ชาวคาทอลิกกลุ่มแรกที่มาถึงเมืองบอยซีในปัจจุบันคือ นักล่าสัตว์ขนเฟอร์ ชาวฝรั่งเศส-แคนาดาในช่วงกลางศตวรรษที่ 18 หลังจากที่สหรัฐอเมริกาซื้อดินแดนลุยเซียนา ในปี 1803 พื้นที่ดังกล่าวก็ตกอยู่ภายใต้เขตอำนาจของ สังฆมณฑลบัลติมอร์ในรัฐแมริแลนด์

ตลอด 25 ปีต่อมา ชนเผ่า เนซเพอร์ซและแฟลตเฮดได้ส่งคณะผู้แทนสี่คณะไปยังเซนต์หลุยส์ รัฐมิสซูรีเพื่อพูดคุยกับเจ้าหน้าที่คาทอลิก โดยพยายามสรรหาบาทหลวงสำหรับชุมชนของพวกเขา ในปี ค.ศ. 1840 สังฆมณฑลเซนต์หลุยส์ได้ส่งปิแอร์-ฌอง เดอ สเมตบาทหลวงนิกายเยซูอิต ไปดูแลชนเผ่าต่างๆ เดอ สเมตประกอบพิธีมิสซาในไอดาโฮในเดือนกรกฎาคม ค.ศ. 1840 ที่ทะเลสาบเฮนรี^{[ 1 ]}

ในปี ค.ศ. 1843 Nicholas Point ได้สร้างโบสถ์ Cataldo Missionริมแม่น้ำ St. Joe ใกล้กับเมือง St. Mariesในปัจจุบันนับเป็นโบสถ์มิชชั่นแห่งแรกในไอดาโฮ ต่อมาโบสถ์ Cataldo Mission ได้ย้ายไปยังที่ตั้งปัจจุบันริมแม่น้ำ Coeur d'Aleneนับเป็นอาคารที่เก่าแก่ที่สุดในไอดาโฮ^{[ 1 ] [ 2 ]}เมื่อวาติกันจัดตั้งเขตปกครองอัครสังฆราชแห่งดินแดนโอเรกอนในปี ค.ศ. 1846 พื้นที่ทั้งหมดของไอดาโฮจึงอยู่ภายใต้เขตอำนาจนี้^{[ 3 ]}เป็นเวลา 19 ปีต่อมา ชาวคาทอลิกส่วนใหญ่ในไอดาโฮเป็นสมาชิกของชนเผ่าพื้นเมืองอเมริกัน

จากการค้นพบทองคำในแอ่งบอยซีในปี พ.ศ. 2405 คนงานเหมืองหลายหมื่นคนหลั่งไหลเข้ามาในพื้นที่ รวมถึงชาวไอริชคาทอลิกจำนวนมาก^{[ 4 ]}เนื่องจากการเติบโตของพื้นที่ ประธานาธิบดีอับราฮัม ลินคอล์นจึงได้ก่อตั้งดินแดนไอดาโฮขึ้นในปี พ.ศ. 2406 ในปีเดียวกันนั้นเอง โบสถ์แห่งแรกสำหรับชาวคาทอลิกยุโรป คือ โบสถ์เซนต์โจเซฟ ได้ถูกสร้างขึ้นในเมืองไอดาโฮซิตีซึ่ง เป็นเมืองเหมืองแร่ที่กำลังเฟื่องฟู ^{[ 5 ]}

ในปี พ.ศ. 2411 สมเด็จพระสันตะปาปาปิอุสที่ 9ได้ทรงจัดตั้งเขตอัครสังฆราชแห่งไอดาโฮและมอนแทนา ซึ่งครอบคลุมพื้นที่กว้างใหญ่ทางตะวันตกของเทือกเขาร็อกกีเหนือ ในเวลานั้น ทั้งดินแดนและเขตอัครสังฆราชรวมถึงรัฐไอดาโฮในปัจจุบัน และส่วนตะวันตกของรัฐมอนแทนาและไวโอมิง[ ^{1 ] [ 6 ] สมเด็จ}พระสันตะปาปาได้ทรงแต่งตั้งหลุยส์ ลูเทนส์เป็นอัครสังฆราช องค์แรก เมื่อมีการจัดตั้งเขตอัครสังฆราชขึ้น ประชากรของไอดาโฮมีประมาณ 20,000 คน ซึ่งมีเพียง 1,500 คนเท่านั้นที่เป็นคาทอลิก

