ต่อมา เกตส์ได้กลายเป็นที่ปรึกษาด้านการกุศลและธุรกิจที่สำคัญของร็อกเกอเฟลเลอร์ โดยทำงานในสำนักงานครอบครัว ที่เพิ่งก่อตั้งขึ้นใหม่ ใน สำนักงานใหญ่ ของสแตนดาร์ดออยล์ที่26 บรอดเวย์ซึ่งเขากำกับดูแลการลงทุนของร็อกเกอเฟลเลอร์ในบริษัทต่างๆ มากมาย แต่ไม่รวมถึงหุ้นส่วนตัวของเขาในสแตนดาร์ดออยล์ทรัสต์

ตั้งแต่ปี 1892 เป็นต้นมา เมื่อเผชิญกับการลงทุนและอสังหาริมทรัพย์ที่ขยายตัวอย่างต่อเนื่อง ร็อกเกอเฟลเลอร์ผู้พ่อจึงตระหนักถึงความจำเป็นในการขอคำแนะนำจากผู้เชี่ยวชาญ ดังนั้นเขาจึงจัดตั้งคณะกรรมการสี่คน ซึ่งต่อมาได้รวมถึงจอห์น ดี. ร็อกเกอเฟลเลอร์ จูเนียร์ บุตร ชายของเขา เพื่อจัดการเงินของเขา และแต่งตั้งเกตส์เป็นหัวหน้าคณะกรรมการและที่ปรึกษาทางธุรกิจอาวุโส ในบทบาทนี้ เกตส์ได้นำเงินของร็อกเกอเฟลเลอร์ผู้พ่อส่วนใหญ่ไปลงทุนในกลุ่มธุรกิจที่จัดตั้งโดยบริษัทลงทุนKuhn, Loeb & Co.และในระดับที่น้อยกว่าคือบริษัทJP Morgan ^{[ 3 ]}

เกตส์ดำรงตำแหน่งในคณะกรรมการของบริษัทหลายแห่งที่ร็อกเกอเฟลเลอร์ถือหุ้นส่วนใหญ่ ซึ่งในขณะนั้นร็อกเกอเฟลเลอร์ถือครองพอร์ตการลงทุนในหลักทรัพย์ที่มีขนาดใหญ่เป็นประวัติการณ์สำหรับบุคคลทั่วไป แม้ว่าในปัจจุบันเกตส์จะได้รับการยอมรับในฐานะที่ปรึกษาด้านการกุศล แต่ตัวร็อกเกอเฟลเลอร์เองกลับมองว่าเขาเป็นนักธุรกิจที่ยิ่งใหญ่ที่สุดที่เขาเคยพบในชีวิต โดยแซงหน้าบุคคลสำคัญในยุคนั้นอย่างเฮนรี ฟอร์ดและแอนดรูว์ คาร์เนกี^{[ 4 ]}

เมื่อเขาเลิกเป็นที่ปรึกษาทางธุรกิจของร็อกเกอเฟลเลอร์ในปี 1912 เกตส์ยังคงให้คำแนะนำแก่เขาและลูกชายของเขาจอห์น ดี. ร็อกเกอเฟลเลอร์ จูเนียร์ในเรื่องการกุศล ในขณะเดียวกันก็ดำรงตำแหน่งในคณะกรรมการบริษัทหลายแห่ง เขายังดำรงตำแหน่งประธานของคณะกรรมการการศึกษาทั่วไปซึ่งต่อมาได้ควบรวมเข้ากับสถาบัน อื่น ๆ ของครอบครัวร็อกเกอเฟลเลอร์^{[ 5 ]}

หลังปี 1912 เกตส์มุ่งเน้นไปที่งานการกุศลโดยเฉพาะ เขาเปลี่ยนบทบาทของร็อกเกอเฟลเลอร์จากการให้เงินบริจาคแก่ผู้รับเฉพาะราย มาเป็นการจัดตั้งมูลนิธิที่มีเงินทุนสนับสนุนอย่างดี ซึ่งบริหารงานโดยผู้เชี่ยวชาญที่ตัดสินใจว่าหัวข้อการปฏิรูปใดเหมาะสม ในทั้งหมด เกตส์ดูแลการจัดสรรเงินประมาณ 500 ล้านดอลลาร์ แม้ว่าร็อกเกอเฟลเลอร์เองจะเชื่อในแพทย์แผนโบราณ แต่ เศรษฐีพันล้านผู้นี้ก็รับฟังผู้เชี่ยวชาญ และเกตส์โน้มน้าวเขาว่าเขาสามารถสร้างผลกระทบที่ยิ่งใหญ่ที่สุดได้โดยการปรับปรุงวงการแพทย์ โดยเฉพาะอย่างยิ่งการปฏิรูปการศึกษา การสนับสนุนการวิจัยเพื่อค้นหาวิธีรักษา และการกำจัดโรคร้ายแรงที่บั่นทอนประสิทธิภาพของชาติอย่างเป็นระบบ เช่น โรคพยาธิปากขอ

ในปี ค.ศ. 1901 เกตส์ได้ออกแบบสถาบันวิจัยการแพทย์ร็อกกีเฟลเลอร์ (ปัจจุบันคือมหาวิทยาลัยร็อกกีเฟลเลอร์ ) ซึ่งเขาดำรงตำแหน่งประธานกรรมการ ต่อมาเขาได้ออกแบบมูลนิธิร็อกกีเฟลเลอร์และได้เป็นกรรมการเมื่อมูลนิธิก่อตั้งขึ้นในปี ค.ศ. 1913 เกตส์ดำรงตำแหน่งประธานคณะกรรมการการศึกษาทั่วไปซึ่งต่อมากลายเป็นมูลนิธิชั้นนำในด้านการศึกษา^{[ 6 ]}

