กลุ่มOpen Biological and Biomedical Ontologies ( OBO ) Foundryเป็นกลุ่มบุคคลที่สร้างและดูแลรักษาออนโทโลยีที่เกี่ยวข้องกับวิทยาศาสตร์ชีวภาพ^{[ 1 ]} OBO Foundry ได้กำหนดหลักการชุดหนึ่งสำหรับการพัฒนาออนโทโลยีเพื่อสร้างชุดออนโทโลยีอ้างอิง ที่สามารถทำงานร่วมกันได้ ในโดเมนชีวการแพทย์ ปัจจุบันมีออนโทโลยีมากกว่าหนึ่งร้อยรายการที่ปฏิบัติตามหลักการของ OBO Foundry

ความพยายามของ OBO Foundry ทำให้การบูรณาการผลลัพธ์ทางชีวการแพทย์และการวิเคราะห์ข้อมูลชีวสารสนเทศ ทำได้ง่ายขึ้น โดยการนำเสนอข้อมูลอ้างอิงที่มีโครงสร้างสำหรับคำศัพท์ในสาขาการวิจัยต่างๆ และความเชื่อมโยงระหว่างกัน (เช่นฟีโนไทป์ในแบบจำลองหนูและฟีโนไทป์ที่เกี่ยวข้องในปลาซีบราฟิช ) ^{[ 2 ]}

โครงการ Foundry มีเป้าหมายเพื่อปรับปรุงการบูรณาการข้อมูลในวิทยาศาสตร์ชีวภาพ แนวทางหนึ่งในการบูรณาการคือการระบุคำอธิบายประกอบข้อมูลจากแหล่งต่างๆ โดยใช้คำศัพท์ควบคุม โดยในอุดมคติแล้ว คำศัพท์ควบคุมดังกล่าวควรอยู่ในรูปแบบของออนโทโลยีซึ่งสนับสนุนการใช้เหตุผลเชิงตรรกะกับข้อมูลที่ระบุคำอธิบายประกอบโดยใช้คำศัพท์ในคำศัพท์นั้น

การกำหนดรูปแบบแนวคิดอย่างเป็นทางการในสาขาชีวการแพทย์เป็นที่รู้จักกันดีโดยเฉพาะอย่างยิ่งผ่านงานของGene Ontology Consortium ซึ่งเป็นส่วนหนึ่งของ OBO Foundry สิ่งนี้ได้นำไปสู่การพัฒนาหลักการปฏิบัติที่ดีบางประการในการพัฒนาออนโทโลยี ซึ่งกำลังถูกนำไปใช้ในทางปฏิบัติภายในกรอบของกลุ่มความร่วมมือ Open Biomedical Ontologies ผ่านโครงการริเริ่ม OBO Foundry ออนโทโลยีของ OBO เป็นส่วนหนึ่งของทรัพยากรของศูนย์แห่งชาติเพื่อออนโทโลยีชีวการแพทย์ (National Center for Biomedical Ontology ) ซึ่งเป็นองค์ประกอบหลักของ BioPortal ของ NCBO

Open Biological and Biomedical Ontologies (OBO; เดิมชื่อ Open Biomedical Ontologies) เป็นความพยายามในการสร้างออนโทโลยี ( คำศัพท์ควบคุม ) สำหรับใช้ในโดเมนทางชีววิทยาและการแพทย์ ออนโทโลยี OBO ชุดย่อยดั้งเดิมได้เริ่มต้น OBO Foundry ซึ่งเป็นผู้นำความพยายามของ OBO ตั้งแต่ปี 2007 ^{[ 1 ]}

การสร้าง OBO ในปี 2544 ได้รับแรงบันดาลใจส่วนใหญ่มาจากความพยายามของโครงการGene Ontology ^{[ 3 ]} OBO เป็นส่วนหนึ่งของทรัพยากรของศูนย์แห่งชาติเพื่อออนโทโลยีชีวการแพทย์ของสหรัฐอเมริกา (NCBIO) และเป็นองค์ประกอบหลักของ BioPortal ของ NCBIO เป็นโครงการริเริ่มที่นำโดย OBO Foundry

