Capucao ได้รับการบวชเป็นบาทหลวงประจำเขตปกครอง Infantaเมื่อวันที่ 3 ตุลาคม พ.ศ. 2537 ^{[ 3 ]}หลังจากได้รับการบวชแล้ว เขาได้ดำรงตำแหน่งบาทหลวงประจำโบสถ์ Nuestra Señora de Salvacion ในCasiguran, Auroraซึ่งเป็นตำแหน่งที่เขาดำรงอยู่จนถึงปี พ.ศ. 2543 ^{[ 3 ]}

ตามคำเชิญของพระคาร์ดินัลAdrianus Johannes Simonis Capucao ยังคงอยู่ในเนเธอร์แลนด์ในปี 2006 และได้รับมอบหมายให้ปฏิบัติหน้าที่ที่โบสถ์ St. Ludger ในLichtenvoorde ^{[ 2 ]} ในปี 2011 เขากลับมายังฟิลิปปินส์ ที่บ้านฝึกอบรมเซนต์โจเซฟในเมืองเก ซอน(เซมินารีที่เป็นของเขตปกครองอินฟานตา) เขาดำรงตำแหน่งผู้อำนวยการฝ่ายวิชาการและฝ่ายอภิบาล รวมถึงเป็นผู้ฝึกอบรมของเซมินารีตั้งแต่ปี 2012 ถึง 2014 ก่อนที่จะดำรงตำแหน่งอธิการในปี 2015 ^{[ 3 ]}ตั้งแต่ปี 2012 Capucao ได้สอนในเซมินารีและโรงเรียนศาสนศาสตร์ต่างๆ ในเมโทรมานิลาและพื้นที่ใกล้เคียง^{[ 3 ]}

เขากลับไปเนเธอร์แลนด์ในปี 2020 และทำหน้าที่เป็นบาทหลวงเยี่ยมเยียนที่โบสถ์เซนต์จอห์นเดอะแบ๊บติสต์ในเมืองวิงเคเวนเป็นเวลาหนึ่งปี (2020-2021) ระหว่างลาพักร้อนหลังจากฉลองครบรอบ 25 ปีแห่งการเป็นบาทหลวง^{[ 2 ]}เมื่อเขากลับไปฟิลิปปินส์ในปี 2021 เขาได้รับการแต่งตั้งให้เป็นหัวหน้าโรงเรียนคาทอลิกของสังฆมณฑลอินฟานตา^{[ 1 ]}

สมเด็จพระสันตะปาปาเลโอที่ 14 ทรงแต่งตั้งคาปูเคาเป็นพระสังฆราชประจำดินแดนอินฟานตาองค์ที่ 5 เมื่อวันที่ 16 พฤษภาคม 2025 สืบต่อจากเบอร์นาร์ดิโน คอร์เตซ ที่กำลังจะเกษียณอายุ เขาเป็นบิชอปชาวฟิลิปปินส์คนแรกที่ได้รับการแต่งตั้ง อภิเษก และเข้ารับตำแหน่งโดยสมบูรณ์ภายใต้สมเด็จพระสันตะปาปาเลโอ นับตั้งแต่ได้รับการเลือกตั้งพิธีอภิเษกและเข้ารับตำแหน่งของเขาจัดขึ้นเมื่อวันที่ 5 กันยายน 2025 ^{[ 5 ]}