กลับไปหน้าบทความ

อ่าน 1 นาที

ฐานข้อมูล EzTaxon

ฐานข้อมูลทางชีวภาพ/จุลชีววิทยา/โปรคาริโอต

ในชีวสารสนเทศศาสตร์ฐานข้อมูล EzTaxonเป็นเครื่องมือบนเว็บสำหรับการระบุโปรคาริโอตโดยอาศัยลำดับยีนRNA ไรโบโซม 16S EzTaxon เป็น ฐานข้อมูล แบบเปิดที่ผลิตและดูแลโดย ChunLab, Inc.

ฐานข้อมูล EzTaxon

ในชีวสารสนเทศศาสตร์ฐานข้อมูล EzTaxonเป็นเครื่องมือบนเว็บสำหรับการระบุโปรคาริโอตโดยอาศัยลำดับยีนRNA ไรโบโซม 16S [ 1 ] EzTaxon เป็น ฐานข้อมูล แบบเปิดที่ผลิตและดูแลโดย ChunLab, Inc.

ฐานข้อมูล EzTaxon ประกอบด้วยลำดับของสายพันธุ์ต้นแบบของสปีชีส์โปรคาริโอตที่มีชื่อที่ตีพิมพ์อย่างถูกต้อง แม้ว่า EzTaxon จะถูกใช้เป็นหลักสำหรับการระบุไอโซเลตโปรคาริโอตตามปกติ แต่ลำดับจากแท็กซาที่ไม่สามารถเพาะเลี้ยงได้นั้นไม่ได้รวมอยู่ด้วย ดังนั้นในปี 2012 EzTaxon จึงได้รับการขยายให้รวมโปรคาริโอตที่ไม่สามารถเพาะเลี้ยงได้ และชื่อของฐานข้อมูลจึงเปลี่ยนเป็น EzTaxon-e [ 2 ]

หน้าวิกิพีเดียนี้ระบุว่าชื่อได้เปลี่ยนไปอีกครั้งแล้ว: https://en.m.wikipedia.org/wiki/16S_ribosomal_RNA

หลักเกณฑ์การตั้งชื่อ

ชื่อ อนุกรมวิธานที่รวมอยู่ใน EzTaxon-e เป็นกลุ่มของลำดับดีเอ็นเอที่ไม่สามารถเพาะเลี้ยงได้ ซึ่งพบใน ฐานข้อมูล สาธารณะชื่อเหล่านี้ไม่มีสถานะในระบบการตั้งชื่ออย่างเป็นทางการ แต่ถูกสร้างขึ้นเพื่อช่วยในการเปรียบเทียบชุมชนจุลินทรีย์และความหลากหลายในธรรมชาติ

  • ชื่อใหม่ที่พบใน EzTaxon-e เกิดจากการเพิ่มคำต่อท้ายพิเศษให้กับ หมายเลขการเข้าถึงลำดับของ Genbank (เช่น AB177171_s -> สปีชีส์ที่ลำดับ AB177171 ใช้เป็นต้นแบบ; AB177171_g -> สกุล; AB177171_f -> วงศ์; AB177171_o -> อันดับ; AB177171_c -> ชั้น; AB177171_p -> ไฟลัม)
  • ชื่อที่รู้จักกันดีได้รับการอนุรักษ์ไว้ด้วยเหตุผลทางประวัติศาสตร์SAR11ซึ่งเป็นสิ่งมีชีวิตในทะเลที่มีชื่อเสียง ได้รับการตั้งชื่อว่าSAR11 (อันดับ) และแบ่งย่อยออกเป็น 4 วงศ์ (SAR11-1_f ถึง SAR11-4_f)
  • จากการวิเคราะห์ ลำดับนิวคลีโอไทด์ของ 16S rRNA พบว่าบางชนิดที่จัดอยู่ในกลุ่มผิดพลาดอย่างชัดเจน ได้ถูกเปลี่ยนชื่อโดยใช้คำต่อท้ายพิเศษ ตัวอย่างเช่น Bacteroides pectinophilus ไม่ใช่สมาชิกที่แท้จริงของสกุล Bacteroides แต่เป็นไปได้ว่าอาจเป็นสกุลใหม่ในวงศ์ Lachnospiraceae ดังนั้น ในฐานข้อมูล EzTaxon-e จึงจัด Bacteroides pectinophilus ไว้ในสกุลใหม่ที่ตั้งชื่อไว้ชั่วคราวว่า Bacteroides_g1
  • ลำดับและอนุกรมวิธานเบื้องต้นที่ขึ้นต้นด้วย "4P" เป็นผลผลิตของระบบ Roche 454 GS FLX Titanium
ดึงข้อมูลมาจาก " https://en.wikipedia.org/w/index.php?title=EzTaxon_Database&oldid=1258565605 "

สรุปเนื้อหา

ข้อมูลสำคัญจากบทความ

ข้อมูลสำคัญเกี่ยวกับ ฐานข้อมูล EzTaxon

ในชีวสารสนเทศศาสตร์ฐานข้อมูล EzTaxonเป็นเครื่องมือบนเว็บสำหรับการระบุโปรคาริโอตโดยอาศัยลำดับยีนRNA ไรโบโซม 16S EzTaxon เป็น ฐานข้อมูล แบบเปิดที่ผลิตและดูแลโดย ChunLab, Inc.

หลักเกณฑ์การตั้งชื่อ

ชื่อ อนุกรมวิธาน ที่รวมอยู่ใน EzTaxon-e เป็นกลุ่มของลำดับดีเอ็นเอที่ไม่สามารถเพาะเลี้ยงได้ ซึ่งพบใน ฐานข้อมูล สาธารณะ ชื่อเหล่านี้ไม่มีสถานะในระบบการตั้งชื่ออย่างเป็นทางการ แต่ถูกสร้างขึ้นเพื่อช่วยในการเปรียบเทียบชุมชนจุลินทรีย์และความหลากหลายในธรรมชาติ