บาร์เน็ตต์เริ่มต้นอาชีพโค้ชที่มหาวิทยาลัยมิสซูรีในตำแหน่งผู้ช่วยบัณฑิตศึกษาตั้งแต่ปี 1969 ถึง 1971 ภายใต้การดูแลของโค้ชอัล โอโนฟริโอหลังจากจบการศึกษา เขาประสบความสำเร็จในฐานะโค้ชระดับมัธยมปลายที่โรงเรียน Air Academy High Schoolในโคโลราโดสปริงส์ รัฐโคโลราโดเป็นเวลา 11 ปี โดยดำรงตำแหน่งหัวหน้าโค้ช 9 ปี ทีมของเขาคว้าแชมป์ระดับคอนเฟอเรนซ์ได้ 6 ครั้ง และเข้าถึงรอบรองชนะเลิศระดับรัฐ 2 ครั้ง ในปี 1980 และ 1981 บาร์เน็ตต์ได้เป็นหัวหน้าโค้ชครั้งแรกที่วิทยาลัยฟอร์ตลูอิสในดูรังโก รัฐโคโลราโดหลังจากสองฤดูกาล เขาลาออกเมื่อวันที่ 20 กุมภาพันธ์ 1984 เพื่อไปเป็นผู้ช่วยโค้ชที่มหาวิทยาลัยโคโลราโดภายใต้การนำของบิล แมคคาร์ทนีย์บาร์เน็ตต์เป็น โค้ช ผู้เล่นตำแหน่งวิ่งในฤดูกาลแรก และเปลี่ยนไปเป็น โค้ชผู้เล่น ตำแหน่งควอเตอร์แบ็กและฟูลแบ็ก ในอีก 7 ฤดูกาลถัดมา เมื่อวันที่ 3 ธันวาคม 1990 เขาได้รับการเลื่อนตำแหน่งเป็น ผู้ ประสานงานเกมรุกเกมแรกของเขาในฐานะผู้ประสานงานคือการแข่งขันกับนอเทรเดมในศึกออเรนจ์โบว์ลปี 1991 ซึ่งโคโลราโดเป็นฝ่ายชนะและคว้า แชมป์ระดับชาติ ครั้งแรกและครั้งเดียวของพวกเขามาครอง ได้สำเร็จ

ต่อมาในปี 1991 เขาออกจากโคโลราโดเพื่อไปเป็นหัวหน้าโค้ชที่นอร์ทเวสเทิร์น ซึ่งในขณะนั้นเป็นทีมที่อ่อนแอมาโดยตลอด เมื่อเขาได้รับการแนะนำตัวต่อหน้านักศึกษา เขาบอกพวกเขาว่าเขาจะ "นำสีม่วงไปสู่พาซาเดนา " เขาทำตามคำโอ้อวดนั้นได้ในปี 1995 เมื่อเขานำนอร์ทเวสเทิร์นไปสู่หนึ่งในฤดูกาลที่ดีที่สุดในประวัติศาสตร์ของโรงเรียน ทีมไวลด์แคทส์คว้า แชมป์ บิ๊กเทนคอนเฟอเรนซ์ เป็นครั้งแรก นับตั้งแต่ปี 1936 และได้เล่นในโรสโบว์ลปี 1996ซึ่งเป็นการปรากฏตัวครั้งแรกของพวกเขานับตั้งแต่ปี 1949 ทีมไวลด์แคทส์แพ้ให้กับยูเอสซี 41–32 ปีต่อมา ทีมไวลด์แคทส์คว้าแชมป์บิ๊กเทนร่วมและได้ไปถึงฟลอริดาซิตรัสโบว์ล แต่แพ้ให้กับ เทนเนสซี 48–28 บาร์เน็ตต์เปลี่ยนโปรแกรมที่ครองสถิติแพ้ติดต่อกันยาวนานที่สุดในดิวิชั่น IA ให้กลายเป็นองค์กรที่มีศักยภาพในการคว้าแชมป์ อย่างไรก็ตาม ในสองฤดูกาลสุดท้ายที่เขาเป็นหัวหน้าโค้ชของทีมไวลด์แคทส์ นอร์ทเวสเทิร์นชนะเพียงสามเกมในลีกบิ๊กเทน รวมถึงการไม่ชนะเลยในฤดูกาลสุดท้ายของเขา ในปี 2015 บาร์เน็ตต์ได้รับการคัดเลือกให้เป็นสมาชิกของหอเกียรติยศด้านกีฬาของมหาวิทยาลัยนอร์ทเวสเทิร์น เมื่อวันที่ 26 กันยายน 2015 บาร์เน็ตต์ได้รับการยกย่องร่วมกับผู้ที่ได้รับการแต่งตั้งเข้าสู่หอเกียรติยศเมื่อเร็วๆ นี้ ในช่วงพักครึ่งของการแข่งขันฟุตบอลระหว่างทีมนอร์ทเวสเทิร์นกับมหาวิทยาลัยบอลสเตท

