คอร์เตสเริ่มต้นอาชีพนักเบสบอลอาชีพในปี 2005กับทีมบริสตอล ไวท์ ซอกซ์ ระดับรุกกี้ ของแอปพาเลเชียน ลีกขณะเล่นภายใต้ผู้จัดการทีมเจอร์รี แฮร์สตัน คอร์เตสมีสถิติชนะ 1 แพ้ 4 ด้วย ค่าเฉลี่ยการเสียแต้ม 5.17 และตีเอาท์ 38 ครั้ง ใน 15 เกม แม้กระทั่งได้ลงเล่นเป็นตัวจริงนิตยสารเบสบอลอเมริกาจัดอันดับให้คอร์เตสเป็นผู้เล่นดาวรุ่งที่ดีที่สุดอันดับที่ 22 ในองค์กรไวท์ ซอกซ์^{[ 2 ]}

ในปี 2549 คอร์เตสเริ่มต้นฤดูกาลของเขากับทีม Kannapolis Intimidatorsระดับ Class-A ของSouth Atlantic Leagueเขาทำผลงานได้ 3–9 ด้วยค่าเฉลี่ย ERA 4.01 และ 96 สไตรค์เอาท์ใน 20 เกม โดยลงเล่นเป็นตัวจริง 19 เกม^{[ 2 ] [ 3 ]}

เมื่อวันที่ 24 กรกฎาคม พ.ศ. 2549 ไวท์ซอกซ์ได้แลกเปลี่ยนคอร์เตสกับแคนซัสซิตี้รอยัลส์พร้อมกับพิชเชอร์ไทเลอร์ ลัมส์เดนเพื่อแลกกับพิชเชอร์ตัวสำรองไมค์ แมคดูกัล^{[ 2 ] [ 3 ]}คอร์เตสจบฤดูกาล พ.ศ. 2549 กับทีมเบอร์ลิงตัน บีส์ ระดับคลาสเอ ในลีกมิดเวสต์เขาทำสถิติ 1–2 ด้วยค่าเฉลี่ยการเสียแต้ม 6.69 และตีเอาท์ 30 ครั้งใน 7 เกม ซึ่งทั้งหมดเป็นการลงสนามเป็นตัวจริง

ในปี 2007 คอร์เตสเล่นให้กับวิ ลมิงตัน บลู ร็อคส์ระดับคลาสเอ แอดวานซ์ในแคโรไลนาลีกเขาทำสถิติ 8–8 ด้วยค่าเฉลี่ย ERA 3.07 พร้อมกับ 120 สไตรค์เอาท์ใน 23 เกม ซึ่งทั้งหมดเป็นการลงสนามเป็นตัวจริง เขาได้รับการเสนอชื่อให้เป็นพิชเชอร์ยอดเยี่ยมประจำสัปดาห์ของแคโรไลนาลีกในสัปดาห์วันที่ 20 ถึง 26 สิงหาคม^{[ 4 ]}คอร์เตสได้รับรางวัลพิชเชอร์ยอดเยี่ยมประจำสัปดาห์อีกครั้งในสัปดาห์วันที่ 27 สิงหาคมถึง 2 กันยายน^{[ 5 ]}

เขาเล่นให้กับทีม Northwest Arkansas Naturalsระดับ Double-A ของTexas Leagueในปี 2008 Cortes ทำผลงาน 10–4 ด้วย ERA 3.78 พร้อมกับ 109 สไตรค์เอาท์ใน 23 เกม ซึ่งทั้งหมดเป็นการลงสนามเป็นตัวจริง ก่อนเริ่มฤดูกาล เขาได้รับการจัดอันดับให้เป็นผู้เล่นดาวรุ่งอันดับสองในองค์กรของ Royals โดยBaseball America ^{[ 6 ] [ 7 ]}เขายังได้รับเลือกให้เป็นทีม All-Star ของ Texas League อีกด้วย^{[ 8 ]}เขาพลาดการลงเล่นเนื่องจากอยู่ในรายชื่อผู้เล่นบาดเจ็บ^{[ 9 ]} Royals ยอมรับว่า Cortes เป็นพิชเชอร์อันดับต้น ๆ ของทีม Naturals ระดับ Double-A และเขาได้รับเลือกให้เล่นในArizona Fall Leagueในช่วงปลายฤดูกาล '08 ^{[ 10 ] [ 11 ]}

ในเดือนมกราคม2009คอร์เตสได้รับรางวัล " Paul Splittorff Pitcher of the Year Award" จากรอยัลส์^{[ 12 ]}เขาเข้าร่วมการฝึกซ้อมช่วงฤดู ใบไม้ผลิ กับรอยัลส์ในฐานะผู้ได้รับเชิญนอกรายชื่อ [ ^{13 ] [ 14 ] คอ}ร์เตสได้รับการขนานนามว่าเป็น "ผู้เล่นที่น่าจับตามอง" โดยMLB.comก่อนเริ่มฤดูกาล^{[ 15 ]}เขาทำผลงาน 6–6 ด้วย ERA 3.92 พร้อมกับ 57 สไตรค์เอาท์ใน 16 เกม โดยลงเล่นเป็นตัวจริง 15 เกมกับทีม Northwest Arkansas Naturals ระดับ Double-A

เมื่อวันที่ 10 กรกฎาคม พ.ศ. 2552 คอร์เตสถูกเทรดโดยรอยัลส์พร้อมกับเดอร์ริค ไซโตะไปยังซีแอตเติล มาริเนอร์สเพื่อแลกกับยูนีสกี เบตันคอร์ท^{[ 16 ] [ 17 ]}คอร์เตสถูกส่งไปเล่นในดับเบิลเอ เวสต์เทนเนสซี ไดมอนด์ แจ็กซ์เขาทำผลงาน 1–5 ด้วยค่าเฉลี่ยการเสียแต้ม 4.94 และตีเอาท์ 55 ครั้งใน 10 เกม ซึ่งทั้งหมดเป็นการลงเล่นเป็นตัวจริง เขาถูกเพิ่มเข้าไปในรายชื่อผู้เล่น 40 คน ของมาริเนอร์ส เมื่อวันที่ 20 พฤศจิกายน^{[ 18 ]}

คอร์เตสลงเล่นในเมเจอร์ลีก 4 เกมให้กับมาริเนอร์สในปี 2010 และ 10 เกมในปี 2011 ^{[ 19 ]}

เมื่อวันที่ 12 ธันวาคม พ.ศ. 2554 ทาง Mariners ได้ประกาศว่า Cortes ไม่ได้รับการต่อสัญญา เช่นเดียวกับChris Gimenezตำแหน่ง แคชเชอร์ ^{[ 20 ]}

คอร์เตสเซ็นสัญญากับทีมวอชิงตัน เนชันแนลส์ ในลีกรอง เมื่อวันที่ 4 มกราคม 2012 สัญญาของเขาถูกยกเลิกเมื่อวันที่ 29 กุมภาพันธ์ หลังจากที่เขาไม่ผ่านการตรวจร่างกายกับทีมเนชันแนลส์^{[ 21 ]}

คอร์เตสเซ็นสัญญากับทีมArizona Diamondbacks ในลีกรอง เมื่อวันที่ 15 มีนาคม 2013 เขาถูกปล่อยตัวเมื่อวันที่ 21 พฤษภาคม สี่วันต่อมา เขาเซ็นสัญญากับทีมSan Diego Padresเขาเลือกที่จะเป็นฟรีเอเจนต์หลังจากจบฤดูกาล^{[ 19 ]}