OBO Foundry เปิดรับการมีส่วนร่วมจากบุคคลที่สนใจทุกคน ออนโทโลยีที่ตั้งใจจะเป็นส่วนหนึ่งของ OBO Foundry อย่างเป็นทางการจะต้องปฏิบัติตามหลักการของ OBO และผ่านการตรวจสอบหลายขั้นตอนโดยสมาชิก โดยที่ "ผู้ประสานงานของ Foundry ทำหน้าที่เสมือนบรรณาธิการวารสาร" ^{[ 1 ]} มีออนโทโลยีที่ปฏิบัติตามหลักการของ OBO แต่ไม่ได้เป็นส่วนหนึ่งของ OBO อย่างเป็นทางการ เช่นReagent Application Ontology ของeagle-i ^{[ 4 ]}และ Animals in Context Ontology ^{[ 5 ]}

มีการเสนอให้บูรณา การทฤษฎีความแข็งแกร่งของ OntoCleanเข้ากับ OBO เป็นขั้นตอนในการสร้างมาตรฐานให้กับออนโทโลยีที่เป็นไปได้ การบูรณาการนี้จะทำให้การพัฒนาซอฟต์แวร์เพื่อตรวจสอบผู้สมัครโดยอัตโนมัติทำได้ง่ายขึ้น^{[ 6 ]}

ชุมชน OBO Foundry ยังทุ่มเทให้กับการพัฒนาเครื่องมือเพื่ออำนวยความสะดวกในการสร้างและบำรุงรักษาออนโทโลยี นักพัฒนาออนโทโลยีส่วนใหญ่ใน OBO ใช้ ตัวแก้ไขออนโทโลยี ProtégéและWeb Ontology Language (OWL) สำหรับการสร้างออนโทโลยี เพื่ออำนวยความสะดวกใน การจัดการออนโทโลยีผ่าน บรรทัดคำสั่งในรูปแบบที่เข้ากันได้กับ Protégé และ OWL ทาง OBO Foundry ได้พัฒนาเครื่องมือ ROBOT (ROBOT เป็นเครื่องมือของ OBO) ROBOT รวบรวมฟังก์ชันสำหรับงานประจำในการพัฒนาออนโทโลยี เป็นโอเพนซอร์สและสามารถใช้งานได้ทั้งผ่านบรรทัดคำสั่งหรือเป็นไลบรารีสำหรับภาษาใดก็ได้บนJava Virtual Machine ^{[ 7 ]}

เครื่องมืออื่นที่เกี่ยวข้องกับความพยายามของ OBO คือOBO-Edit ^{[ 8 ]}ซึ่งเป็นตัวแก้ไขออนโทโลยีและตัวให้เหตุผลที่ได้รับทุนจากGene Ontology Consortiumนอกจากนี้ยังมีปลั๊กอินสำหรับ OBO-Edit ซึ่งอำนวยความสะดวกในการพัฒนาออนโทโลยี เช่น DOG4DAG ซึ่งเป็นตัวสร้างออนโทโลยีแบบกึ่งอัตโนมัติ^{[ 9 ]}

รูปแบบไฟล์ OBO เป็นภาษาที่มุ่งเน้นด้านชีววิทยาสำหรับการสร้างออนโทโลยี โดยอิงตามหลักการของภาษาออนโทโลยีบนเว็บ (OWL )

ในฐานะความพยายามร่วมกันของชุมชน ได้มีการสร้างแผนที่มาตรฐานทั่วไปสำหรับการแปลงแบบไปกลับที่ไม่สูญเสียข้อมูลระหว่างรูปแบบ Open Biomedical Ontologies (OBO) และ OWL ^{[ 10 ] [ 11 ]}งานวิจัยนี้ประกอบด้วยการตรวจสอบอย่างเป็นระบบของแต่ละโครงสร้างของ OBO และโครงสร้างแบบหลายชั้นสำหรับ OBO ซึ่งคล้ายกับสแต็ก Semantic Web ^{[ 12 ]}

ชุดออนโทโลยีเริ่มต้นของ OBO Foundry ประกอบด้วยออนโทโลยีที่สมบูรณ์แล้ว (เช่นGene Ontology , GO และFoundational Model of Anatomy , FMAO) โดยการรวมออนโทโลยีที่มีอยู่ก่อนหน้านี้ (เช่น Cell Ontology, ^{[ 13 ]} CL ซึ่งเกิดจากออนโทโลยีเฉพาะต่างๆ^{[ 14 ] [ 15 ]}และส่วนที่เกี่ยวข้องบน GO และ FMAO) และโดยการพัฒนาออนโทโลยีใหม่โดยอิงตามหลักการ^{[ 16 ]}

