เมื่อวันที่ 25 มิถุนายน ประธานาธิบดีเดวิด จี. เบอร์เน็ต แห่งรัฐเท็กซัส ได้แต่งตั้งพลตรีมิราโบ บี. ลามาร์ เป็นรัฐมนตรีว่าการกระทรวงสงคราม สืบต่อจาก โทมัส เจ. รัสก์ที่ลาออกเท็กซัสได้รับข่าวว่าเม็กซิโกปฏิเสธสนธิสัญญาเวลัสโกและส่งพลเอกโฮเซ เด อูร์เรอามาโจมตีโกเลียดรัสก์จึงยกเลิกการลาออกทันที ฮัสตันและโทมัส เจฟเฟอร์สัน กรีน ร่วมมือกันเพื่อนำกองทัพต่อต้านลามาร์ และรัสก์จึงกลับมาบัญชาการอีกครั้ง อย่างไรก็ตาม การโจมตีของเม็กซิโกไม่เกิดขึ้นจริง และรัสก์จึงเกษียณอายุราชการ กองทัพเท็กซัสเลือกฮัสตันมาแทนที่เขา ความไม่พอใจยังคงดำเนินต่อไป และนายทหารในกองทัพได้ท้าทายรัฐบาลอย่างเปิดเผยและขู่ว่าจะจัดตั้งเผด็จการทหาร^{[ 1 ]}

เมื่อวันที่ 20 ธันวาคม พ.ศ. 2379 แซม ฮูสตันได้แต่งตั้งฮัสตันเป็นนายพลจัตวาในกองทัพ 2,000 นาย และผู้บัญชาการทหารสูงสุดชั่วคราว ลูกน้องของเขาเรียกเขาว่า "Old Long Shanks" หรือ "Old Leather Breeches" และฮัสตันดึงดูดนักผจญภัยและคนที่มีระเบียบวินัยน้อยมายัง "ค่ายอินดิเพนเดนซ์" ของเขาในเคาน์ตีแจ็กสันเขากลัวว่าซานอันโตนิโอ จะไม่สามารถป้องกันได้หากเกิดการรุกรานจากเม็กซิโกอีกครั้ง และสั่งให้ เผาเมืองและป้อมอะลาโม ที่อยู่ใกล้เคียง ^{[ 2 ]}

อย่างไรก็ตามฮวน เซกวินเข้ามาแทรกแซง และเมืองกับสถานีเผยแพร่ศาสนาเก่าแก่จึงรอดพ้นจากการถูกทำลาย ต่อมาในปีเดียวกัน แซม ฮูสตัน ได้แต่งตั้งอัลเบิร์ต ซิดนีย์ จอห์นสตันเป็นนายพลจัตวาอาวุโสและผู้บัญชาการถาวรของกองทัพเท็กซัส ฮูสตันรู้สึกไม่พอใจ จึงท้าจอห์นสตันดวลปืนในวันที่ 5 กุมภาพันธ์ ค.ศ. 1837 และยิงจอห์นสตันเข้าที่สะโพกด้านขวาจนได้รับบาดเจ็บ

ในเดือนพฤศจิกายน ค.ศ. 1839 ฮัสตันได้รับเลือกเป็นนายพลใหญ่ของกองกำลังอาสาสมัครโดยเอาชนะเจมส์ ซี. นีลล์และผู้สมัครคนอื่นๆ เขาได้วางแผนการรุกรานเพื่อยึดเมืองมาตาโมรอส รัฐทามัวลิปัสในปี ค.ศ. 1840 โดยเชื่อว่าเท็กซัสควรขยายพรมแดนไปทางใต้เกินแม่น้ำริโอแกรนด์อย่างไรก็ตาม ความปรารถนาของเขาถูกขัดขวางโดยกลุ่มสายกลาง

ในเดือนสิงหาคม หัวหน้าเผ่าลิตเติล บัฟฟาโล ฮัมป์ และชาวอินเดียนโคแมนเช 500 คน โจมตีเมืองวิกตอเรีย รัฐเท็กซัสและเมืองใกล้เคียงอื่นๆ ขโมยม้าและปศุสัตว์ และสังหารผู้ตั้งถิ่นฐานผิวขาวหลายสิบคน ฮัสตันนำชาวเท็กซัส 200 คน และหัวหน้าเผ่าพลาซิโด และหน่วยสอดแนมทอน คาวาของเขาเข้าโจมตีผู้บุกรุกที่พลัมครีก ใกล้เมืองล็อกฮาร์ตในช่วงเย็นของวันที่ 11 สิงหาคม สังหารชาวโคแมนเชได้ 80 คน ในขณะที่ตนเองเสียชีวิตเพียงคนเดียว^{[ 3 ]}

ในเดือนพฤษภาคม ค.ศ. 1837 ประธานาธิบดีแซม ฮูสตันได้สั่งให้ทหารส่วนใหญ่ของกองทัพเท็กซัสลาพัก ทำให้ฮัสตันเป็นนายพลที่ไม่มีกองกำลังให้บัญชาการ ไม่นานหลังจากยุทธการพลัมครีกฮัสตันก็ออกจากเท็กซัสและร่วมก่อตั้งสำนักงานกฎหมายแห่งหนึ่งในนิวออร์ลีนส์

ในปี ค.ศ. 1844 เขาให้การสนับสนุนขบวนการผนวกสาธารณรัฐเข้ากับสหรัฐอเมริกา อย่างไรก็ตาม ในช่วงปลายทศวรรษ ค.ศ. 1850 ฮัสตันกลับกลายเป็นผู้ สนับสนุน การแยกตัวอย่าง แข็งขัน ในปี ค.ศ. 1851 เขาได้กล่าวปราศรัยในการชุมนุมที่นิวออร์ลีนส์เพื่อสนับสนุน เอกราช ของคิวบาจากสเปน