ในทางพันธุศาสตร์แท็กแสดงลำดับ ( EST ) คือลำดับย่อยสั้นๆ ของลำดับcDNA ^{[ 1 ]} EST อาจใช้เพื่อระบุทรานสคริปต์ ของยีน และมีบทบาทสำคัญในการค้นพบยีนและการกำหนดลำดับยีน^{[ 2 ]}การระบุ EST ได้ดำเนินไปอย่างรวดเร็ว โดยปัจจุบันมี EST ประมาณ 74.2 ล้านรายการในฐานข้อมูลสาธารณะ (เช่นGenBank 1 มกราคม 2013 ทุกสายพันธุ์) แนวทาง EST ส่วนใหญ่ถูกแทนที่ด้วยการจัดลำดับจีโนมและทรานสคริปต์ทั้งหมด และการจัดลำดับเมตาจีโนม

EST ได้มาจากการลำดับเบส แบบครั้งเดียว ของ cDNA ที่ถูกโคลน โดยทั่วไปแล้ว cDNA ที่ใช้ในการสร้าง EST จะเป็นโคลนแต่ละตัวจากคลัง cDNAลำดับเบสที่ได้จะเป็นชิ้นส่วนที่มีคุณภาพค่อนข้างต่ำ ความยาวถูกจำกัดด้วยเทคโนโลยีในปัจจุบันไว้ที่ประมาณ 500 ถึง 800 นิวคลีโอไทด์เนื่องจากโคลนเหล่านี้ประกอบด้วย DNA ที่เป็นส่วนเติมเต็มของ mRNA ดังนั้น EST จึงแสดงถึงส่วนหนึ่งของยีนที่แสดงออก อาจแสดงในฐานข้อมูลได้ทั้งในรูปแบบของลำดับ cDNA/mRNA หรือในรูปแบบของส่วนเติมเต็มย้อนกลับของ mRNA หรือสายแม่แบบ

เราสามารถระบุตำแหน่งของ EST บนโครโมโซมได้อย่างเฉพาะเจาะจงโดยใช้ เทคนิค การทำแผนที่ทางกายภาพเช่นการทำแผนที่แบบไฮบริดรังสี (radiation hybrid mapping) , การทำแผนที่แบบ HAPPYหรือFISHหรืออีกทางเลือกหนึ่ง หากจีโนมของสิ่งมีชีวิตที่เป็นต้นกำเนิดของ EST นั้นได้รับการถอดรหัสแล้ว เราสามารถจัดเรียงลำดับของ EST ให้ตรงกับจีโนมนั้นโดยใช้คอมพิวเตอร์ได้

ความเข้าใจในปัจจุบันเกี่ยวกับชุดยีนของมนุษย์ (ณ ปี 2006) รวมถึงการมีอยู่ของยีนหลายพันยีนโดยอาศัยหลักฐานจาก EST เพียงอย่างเดียว ในแง่นี้ EST ได้กลายเป็นเครื่องมือในการปรับปรุงการทำนายลำดับการถอดรหัสของยีนเหล่านั้น ซึ่งนำไปสู่การทำนายผลิตภัณฑ์โปรตีนและหน้าที่ของยีนในที่สุด นอกจากนี้ สถานการณ์ที่ได้มาซึ่ง EST เหล่านั้น (เนื้อเยื่อ อวัยวะ สภาวะของโรค เช่นมะเร็ง ) ยังให้ข้อมูลเกี่ยวกับสภาวะที่ยีนนั้นทำงานอยู่ EST มีข้อมูลเพียงพอที่จะช่วยในการออกแบบโพรบที่แม่นยำสำหรับไมโครอาร์เรย์ดีเอ็นเอซึ่งสามารถนำมาใช้ในการกำหนดโปรไฟล์ การแสดงออกของยีน ได้

ผู้เขียนบางคนใช้คำว่า "EST" เพื่ออธิบายยีนที่มีข้อมูลเพิ่มเติมเพียงเล็กน้อยหรือไม่มีเลยนอกจากแท็ก^{[ 3 ]}

ในปี พ.ศ. 2522 ทีมงานที่มหาวิทยาลัยฮาร์วาร์ดและแคลเทคได้ขยายแนวคิดพื้นฐานของการสร้างสำเนา DNA ของ mRNA ในหลอดทดลองไปสู่การขยายคลังของ mRNA ดังกล่าวในพลาสมิดของแบคทีเรีย^{[ 4 ​​]}