ชุดออนโทโลยีดั้งเดิมยังรวมถึงออนโทโลยีกายวิภาคของปลาซีบร้า^{[ 17 ]} (ซึ่งเป็นส่วนหนึ่งของเครือข่ายข้อมูลปลาซีบร้า ) ออนโทโลยีCheBI ออนโทโลยีโรค ออนโทโลยีพืช ออนโทโลยีลำดับ ออนโทโลยีสำหรับการวิจัยทางชีวการแพทย์และ ออนโทโล ยีโปรตีน^{[ 16 ]}

จำนวนออนโทโลยีใน OBO เพิ่มขึ้นจนมีจำนวนหลายร้อยรายการ และออนโทโลยีเหล่านั้นถูกรวบรวมไว้ในรายการออนโทโลยีของ OBO Foundry

ออนโทโลยี OBO Foundry ที่แตกต่างกันจำนวนหนึ่งได้ถูกรวมเข้ากับกราฟความรู้ของวิกิดาต้าแล้ว^{[ 18 ] [ 19 ]} ซึ่งนำไปสู่การบูรณาการออนโทโลยีที่มีโครงสร้างของ OBO เข้ากับข้อมูลจากฐานข้อมูลอื่นที่ไม่ใช่ OBO ตัวอย่างเช่น การบูรณาการออนโทโลยีโรคของมนุษย์^{[ 20 ]}เข้ากับวิกิดาต้าทำให้สามารถเชื่อมโยงกับคำอธิบายของสายเซลล์จากแหล่งข้อมูลCellosaurusได้^{[ 21 ]}หนึ่งในเป้าหมายของการบูรณาการ OBO Foundry เข้ากับวิกิดาต้าคือการลดอุปสรรคสำหรับผู้ที่ไม่ใช่ผู้เชี่ยวชาญด้านออนโทโลยีในการมีส่วนร่วมและใช้ออนโทโลยี วิกิดาต้าอาจเข้าใจและใช้งานได้ง่ายกว่าแบบจำลองออนโทโลยีแบบดั้งเดิม (ซึ่งต้องใช้ความเชี่ยวชาญเฉพาะด้านสูง) ^{[ 22 ]}

สรุปหลักการ OBO Foundry ^{[ 23 ]} สำหรับการพัฒนา ออนโทโลยีวิทยาศาสตร์ชีวภาพที่เข้ากันได้กับ OBO :

ออนโทโลยีเหล่านี้เปิดให้ใช้งานได้ทั่วไปและต้องเผยแพร่ภายใต้ใบอนุญาตCC BY 3.0หรือภายใต้โดเมนสาธารณะ ( CC0 ) ^{[ 24 ]}ความเปิดกว้างของออนโทโลยีทำให้สามารถนำเข้าคำศัพท์จากGene Ontology (หนึ่งในออนโทโลยีที่ปฏิบัติตามหลักการ OBO) ไปยังโครงการWikidata ได้ ^{[ 25 ]}

ออนโทโลยีจะต้องพร้อมใช้งานในภาษาทางการ ทั่วไป ในทางปฏิบัติ นั่นหมายความว่าออนโทโลยีที่เป็นส่วนหนึ่งของ OBO foundry จำเป็นต้องอธิบายรายการโดยใช้รูปแบบ OWL/ OWL2หรือOBO โดยใช้ ไวยากรณ์ RDF/XMLเพื่อเพิ่มความสามารถในการทำงานร่วมกันให้สูงสุด^{[ 26 ]}

เงื่อนไขควรเป็นเอกลักษณ์ในพื้นที่ OBO ซึ่งหมายความว่าแต่ละรายการมีคำนำหน้าออนโทโลยีที่ไม่ซ้ำกัน (เช่นCHEBI , GO , PRO ) และตัวระบุตัวเลขเฉพาะที่อยู่ภายในออนโทโลยี^{[ 27 ]}การเลือกใช้รหัสตัวเลขนั้นทำขึ้นเพื่อปรับปรุงการบำรุงรักษาและการพัฒนาทรัพยากร^{[ 28 ]}เพื่อเข้าร่วมใน OBO Foundry ออนโทโลยีจะต้องตั้งฉากกัน และแนวคิดที่จำลองขึ้นจะต้องเป็นเอกลักษณ์ภายใน OBO ดังนั้นแต่ละแนวคิดจึงมีตัวระบุทรัพยากรสากล (URI) เดียว ออนโทโลยีใหม่จึงต้องนำงานที่ทำในความพยายามอื่นๆ มาใช้ซ้ำ^{[ 28 ]}