เมื่อถึงทศวรรษ 1870 การตื่นทองในไอดาโฮสิ้นสุดลง คนงานเหมืองก็ออกจากดินแดนไป และเมืองต่างๆ ก็เริ่มซบเซา เมื่อสุขภาพของลูเทนส์เริ่มทรุดโทรม วาติกันจึงอนุญาตให้เขาลาออกจากตำแหน่งผู้แทนพระสังฆราชในปี 1876 ^{[ 1 ]}ผู้แทนพระสังฆราชจะไม่มีพระสังฆราชเป็นเวลาแปดปี

ในปี ค.ศ. 1887 สมเด็จพระสันตะปาปาเลโอที่ 13ทรงแต่งตั้งอัลฟองส์ กลอริเยอซ์เป็นผู้แทนพระสันตะปาปาคนที่สองของไอดาโฮและมอนแทนา กลอริเยอซ์ได้กำหนดให้บอยซีเป็นเมืองศูนย์กลางการปกครองของเขา ในวันที่ 23 สิงหาคม ค.ศ. 1893 สมเด็จพระสันตะปาปาเลโอที่ 13 ทรงสถาปนาสังฆมณฑลบอยซี ซึ่งครอบคลุมทั้งรัฐไอดาโฮ และทรงแต่งตั้งกลอริเยอซ์เป็นบิชอปองค์ แรกของ สังฆมณฑล ในเวลานั้น มีชาวคาทอลิกที่ลงทะเบียนประมาณ 7,000 คนในรัฐ ในปี ค.ศ. 1894 คณะซิสเตอร์แห่งไม้กางเขนศักดิ์สิทธิ์ได้เปิดโรงพยาบาลเซนต์อัลฟองซัส ซึ่งเป็นโรงพยาบาลแห่งแรกในบอยซี^{[ 7 ]}

ในปี พ.ศ. 2449 Gladieux ได้วางศิลาฤกษ์สำหรับมหาวิหารเซนต์จอห์นผู้ประกาศข่าวประเสริฐในเมืองบอยซี^{[ 8 ]}การเปิดพื้นที่ขนาดใหญ่สำหรับการตั้งถิ่นฐานและการมาถึงของทางรถไฟทำให้ประชากรของไอดาโฮเพิ่มขึ้นอย่างมาก เขตปกครองทางศาสนาเติบโตขึ้นอย่างมากในช่วงศตวรรษต่อมาชาวบาสก์ คาทอลิกจำนวนมาก จากสเปนเริ่มอพยพไปยังไอดาโฮในช่วงต้นศตวรรษที่ 20 เพื่อทำงานในอุตสาหกรรมแกะ^{[ 1 ]} Glorieux เสียชีวิตในปี พ.ศ. 2460

แดเนียล กอร์แมนจากอัครสังฆมณฑลดูบูกได้รับตำแหน่งต่อจากกลอริเยอซ์ในฐานะบิชอปในปี 1918 กอร์แมนดูแลการเติบโตอย่างมากภายในสังฆมณฑลในช่วงเก้าปีที่ดำรงตำแหน่งบิชอป จำนวนนักบวชเพิ่มขึ้น 32 รูป การก่อสร้างมหาวิหารเสร็จสมบูรณ์ และจำนวนนักเรียนในโรงเรียนประจำตำบลเพิ่มขึ้นเป็นสองเท่า ^{[ 9 ]}กอร์แมนได้อุทิศมหาวิหารเซนต์จอห์นผู้ประกาศข่าวประเสริฐในปี 1921 ^{[ 8 ]}

หลังจากกอร์แมนเสียชีวิตในปี พ.ศ. 2460 เอ็ดเวิร์ด เคลลีก็สืบทอดตำแหน่งต่อจากเขา^{[ 10 ]}เคลลีดำรงตำแหน่งเป็นเวลา 28 ปีจนกระทั่งเสียชีวิตในปี พ.ศ. 2499 ^{[ 11 ]}บิชอปคนต่อไปคือบิชอปผู้ช่วยเจมส์ เจ. ไบรน์จากอัครสังฆมณฑลเซนต์ปอลซึ่งย้ายมาที่บอยซีในปี พ.ศ. 2499

