Frei เกิดที่Frauenfeldและเริ่มต้นเล่นฟุตบอลในระดับเยาวชนกับสโมสรสมัครเล่นท้องถิ่นFC Frauenfeldจากนั้นเขาย้ายไปเล่นในทีมเยาวชนของFC Winterthurในช่วงฤดูร้อนปี 2000 อย่างไรก็ตาม เขาได้ก้าวขึ้นมากับFC Baselโดยเข้าร่วมแผนกเยาวชนและเล่นในทีม U-16 ซึ่งคว้าแชมป์สวิสในรุ่นอายุนั้นในฤดูกาล 2004–05 เขาเล่นในทีม U-18 ในฤดูกาล 2005–06 ภายใต้การฝึกสอนของโค้ชPatrick Rahmenและผู้ช่วยMarco Walkerและคว้าแชมป์สวิส U-18 และถ้วยแห่งชาติ U-19/18 ในฤดูกาลนั้น^{[ 6 ]}ในฤดูกาล 2006–07 เขาได้เลื่อนชั้นไปเล่นในทีม U-21 ซึ่งเล่นในลีกระดับสาม และได้รับสัญญาเป็นนักฟุตบอลอาชีพ^{[ 7 ]}ทีมคว้าแชมป์ในดิวิชั่นของตนเองและกลายเป็นแชมป์สวิสในระดับ U-21 โดย Frei เล่นในตำแหน่งกองกลางตัวรุก ลงเล่น 30 นัด ทำได้ 11 ประตู^{[ 8 ]}

ก่อนเริ่มฤดูกาล 2007–08 Frei ได้รับการเรียกตัวเข้าสู่ทีมชุดใหญ่โดยหัวหน้าโค้ชChristian Gross [ ^{9 ] หลังจาก}ลงเล่นในเกมทดสอบ 13 นัด Frei ได้ลงเล่น นัดแรก ในลีกภายในประเทศให้กับสโมสรในเกมเหย้าที่สนาม St. Jakob-Parkเมื่อวันที่ 22 กรกฎาคม 2007 ซึ่งบาเซิลชนะซูริค 1–0 ^{[ 10 ]}เขาลงเล่น นัดแรก ในยูฟ่าคัพกับทีมในเกมเหย้าเมื่อวันที่ 16 สิงหาคม โดยลงมาเป็นตัวสำรอง ซึ่งบาเซิลชนะSV Mattersburg 2–1 ^{[ 11 ]}บาเซิลได้เข้าร่วมการแข่งขันยูฟ่าคัพฤดูกาล 2007–08 หลังจากชนะทั้งสองนัดในรอบคัดเลือกและทั้งสองนัดในรอบเพลย์ออฟ ทีมได้ผ่านเข้ารอบแบ่งกลุ่ม ซึ่งพวกเขาจบรอบแบ่งกลุ่มโดยไม่แพ้ใครในอันดับที่สอง หลังจากชนะสตาด แรนส์ 1-0 ในบ้าน, ชนะดินาโม ซาเกร็บ 0-0 นอกบ้าน , ชนะ บรานน์1-0ในบ้านและชนะฮัมบูร์ก เอสวี 1-1 นอกบ้าน เพื่อผ่านเข้ารอบน็อกเอาต์ แต่แล้วพวกเขาก็ถูกสปอร์ติ้ง ซีพี เขี่ยตกรอบไป เฟรย์ลงเล่น 7 นัดจาก 10 เกมยุโรปของทีม^{[ 12 ]}ในตอนท้ายของฤดูกาล 2007–08เฟรย์คว้าแชมป์สองรายการกับสโมสร พวกเขาคว้า แชมป์ ลีกโดยมีคะแนนนำยังบอยส์ อันดับสอง อยู่ 4 คะแนน เฟรย์ลงเล่น 24 นัด^{[ 13 ]}ในการแข่งขันสวิสคัพ บาเซิลผ่านเข้ารอบชิงชนะเลิศ และชนะเอซี เบลลินโซนา 4-1 ทำให้พวกเขาคว้าแชมป์ได้^{[ 14 ]}

