ในปี พ.ศ. 2535 โมฮาเหม็ด อัตตาสถาปนิกชาวอียิปต์ ย้ายไปฮัมบูร์ก ประเทศเยอรมนีเพื่อศึกษาการวางผังเมืองที่มหาวิทยาลัยแห่งนั้น^{[ 11 ] [ 12 ]}สี่ปีต่อมา เขาเริ่มไปมัสยิดอัลกุดส์ ในท้องถิ่น ซึ่งมีชาวมุสลิมจากทั่วโลกมาเยี่ยมเยือน^{[ 11 ]}ที่นั่น ชายหนุ่มหลายคนเป็นพวกอิสลามิสต์ และพวกเขาบังคับใช้ศีลธรรมอิสลามในพฤติกรรมของผู้มาละหมาดคนอื่นๆ^{[ 10 ]}อัตตาถูกชักจูงให้หันไปทางอิสลามิสต์ ไม่ว่าจะโดยการพบปะกับชายเหล่านั้น หรือได้รับการติดต่อโดยตรงจากตัวแทนของบิน ลาเดน^{[ 13 ]}ต่อมาเขากลายเป็นหัวหน้ากลุ่มเซลล์ฮัมบูร์ก^{[ 14 ]}ซึ่งเป็นระบบเซลล์ลับของ ผู้ก่อการร้าย หัวรุนแรงอิสลาม ที่อาศัยอยู่ในเมืองนี้ในปี 1998 และ 1999 เป็นไปได้ว่าพวกเขากำลังวางแผนกิจกรรม ญิฮาดของตนเองเมื่อพวกเขาได้พบกับผู้นำของอัล-เคดา และจากนั้นก็เข้าร่วมกับอัล-เคดาในช่วงปลายปี 1999 เพื่อทำงานในรายละเอียดของแผนการจี้เครื่องบินที่ได้รับการออกแบบใหม่^{[ 11 ] [ 13 ] [ 15 ]}

สมาชิกกลุ่มRamzi bin al-Shibhมาจากเยเมน^{[ 13 ]}เขารักษาสถานะการพำนักในเยอรมนีโดยการลงทะเบียนเรียนในวิทยาลัยอย่างต่อเนื่อง ซึ่งเขาแทบจะไม่ไปเรียนเลย^{[ 10 ]}ประมาณปี 2003 ในแถลงการณ์ที่เผยแพร่โดยทนายความของเขา bin al-Shibh ระบุชื่อตัวเอง Atta, Marwan al-ShehhiและZiad Jarrahเป็นสมาชิก สามคนหลังนี้ได้จี้เครื่องบินแยกกันในเหตุการณ์ 9/11 ได้แก่ เที่ยวบินที่ 11, 175 และ 93 ตามลำดับ และเป็นผู้ที่อยู่ในกลุ่มผู้จี้เครื่องบินของตนเองที่ขับเครื่องบินหลังจากที่ห้องนักบินถูกยึด^{[ 13 ] [ 16 ]} Hani Hanjourนักบินผู้จี้เครื่องบินเที่ยวบินที่ 77 ไม่ได้อยู่ในกลุ่มนี้^{[ 17 ]}นอกจากผู้ที่ bin al-Shibh ระบุไว้แล้ว ผู้สืบสวนยังพบว่ามีชายคนอื่นๆ เป็นสมาชิกด้วย^{[ 13 ] [ 18 ] [ 19 ]}

สมาชิกกลุ่มแรกๆ ที่อัตตาพบที่มัสยิด ได้แก่ อัล-เชห์ฮี, จาร์ราห์, มูนีร์ เอล-โมตัสซาเดกและซาอิด บาฮาจี^{[ 20 ] [ 13 ] [ 21 ] [ 10 ]}อัล-เชห์ฮีเป็นมุสลิมที่เคร่งครัดจากสหรัฐอาหรับเอมิเรตส์ และกำลังศึกษาอยู่ที่ฮัมบูร์กผ่านโครงการทุนการศึกษาที่ดำเนินการโดยกองทัพเอมิเรตส์ [ ^{13 ] จา}ร์ราห์มาจากครอบครัวมุสลิมชาวเลบานอน แต่ส่วนใหญ่ไม่ได้เคร่งศาสนาเมื่อเขามาศึกษาในเมืองนี้^{[ 13 ] [ 10 ]}เขาเริ่มปฏิบัติตามกฎของศาสนาอิสลามหลังจากไปเยี่ยมมัสยิด^{[ 13 ] [ 11 ] [ 10 ]}เอล-โมตัสซาเดกและบาฮาจีมาจากโมร็อกโก^{[ 13 ] [ 22 ] [ 16 ]}คนหลังเคยรับราชการในกองทัพเยอรมัน เป็นเวลาห้าเดือน จนกระทั่งถูกปลดประจำการด้วยเหตุผลทางการแพทย์^{[ 13 ]}

