กลับไปหน้าบทความ

อ่าน 3 นาที

ดีซีจีโอ

dcGOเป็นฐานข้อมูลออนโทโลยีที่ครอบคลุมสำหรับโดเมนโปรตีนในฐานะแหล่งข้อมูลออนโทโลยี dcGO ผสานรวมออนโทโลยีชีวการแพทย์แบบเปิดจากบริบทที่หลากหลาย ตั้งแต่ข้อมูลเชิงฟังก์ชัน เช่น...

ดีซีจีโอ

ดีซีจีโอ
เนื้อหา
คำอธิบายฐานข้อมูล dcGO เป็นแหล่งข้อมูลออนโทโลยีที่ครอบคลุมและเน้นเฉพาะโดเมนของโปรตีน
ประเภทข้อมูลที่บันทึกไว้โดเมนโปรตีน, ออนโทโลยี
ติดต่อ
ศูนย์วิจัยมหาวิทยาลัยบริสตอล
การอ้างอิงหลักPMID  23161684
เข้าถึง
เว็บไซต์เว็บไซต์ dcGO
ดาวน์โหลด URLดาวน์โหลด dcGO
เครื่องมือ
เว็บPSnet , sTOL , dcGOR , dcGO Predictor , dcGO Enrichment

dcGOเป็นฐานข้อมูลออนโทโลยีที่ครอบคลุมสำหรับโดเมนโปรตีน[ 1 ]ในฐานะแหล่งข้อมูลออนโทโลยี dcGO ผสานรวมออนโทโลยีชีวการแพทย์แบบเปิดจากบริบทที่หลากหลาย ตั้งแต่ข้อมูลเชิงฟังก์ชัน เช่น ออนโทโลยียีน ไปจนถึงข้อมูลอื่นๆ เกี่ยวกับเอนไซม์และวิถีการทำงาน ตั้งแต่ข้อมูลฟีโนไทป์ในสิ่งมีชีวิตต้นแบบหลักๆ ไปจนถึงข้อมูลเกี่ยวกับโรคของมนุษย์และยา ในฐานะ แหล่งข้อมูล โดเมนโปรตีน dcGO ประกอบด้วยคำอธิบายประกอบทั้งโดเมนแต่ละโดเมนและโดเมนเหนือระดับ (เช่น การรวมกันของโดเมนที่ต่อเนื่องกันสองโดเมนขึ้นไป)

แนวคิด

dcGO มีแนวคิดหลักสองประการ ประการแรกคือการติดป้ายกำกับโดเมนโปรตีนด้วยออนโทโลยี เช่น ออนโทโลยีทางพันธุกรรม (Gene Ontology) นั่นคือเหตุผลที่เรียกว่า dcGO ซึ่งย่อมาจาก domain-centric Gene Ontology ประการที่สองคือการใช้โดเมนโปรตีนที่ติดป้ายกำกับด้วยออนโทโลยีแล้วเพื่อวัตถุประสงค์ต่างๆ เช่น การทำนายหน้าที่ของโปรตีน กล่าวโดยง่ายคือ แนวคิดแรกเกี่ยวกับการสร้างทรัพยากร dcGO และแนวคิดที่สองเกี่ยวกับการใช้ทรัพยากร dcGO

ไทม์ไลน์

  • ในปี 2010 อัลกอริทึมที่อยู่เบื้องหลัง dcGO ได้รับการเผยแพร่ครั้งแรกในฐานะการปรับปรุงฐานข้อมูลSUPERFAMILY [ 2 ]
  • ในปี 2011 'dcGO Predictor' ได้รับการจัดอันดับที่ 10 ในการแข่งขัน CAFA ปี 2011 เมื่อนำไปใช้กับGene Ontology [ 3 ] [ 4 ]ตัวทำนายนี้เป็นเพียงวิธีการตามโดเมนโดยไม่มีการเรียนรู้ของเครื่อง
  • ในปี 2012 ฐานข้อมูลนี้ได้รับการเผยแพร่อย่างเป็นทางการในวารสารฐานข้อมูล NAR
  • ในปี 2013 เว็บเซิร์ฟเวอร์ได้รับการปรับปรุงเพื่อรองรับการวิเคราะห์หลายอย่างโดยใช้ทรัพยากร dcGO
  • ในช่วงต้นปี 2014 โปรแกรม 'dcGO Predictor' ได้ถูกส่งเข้าประกวดเพื่อทำนายทั้งการทำงานและลักษณะทางฟีโนไทป์ โดยได้รับการจัดอันดับเป็นอันดับที่ 4 ในการทำนายลักษณะทางฟีโนไทป์ของ CAFA
  • ในช่วงปลายปี 2014 มีการพัฒนาแพ็กเกจ R แบบโอเพนซอร์สชื่อ dcGOR เพื่อช่วยวิเคราะห์ออนโทโลยีและคำอธิบายประกอบโดเมนโปรตีน