ในช่วงต้นฤดูกาล 2008–09 เขาเป็นสมาชิกของทีมบาเซิลที่คว้าแชมป์อูเรนคัพพวกเขาเอาชนะเลเกีย วอร์ซอ 6–1 และเสมอกับโบรุสเซีย ดอร์ทมุนด์ 2–2 ทำให้จบฤดูกาลด้วยอันดับสูงสุดเหนือดอร์ทมุนด์และลูเซิร์น [ ^{15 ] ไฟ}รย์ลงเล่นยูฟ่าแชมเปียนส์ลีกนัดแรกให้กับบาเซิลเมื่อวันที่ 26 พฤศจิกายน 2008 ในเกมเยือนที่แพ้ชัคตาร์ โดเนตส์ก 5–0 ^{[ 16 ]}เขาทำประตูแรกให้กับทีมได้ในเกมเหย้าเมื่อวันที่ 4 ธันวาคม 2008 ซึ่งเป็นประตูสุดท้ายของเกมที่บาเซิลชนะเอฟซี อาราว 3–1 ^{[ 17 ]}

ในเดือนกรกฎาคม ปี 2009 เนื่องจากบาเซิลต้องการเสริมทัพเพื่อเตรียมพร้อมสำหรับ ฤดูกาล 2009–10 ของสวิสซูเปอร์ลีกโค้ชคนใหม่ของบาเซิลอย่าง ธอร์สเตน ฟิงค์ จึงปล่อยตัวฟาเบียน ไฟรย์ ให้สโมสรเซนต์กัลเลนยืมตัว ในช่วงเวลาสองปีที่เขาถูกยืมตัวไปเล่นที่เซนต์กัลเลน เขาลงเล่นในลีก 64 นัดและทำได้ 13 ประตู

เมื่อเริ่ม ฤดูกาล สวิสซูเปอร์ลีก 2011–12เขาถูกเรียกตัวกลับไปที่บาเซิล แชมป์สวิสในขณะนั้น และเขาก็ได้ตำแหน่งในทีมตัวจริงทันที Frei ยิงประตูแรกในแชมเปี้ยนส์ลีกให้กับบาเซิลเมื่อวันที่ 14 กันยายน 2011 ในเกมกลุ่ม Cที่ชนะOțelul Galați 2–1 ในบ้าน ^{[ 18 ]}ประตูที่สองของเขาเมื่อวันที่ 27 กันยายน ในเกมที่เสมอกับแมนเชสเตอร์ยูไนเต็ด 3–3 ที่ โอลด์แทรฟฟอร์ด^{[ 19 ]}และประตูที่สามของเขาเมื่อวันที่ 22 พฤศจิกายน ที่อารีน่า นาซิโอนาลาในบูคาเรสต์ขณะที่บาเซิลชนะเกมเยือนกับ Oțelul Galați 3–2 ^{[ 20 ]}เมื่อสิ้นสุดฤดูกาล 2011–12 Frei คว้าแชมป์ดับเบิล แชมป์ลีก [ 21 ^{]และแชมป์}สวิสคัพ^{[ 22 ]}กับบาเซิล

เมื่อสิ้นสุดฤดูกาล Swiss Super League 2012–13 Frei คว้าแชมป์^{[ 23 ]}และเป็นรองแชมป์ Swiss Cupกับ Basel ^{[ 24 ]}ในUEFA Europa League 2012–13 Basel ผ่านเข้ารอบ รองชนะเลิศโดย ต้องพบกับ Chelseaแชมป์UEFA Champions Leagueในขณะนั้นแต่ถูกเขี่ยตกรอบ โดยแพ้ทั้งในบ้านและนอกบ้าน ด้วยผลรวม 2–5 ^{[ 25 ]}

