อ่าน 3 นาที
ดีซีจีโอ
dcGOเป็นฐานข้อมูลออนโทโลยีที่ครอบคลุมสำหรับโดเมนโปรตีนในฐานะแหล่งข้อมูลออนโทโลยี dcGO ผสานรวมออนโทโลยีชีวการแพทย์แบบเปิดจากบริบทที่หลากหลาย ตั้งแต่ข้อมูลเชิงฟังก์ชัน เช่น...
ดีซีจีโอ
| เนื้อหา | |
|---|---|
| คำอธิบาย | ฐานข้อมูล dcGO เป็นแหล่งข้อมูลออนโทโลยีที่ครอบคลุมและเน้นเฉพาะโดเมนของโปรตีน |
| ประเภทข้อมูลที่บันทึกไว้ | โดเมนโปรตีน, ออนโทโลยี |
| ติดต่อ | |
| ศูนย์วิจัย | มหาวิทยาลัยบริสตอล |
| การอ้างอิงหลัก | PMID 23161684 |
| เข้าถึง | |
| เว็บไซต์ | เว็บไซต์ dcGO |
| ดาวน์โหลด URL | ดาวน์โหลด dcGO |
| เครื่องมือ | |
| เว็บ | PSnet , sTOL , dcGOR , dcGO Predictor , dcGO Enrichment |
dcGOเป็นฐานข้อมูลออนโทโลยีที่ครอบคลุมสำหรับโดเมนโปรตีน[ 1 ]ในฐานะแหล่งข้อมูลออนโทโลยี dcGO ผสานรวมออนโทโลยีชีวการแพทย์แบบเปิดจากบริบทที่หลากหลาย ตั้งแต่ข้อมูลเชิงฟังก์ชัน เช่น ออนโทโลยียีน ไปจนถึงข้อมูลอื่นๆ เกี่ยวกับเอนไซม์และวิถีการทำงาน ตั้งแต่ข้อมูลฟีโนไทป์ในสิ่งมีชีวิตต้นแบบหลักๆ ไปจนถึงข้อมูลเกี่ยวกับโรคของมนุษย์และยา ในฐานะ แหล่งข้อมูล โดเมนโปรตีน dcGO ประกอบด้วยคำอธิบายประกอบทั้งโดเมนแต่ละโดเมนและโดเมนเหนือระดับ (เช่น การรวมกันของโดเมนที่ต่อเนื่องกันสองโดเมนขึ้นไป)
แนวคิด
dcGO มีแนวคิดหลักสองประการ ประการแรกคือการติดป้ายกำกับโดเมนโปรตีนด้วยออนโทโลยี เช่น ออนโทโลยีทางพันธุกรรม (Gene Ontology) นั่นคือเหตุผลที่เรียกว่า dcGO ซึ่งย่อมาจาก domain-centric Gene Ontology ประการที่สองคือการใช้โดเมนโปรตีนที่ติดป้ายกำกับด้วยออนโทโลยีแล้วเพื่อวัตถุประสงค์ต่างๆ เช่น การทำนายหน้าที่ของโปรตีน กล่าวโดยง่ายคือ แนวคิดแรกเกี่ยวกับการสร้างทรัพยากร dcGO และแนวคิดที่สองเกี่ยวกับการใช้ทรัพยากร dcGO
ไทม์ไลน์
- ในปี 2010 อัลกอริทึมที่อยู่เบื้องหลัง dcGO ได้รับการเผยแพร่ครั้งแรกในฐานะการปรับปรุงฐานข้อมูลSUPERFAMILY [ 2 ]
- ในปี 2011 'dcGO Predictor' ได้รับการจัดอันดับที่ 10 ในการแข่งขัน CAFA ปี 2011 เมื่อนำไปใช้กับGene Ontology [ 3 ] [ 4 ]ตัวทำนายนี้เป็นเพียงวิธีการตามโดเมนโดยไม่มีการเรียนรู้ของเครื่อง
- ในปี 2012 ฐานข้อมูลนี้ได้รับการเผยแพร่อย่างเป็นทางการในวารสารฐานข้อมูล NAR
- ในปี 2013 เว็บเซิร์ฟเวอร์ได้รับการปรับปรุงเพื่อรองรับการวิเคราะห์หลายอย่างโดยใช้ทรัพยากร dcGO
- ในช่วงต้นปี 2014 โปรแกรม 'dcGO Predictor' ได้ถูกส่งเข้าประกวดเพื่อทำนายทั้งการทำงานและลักษณะทางฟีโนไทป์ โดยได้รับการจัดอันดับเป็นอันดับที่ 4 ในการทำนายลักษณะทางฟีโนไทป์ของ CAFA