ตั้งแต่กลางศตวรรษที่ 20 เป็นต้นมา แรงงานอพยพจำนวนมากจากเม็กซิโกได้เดินทางมายังเขตปกครองของสังฆมณฑล บางส่วนตั้งถิ่นฐานถาวรในภูมิภาคนี้ ในขณะที่อีกหลายคนยังคงอพยพไปเรื่อยๆ และจะกลับไปยังเม็กซิโกหลังจากเก็บเกี่ยวผลผลิตแล้ว ในช่วงปลายศตวรรษ จำนวนผู้อพยพจากเม็กซิโกและส่วนอื่นๆ ของละตินอเมริกาเพิ่มขึ้นอย่างมาก โดยส่วนใหญ่ตั้งถิ่นฐานถาวรในภาคใต้ของสังฆมณฑล ปัจจุบันผู้ที่มีเชื้อสายละตินอเมริกาคิดเป็นสัดส่วนมากกว่าครึ่งหนึ่งของชาวคาทอลิกในสังฆมณฑล

ไบร์นได้เป็นอาร์คบิชอปแห่งดูบูกในปี 1962 ^{[ 1 ]}บิชอปคนที่ห้าของบอยซีซิลเวสเตอร์ ดับเบิลยู. ไทรเนน จากสังฆมณฑลบิสมาร์กเป็นผู้สืบทอดตำแหน่งต่อจากเขา เขาเกษียณอายุในปี 1988 ^{[ 1 ]} จากนั้น สมเด็จพระสันตะปาปาจอห์น ปอลที่ 2ได้แต่งตั้งทอด บราวน์จากสังฆมณฑลมอนเทอเรย์-เฟรสโนเป็นบิชอปคนที่หกของบอยซีในปี 1989 เขาได้เป็นบิชอปแห่งสังฆมณฑลออเรนจ์ในปี 1998 ^{[ 12 ]}ในปี 1999 บิชอปผู้ช่วยไมเคิล พี. ดริสคอลแห่งออเรนจ์ ได้สืบทอดตำแหน่งต่อจากเขา^{[ 13 ]}

หลังจากดริสคอลเกษียณอายุในปี 2014 บิชอปปีเตอร์ เอฟ. คริสเตนเซนแห่งสังฆมณฑลซูพีเรียร์ได้ย้ายไปที่บอยซี^{[ 14 ]}ปัจจุบันท่านดำรงตำแหน่งบิชอปแห่งบอยซี

ในปี พ.ศ. 2528 เมล บัลตาซาร์ถูกตัดสินจำคุก 7 ปีหลังจากถูกตัดสินว่ามีความผิดฐานประพฤติอนาจารกับเด็กอายุ 15 ปี บาทหลวงผู้นี้ได้พบกับเหยื่อขณะที่เขาดำรงตำแหน่งเป็นบาทหลวงประจำศูนย์การแพทย์เซนต์อัลฟอนซัส ผู้พิพากษาที่ทำหน้าที่ตัดสินคดีระบุว่าคริสตจักรคาทอลิกได้ปกป้องบัลตาซาร์ในขณะที่เขาล่วงละเมิดผู้เยาว์ในตำแหน่งก่อนหน้านี้ในสังฆมณฑลอื่น^{[ 15 ]}

ดีคอนโรเบิร์ต ฮาวเวลล์ถูกจับกุมในเดือนพฤศจิกายน พ.ศ. 2547 ในข้อหาครอบครองภาพอนาจารเด็กเขาให้การรับสารภาพและถูกตัดสินจำคุก 18 เดือนในเดือนมีนาคม พ.ศ. 2548 ^{[ 16 ]}

