Gene Wiki

Q: ข้อมูลสำคัญเกี่ยวกับ Gene Wiki

Gene Wikiเป็นโครงการภายในWikipediaที่มุ่งอธิบายความสัมพันธ์และหน้าที่ของยีน มนุษย์ทั้งหมด ก่อตั้งขึ้นเพื่อถ่ายโอนข้อมูลจากแหล่งข้อมูลทางวิทยาศาสตร์ไปยังบทความย่อของ Wikipedia

Gene Wikiเป็นโครงการภายในWikipediaที่มุ่งอธิบายความสัมพันธ์และหน้าที่ของยีน มนุษย์ทั้งหมด ก่อตั้งขึ้นเพื่อถ่ายโอนข้อมูลจากแหล่งข้อมูลทางวิทยาศาสตร์ไปยังบทความย่อของ Wikipedia ^{[ 1 ]}^{[ 2 ]}^{[ 3 ]}

โครงการ Gene Wiki ยังริเริ่มการเผยแพร่ บทความวิจารณ์เฉพาะยีนในวารสารGeneพร้อมกับการแก้ไขหน้าเฉพาะยีนใน Wikipedia ^{[ 4 ]}

โครงการ Gene Wiki ซึ่งร่วมมือกับวารสารGeneได้ยุติลงในเดือนพฤษภาคม พ.ศ. 2565 สิบปีหลังจากเริ่มโครงการ รายงานโดยผู้นำโครงการได้สรุปความสำเร็จของโครงการ^{[ 5 ]}

เป้าหมายและขอบเขตของโครงการ

จำนวนบทความเกี่ยวกับยีน

จีโนมของมนุษย์ ประกอบด้วย ยีนที่เข้ารหัสโปรตีนประมาณ 20,000–25,000 ยีน^{[ 6 ]} เป้าหมายของโครงการ Gene Wiki คือการสร้างบทความเริ่มต้นสำหรับ ยีนของมนุษย์ ที่โดดเด่น ทุก ยีน กล่าวคือ ยีนทุกยีนที่มีการกำหนดหน้าที่ในเอกสารทางวิทยาศาสตร์ที่ผ่านการตรวจสอบโดยผู้ทรง คุณวุฒิ ประมาณครึ่งหนึ่งของยีนของมนุษย์มีการกำหนดหน้าที่แล้ว ดังนั้นจำนวนบทความเริ่มต้นทั้งหมดของโครงการ Gene Wiki คาดว่าจะอยู่ในช่วง 10,000–15,000 บทความ จนถึงปัจจุบัน มีการสร้างหรือเพิ่มบทความประมาณ 11,000 บทความเพื่อรวมเนื้อหาโครงการ Gene Wiki

การขยายตัว

เมื่อบทความเริ่มต้นได้รับการจัดทำแล้ว ความหวังและความคาดหวังก็คือบทความเหล่านี้จะได้รับการเพิ่มเติมคำอธิบายและขยายความโดยบรรณาธิการที่มีประสบการณ์หลากหลาย ตั้งแต่ผู้อ่านทั่วไปไปจนถึงนักเรียน ผู้เชี่ยวชาญ และนักวิชาการ^{[ 1 ]}

โปรตีนที่ถูกสร้างขึ้นโดยยีน

ในจีโนมของมนุษย์ นั้น มีเพียงส่วนเล็ก ๆ ของจีโนมเท่านั้นที่เข้ารหัสโปรตีนการทำความเข้าใจหน้าที่ของยีนที่เข้ารหัสโปรตีนโดยทั่วไปจำเป็นต้องเข้าใจหน้าที่ของโปรตีนที่เกี่ยวข้องด้วย ดังนั้น นอกเหนือจากการรวมข้อมูลพื้นฐานเกี่ยวกับยีนแล้ว โครงการนี้จึงรวมถึงข้อมูลเกี่ยวกับโปรตีนที่เข้ารหัสโดยยีนนั้นด้วย ส่วนอื่น ๆ ของจีโนม ซึ่งเป็นดีเอ็นเอที่ไม่เข้ารหัส หรือที่ในอดีตเรียกว่าดีเอ็นเอ "ขยะ" เพราะไม่มีหน้าที่ที่ชัดเจนนั้น แท้จริงแล้วเชื่อกันว่ามีหน้าที่ในการควบคุม