แม้ว่าอุดมคติของคำศัพท์เฉพาะและความสามารถในการทำงานร่วมกันจะเป็นสิ่งสำคัญ แต่ในทางปฏิบัติ การบังคับใช้สิ่งนี้ทำได้ยาก ส่งผลให้เกิดการซ้ำซ้อนของคำศัพท์ นอกจากนี้ ออนโทโลยีบางระบบยังไม่นำคำศัพท์กลับมาใช้ใหม่ หรือแม้แต่นำคำศัพท์กลับมาใช้ใหม่อย่างไม่เหมาะสม^{[ 29 ]}

ออนโทโลยีมีการวิวัฒนาการไปตามกาลเวลา โดยปรับปรุงแนวคิดและคำอธิบายให้สอดคล้องกับความก้าวหน้าในความรู้ของโดเมนเฉพาะ^{[ 30 ]} เพื่อให้แน่ใจว่ามีการอัปเดตเวอร์ชันใหม่ แต่เครื่องมือที่ใช้ออนโทโลยีเวอร์ชันเก่าก็ยังคงใช้งานได้ OBO จึงบังคับใช้ระบบการกำหนดเวอร์ชันโดยแต่ละเวอร์ชันของออนโทโลยีจะได้รับตัวระบุที่ไม่ซ้ำกัน ไม่ว่าจะเป็นในรูปแบบของวันที่หรือระบบตัวเลข และเมตาเดตา dags ^{[ 31 ]}

ออนโทโลยีควรมีขอบเขตที่ระบุไว้อย่างชัดเจน (โดเมนที่ตั้งใจจะครอบคลุม) ^{[ 32 ]}

ออนโทโลยีควรมีคำจำกัดความที่เป็นข้อความสำหรับแต่ละรายการใน รูปแบบ ที่มนุษย์อ่านได้นั่นหมายความว่า นอกเหนือจากการระบุด้วยตัวอักษรและตัวเลขสำหรับแต่ละรายการแล้ว ควรมีการอธิบายรายการเหล่านั้นด้วยภาษาธรรมชาติโดยใช้การยืนยันเชิงตรรกะตามหลักตรรกะของอริสโตเติลในลักษณะที่เป็นเอกลักษณ์เฉพาะภายในออนโทโลยี^{[ 33 ]}

ออนโทโลยีควรใช้ความสัมพันธ์ระหว่างรายการจากออนโทโลยีความสัมพันธ์ (RO)ซึ่งทำให้มั่นใจได้ว่าออนโทโลยีที่แตกต่างกันสามารถผสานรวมได้อย่างราบรื่น ซึ่งมีความสำคัญเป็นพิเศษสำหรับการอนุมานเชิงตรรกะ^{[ 34 ]}

ออนโทโลยีความสัมพันธ์ (RO) เป็นออนโทโลยีที่ออกแบบมาเพื่อแสดงความสัมพันธ์ระหว่างแนวคิดทางชีวการแพทย์ต่างๆ^{[ 35 ]}โดยอธิบายความสัมพันธ์อย่างเข้มงวด เช่น "part_of", "located_in" และ "preceded_by" ซึ่งถูกนำมาใช้ซ้ำโดยออนโทโลยี OBO Foundry จำนวนมาก

ออนโทโลยี OBO จำเป็นต้องได้รับการจัดทำเอกสารอย่างละเอียดถี่ถ้วน โดยส่วนใหญ่จะดำเนินการผ่าน ที่เก็บข้อมูล GitHubสำหรับออนโทโลยีเฉพาะแต่ละรายการ (ดูรายชื่อออนโทโลยี OBO Foundry ) ^{[ 36 ]}

ออนโทโลยีควรมีประโยชน์สำหรับผู้คนหลายกลุ่ม และผู้พัฒนาออนโทโลยีควรจัดทำเอกสารหลักฐานการใช้งาน เกณฑ์นี้มีความสำคัญต่อกระบวนการตรวจสอบ ตัวอย่างการใช้งาน ได้แก่ การเชื่อมโยงไปยังคำศัพท์โดยออนโทโลยีอื่น การใช้งานใน โครงการ เว็บเชิงความหมายการใช้งานในคำอธิบายประกอบ หรือแอปพลิเคชันการวิจัยอื่นๆ^{[ 37 ]}