หลังจากความสำเร็จของทีมฟุตบอลของมหาวิทยาลัยนอร์ทเวสเทิร์น บาร์เน็ตต์ก็กลายเป็นที่ต้องการตัว ในบทความของChicago Tribune ปี 2017 ระบุว่า บาร์เน็ตต์ปฏิเสธตำแหน่งหัวหน้าโค้ชของจอร์เจียและยูซีแอลเอหลังจากฤดูกาล 1995 ^{[ 2 ] [ 3 ] [ 4 ] [ 5 ]} เขายังได้สัมภาษณ์งานหัวหน้าโค้ชของนอเทรเดมหลังจากลู โฮลท์ซ เกษียณ ในปี 1996 อย่างไรก็ตาม บาร์เน็ตต์ถอนตัวออกจากการพิจารณา^{[ 6 ] [ 5 ]} ในปี 1997 บาร์เน็ตต์และมหาวิทยาลัยนอร์ทเวสเทิร์นตกลงทำสัญญา 12 ปี มูลค่า 500,000 ดอลลาร์ต่อปี^{[ 7 ]} บาร์เน็ตต์ยังได้รับการพิจารณาสำหรับ ตำแหน่งหัวหน้าโค้ช ของเท็กซัสหลังจากฤดูกาล 1997 อีก ด้วย ^{[ 8 ]}

ในปี 1999 บาร์เน็ตต์ออกจากมหาวิทยาลัยนอร์ทเวสเทิร์นหลังจากแปดฤดูกาล และกลับไปที่โคโลราโดในฐานะหัวหน้าโค้ชคนที่ 22 ของมหาวิทยาลัย อาชีพการเป็นโค้ชของเขาที่โคโลราโดประสบความสำเร็จเป็นส่วนใหญ่ ทีมบัฟฟาโลส์คว้าแชมป์คอนเฟอเรนซ์ในปี 2001 และยังคว้าแชมป์บิ๊ก 12 นอร์ทได้ถึงสี่สมัยในช่วงเจ็ดปีที่บาร์เน็ตต์ดำรงตำแหน่ง โคโลราโดยังได้รับการจัดอันดับเป็นอันดับ 2 ของประเทศ และเป็นส่วนหนึ่งของข้อโต้แย้งเกี่ยวกับ การจัดอันดับ BCSในฤดูกาล 2001 เมื่อเนบราสกา คอร์นฮัสเกอร์สได้รับเลือกก่อนหน้าโอเรกอนและโคโลราโดสำหรับการแข่งขันชิงแชมป์ระดับชาติแม้ว่าโคโลราโดเพิ่งเอาชนะเนบราสกา 62–36 ในนัดสุดท้ายของฤดูกาลปกติ (โคโลราโดเอาชนะเท็กซัสในการแข่งขันชิงแชมป์บิ๊ก 12 ก่อนที่จะได้รับการคัดเลือก)