เนื้อหาที่สร้างโดย Gene Wiki

บทความย่อสำหรับโครงการ Gene Wiki สร้างขึ้นโดยบอทและมีลิงก์ไปยังฐานข้อมูลยีน/โปรตีนหลักดังต่อไปนี้:

คณะกรรมการกำหนดชื่อยีน HUGO – ชื่อยีนอย่างเป็นทางการ
เอนเทรซ – ฐานข้อมูลยีน
OMIM (Mendelian Inheritance in Man) – ฐานข้อมูลที่รวบรวมโรคทั้งหมดที่มีส่วนประกอบทางพันธุกรรมที่ทราบกันดี
อามิโก้ – จีเนมออนโทโลยี
HomoloGene – ยีนที่คล้ายคลึงกันในสิ่งมีชีวิตชนิดอื่น
SymAtlasRNA – รูปแบบ การแสดงออกของยีนในเนื้อเยื่อ^{[ 7 ]}
ฐานข้อมูลโปรตีน (Protein Data Bank) – โครงสร้าง สามมิติ ของโปรตีนที่ถูกเข้ารหัสโดยยีน
UniProt ( แหล่ง รวบรวม ข้อมูล โปรตีนสากล ) – คลังข้อมูลโปรตีนส่วนกลาง

การตอบสนอง

รายงานพบว่าระหว่างปี 2013 ถึง 2017 เนื้อหาที่ Gene Wiki นำมาเสนอให้กับ Wikipedia ได้รับ การพัฒนา แบบ crowdsourcedเมื่อเวลาผ่านไป^{[ 8 ]}

เอกสารอ้างอิง

^ ^a ^b Huss JW, Orozco C, Goodale J, Wu C, Batalov S, Vickers TJ, Valafar F, Su AI (กรกฎาคม 2551). "วิกิยีนสำหรับการระบุหน้าที่ของยีนโดยชุมชน" PLOS Biology 6 ( 7) e175. doi : 10.1371/journal.pbio.0060175 . PMC 2443188 . PMID 18613750 .
↑ฮัส เจดับบลิว, โอรอซโก ซี, กูเดล เจ, วู ซี, บาตาลอฟ เอส, วิคเกอร์ส ทีเจ, วาลาฟาร์ เอฟ, ซู ไอ"SciVee Pubcast: Gene Wiki สำหรับคำอธิบายประกอบของชุมชนเกี่ยวกับฟังก์ชันของยีน " เก็บถาวรจากต้นฉบับเมื่อ 2010-07-24 . สืบค้นเมื่อ2008-11-19 .
^ Huss JW; Lindenbaum P; Martone M; และคณะ (มกราคม 2010). "The Gene Wiki: ปัญญาชุมชนประยุกต์ใช้ในการระบุคำอธิบายประกอบยีนของมนุษย์" . Nucleic Acids Research . 38 (ฉบับฐานข้อมูล): D633–9. doi : 10.1093/nar/gkp760 . PMC 2808918 . PMID 19755503 .
^ Tsueng G, Good BM, Ping P, Golemis E, Hanukoglu I, van Wijnen AJ, Su AI (2 พฤษภาคม 2016). "Gene Wiki Reviews-Raising the quality and accessibility of information about the human genome" . Gene . 592 (2): 235– 8. doi : 10.1016/j.gene.2016.04.053 . PMC 5944608 . PMID 27150585 .
↑ฟาน ไวจ์เนน เอเจ, โกเลมิส อี, ฮานูโกกลู ไอ, ซุย เอสเค, หู อี, อุล-ฮาซัน เอส, จอย เจ, ซู ไอ, ซืออิง จี (กรกฎาคม 2022) "การประเมินย้อนหลังทศวรรษของการวิจารณ์ Gene Wiki และผลกระทบ" (PDF ) ยีน . 830 146534. ดอย : 10.1016/j.gene.2022.146534 . PMID35525475 .
^ Clamp M; Fry B; Kamal M; Xie X; Cuff J; Lin MF; Kellis M ; Lindblad-Toh K; Lander ES (ธันวาคม 2007). "การแยกแยะยีนที่เข้ารหัสโปรตีนและยีนที่ไม่เข้ารหัสในจีโนมมนุษย์" Proceedings of the National Academy of Sciences USA . 104 (49): 19428– 33. doi : 10.1073/pnas.0709013104 . PMC 2148306 . PMID 18040051 .
^ Su AI, Wiltshire T, Batalov S, Lapp H, Ching KA, Block D, Zhang J, Soden R, Hayakawa M, Kreiman G, Cooke MP, Walker JR, Hogenesch JB (เมษายน 2547). "แผนที่ยีนของทรานสคริปโตมที่เข้ารหัสโปรตีนของหนูและมนุษย์" Proceedings of the National Academy of Sciences USA . 101 (16): 6062– 7. Bibcode : 2004PNAS..101.6062S . doi : 10.1073/pnas.0400782101 . PMC 395923 . PMID 15075390 .
↑ซิโนฟเยฟ, อังเดร; เซอร์วินสกา, อูร์ซูลา; คันตินี, ลอร่า; บาริลลอต, เอ็มมานูเอล; ฟราห์ม, เคลาส์ เอ็ม.; เชเปยันสกี้, ดิมา ล.; Rzhetsky, Andrey (18 กุมภาพันธ์ 2020). "ปัญญารวมกำหนดหน้าที่ทางชีววิทยาในวิกิพีเดียว่าเป็นชุมชนในเครือข่ายการเชื่อมต่อโปรตีนที่ซ่อนอยู่ " ชีววิทยาเชิงคอมพิวเตอร์ PLOS . 16 (2) e1007652. Bibcode : 2020PLSCB..16E7652Z . ดอย : 10.1371/journal.pcbi.1007652 . PMC 7048313 . PMID 32069277 .