ในปี พ.ศ. 2525 แนวคิดในการเลือกโคลนแบบสุ่มหรือกึ่งสุ่มจากไลบรารี cDNA ดังกล่าวเพื่อการจัดลำดับได้รับการสำรวจโดย Greg Sutcliffe และเพื่อนร่วมงาน^{[ 5 ]}

ในปี พ.ศ. 2526 Putney และคณะได้จัดลำดับโคลน 178 ตัวจากคลัง cDNA กล้ามเนื้อกระต่าย^{[ 6 ]}

ในปี พ.ศ. 2534 อดัมส์และเพื่อนร่วมงานได้บัญญัติศัพท์ EST และริเริ่มการจัดลำดับอย่างเป็นระบบมากขึ้นในฐานะโครงการ (เริ่มต้นด้วย cDNA สมอง 600 ตัว) ^{[ 2 ]}

dbEST เป็นส่วนหนึ่งของ GenBank ซึ่งก่อตั้งขึ้นในปี 1992 เช่นเดียวกับGenBankข้อมูลใน dbEST นั้นถูกส่งเข้ามาโดยตรงจากห้องปฏิบัติการทั่วโลกและไม่มีการตรวจสอบคัดกรอง

เนื่องจากวิธีการจัดลำดับ EST ทำให้แท็กแสดงลำดับที่แตกต่างกันจำนวนมากมักเป็นลำดับบางส่วนที่สอดคล้องกับ mRNA เดียวกันของสิ่งมีชีวิต เพื่อลดจำนวนแท็กแสดงลำดับสำหรับการวิเคราะห์การค้นพบยีนในขั้นตอนต่อไป กลุ่มต่างๆ จึงได้รวบรวมแท็กแสดงลำดับเข้าเป็น EST contigsตัวอย่างของแหล่งข้อมูลที่ให้ EST contigs ได้แก่ ดัชนียีน TIGR ^{[ 7 ]} Unigene ^{[ 8 ]}และ STACK ^{[ 9 ]}

การสร้างคอนติ๊ก EST ไม่ใช่เรื่องง่ายและอาจทำให้เกิดสิ่งผิดปกติ (คอนติ๊กที่มีผลิตภัณฑ์ยีนที่แตกต่างกันสองชนิด) เมื่อมีลำดับจีโนมที่สมบูรณ์ของสิ่งมีชีวิตและมีการระบุคำอธิบายประกอบของทรานสคริปต์แล้ว ก็สามารถข้ามขั้นตอนการประกอบคอนติ๊กและจับคู่ทรานสคริปต์กับ EST ได้โดยตรง วิธีการนี้ใช้ในระบบ TissueInfo (ดูด้านล่าง) และทำให้ง่ายต่อการเชื่อมโยงคำอธิบายประกอบในฐานข้อมูลจีโนมกับข้อมูลเนื้อเยื่อที่ได้จากข้อมูล EST

การวิเคราะห์ EST ที่มีปริมาณมากมักพบกับความท้าทายในการจัดการข้อมูลที่คล้ายคลึงกัน ความท้าทายประการแรกคือ แหล่งที่มาของเนื้อเยื่อของไลบรารี EST ถูกอธิบายเป็นภาษาอังกฤษธรรมดาใน dbEST ^{[ 10 ]}ทำให้ยากต่อการเขียนโปรแกรมที่สามารถระบุได้อย่างชัดเจนว่าไลบรารี EST สองไลบรารีได้รับการจัดลำดับจากเนื้อเยื่อเดียวกัน ในทำนองเดียวกัน สภาวะของโรคสำหรับเนื้อเยื่อไม่ได้ถูกระบุในลักษณะที่เป็นมิตรต่อการคำนวณ ตัวอย่างเช่น แหล่งกำเนิดมะเร็งของไลบรารีมักจะผสมกับชื่อเนื้อเยื่อ (เช่น ชื่อเนื้อเยื่อ " glioblastoma " บ่งชี้ว่าไลบรารี EST ได้รับการจัดลำดับจากเนื้อเยื่อสมองและสภาวะของโรคคือมะเร็ง) ^{[ 11 ]}ยกเว้นมะเร็ง สภาวะของโรคมักจะไม่ถูกบันทึกไว้ในรายการ dbEST โครงการ TissueInfo เริ่มต้นในปี 2000 เพื่อช่วยแก้ไขความท้าทายเหล่านี้ โครงการนี้จัดเตรียมข้อมูลที่คัดสรรแล้ว (อัปเดตทุกวัน) เพื่อแยกแยะต้นกำเนิดของเนื้อเยื่อและสถานะของโรค (มะเร็ง/ไม่ใช่มะเร็ง) นำเสนอออนโทโลยีของเนื้อเยื่อที่เชื่อมโยงเนื้อเยื่อและอวัยวะด้วยความสัมพันธ์ "เป็นส่วนหนึ่งของ" (เช่น ทำให้ความรู้เป็นทางการว่าไฮโปทาลามัสเป็นส่วนหนึ่งของสมอง และสมองเป็นส่วนหนึ่งของระบบประสาทส่วนกลาง) และแจกจ่ายซอฟต์แวร์โอเพนซอร์สสำหรับการเชื่อมโยงคำอธิบายประกอบการถอดรหัสจากจีโนมที่จัดลำดับกับโปรไฟล์การแสดงออกของเนื้อเยื่อที่คำนวณด้วยข้อมูลใน dbEST ^{[ 12 ]}