ในช่วงฤดูกาล 2004 ชื่อเสียงของเขาได้รับผลกระทบเนื่องจากเรื่องอื้อฉาวเกี่ยวกับการรับสมัครนักกีฬา คำพูดที่ไม่เหมาะสมนอกสนาม และความล้มเหลวในการรักษาความสำเร็จในสนามเช่นเดียวกับผู้สืบทอดตำแหน่งก่อนหน้า มีการกล่าวหาว่าบาร์เน็ตต์ล่อลวงนักกีฬาให้มาที่โคโลราโดด้วยเรื่องเพศและแอลกอฮอล์ระหว่างการเยี่ยมชมเพื่อการรับสมัคร เรื่องอื้อฉาวดังกล่าว ประกอบกับคำพูดดูถูกเหยียดหยามของบาร์เน็ตต์เกี่ยวกับเคที ฮนิดา อดีต นักเตะ ที่กล่าวหาว่าเธอถูกเพื่อนร่วมทีมข่มขืน ทำให้บาร์เน็ตต์ถูกตำหนิอย่างเปิดเผยโดยอธิการบดีของมหาวิทยาลัยในขณะนั้น เอลิซาเบธ ฮอฟฟ์แมน โค้ชบาร์เน็ตต์บอกกับนักข่าวท้องถิ่นที่ถามว่าทำไมเคที ฮนิดาถึงถูกตัดออกจากทีมว่า "เคทีไม่ใช่แค่ผู้หญิง แต่เธอยังแย่มากด้วย" ^{[ 9 ]}ในที่สุด ข้อกล่าวหาและคำพูดเกี่ยวกับความสามารถในการเตะของเคที ฮนิดา นำไปสู่การระงับชั่วคราวของบาร์เน็ตต์ในปี 2004 ในช่วงนอกฤดูกาล บาร์เน็ตต์ได้รับการคืนตำแหน่งก่อนเริ่มฤดูกาล 2004และนำทีมทำสถิติชนะ 8 แพ้ 5 พร้อมทั้งได้รับรางวัลโค้ชยอดเยี่ยมแห่งปีของ Big 12 ไปด้วย

บาร์เน็ตต์ยังคงทำหน้าที่เป็นโค้ชในปี 2005โดยนำทีมบัฟฟาโลส์เริ่มต้นฤดูกาลด้วยผลงาน 7–2 อย่างไรก็ตาม บัฟฟาโลส์แพ้ให้กับไอโอวา สเตทจากนั้นก็พ่ายแพ้อย่างยับเยิน 30–3 ให้กับเนบราสกาและพ่ายแพ้อย่างขาดลอย 70–3 ให้กับเท็กซัส ลองฮอร์นส์ ซึ่งเป็นแชมป์ระดับชาติในที่สุดในเกมชิงแชมป์บิ๊ก 12 นอกจากนี้ ผู้แจ้งเบาะแสที่ไม่เปิดเผยชื่อได้เขียนจดหมายถึงแฮงค์ บราวน์ ประธานระบบ CU กล่าวหาบาร์เน็ตต์ว่ากระทำการไม่เหมาะสมหลายประการ รวมถึงการปลอมแปลงคำให้การที่สาบานตน^{[ 10 ]}

เมื่อวันที่ 9 ธันวาคม 2548 บาร์เน็ตต์ถูกบีบให้ลาออกและยอมรับเงินชดเชย 3 ล้านดอลลาร์ จากนั้นโคโลราโดก็ได้ไปแข่งขันในรายการแชมป์ส สปอร์ตส์ โบว์ล แต่ แพ้ให้กับเคลมสันความพ่ายแพ้ครั้งนั้นถูกบันทึกอย่างเป็นทางการว่าเป็นความผิดของบาร์เน็ตต์ แม้ว่าไมค์ แฮงค์วิทซ์ ผู้ช่วย โค้ชจะทำหน้าที่เป็นหัวหน้าโค้ชชั่วคราวในเกมนั้นก็ตาม

ในเดือนมิถุนายน พ.ศ. 2550 ทีมบัฟฟาโลส์ถูกลงโทษภาคทัณฑ์เป็นเวลาสองปีและปรับเงิน 100,000 ดอลลาร์สหรัฐ ฐานคิดค่าอาหารต่ำกว่าความเป็นจริงสำหรับนักกีฬา 133 คน ตลอดระยะเวลาหกปี (ตั้งแต่ปี พ.ศ. 2543-2548 ซึ่งครอบคลุมช่วงเวลาที่บาร์เน็ตต์ดำรงตำแหน่งที่โคโลราโด) ซึ่งถือเป็นการกระทำผิดร้ายแรง^{[ 11 ]}นอกจากนี้ โปรแกรมฟุตบอลซึ่งมีนักกีฬา 86 คนจากทั้งหมด 133 คนเกี่ยวข้อง ยังเสียทุนการศึกษาไปหนึ่งทุนสำหรับสามฤดูกาลถัดไปอีกด้วย^{[ 11 ]}