เว็บเซิร์ฟเวอร์

การใช้งาน dcGO ในปัจจุบันคือการสร้างเครือข่ายโดเมนจากมุมมองเชิงฟังก์ชันสำหรับการเปรียบเทียบข้ามออนโทโลยี[ 5 ]และการรวมเข้ากับต้นไม้แห่งชีวิตของสายพันธุ์ (sTOL) เพื่อให้บริบททางวิวัฒนาการแก่ฟังก์ชันและฟีโนไทป์[ 6 ]

ซอฟต์แวร์

ซอฟต์แวร์โอเพนซอร์สdcGORพัฒนาขึ้นโดยใช้ภาษาการเขียนโปรแกรม Rเพื่อวิเคราะห์ออนโทโลยีและคำอธิบายประกอบที่เน้นโดเมน[ 7 ] การวิเคราะห์ที่รองรับได้แก่:

  • เข้าถึงออนโทโลยีหลากหลายประเภทและคำอธิบายประกอบที่เน้นเฉพาะโดเมนได้อย่างง่ายดาย
  • สามารถสร้างออนโทโลยีและคำอธิบายประกอบแบบกำหนดเองได้
  • การวิเคราะห์และการแสดงภาพข้อมูลเสริมตามโดเมน
  • การสร้างเครือข่ายโดเมน (ความคล้ายคลึงทางความหมาย) ตามคำอธิบายประกอบของออนโทโลยี
  • การวิเคราะห์ความสำคัญเพื่อประมาณเครือข่ายการติดต่อ (ความสำคัญทางสถิติ) โดยใช้อัลกอริทึมการเดินแบบสุ่ม
  • การประมวลผลแบบขนานประสิทธิภาพสูง

ฟังก์ชันการทำงานที่อยู่ระหว่างการพัฒนาอย่างต่อเนื่อง ได้แก่:

  • อัลกอริทึมและการนำไปใช้สำหรับการสร้างคำอธิบายประกอบออนโทโลยีที่เน้นโดเมนเป็นศูนย์กลาง
  • การทำนายคำศัพท์ทางออนโทโลยีสำหรับโครงสร้างโดเมนโปรตีนที่ป้อนเข้า
  • การสร้างลักษณะบรรพบุรุษแบบไม่ต่อเนื่องขึ้นใหม่โดยใช้วิธีความน่าจะเป็นสูงสุด/ความประหยัดสูงสุด

ดูเพิ่มเติม

  • ซูเปอร์แฟมิลี่
  • สโคป
ดึงข้อมูลมาจาก " https://en.wikipedia.org/w/index.php?title=DcGO&oldid=1314449863 "

สรุปเนื้อหา

ข้อมูลสำคัญจากบทความ

ข้อมูลสำคัญเกี่ยวกับ ดีซีจีโอ

dcGOเป็นฐานข้อมูลออนโทโลยีที่ครอบคลุมสำหรับโดเมนโปรตีนในฐานะแหล่งข้อมูลออนโทโลยี dcGO ผสานรวมออนโทโลยีชีวการแพทย์แบบเปิดจากบริบทที่หลากหลาย ตั้งแต่ข้อมูลเชิงฟังก์ชัน เช่น...

แนวคิด

dcGO มีแนวคิดหลักสองประการ ประการแรกคือการติดป้ายกำกับ โดเมนโปรตีน ด้วยออนโทโลยี เช่น ออนโทโลยีทางพันธุกรรม (Gene Ontology) นั่นคือเหตุผลที่เรียกว่า dcGO ซึ่งย่อมาจาก domain-centric Gene Ontology...

ไทม์ไลน์

ในปี 2010 อัลกอริทึมที่อยู่เบื้องหลัง dcGO ได้รับการเผยแพร่ครั้งแรกในฐานะการปรับปรุงฐานข้อมูล SUPERFAMILY [ 2 ] ในปี 2011 'dcGO Predictor' ได้รับการจัดอันดับที่ 10 ในการแข่งขัน CAFA ปี 2011 เมื่อนำไปใช้กับGene Ontology [ 3 ] [ 4 ]...

เว็บเซิร์ฟเวอร์

การใช้งาน dcGO ในปัจจุบันคือการสร้างเครือข่ายโดเมนจากมุมมองเชิงฟังก์ชันสำหรับการเปรียบเทียบข้ามออนโทโลยี [ 5 ] และการรวมเข้ากับต้นไม้แห่งชีวิตของสายพันธุ์ (sTOL) เพื่อให้บริบททางวิวัฒนาการแก่ฟังก์ชันและฟีโนไทป์ [ 6 ]