโมเดลของตนผ่านคอนเทนเนอร์ เช่นDockerหรือSingularityซึ่งช่วยให้สามารถรักษาความลับของข้อมูลต้นฉบับได้ เนื่องจากคอนเทนเนอร์เหล่านี้จะถูกเรียกใช้งานโดยผู้จัดงานบนข้อมูลที่เป็นความลับ ซึ่งแตกต่างจากโมเดลข้อมูลแบบเปิดแบบดั้งเดิม ที่ผู้เข้าร่วมส่งการคาดการณ์โดยตรงตามข้อมูลแบบเปิดที่ให้มา

ความท้าทาย DREAM ประกอบด้วยกลุ่มองค์กรหลักของ DREAM/ Sage Bionetworksรวมถึงกลุ่มผู้เชี่ยวชาญทางวิทยาศาสตร์ที่ขยายออกไป ซึ่งอาจมีส่วนร่วมในการสร้างและแนวคิดของความท้าทายหรือโดยการให้ข้อมูลสำคัญ^{[ 11 ]}นอกจากนี้ ชุมชนวิจัยที่กว้างขึ้นอาจเสนอความท้าทาย DREAM ใหม่ได้^{[ 12 ]}บริษัทเภสัชกรรมหรือหน่วยงานเอกชนอื่น ๆ อาจมีส่วนร่วมในความท้าทาย DREAM เช่น ในการให้ข้อมูล

มีการแจ้งกำหนดเวลาสำหรับขั้นตอนสำคัญ (เช่น การแนะนำสัมมนาออนไลน์ กำหนดส่งแบบจำลอง และกำหนดส่งผลงานเข้าร่วม) ล่วงหน้า หลังจากประกาศผลผู้ชนะแล้ว ผู้จัดงานจะเริ่มทำงานร่วมกับผู้เข้าร่วมที่มีผลงานดีที่สุดเพื่อดำเนินการวิเคราะห์หลังการแข่งขันเพื่อตีพิมพ์เผยแพร่ผลการค้นพบที่สำคัญจากการแข่งขัน^{[ 7 ]}

ความท้าทายอาจถูกแบ่งออกเป็นความท้าทายย่อย โดยแต่ละความท้าทายย่อยจะกล่าวถึงหัวข้อย่อยที่แตกต่างกันภายในคำถามวิจัย ตัวอย่างเช่น เกี่ยวกับการทำนายประสิทธิภาพการรักษาโรคมะเร็ง อาจเป็นการทำนายแยกต่างหากสำหรับระยะเวลาปลอดการลุกลาม ระยะเวลาการรอดชีวิตโดยรวมการตอบสนองโดยรวมที่ดีที่สุดตามRECISTหรือระยะเวลาที่แน่นอนจนกว่าจะเกิดเหตุการณ์ (การลุกลามหรือการเสียชีวิต) ^{[ 2 ]}

ในระหว่างการแข่งขัน DREAM ผู้เข้าร่วมมักจะสร้างแบบจำลองจากข้อมูลที่ให้มา และส่งการคาดการณ์หรือแบบจำลองซึ่งจะได้รับการตรวจสอบความถูกต้องบนข้อมูลที่แยกไว้โดยผู้จัดงาน แม้ว่าการแข่งขัน DREAM จะหลีกเลี่ยงการรั่วไหลของข้อมูลการตรวจสอบความถูกต้องให้กับผู้เข้าร่วม แต่โดยทั่วไปจะมีกระดานผู้นำการส่งผลงานในช่วงกลางของการแข่งขันเพื่อช่วยให้ผู้เข้าร่วมประเมินประสิทธิภาพของตนเองบนชุดข้อมูลที่สุ่มตัวอย่างหรือสุ่มใหม่^{[ 7 ]}

การแข่งขัน DREAM เปิดให้ผู้เข้าร่วมฟรี ในช่วงเปิดรับสมัคร ทุกคนสามารถลงทะเบียนผ่านSynapseเพื่อเข้าร่วมได้ทั้งแบบเดี่ยวหรือเป็นทีม บุคคลหนึ่งสามารถลงทะเบียนได้เพียงครั้งเดียวและห้ามใช้นามแฝง

มีข้อยกเว้นบางประการที่ทำให้บุคคลนั้นไม่มีสิทธิ์เข้าร่วม เช่น^{[ 13 ]}

• บุคคลดังกล่าวมีสิทธิ์เข้าถึงข้อมูลเฉพาะสำหรับการแข่งขันนั้น ๆ ทำให้พวกเขามีความได้เปรียบอย่างไม่เป็นธรรม
• บุคคลดังกล่าวถูกจับได้หรือถูกสงสัยว่าโกงหรือใช้สิทธิ์ในทางที่ผิดในการแข่งขัน DREAM Challenge ครั้งก่อนๆ
• บุคคลนั้นเป็นผู้เยาว์ (อายุต่ำกว่า 18 ปี หรืออายุบรรลุนิติภาวะในเขตอำนาจศาลที่พำนักอยู่) กรณีนี้อาจได้รับการยกเว้นได้โดยได้รับความยินยอมจากผู้ปกครอง

• รายชื่อโครงการระดมทุนจากมวลชน
• การประเมินเชิงวิพากษ์ของการระบุหน้าที่ (CAFA)
• การประเมินเชิงวิพากษ์ของการตีความจีโนม (CAGI)
• การประเมินเชิงวิพากษ์ของการทำนายปฏิสัมพันธ์ (CAPRI)
• การประเมินเชิงวิพากษ์ของการทำนายโครงสร้างโปรตีน (CASP)
• แค็กเกิล