ป้อมสตอรี่กลายเป็นฐานทัพทหารในปี พ.ศ. 2457 เมื่อสภานิติบัญญัติแห่งรัฐเวอร์จิเนียมอบที่ดินให้กับรัฐบาลสหรัฐฯ "เพื่อสร้างป้อมปราการและเพื่อวัตถุประสงค์ทางทหารอื่นๆ" ฐานทัพแห่งนี้ตั้งชื่อตามพลตรีจอห์น แพทเทน สตอรี่ (พ.ศ. 2484–2458) นายทหารปืนใหญ่ชายฝั่งที่มีชื่อเสียงในยุคนั้น ในช่วงสงครามโลกครั้งที่ 1ป้อมสตอรี่ถูกรวมเข้ากับการป้องกันชายฝั่งของอ่าวเชซาพีคซึ่งรวมถึงป้อมมอนโร (สำนักงานใหญ่) ^{[ 2 ]}และป้อมวูลด้วย

ป้อมสตอรี่ยังคงเป็น ฐานทัพ ของหน่วยปืนใหญ่ชายฝั่งจนกระทั่งหลังสงครามโลกครั้งที่สอง อาวุธยุทโธปกรณ์เริ่มต้นนั้นไม่มากนัก มีการติดตั้งปืนใหญ่ยิงเร็ว "ฉุกเฉิน" สองชุดที่ป้อมสตอรี่ โดยใช้อาวุธที่นำมาจากป้อมอื่นๆ ชุด A มีปืน M1900 ขนาด 6 นิ้ว (152 มม.)  สองกระบอก ที่ย้ายมาจากป้อมมอนโร และชุด B มีปืน M1900 ขนาด 5 นิ้ว (127 มม.)  สองกระบอก ที่ย้ายมาจากป้อมแอนดรูว์สใกล้บอสตัน ในปี 1919 ปืนขนาด 6 นิ้วถูกส่งคืนไปยังป้อมมอนโร ในขณะที่ปืนขนาด 5 นิ้วถูกปลดประจำการเป็นส่วนหนึ่งของการปลดประจำการปืนขนาด 5 นิ้วโดยทั่วไปของหน่วยปืนใหญ่ชายฝั่ง^{[ 3 ] [ 4 ]}

ป้อมปืนเพนนิงตัน ซึ่งประกอบด้วยปืนครก M1920 ขนาด 16 นิ้ว (406 มม.)  จำนวน 4 กระบอก ถูกติดตั้งที่ป้อมสตอรี่ในปี 1922 พร้อมกับป้อมปืนต่อต้านอากาศยานM1917 ขนาด 3 นิ้ว (76 มม.)  จำนวน 3 กระบอก ปืนครกขนาด 16 นิ้วมีลำกล้องยาว 25 คาลิเบอร์ ในขณะที่ปืน M1919 ขนาด 16 นิ้ว ในยุคเดียวกัน มีลำกล้องยาว 50 คาลิเบอร์ ด้วยตำแหน่งที่ตั้งของอาวุธที่ดีขึ้นที่ป้อมสตอรี่ และความได้เปรียบด้านระยะยิงเหนือปืนขนาด 12 นิ้วของป้อมมอนโร ซึ่งมีระยะ24,500 หลา (22,400 เมตร)เทียบกับ18,400 หลา (16,800 เมตร)อาวุธขนาด 16 นิ้วจึงสามารถยิงเรือรบที่โจมตีเข้ามาได้นานก่อนที่เรือเหล่านั้นจะเข้ามาอยู่ในระยะยิงของป้อมมอนโรได้^{[ 3 ] [ 5 ]}ป้อมสตอรี่เป็นสถานที่เดียวที่ได้รับปืนใหญ่ฮาวิตเซอร์เหล่านี้ แม้ว่าป้อมปราการป้องกันท่าเรืออื่นๆ อีกไม่กี่แห่งจะได้รับปืนขนาด 16 นิ้วที่ยาวกว่าในช่วงทศวรรษ 1920 ก็ตาม^{[ 6 ]}ปืนใหญ่เหล่านี้ไม่ได้มาพร้อมกับปืนยิงเร็วขนาดเล็กกว่าจนกระทั่งปี 1942 ^{[ 3 ]}  