เมื่อสิ้นสุดฤดูกาลซูเปอร์ลีก 2013–14เฟรย์คว้าแชมป์ลีกสมัยที่สี่กับบาเซิล^{[ 26 ]}พวกเขายังเข้าถึงรอบชิงชนะเลิศของสวิสคัพ 2013–14แต่พ่ายแพ้ให้กับซูริค 2–0 หลังต่อเวลาพิเศษ ในฤดูกาลแชมเปี้ยนส์ลีก 2013–14บาเซิลเข้าถึงรอบแบ่งกลุ่มและจบอันดับที่สามของกลุ่ม ดังนั้นพวกเขาจึงได้สิทธิ์เข้าร่วมรอบน็อกเอาต์ของยูโรปาลีกและผ่านเข้ารอบก่อนรองชนะเลิศ ในฤดูกาล 2013–14บาเซิลลงเล่นทั้งหมด 68 นัด (สวิสลีก 36 นัด, สวิสคัพ 6 นัด, แชมเปี้ยนส์ลีก 6 นัด, ยูโรปาลีก 10 นัด และนัดทดสอบ 10 นัด) เฟรย์ลงเล่นทั้งหมด 66 นัด ลีก 34 นัด, สวิสคัพ 6 นัด, แชมเปี้ยนส์ลีก 6 นัด และยูโรปาลีก 10 นัด รวมทั้ง 10 นัดในนัดทดสอบ^{[ 27 ]}

ฤดูกาล 2014–15 เป็นฤดูกาลที่ประสบความสำเร็จอย่างมากสำหรับบาเซิลและสำหรับไฟร พวกเขาคว้าแชมป์ได้เป็นครั้งที่ 6 ติดต่อกัน ในฤดูกาลนั้น^{[ 28 ]}และในสวิสคัพ 2014–15พวกเขาเข้าถึงรอบชิงชนะเลิศ แต่เป็นฤดูกาลที่สามติดต่อกันที่พวกเขาจบลงด้วยตำแหน่งรองชนะเลิศ โดยแพ้ให้กับเอฟซี ซิออ น 0–3 ในรอบชิงชนะเลิศ บาเซิลได้เข้าร่วมแชมเปี้ยนส์ลีกในรอบแบ่งกลุ่มและผ่านเข้ารอบน็อกเอาต์โดยในวันที่ 9 ธันวาคม 2014 พวกเขาเสมอกับลิเวอร์พูล 1–1 ที่ แอนฟิลด์^{[ 29 ]}ไฟรทำประตูให้เอฟซี บาเซิลในเกมกับลิเวอร์พูล ช่วยให้บาเซิลผ่านเข้ารอบต่อไปของยูฟ่าแชมเปี้ยนส์ลีก แต่บาเซิลก็แพ้ให้กับเอฟซี ปอร์โตในรอบ 16 ทีมสุดท้ายบาเซิลลงเล่นทั้งหมด 65 นัด (สวิสลีก 36 นัด, สวิสคัพ 6 นัด, แชมเปี้ยนส์ลีก 8 นัด และนัดทดสอบ 15 นัด) ภายใต้การฝึกสอนของPaulo Sousa Frei ลงเล่นทั้งหมด 56 นัด โดย 31 นัดอยู่ในซูเปอร์ลีก 5 นัดในถ้วย 8 นัดในแชมเปี้ยนส์ลีก และอีก 12 นัดในเกมทดสอบ เขาทำประตูได้ทั้งหมด 4 ประตูในเกมเหล่านี้^{[ 30 ]}

เมื่อวันที่ 23 มิถุนายน พ.ศ. 2558 ไฟรเข้าร่วมสโมสรบุนเดสลีกาเยอรมัน1. FSV Mainz 05 . ^{[ 31 ]}

เมื่อวันที่ 23 ธันวาคม 2017 FC Basel ประกาศว่า Frei จะกลับมายังสโมสร โดยเซ็นสัญญาระยะเวลาสี่ปีครึ่งจนถึงเดือนมิถุนายน 2022 ^{[ 32 ]}

