แหล่งข้อมูลสารสนเทศเกี่ยวกับเชื้อก่อโรค ยูคาริโอต เวกเตอร์ และโฮสต์หรือVEuPathDBเป็นฐานข้อมูลจีโนมและชุดข้อมูลขนาดใหญ่อื่นๆ ที่เกี่ยวข้องกับเชื้อก่อโรคยูคาริโอตต่างๆ รวมถึงเวกเตอร์และโฮสต์ของเชื้อเหล่านั้น VEuPathDB จัดเก็บข้อมูลที่เกี่ยวข้องกับสิ่งมีชีวิตที่สนใจและมีเครื่องมือสำหรับการค้นหาและวิเคราะห์ข้อมูล ปัจจุบันประกอบด้วยแพลตฟอร์มข้อมูลย่อย 14 แพลตฟอร์ม แต่ละแพลตฟอร์มอุทิศให้กับหัวข้อวิจัยเฉพาะด้าน นอกเหนือจากเว็บไซต์พอร์ทัลหลักของ VEuPathDB VEuPathDB ประกอบด้วย: ^{[ 1 ]}

• แหล่งข้อมูลจีโนมิกส์ที่ครอบคลุมปรสิตโปรโตซัวยูคาริโอติก
• การตอบสนองของโฮสต์ต่อการติดเชื้อปรสิต (HostDB)
• ออร์โธล็อก (OrthoMCL)
• ข้อมูลทางคลินิกและระบาดวิทยา (ClinEpiDB)
• ข้อมูลไมโครไบโอม (MicrobiomeDB)

VEuPathDB มีต้นกำเนิดมาจากความพยายามในช่วงต้นทศวรรษ 2000 ในการจัดระเบียบข้อมูลจีโนมและข้อมูลชีวภาพขนาดใหญ่ที่เกี่ยวข้องสำหรับการวิจัยโรคติดเชื้อ โครงการเริ่มต้น เช่นPlasmoDB (สำหรับPlasmodium spp.), CryptoDB (สำหรับCryptosporidium ) และToxoDB (สำหรับToxoplasma gondii ) ได้รับการพัฒนาเป็นฐานข้อมูลแบบแยกเดี่ยวที่มุ่ง ^เน้นเฉพาะเชื้อก่อโรคยูคาริโอต ไซต์ส่วนประกอบในช่วงแรกเหล่านี้ถูกรวมเข้าด้วยกันภายใต้ร่มของApiDB [ ^{2 ]}ซึ่งก่อตั้งโดยสถาบันโรคภูมิแพ้และโรคติดเชื้อแห่งชาติของสหรัฐอเมริกา ( NIAID ) เพื่อสนับสนุนการวิจัยปรสิต apicomplexan

เนื่องจากขอบเขตของแหล่งข้อมูลขยายออกไปเพื่อรวมเชื้อโรคยูคาริโอตที่หลากหลายมากขึ้น โครงการจึงเปลี่ยนชื่อเป็นEuPathDBเพื่อสะท้อนถึงการครอบคลุมทางอนุกรมวิธานที่ขยายออกไป^{[ 3 ]}

ในขณะเดียวกันVectorBaseได้รับการพัฒนาขึ้นเพื่อให้บริการชุมชนวิจัยพาหะสัตว์ไม่มีกระดูกสันหลัง โดยจัดเตรียมชุดข้อมูลจีโนมและฟังก์ชันที่คล้ายคลึงกันสำหรับพาหะนำโรค เช่น ยุงและเห็บ^{[ 4 ]}ทั้ง EuPathDB และ VectorBase ได้รับทุนสนับสนุนจากโครงการศูนย์ทรัพยากรชีวสารสนเทศ (BRC) ของ NIH ซึ่งเริ่มให้การสนับสนุนทรัพยากรจีโนมของเชื้อโรคและพาหะในปี 2547

ในปี 2019 ทรัพยากรหลักทั้งสองนี้ได้ถูกรวมเข้าด้วยกันอย่างเป็นทางการเพื่อสร้างVEuPathDBซึ่งเป็นแพลตฟอร์มชีวสารสนเทศแบบครบวงจรที่ผสานจุดแข็งของ EuPathDB และ VectorBase เข้าไว้ในพอร์ทัลเดียว การรวมนี้ทำให้ข้อมูลเกี่ยวกับเชื้อก่อโรคยูคาริโอต พาหะสัตว์ไม่มีกระดูกสันหลัง และสิ่งมีชีวิตเจ้าบ้านที่เกี่ยวข้องมารวมกัน โดยได้รับการสนับสนุนจากโครงสร้างพื้นฐาน เครื่องมือวิเคราะห์ และส่วนต่อประสานเว็บที่ใช้ร่วมกัน ทรัพยากรที่รวมกันนี้ได้รับการออกแบบมาเพื่อปรับปรุงการเข้าถึงและการวิเคราะห์ข้อมูลสำหรับนักวิจัยที่ศึกษาโรคติดเชื้อและปฏิสัมพันธ์ระหว่างเจ้าบ้านกับเชื้อก่อโรค^{[ 5 ]}