ในปี พ.ศ. 2467 กองบัญชาการป้องกันชายฝั่งได้รับการกำหนดให้เป็นกองบัญชาการป้องกันท่าเรือ และเข้าสู่ช่วงเวลาของการไม่ปฏิบัติการหลังสงครามซึ่งกินเวลานานจนถึงต้นสงครามโลกครั้งที่ 2 หลังจากการจัดตั้งกองทหารปืนใหญ่ชายฝั่ง การป้องกันท่าเรือของอ่าวเชซาพีคได้รับการดูแลโดยกรมปืนใหญ่ชายฝั่งที่ 12ของกองทัพบกประจำการ [ ^{7 ]}โดยมีกรมปืนใหญ่ชายฝั่งที่ 246เป็นส่วนประกอบของกองกำลังรักษาดินแดนแห่งรัฐเวอร์จิเนีย^{[ 8 ]}ในปี พ.ศ. 2475 กรมปืนใหญ่ชายฝั่งที่ 12 ได้รับการกำหนดใหม่ให้เป็นกรมปืนใหญ่ชายฝั่งที่ 2 อย่างมีประสิทธิภาพ ^และยังคงทำหน้าที่ดูแลอ่าวเชซาพีคต่อไป^{[ 9 ]}ในเดือนพฤษภาคม พ.ศ. 2461 การฝึกซ้อมรบครั้งแรกของหน่วยปืนใหญ่ชายฝั่งได้จัดขึ้นนับตั้งแต่สิ้นสุดสงครามโลกครั้งที่ 1 กองพันปืนใหญ่รางรถไฟ ขนาด 8 นิ้ว (203 มม.)ยิงใส่เรือ "ข้าศึก" ที่อยู่ห่างออกไปในทะเล 16,000 หลา กองพันที่ 1 ของกองปืนใหญ่ชายฝั่งที่ 12 และกองปืนใหญ่ชายฝั่งที่ 52 (ทางรถไฟ) เข้าร่วม^{[ 10 ]} 

แผนที่ปี 1922 แสดงตำแหน่งปืนใหญ่รางรถไฟ Batignolles ขนาด 12 นิ้ว (305 มม.)และ ปืนใหญ่รางรถไฟ M1918 ขนาด 14 นิ้ว (356 มม.)ซึ่งน่าจะเป็นอาวุธสำหรับการทดลองมากกว่าอาวุธใช้งานจริง ฐานปืน Batignolles เป็นแบบที่ฝรั่งเศสออกแบบและนำมาใช้กับปืนขนาด 12 นิ้วเพื่อผลิตปืนใหญ่รางรถไฟที่ผลิตในสหรัฐอเมริกาในช่วงสงครามโลกครั้งที่ 1 ^{[ 11 ]}ปืน M1918 ขนาด 14 นิ้วเป็นอาวุธที่อยู่ระหว่างการพัฒนาและไม่ได้ใช้งานจริง^{[ 12 ]} ในที่สุดก็มีการนำ ปืนใหญ่รางรถไฟ M1920 ขนาด 14 นิ้ว มาใช้งาน แทน แม้ว่าจะไม่ได้อยู่ที่ป้อมสตอรี่ก็ตาม^{[ 13 ]}  

ในปี พ.ศ. 2484 ก่อนที่สหรัฐอเมริกาจะเข้าร่วมสงครามโลกครั้งที่ 2 ได้มีการซื้อที่ดินเพิ่มเติมที่ป้อมสตอรี่ หลังจากที่อเมริกาเข้าร่วมสงครามโลกครั้งที่ 2 ได้ มีการติดตั้ง ปืนใหญ่ขนาด155 มม. (6.1 นิ้ว) จำนวน 2 ชุด ชุดละ 4 กระบอก ที่ป้อมสตอรี่ โดยมีการสร้าง "   แท่นยิงปานามา " คอนกรีตทรงกลม เพื่อปรับปรุงตำแหน่งการยิง สิ่งเหล่านี้เป็นเพียงการแก้ปัญหาชั่วคราว จนกระทั่งปืนใหญ่ ขนาด 6 นิ้ว (152 มม.)จำนวน 3 ชุด สร้างเสร็จสมบูรณ์ที่ป้อมในปี พ.ศ. 2486 ^{[ 3 ]} 