อย่างไรก็ตาม ในปี 1912 จอห์น ดี. ร็อกกีเฟลเลอร์ จูเนียร์ได้เข้ามาควบคุมนโยบายการกุศล โดยเกตส์ตกไปอยู่ในอันดับสอง แม้ว่าเกตส์จะไม่เคยละทิ้งศาสนาของเขาอย่างสิ้นเชิง^{[ 7 ]}แต่เขาก็เริ่มเปลี่ยนทิศทางจากการกุศลทางศาสนาไปสู่กิจกรรมทางโลกมากขึ้น เช่น การวิจัยและการศึกษาทางการแพทย์ เกตส์ได้ก่อตั้งคณะกรรมการการแพทย์จีน (CMB) ในปี 1914 แทนที่จะมองจีนผ่านมุมมองของมิชชันนารีแบบดั้งเดิมที่ต้องการเปลี่ยนศาสนาผู้คนนับล้าน เกตส์กลับเชื่อมั่นในวิทยาศาสตร์ เขาบ่นว่ามิชชันนารีในจีนติดอยู่ใน "พันธนาการของประเพณี ความไม่รู้ และความรู้สึกที่ผิดพลาดในคริสตจักรที่ให้การสนับสนุน" ^{[ 8 ]}พวกเขาเปลี่ยนศาสนาได้น้อยมากและพลาดโอกาสที่จะเผยแพร่วิทยาศาสตร์ตะวันตก มีมิชชันนารีทางการแพทย์หลายร้อยคน แต่พวกเขากลับเชื่อมโยง "ปาฏิหาริย์" ทางการแพทย์ของตะวันตกเข้ากับคำสอนของศาสนาคริสต์ แทนที่จะมุ่งเน้นไปที่การป้องกันสุขภาพ พวกเขากลับกระตุ้นให้ผู้ป่วยที่เจ็บป่วยและกำลังจะตายเปลี่ยนศาสนา เกตส์วางแผนที่จะเข้าควบคุมวิทยาลัยแพทยศาสตร์ปักกิ่งยูเนียน และฝึกอบรมมิชชันนารีที่นั่น โครงการคณะกรรมการการแพทย์แห่งประเทศจีนซึ่งเป็นการทำงานที่จุดตัดระหว่างการกุศล จักรวรรดินิยม ธุรกิจขนาดใหญ่ ศาสนา และวิทยาศาสตร์เป็นโครงการสำคัญสุดท้ายของเขา

ในปี พ.ศ. 2467 เกตส์ได้ก้าวล้ำเส้นไปมาก โดยขอให้คณะกรรมการมูลนิธิร็อกกีเฟลเลอร์ลงทุน 265 ล้านดอลลาร์สหรัฐในคณะกรรมการการแพทย์แห่งประเทศจีน เงินจำนวนมหาศาลนี้จะทำให้การดูแลทางการแพทย์ของจีนดีที่สุดในโลก และจะขจัดอิทธิพลของการแบ่งแยกทางศาสนาออกจากการปฏิบัติทางการแพทย์และงานการกุศลในประเทศจีน คณะกรรมการปฏิเสธ และเกตส์ก็ตกเป็นเหยื่อของการเน้นย้ำแนวคิดก้าวหน้าของเขาเองเกี่ยวกับ "กฎของผู้เชี่ยวชาญ" ผู้เชี่ยวชาญด้านจีนและการแพทย์ไม่เห็นด้วยกับเขา และเขาถูกกีดกัน ส่งผลให้เขาต้องลาออกจากคณะกรรมการการแพทย์แห่งประเทศจีน^{[ 9 ]}

เกตส์เป็นผู้ก้าวหน้าและมุ่งมั่นในขบวนการเพิ่มประสิทธิภาพเขาแสวงหาอำนาจต่อรองที่เงินเพียงไม่กี่ล้านดอลลาร์จะก่อให้เกิดการเปลี่ยนแปลงที่สำคัญ เช่น การสร้างมหาวิทยาลัยใหม่ การกำจัดโรคพยาธิปากขอเนื่องจากทำให้ประสิทธิภาพลดลง หรือการปฏิวัติในโรงพยาบาลที่เกิดจากรายงานเฟล็กซ์เนอร์^{[ 10 ]}

ผ่านทางเฟรเดอริค บุตรชายคนโตของเขา เขาเป็นปู่ของเฟรเดอริค เทย์เลอร์ เกตส์ ศิษย์เก่าของ ฟิลลิปส์ เอ็กซีเตอร์ อะคาเดมีและเยล ซึ่งแต่งงานกับแพทริเซีย บราวน์ ลูกสาวของวิลเลียม สจ๊วต ฟอร์บส์ จูเนียร์^{[ 23 ]} ตรงกันข้ามกับข่าวลือในอินเทอร์เน็ตที่แพร่หลาย เฟรเดอริค เทย์เลอร์ เกตส์ไม่ได้มีความเกี่ยวข้องกับบิล เกตส์ผู้ร่วมก่อตั้งไมโครซอฟต์