ภายใต้การคุมทีมของโค้ชMarcel Kollerบาเซิลคว้าแชมป์สวิสคัพในฤดูกาล 2018–19ในรอบแรก บาเซิลเอาชนะมงต์ลิงเงน 3–0 ในรอบที่สองเอาชนะเอชาลลองส์ เรฌอง 7–2 และในรอบ 16 ทีม สุดท้ายเอาชนะ วินเทอร์ทูร์ 1–0 ในรอบก่อน รองชนะ เลิศ เอาชนะซียง 4–2 หลังต่อเวลาพิเศษ และในรอบรองชนะ เลิศเอาชนะ ซูริค 3–1 เกมทั้งหมดนี้เล่นนอกบ้าน รอบชิงชนะเลิศจัดขึ้นในวันที่ 19 พฤษภาคม 2019 ที่สนามสตาด เดอ สวิสส์ วังก์ดอร์ฟ เบิร์นโดยพบกับทูน กองหน้าAlbian Ajetiยิงประตูแรก Fabian Frei ยิงประตูที่สองให้บาเซิล จากนั้นDejan Sorgićยิงประตูให้ทูน แต่ผลการแข่งขันจบลงด้วยชัยชนะของบาเซิล 2–1 ^{[ 33 ]} Frei ลงเล่นในเกมถ้วย 5 นัด และทำประตูได้ไม่เพียงแต่ในรอบชิงชนะเลิศเท่านั้น แต่ยังทำประตูได้ในเกมกับเอชาลลองส์ด้วย

ในวันสุดท้ายของตลาดซื้อขายนักเตะช่วงฤดูร้อนปี 2024 FCB ประกาศว่ากัปตันทีม Fabian Frei ตัดสินใจกลับไปร่วมทีมเยาวชนWinterthur ของเขา ในวันที่ 9 กันยายน สัญญาของเขากับบาเซิลถูกยกเลิกด้วยความยินยอมร่วมกัน เพื่อที่เขาจะได้ไปเผชิญกับความท้าทายใหม่^{[ 34 ]}ระหว่างปี 2007 ถึง 2015 และอีกครั้งตั้งแต่ปี 2018 ถึง 2024 Frei ลงเล่นให้กับบาเซิลรวม 679 นัด ทำประตูได้ทั้งหมด 94 ประตู โดย 386 นัดอยู่ในสวิสซูเปอร์ลีก 46 นัดในสวิสคัพ 111 นัดในรายการแข่งขันของยูฟ่า (แชมเปียนส์ลีก ยูโรปาลีก และคอนเฟอเรนซ์ลีก) และ 136 นัดเป็นเกมกระชับมิตร เขาทำประตูได้ 41 ประตูในลีกภายในประเทศ 10 ประตูในถ้วย 13 ประตูในเกมยุโรป และอีก 30 ประตูทำได้ในเกมทดสอบ Fabian Frei เป็นเจ้าของสถิติของสโมสรในด้านจำนวนนัดแข่งขันที่ลงเล่นกับสโมสร เขาลงเล่น 543 เกมในลีก คัพ และยูฟ่า^{[ 35 ]}

ในวันที่เขาออกจากบาเซิล เขาได้เข้าร่วมทีมFC Winterthurซึ่ง เป็นทีมในซูเปอร์ลีกเช่นกัน ^{[ 36 ]}ในวันที่ 25 กุมภาพันธ์ 2025 เขาได้ประกาศแผนการที่จะเกษียณเมื่อสิ้นสุดฤดูกาล^{[ 37 ]}

ณ วันที่ 1 มิถุนายน 2560

คะแนนและผลการแข่งขันจะแสดงจำนวนประตูที่สวิตเซอร์แลนด์ทำได้ก่อน โดยคอลัมน์คะแนนจะระบุคะแนนหลังจากประตูของ Frei แต่ละประตู^{[ 39 ]}

รายชื่อประตูที่ฟาเบียน ไฟร ทำได้ในระดับนานาชาติ

เลขที่	วันที่	สถานที่จัดงาน	ฝ่ายตรงข้าม	คะแนน	ผลลัพธ์	การแข่งขัน
1	18 พฤศจิกายน 2557	สนามกีฬาเทศบาลเมืองวรอตสวาฟประเทศโปแลนด์	โปแลนด์	2–2	2–2	เป็นกันเอง
2	7 ตุลาคม 2560	สวนสาธารณะเซนต์จาคอบ เมืองบาเซิล ประเทศสวิ ตเซอร์แลนด์	ฮังการี	2–0	5–2	รอบคัดเลือกฟุตบอลโลก 2018
3	27 มีนาคม 2561	Swissporarena , ลูเซิร์น , สวิตเซอร์แลนด์	ปานามา	6–0	6–0	เป็นกันเอง