นอกจาก ปืนใหญ่ฮาวิตเซอร์ ขนาด 16 นิ้ว (406 มม.) แล้ว ยังมีการติดตั้งปืนใหญ่ Mark II ขนาด 16 นิ้วจากกองทัพเรืออีก 4 กระบอก ที่ป้อมสตอรี่ โดย ตั้ง เป็นป้อมปืนเคทแชม (เดิมคือป้อมปืน 120) และป้อมปืน 121 ป้อมปืนเหล่านี้มีห้องปืน ป้องกันการโจมตีทางอากาศ และปืนใหญ่ฮาวิตเซอร์ยังได้รับห้องปืนเพื่อป้องกันสะเก็ดระเบิด ปืนใหญ่ฮาวิตเซอร์ขนาด 16 นิ้วถูกแบ่งออกเป็นป้อมปืนเพนนิงตันและป้อมปืนวอล์คเพื่อวัตถุประสงค์ในการควบคุมการยิง โดยก่อนหน้านี้เคยเป็นเพนนิงตัน A และ B ^{[ 14 ]}ปืนเหล่านี้ พร้อมกับป้อมปืนที่เข้าชุดกันซึ่งตั้งอยู่ที่ป้อมจอห์น คัสติสบนแหลมชาร์ลส์และป้อมปืนที่ป้อมมอนโรบนโอลด์พอยต์คอมฟอร์ตถูกใช้เพื่อป้องกันทางเข้าอ่าวเชซาพีคจากการโจมตีของกองกำลังทางเรือที่เป็นศัตรู^{[ 15 ]} 

แบตเตอรี่ที่มีอยู่ระหว่างสงครามโลกครั้งที่สองที่ฟอร์ตสตอรี่ ได้แก่: ^{[ 3 ] [ 15 ]}

ในปี ค.ศ. 1944 ป้อมสตอรี่เริ่มเปลี่ยนจากค่ายทหารปืนใหญ่ชายฝั่งที่มีการป้องกันอย่างแน่นหนาไปเป็นโรงพยาบาลพักฟื้นสำหรับทหารผ่านศึกที่กลับมา เมื่อถึงเวลาปิดทำการในวันที่ 15 มีนาคม ค.ศ. 1946 โรงพยาบาลแห่งนี้ได้ให้การรักษาผู้ป่วยไปแล้วกว่า 13,472 คน

ในปี ค.ศ. 1946 การฝึกสะเทินน้ำสะเทินบก ครั้งแรก ที่ฟอร์ตสตอรี่เริ่มต้นขึ้นด้วยการมาถึงของกองร้อยรถบรรทุกสะเทินน้ำสะเทินบกที่ 458 และ ยานสะเทินน้ำสะเทินบก DUKW ของกองทัพบก ฟอร์ตสต อรี่ถูกโอนอย่างเป็นทางการไปยังกองบัญชาการฝึกอบรมด้านการขนส่งที่ฟอร์ตยูสติสและถูกกำหนดให้เป็น ฐานทัพของเหล่า ทหารขนส่งเพื่อใช้ในการฝึกหน่วยสะเทินน้ำสะเทินบกและหน่วยขนส่งปลายทางในการดำเนินการด้านโลจิสติกส์ข้ามชายฝั่ง

หลังสงครามโลกครั้งที่สอง ปืนใหญ่ป้องกันชายฝั่งและกองปืนใหญ่ชายฝั่งถือว่าล้าสมัย และปืนใหญ่ของป้อมสตอรี่ก็ถูกปลดระวางภายในปี 1949 ^{[ 3 ]}ป้อมสตอรี่ได้รับการประกาศให้เป็นฐานทัพถาวรเมื่อวันที่ 5 ธันวาคม พ.ศ. 2504

จาก คำแนะนำ ในการปรับโครงสร้างและปิดฐานทัพ ในปี 2548 การดำเนินงานของฟอร์ตสตอรี่จึงถูกโอนไปยังกองทัพเรือสหรัฐฯ เมื่อวันที่ 1 ตุลาคม 2552 ฟอร์ตสตอรี่และฐานทัพเรือสะเทินน้ำสะเทินบกลิตเติลครีกได้รวมกัน และฟอร์ตสตอรี่จึงเปลี่ยนชื่ออย่างเป็นทางการเป็นฐานทัพร่วมปฏิบัติการลิตเติลครีก ฟอร์ตสตอรี่

^{[ 16 ] [ 17 ]}เวลา 19.35 น. ของวันเสาร์ที่ 30 พฤศจิกายน 2019 เจ้าหน้าที่รักษาความปลอดภัยถูกฆ่าตายที่ประตู 8 ซึ่งเป็นทางเข้าตลอด 24 ชั่วโมง เมื่อรถกระบะพุ่งชนรถรักษาความปลอดภัยที่ประตู เหยื่อทั้งสองถูกนำตัวส่งโรงพยาบาล Sentara Virginia Beach General Hospitalซึ่งทหารเรือเสียชีวิตจากบาดแผลที่ได้รับ ^{[ 18 ]}