อ่านเพิ่มเติม

Good BM, Howe DG, Lin SM, Kibbe WA, Su AI (2011). "การค้นหาความรู้ด้านจีโนมิกส์เชิงหน้าที่จาก Gene Wiki" . BMC Genomics . 12 : 603. doi : 10.1186/1471-2164-12-603 . PMC 3271090 . PMID 22165947 .
Good BM, Clarke EL, de Alfaro L, Su AI (มกราคม 2012). "Gene Wiki ในปี 2011: ปัญญาชุมชนที่นำมาประยุกต์ใช้ในการระบุข้อมูลยีนของมนุษย์" . Nucleic Acids Research . 40 (ฉบับฐานข้อมูล): D1255–61. doi : 10.1093/nar/gkr925 . PMC 3245148 . PMID 22075991 .
Good BM, Clarke EL, Loguercio S, Su AI (2012). "การเชื่อมโยงยีนกับโรคด้วยการผสมผสาน SNPedia-Gene Wiki" . J Biomed Semantics . 3 (Suppl 1): S6. doi : 10.1186/2041-1480-3-S1-S6 . PMC 3337266 . PMID 22541597 .
Su AI, Good BM, van Wijnen AJ (ธันวาคม 2013). "Gene Wiki Reviews: การผสมผสาน crowdsourcing กับ peer review แบบดั้งเดิม". Gene . 531 (2): 125. doi : 10.1016/j.gene.2013.08.093 . PMID 24012870 .

ลิงก์ภายนอก

Spagat E (2008-07-09). "แก้ไข DNA ของคุณ: 'Gene wiki' เตรียมเปิดตัวบน Wikipedia" . The Associated Press (ใน ABC News . สืบค้นเมื่อ2011-09-29 .
McKenney AS (2008-07-08). "การเก็บรักษาข้อมูลเกี่ยวกับจีโนมมนุษย์โดยใช้ Wikipedia" . ข่าวไอที/อินเทอร์เน็ต/อีเมล . ข่าวการแพทย์วันนี้. สืบค้นเมื่อ2008-07-19 .
Tay L (10 กรกฎาคม 2551). "วิกิพีเดียเป็นเจ้าของคลังข้อมูลยีนมนุษย์" . iTnews ออสเตรเลีย . Haymarket Media. เก็บถาวรจากต้นฉบับเมื่อ 13 กรกฎาคม 2551 . สืบค้นเมื่อ19 กรกฎาคม 2551 .
Mitch Waldrop (3 กันยายน 2008). "บิ๊กดาต้า: วิกิโอมิกส์" . Nature . 455 (7209): 22– 25. doi : 10.1038/455022a . PMID 18769412 .