ควรพัฒนาออนโทโลยีในลักษณะที่เอื้อต่อการทำงานร่วมกับสมาชิก OBO Foundry อื่นๆ^{[ 38 ]}

ออนโทโลยีควรมีบุคคลหนึ่งที่รับผิดชอบออนโทโลยีซึ่งเป็นตัวกลางในการโต้ตอบกับชุมชน^{[ 39 ]}

หลักเกณฑ์การตั้งชื่อสำหรับออนโทโลยี OBO มีเป้าหมายเพื่อให้ป้ายกำกับหลักมีความชัดเจนและไม่ซ้ำกันภายในออนโทโลยี (และโดยเฉพาะอย่างยิ่งภายใน OBO) ป้ายกำกับและคำพ้องความหมายควรเขียนเป็นภาษาอังกฤษ หลีกเลี่ยงการใช้เครื่องหมายขีดล่างและรูปแบบ camel case [ ^{40 ] OBO}ขาดกลไกสำหรับการสนับสนุนหลายภาษา ซึ่งแตกต่างจากWikidataที่อนุญาตให้ใช้ป้ายกำกับในระบบต่างๆ ระบบการตั้งชื่อใน OBO อิงตามชุดแบบสำรวจในการจัดทำรายการหลักเกณฑ์การตั้งชื่อของออนโทโลยีปัจจุบัน ตลอดจนการค้นพบปัญหาที่เกี่ยวข้องกับหลักเกณฑ์เหล่านี้^{[ 41 ]}

ออนโทโลยีควรได้รับการปรับปรุงให้สอดคล้องกับการเปลี่ยนแปลงในฉันทามติทางวิทยาศาสตร์ OBO Foundry นิยามฉันทามติทางวิทยาศาสตร์ว่า "สิ่งพิมพ์หลายฉบับจากห้องปฏิบัติการอิสระตลอดหนึ่งปีมาถึงข้อสรุปเดียวกัน และไม่มีหรือมีความเห็นคัดค้านที่จำกัด (<10%) ที่ตีพิมพ์ในช่วงเวลาเดียวกัน" ^{[ 42 ]}

• บริการค้นหาออนโทโลยี
• กลุ่มความร่วมมือด้านออนโทโลยีของยีน
• ออนโทโลยีลำดับ
• ฐานข้อมูลสิ่งมีชีวิตต้นแบบทั่วไป
• ข้อมูลจีโนมิกส์เชิงฟังก์ชัน (FGED)
• ออนโทโลยีสำหรับการวิจัยทางชีวการแพทย์
• ออนโทโลยีของพืช
• ฟีโนสเคป
• รายชื่อออนโทโลยีของ OBO Foundry
• อีเกิล-ไอ
• เชบี

• โรงหล่อโอโบ
• เครื่องมือ ROBOT
• ไบโอพอร์ทัลของ NCBO
• ชุดออนโทโล ยีชุดแรกของ OBO Foundry
• หลักสูตรเกี่ยวกับชีววิทยาเชิงออนโทโลยีของBarry Smithและสไลด์ประกอบการบรรยายเกี่ยวกับ OBO Foundry
• MIBBI (ข้อมูลขั้นต่ำสำหรับการวิจัยทางชีววิทยาและชีวการแพทย์)
• เว็บไซต์บริการค้นหาออนโทโลยี
• โปรแกรมเรียกดูออนโทโลยีสำหรับออนโทโลยีชีวภาพแบบเปิดส่วนใหญ่บนเว็บไซต์ BRENDA
• PubOnto: เครื่องมือค้นหาเอกสารทางวิชาการแบบ OBO
• ออนโท-เพิร์ล
• SimCT เป็นเครื่องมือบนเว็บที่ใช้แสดงความสัมพันธ์ระหว่างวัตถุทางชีววิทยาที่ถูกกำหนดคำอธิบายไว้ในออนโทโลยีในรูปแบบของแผนผังต้นไม้ โดยพิจารณาจากความคล้ายคลึงกันของคำอธิบาย สามารถดูได้ที่archive.org
• โครงการ Morphsterโดยมหาวิทยาลัยออสติน รัฐเท็กซัส สามารถดูได้ที่ archive.org
• ออนโทโลยีความสัมพันธ์บน OBO Foundry