นับตั้งแต่การควบรวมกิจการ VEuPathDB ยังคงเติบโตอย่างต่อเนื่องทั้งในด้านขอบเขตและความสามารถ โดยได้รวบรวมชุดข้อมูลที่ได้รับการคัดสรรหลายพันชุดจากสิ่งมีชีวิตและประเภทข้อมูลที่หลากหลาย ขยายเครื่องมือค้นหาและการแสดงภาพขั้นสูง และพัฒนาโครงสร้างพื้นฐานเพื่อรองรับวิธีการวิเคราะห์ใหม่ๆ และความต้องการของผู้ใช้^{[ 6 ]}

VEuPathDB ให้บริการข้อมูลโอไมซ์ (omics data) ออนไลน์ฟรี จากจุลินทรีย์ก่อโรคยูคาริโอต โปรโตซัว และเชื้อรา แมลงพาหะนำโรค และการตอบสนองของโฮสต์ต่อการติดเชื้อ เป้าหมายของ VEuPathDB คือการทำให้ข้อมูลเข้าถึงได้ง่าย ค้นหาได้ และนำกลับมาใช้ใหม่ได้โดยนักวิทยาศาสตร์ในห้องปฏิบัติการ ข้อมูลและการวิเคราะห์ทั้งหมดที่บูรณาการเข้าด้วยกันนั้นเป็นไปตามขั้นตอนและวิธีการมาตรฐาน เพื่อให้มั่นใจในความถูกต้องของข้อมูลและทำให้ข้อมูลสามารถทำงานร่วมกันได้

ประเภทข้อมูลแบบบูรณาการประกอบด้วยจีโนมและคำอธิบายประกอบ (ทั้งโครงสร้างและหน้าที่) ข้อมูลทราน สคริปโตมิก (เช่น ลำดับ RNAของเซลล์เดี่ยว/จำนวนมากและข้อมูลไมโครอาร์เรย์) ข้อมูล โปรตีโอมิก (เช่น หลักฐานสเปกโทรเมตรีมวลและข้อมูลเชิงปริมาณ) ข้อมูลการจัดลำดับไอโซเลตที่ใช้สำหรับการระบุตัวแปรและการกำหนดความแปรผันของจำนวนสำเนาเอพิเจโนมิกส์ข้อมูลฟีโนไทป์ของจีโนมทั้งหมด (เช่น การคัดกรอง CRISPR และข้อมูลตำแหน่งย่อยของเซลล์ขนาดใหญ่) เป็นต้น^{[ 7 ]}

การวิเคราะห์มาตรฐานให้ข้อมูลเพิ่มเติม เช่น โดเมน InterPro, การทำนายเปปไทด์สัญญาณและโดเมนทรานส์เมมเบรน และวิถีเมตาบอลิซึม

ข้อมูลและการวิเคราะห์เหล่านี้เป็นพื้นฐานของระบบกลยุทธ์การค้นหาที่เป็นเอกลักษณ์ และช่วยให้สามารถ ทำการทดลอง ในคอมพิวเตอร์ที่สามารถสอบถามข้อมูลข้ามชุดข้อมูล ประเภทข้อมูล และสิ่งมีชีวิตได้อย่างง่ายดาย^{[ 5 ]}

ปัจจุบัน VEuPathDB ประกอบด้วยแพลตฟอร์มข้อมูลส่วนประกอบ 14 แพลตฟอร์ม โดยแต่ละแพลตฟอร์มมีจุดเน้นเฉพาะ และมีเว็บไซต์พอร์ทัลหลัก: ^{[ 8 ]}

• VEuPathDB (เว็บไซต์พอร์ทัลหลัก)
• AmoebaDB ( อะมีบา ก่อโรค )
• CryptoDB ( สายพันธุ์ คริปโตสปอริเดียม )
• FungiDB ( เชื้อรา ก่อโรค )
• GiardiaDB ( สายพันธุ์ Giardia )
• MicrosporidiaDB ( สายพันธุ์ Microsporidia )
• PiroplasmaDB ( Piroplasmida ที่ก่อโรค )
• PlasmoDB ( สายพันธุ์ Plasmodium )
• ToxoDB ( เชื้อ ท็อกโซพลาสมา )
• TrichDB ( สายพันธุ์ Trichomonas )
• TriTrypDB ( Kinetoplastidaเช่นLeishmaniaและTrypanosoma spp.)
• HostDB (การตอบสนองของโฮสต์ต่อการติดเชื้อปรสิต)
• OrthoMCL (สำหรับลำดับโปรตีนออร์โธล็อกัส )
• ClinEpiDB (สำหรับข้อมูลจากการศึกษาและการทดลองทางคลินิกและระบาดวิทยา )
• MicrobiomeDB (สำหรับข้อมูลไมโครไบโอม )

ในเดือนกันยายน พ.ศ. 2567 สัญญาของสถาบันโรคภูมิแพ้และโรคติดเชื้อแห่งชาติ (NIAID) ที่สนับสนุน VEuPathDB ไม่ได้รับการต่ออายุ ซึ่งเป็นการตัดสินใจที่ทำให้ชุมชนผู้ใช้ตกใจ^{[ 9 ] [ 10 ]}ตั้งแต่เดือนมีนาคม พ.ศ. 2568 VEuPathDB ได้นำรูปแบบการสมัครสมาชิกแบบสมัครใจมาใช้เพื่อให้ทรัพยากรเปิดกว้างและเข้าถึงได้สำหรับทุกคนในขณะที่ยังคงดำเนินงานต่อไป^{[ 11 ]}