[pmid18613750-1] Huss JW, Orozco C, Goodale J, Wu C, Batalov S, Vickers TJ, Valafar F, Su AI (กรกฎาคม 2551). "วิกิยีนสำหรับการระบุหน้าที่ของยีนโดยชุมชน" PLOS Biology 6 ( 7) e175. doi : 10.1371/journal.pbio.0060175 . PMC 2443188 . PMID 18613750 .

[SciVee_Pubcast-2] ฮัส เจดับบลิว, โอรอซโก ซี, กูเดล เจ, วู ซี, บาตาลอฟ เอส, วิคเกอร์ส ทีเจ, วาลาฟาร์ เอฟ, ซู ไอ"SciVee Pubcast: Gene Wiki สำหรับคำอธิบายประกอบของชุมชนเกี่ยวกับฟังก์ชันของยีน " เก็บถาวรจากต้นฉบับเมื่อ 2010-07-24 . สืบค้นเมื่อ2008-11-19 .

[pmid19755503-3] Huss JW; Lindenbaum P; Martone M; และคณะ (มกราคม 2010). "The Gene Wiki: ปัญญาชุมชนประยุกต์ใช้ในการระบุคำอธิบายประกอบยีนของมนุษย์" . Nucleic Acids Research . 38 (ฉบับฐานข้อมูล): D633–9. doi : 10.1093/nar/gkp760 . PMC 2808918 . PMID 19755503 .

[4] Tsueng G, Good BM, Ping P, Golemis E, Hanukoglu I, van Wijnen AJ, Su AI (2 พฤษภาคม 2016). "Gene Wiki Reviews-Raising the quality and accessibility of information about the human genome" . Gene . 592 (2): 235– 8. doi : 10.1016/j.gene.2016.04.053 . PMC 5944608 . PMID 27150585 .

[pmid35525475-5] ฟาน ไวจ์เนน เอเจ, โกเลมิส อี, ฮานูโกกลู ไอ, ซุย เอสเค, หู อี, อุล-ฮาซัน เอส, จอย เจ, ซู ไอ, ซืออิง จี (กรกฎาคม 2022) "การประเมินย้อนหลังทศวรรษของการวิจารณ์ Gene Wiki และผลกระทบ" (PDF ) ยีน . 830 146534. ดอย : 10.1016/j.gene.2022.146534 . PMID35525475 .

[pmid18040051-6] Clamp M; Fry B; Kamal M; Xie X; Cuff J; Lin MF; Kellis M ; Lindblad-Toh K; Lander ES (ธันวาคม 2007). "การแยกแยะยีนที่เข้ารหัสโปรตีนและยีนที่ไม่เข้ารหัสในจีโนมมนุษย์" Proceedings of the National Academy of Sciences USA . 104 (49): 19428– 33. doi : 10.1073/pnas.0709013104 . PMC 2148306 . PMID 18040051 .

[pmid15075390-7] Su AI, Wiltshire T, Batalov S, Lapp H, Ching KA, Block D, Zhang J, Soden R, Hayakawa M, Kreiman G, Cooke MP, Walker JR, Hogenesch JB (เมษายน 2547). "แผนที่ยีนของทรานสคริปโตมที่เข้ารหัสโปรตีนของหนูและมนุษย์" Proceedings of the National Academy of Sciences USA . 101 (16): 6062– 7. Bibcode : 2004PNAS..101.6062S . doi : 10.1073/pnas.0400782101 . PMC 395923 . PMID 15075390 .

[Zinovyev_2020-8] ซิโนฟเยฟ, อังเดร; เซอร์วินสกา, อูร์ซูลา; คันตินี, ลอร่า; บาริลลอต, เอ็มมานูเอล; ฟราห์ม, เคลาส์ เอ็ม.; เชเปยันสกี้, ดิมา ล.; Rzhetsky, Andrey (18 กุมภาพันธ์ 2020). "ปัญญารวมกำหนดหน้าที่ทางชีววิทยาในวิกิพีเดียว่าเป็นชุมชนในเครือข่ายการเชื่อมต่อโปรตีนที่ซ่อนอยู่ " ชีววิทยาเชิงคอมพิวเตอร์ PLOS . 16 (2) e1007652. Bibcode : 2020PLSCB..16E7652Z . ดอย : 10.1371/journal.pcbi.1007652 . PMC 7048313 . PMID 32069277 .

[ 1 ]

[ 2 ]

[ 3 ]

[ 4 ]

[ 5 ]

[ 6 ]

[ 7 ]

[ 8 ]