• การแสดงออกของยีน
• ดีเอ็นเอเสริม (cDNA)
• ทรานสคริปโตมิกส์
• ภาพโคลน cDNA
• การจัดลำดับจีโนมทั้งหมด (WGS)

• "ESTs: การค้นพบยีนที่ง่ายขึ้น" Science Primer . NCBI. 29 มีนาคม 2547. เก็บถาวรจากต้นฉบับเมื่อวันที่ 28 กุมภาพันธ์ 2550.
• Pontius, Joan U.; Wagner, Lukas; Schuler, Gregory D. (2003) [2002]. "21 UniGene: มุมมองที่เป็นหนึ่งเดียวของทรานสคริปโตม § แท็กของลำดับที่แสดงออก (ESTs)"ใน McEntyre, J; Ostell, J (บรรณาธิการ). คู่มือ NCBIศูนย์ข้อมูลเทคโนโลยีชีวภาพแห่งชาติ NBK21101 เอกสารฉบับนี้จัดทำขึ้นเพื่อเป็นข้อมูลอ้างอิงทางประวัติศาสตร์เท่านั้น และข้อมูลอาจไม่ทันสมัย
• Friedel, CC1; Jahn, KH; Sommer, S; Rudd, S; Mewes, HW; Tetko, IV (15 เมษายน 2548). "เครื่องมือเวกเตอร์สนับสนุนสำหรับการแยกชุด EST ของพืชและเชื้อโรคแบบผสมโดยอาศัยการใช้โคดอน (ECLAT)" . Bioinformatics . 21 (8): 1383– 8. doi : 10.1093/bioinformatics/bti200 . PMID  15585526 .{{cite journal}}: CS1 maint: numeric names: authors list ( link )
  • "ECLAT" . MIPS . เก็บถาวรจากต้นฉบับเมื่อวันที่ 27 กันยายน 2551 เซิร์ฟเวอร์สำหรับการจำแนกประเภท EST จากกลุ่ม EST แบบผสม (จากพืชที่ติดเชื้อรา) โดยใช้การใช้โคดอน
• "dbEST" . GenBank .
  • "สรุปข้อมูลจาก dbEST" . GenBank . 1 มกราคม 2013. เก็บถาวรจากต้นฉบับเมื่อวันที่ 7 มิถุนายน 2019.
• รังคณาธาน, โชบา. "ชีวสารสนเทศศาสตร์" .
  • "แหล่งข้อมูลออนไลน์สำหรับข้อมูลและการวิเคราะห์ EST"เก็บถาวรจากต้นฉบับเมื่อวันที่ 29 สิงหาคม 2550

• "TissueInfo" . Wiki .
• "TissueInfo"เก็บถาวรจากต้นฉบับเมื่อวันที่ 4 มิถุนายน 2551 แหล่งข้อมูลที่คัดสรรมาอย่างดีเกี่ยวกับที่มาของเนื้อเยื่อ EST, ออนโทโลยีของเนื้อเยื่อ, ซอฟต์แวร์โอเพนซอร์ส
• Skrabanek L, Campagne F (1 พฤศจิกายน 2544). "TissueInfo: การระบุโปรไฟล์การแสดงออกของเนื้อเยื่อและความจำเพาะด้วยความเร็วสูง" . Nucleic Acids Res . 29 (21): E102–2. doi : 10.1093/nar/29.21.e102 . PMC  60201 . PMID  11691939 .