- ในช่วงปลายปี 2014 มีการพัฒนาแพ็กเกจ R แบบโอเพนซอร์สชื่อ dcGOR เพื่อช่วยวิเคราะห์ออนโทโลยีและคำอธิบายประกอบโดเมนโปรตีน
เว็บเซิร์ฟเวอร์
การใช้งาน dcGO ในปัจจุบันคือการสร้างเครือข่ายโดเมนจากมุมมองเชิงฟังก์ชันสำหรับการเปรียบเทียบข้ามออนโทโลยี[ 5 ]และการรวมเข้ากับต้นไม้แห่งชีวิตของสายพันธุ์ (sTOL) เพื่อให้บริบททางวิวัฒนาการแก่ฟังก์ชันและฟีโนไทป์[ 6 ]
ซอฟต์แวร์
ซอฟต์แวร์โอเพนซอร์สdcGORพัฒนาขึ้นโดยใช้ภาษาการเขียนโปรแกรม Rเพื่อวิเคราะห์ออนโทโลยีและคำอธิบายประกอบที่เน้นโดเมน[ 7 ] การวิเคราะห์ที่รองรับได้แก่:
- เข้าถึงออนโทโลยีหลากหลายประเภทและคำอธิบายประกอบที่เน้นเฉพาะโดเมนได้อย่างง่ายดาย
- สามารถสร้างออนโทโลยีและคำอธิบายประกอบแบบกำหนดเองได้
- การวิเคราะห์และการแสดงภาพข้อมูลเสริมตามโดเมน
- การสร้างเครือข่ายโดเมน (ความคล้ายคลึงทางความหมาย) ตามคำอธิบายประกอบของออนโทโลยี
- การวิเคราะห์ความสำคัญเพื่อประมาณเครือข่ายการติดต่อ (ความสำคัญทางสถิติ) โดยใช้อัลกอริทึมการเดินแบบสุ่ม
- การประมวลผลแบบขนานประสิทธิภาพสูง
ฟังก์ชันการทำงานที่อยู่ระหว่างการพัฒนาอย่างต่อเนื่อง ได้แก่:
- อัลกอริทึมและการนำไปใช้สำหรับการสร้างคำอธิบายประกอบออนโทโลยีที่เน้นโดเมนเป็นศูนย์กลาง
- การทำนายคำศัพท์ทางออนโทโลยีสำหรับโครงสร้างโดเมนโปรตีนที่ป้อนเข้า
- การสร้างลักษณะบรรพบุรุษแบบไม่ต่อเนื่องขึ้นใหม่โดยใช้วิธีความน่าจะเป็นสูงสุด/ความประหยัดสูงสุด
ดูเพิ่มเติม
ลิงก์ภายนอก
- ซูเปอร์แฟมิลี่
- สโคป
สรุปเนื้อหา
ข้อมูลสำคัญจากบทความ
ข้อมูลสำคัญเกี่ยวกับ ดีซีจีโอ
dcGOเป็นฐานข้อมูลออนโทโลยีที่ครอบคลุมสำหรับโดเมนโปรตีนในฐานะแหล่งข้อมูลออนโทโลยี dcGO ผสานรวมออนโทโลยีชีวการแพทย์แบบเปิดจากบริบทที่หลากหลาย ตั้งแต่ข้อมูลเชิงฟังก์ชัน เช่น...
แนวคิด
dcGO มีแนวคิดหลักสองประการ ประการแรกคือการติดป้ายกำกับ โดเมนโปรตีน ด้วยออนโทโลยี เช่น ออนโทโลยีทางพันธุกรรม (Gene Ontology) นั่นคือเหตุผลที่เรียกว่า dcGO ซึ่งย่อมาจาก domain-centric Gene Ontology...
ไทม์ไลน์
ในปี 2010 อัลกอริทึมที่อยู่เบื้องหลัง dcGO ได้รับการเผยแพร่ครั้งแรกในฐานะการปรับปรุงฐานข้อมูล SUPERFAMILY [ 2 ] ในปี 2011 'dcGO Predictor' ได้รับการจัดอันดับที่ 10 ในการแข่งขัน CAFA ปี 2011 เมื่อนำไปใช้กับGene Ontology [ 3 ] [ 4 ]...
เว็บเซิร์ฟเวอร์
การใช้งาน dcGO ในปัจจุบันคือการสร้างเครือข่ายโดเมนจากมุมมองเชิงฟังก์ชันสำหรับการเปรียบเทียบข้ามออนโทโลยี [ 5 ] และการรวมเข้ากับต้นไม้แห่งชีวิตของสายพันธุ์ (sTOL) เพื่อให้บริบททางวิวัฒนาการแก่ฟังก์ชันและฟีโนไทป์ [ 6 ]