ในเดือนกันยายน พ.ศ. 2561 W. Thomas Faucher ยอมรับสารภาพผิดในข้อหาครอบครองสื่อลามกอนาจารเด็ก การเผยแพร่สื่อลามกอนาจาร เด็ก และการครอบครอง กัญชา^{[ 17 ]} บทสนทนา ในห้องแชท ที่เจ้าหน้าที่บังคับใช้กฎหมายได้รับมานั้นเปิดเผยเจตนาของ Faucher ที่ จะใช้กัญชาเพื่อมอมยาผู้เยาว์และดำเนินกิจการเครือข่ายสื่อลามกอนาจารเด็กซึ่งเกี่ยวข้องกับการล่วงละเมิดทางเพศด้วย ^{[ 18 ]} Faucher มีความสนใจในลัทธิซาตานและยอมรับว่าได้กระทำการหมิ่นประมาทและดูหมิ่นศาสนา^{[ 19 ]}ในปีเดียวกันนั้น มีบุคคลสองคนรายงานต่อสังฆมณฑลว่าพวกเขาถูก Faucher ล่วงละเมิดทางเพศขณะเป็นผู้เยาว์ ในเดือนธันวาคม พ.ศ. 2561 Faucher ถูกตัดสินจำคุก 25 ปี^{[ 19 ]}สังฆมณฑลได้ขับไล่ Faucher ออกจากบ้านของเขาขณะที่เขาอยู่ในคุก และได้ทำพิธีขับไล่ปีศาจในทรัพย์สินก่อนที่จะนำออกขาย^{[ 20 ] [ 21 ]}ในปี พ.ศ. 2563 Faucher เสียชีวิตในคุก^{[ 22 ] [ 23 ]}

ในปี 2019 สังฆมณฑลได้เผยแพร่รายชื่อบาทหลวง 15 รูปและผู้ช่วยบาทหลวง 1 รูปที่มีข้อกล่าวหาที่น่าเชื่อถือเกี่ยวกับการล่วงละเมิดทางเพศเด็ก^{[ 24 ]}

ในเดือนเมษายน พ.ศ. 2569 บาทหลวงโรเบิร์ต เมนเดซ เอสกีเวล ซึ่งประจำอยู่ที่ เมืองนัมปาถูกตัดสินจำคุก 15 ปี สามเดือนหลังจากสารภาพผิดในข้อหาล่วงละเมิดทางเพศเด็กโดยการกระทำอนาจาร ซึ่งเกี่ยวข้องกับการกระทำที่ถูกกล่าวหาว่ากระทำกับเด็กอายุ 16 ปี ในเดือนสิงหาคม พ.ศ. 2568 อย่างไรก็ตาม เขาจะมีสิทธิ์ได้รับการปล่อยตัวโดยมีเงื่อนไขหลังจากรับโทษจำคุกไปแล้วสามปี^{[ 25 ]}

1. หลุยส์ อลอยเซียส ลูเทนส์ (ค.ศ. 1868–1876) ได้รับแต่งตั้งเป็นบิชอปผู้ช่วยแห่งเกาะแวนคูเวอร์
2. อัลฟองส์ โจเซฟ กลอริเยอซ์ (ค.ศ. 1885–1893) ได้รับแต่งตั้งเป็นบิชอปแห่งบอยซีเมื่อมีการจัดตั้งสังฆมณฑลขึ้น

1. อัลฟองส์ โจเซฟ กลอริเออซ์ (1893–1917)
2. แดเนียล แมรี กอร์แมน (ค.ศ. 1918–1927)
3. เอ็ดเวิร์ด เจมส์ เคลลี่ (ค.ศ. 1927–1956)
4. เจมส์ โจเซฟ ไบรน์ (ค.ศ. 1956–1962) ได้รับแต่งตั้งเป็นอาร์ชบิชอปแห่งดูบูก
5. ซิลเวสเตอร์ วิลเลียม ไทรเนน (1962–1988)
6. ทอด เดวิด บราวน์ (ค.ศ. 1988–1998) ได้รับแต่งตั้งเป็นบิชอปแห่งออเรนจ์
7. ไมเคิล แพทริค ดริสคอล (1999–2014)
8. ปีเตอร์ เอฟ. คริสเตนเซน (ปี 2014 – ปัจจุบัน)

วิลเลียม คีธ ไวแกนด์ได้รับแต่งตั้งเป็นบิชอปแห่งซอลต์เลคซิตี้ในปี 1980 และต่อมาเป็นบิชอปแห่งซาคราเมนโต

• โรงเรียนมัธยมบิชอป เคลลี่ในเมืองบอยซี
• โรงเรียนเซนต์จอห์นบอสโกในคอตตอนวูด^{[ 31 ]}