อ่าน 3 นาที
กลุ่มอ้างอิงจีโนม
กลุ่มความร่วมมืออ้างอิงจีโนม ( Genome Reference ConsortiumหรือGRC ) เป็นกลุ่มความร่วมมือระดับนานาชาติของสถาบันการศึกษาและสถาบันวิจัยที่มีความเชี่ยวชาญด้านการทำแผนที่จีโนม...
กลุ่มอ้างอิงจีโนม

กลุ่มความร่วมมืออ้างอิงจีโนม ( Genome Reference ConsortiumหรือGRC ) เป็นกลุ่มความร่วมมือระดับนานาชาติของสถาบันการศึกษาและสถาบันวิจัยที่มีความเชี่ยวชาญด้านการทำแผนที่จีโนม การจัดลำดับ และสารสนเทศจีโนม ก่อตั้งขึ้นเพื่อปรับปรุงการนำเสนอจีโนมอ้างอิงในขณะที่จีโนมอ้างอิงของมนุษย์ได้รับการอธิบายครั้งแรกนั้น เป็นที่ชัดเจนว่าบางส่วนของจีโนมนั้นยากต่อการวิเคราะห์ด้วยเทคโนโลยีที่มีอยู่ ทำให้เกิดช่องว่างในลำดับที่ทราบ เหตุผลหลักในการปรับปรุงชุดประกอบจีโนมอ้างอิงก็คือ ชุดประกอบเหล่านี้เป็นรากฐานสำคัญของการศึกษาจีโนมทั้งหมด (เช่นโครงการ 1000 จีโนม )
GRC เป็นความพยายามร่วมกันซึ่งมีปฏิสัมพันธ์กับกลุ่มต่างๆ ในชุมชนวิทยาศาสตร์[ 1 ]สถาบันสมาชิกหลัก ได้แก่:
- สถาบันเวลคัม แซงเกอร์
- สถาบันจีโนมแมคดอนเนลล์มหาวิทยาลัยวอชิงตัน
- สถาบันชีวสารสนเทศแห่งยุโรป
- ศูนย์ข้อมูลเทคโนโลยีชีวภาพแห่งชาติ
- ฐานข้อมูลสิ่งมีชีวิตต้นแบบปลาซีบร้า
- ฐานข้อมูลจีโนมหนู
เป้าหมายของกลุ่มความร่วมมือคือการแก้ไขภูมิภาคจำนวนเล็กน้อยในข้อมูลอ้างอิงที่แสดงผิดพลาดในปัจจุบัน เพื่อปิดช่องว่างที่เหลืออยู่ให้ได้มากที่สุดเท่าที่จะเป็นไปได้ และสร้างชุดประกอบทางเลือกของตำแหน่ง ที่มีโครงสร้างแตกต่างกัน เมื่อจำเป็น ในตอนแรกเน้นที่ จีโนมอ้างอิง ของมนุษย์และหนูแต่ในการขยายกลุ่มความร่วมมือได้มีการเพิ่มสิ่งมีชีวิตใหม่ๆ เข้ามา ในเดือนตุลาคม 2010 การบำรุงรักษาและการปรับปรุงลำดับ จีโนม ปลาซีบราฟิช อย่างเต็มรูปแบบ ได้ถูกเพิ่มเข้าไปใน GRC [ 2 ]ในปี 2015 หลังจากมีการเผยแพร่ ชุดประกอบจีโนม ไก่ Gallus_gallus-5.0 GRC ได้เพิ่มจีโนมอ้างอิงของไก่[ 3 ]และในเดือนพฤศจิกายน 2020 ได้มีการเพิ่มชุดประกอบจีโนมหนู[ 4 ]
ณ เดือนกันยายน พ.ศ. 2562 การเผยแพร่ชุดประกอบหลักสำหรับมนุษย์ หนู ปลาซีบราฟิช และไก่ คือ GRCh38, GRCm38, GRCz11 และ GRCg6a ตามลำดับ การเผยแพร่ชุดประกอบหลักไม่ได้เป็นไปตามรอบที่กำหนดไว้ตายตัว อย่างไรก็ตาม มีการอัปเดตชุดประกอบย่อยในรูปแบบของแพตช์จีโนม ซึ่งแก้ไขข้อผิดพลาดในชุดประกอบหรือเพิ่มตำแหน่งทางเลือกเพิ่มเติม[ 5 ] ชุดประกอบเหล่านี้แสดงอยู่ในเบราว์เซอร์จีโนมและฐานข้อมูลต่างๆ รวมถึงEnsembl , ที่อยู่ในNCBIและUCSC Genome Browser
บุคลากรที่โดดเด่น
- Deanna M. Churchนักวิจัยด้านชีวสารสนเทศและจีโนมิกส์[ 6 ]
- ริชาร์ด เดอร์บินนักชีววิทยาเชิงคำนวณแห่งมหาวิทยาลัยเคมบริดจ์[ 7 ]
- ทิม ฮับบาร์ดนักชีววิทยาเชิงคำนวณที่คิงส์คอลเลจลอนดอนและหัวหน้าฝ่ายวิเคราะห์จีโนมในจีโนมิกส์อิงแลนด์[ 8 ]
ลิงก์ภายนอก
- กลุ่มอ้างอิงจีโนม
หน้าหลักของสถาบัน
- สถาบันชีวสารสนเทศแห่งยุโรป
- สถาบันจีโนมแห่งมหาวิทยาลัยวอชิงตัน
- ศูนย์ข้อมูลเทคโนโลยีชีวภาพแห่งชาติ
- สถาบันเวลคัมทรัสต์แซงเกอร์
- ฐานข้อมูลสิ่งมีชีวิตต้นแบบปลาซีบร้า (ZFIN)
- ฐานข้อมูลจีโนมหนู (RGD)
การประกอบจีโนม
- ชุดประกอบจีโนมไก่Gallus_gallus-5.0และGRCg6a/galGal6
- การประกอบจีโนมมนุษย์GRCh38/hg38
- การประกอบจีโนมหนูGRCm38
- การประกอบจีโนมปลาซีบร้าฟิชGRCz11/danRer11
สรุปเนื้อหา
ข้อมูลสำคัญจากบทความ
ข้อมูลสำคัญเกี่ยวกับ กลุ่มอ้างอิงจีโนม
กลุ่มความร่วมมืออ้างอิงจีโนม ( Genome Reference ConsortiumหรือGRC ) เป็นกลุ่มความร่วมมือระดับนานาชาติของสถาบันการศึกษาและสถาบันวิจัยที่มีความเชี่ยวชาญด้านการทำแผนที่จีโนม...
บุคลากรที่โดดเด่น
Deanna M. Church นักวิจัยด้านชีวสารสนเทศและจีโนมิกส์ [ 6 ] ริชาร์ด เดอร์บิน นักชีววิทยาเชิงคำนวณแห่ง มหาวิทยาลัยเคม บริดจ์ [ 7 ] ทิม ฮับบาร์ด นักชีววิทยาเชิงคำนวณที่ คิงส์คอลเลจลอนดอน และหัวหน้าฝ่ายวิเคราะห์จีโนมใน จีโนมิกส์อิง แลนด์ [ 8 ]