มามูน ดาร์กาซานลีผู้ดูแลมัสยิดอัลกุดส์ก็เป็นสมาชิกด้วยเช่นกัน^{[ 13 ] [ 23 ]}ก่อนเหตุการณ์ 9/11 สหรัฐฯ ทราบว่าดาร์กาซานลีมีความเกี่ยวข้องกับอัล-เคดา และขอให้ทางการเยอรมนีหยุดเขา อย่างไรก็ตาม ในขณะนั้นเยอรมนีไม่มีกฎหมายห้ามการเป็นส่วนหนึ่งขององค์กรก่อการร้ายต่างชาติ ดังนั้นพวกเขาจึงไม่ดำเนินการ^{[ 13 ]}

สมาชิกชาวโมร็อกโกอีกสองคน ได้แก่Zakariya Essabarซึ่งย้ายไปเยอรมนีเพื่อศึกษาต่อ และถูกปลุกระดมที่มัสยิด^{[ 13 ] [ 24 ]} Abdelghani Mzoudiเป็นเพื่อนของ el-Motassadeq ^{[ 22 ] [ 16 ]}มีสมาชิกจากแอลจีเรียสองคนNaamen Mezicheเกิดในแอลจีเรีย และเป็นพลเมืองฝรั่งเศสเมื่อเขาเข้าร่วมกลุ่ม เขาแต่งงานกับลูกสาวของนักเทศน์หัวรุนแรงทางศาสนาอิสลามชื่อ Mohammed El Fazazi ^{[ 18 ] [ 25 ]}มีข้อมูลยืนยันเพียงเล็กน้อยเกี่ยวกับสมาชิก Ahmed Taleb ก่อนที่เขาจะเข้าร่วม นอกเหนือจากต้นกำเนิดชาวแอลจีเรียของเขา เขาอายุ 48 ปีในเดือนสิงหาคม 2544 ซึ่งแก่กว่าสมาชิกคนอื่นๆ^{[ 19 ] [ 26 ] [ 27 ]}เขาอาจเคยติดต่อกับAbu Zubaydahผู้บัญชาการอันดับสามของอัล-เคดา จนกระทั่งถูกจับกุมในปี 2546 ^{[ 26 ]}

เมื่อบาฮาจีเข้าร่วม ทางการเยอรมันกำลังสอบสวนเขาในข้อหาเกี่ยวข้องกับผู้ก่อการร้ายอิสลามจากซีเรียชื่อโมฮัมเหม็ด ไฮดาร์ ซัมมาร์การสอบสวนถูกปิดลง เนื่องจากไม่พบหลักฐานว่าทั้งคู่ก่ออาชญากรรม^{[ 13 ] [ 28 ]}ความเชื่อทางศาสนาอิสลามและญิฮาดของบาฮาจีมาจากซัมมาร์^{[ 28 ]} ซัมมาร์เป็น นักบวชท้องถิ่นและช่างซ่อมรถยนต์ซึ่งเคยเป็นสมาชิกของกลุ่มภราดรภาพมุสลิมในซีเรียรวมถึงเป็นนักรบญิฮาดในสงครามบอสเนีย (1992–1995) และสงครามในอัฟกานิสถาน เขายังคงสนใจญิฮาด ที่รุนแรง เมื่อเข้าร่วม^{[ 10 ] [ 18 ] [ 15 ]}เช่นเดียวกับบาฮาจี เขาถูกหน่วยงานตำรวจอาชญากรรมแห่งสหพันธรัฐ เยอรมัน (BKA) และซีไอเอ จับตาดู โดยที่เขาไม่รู้ตัว ความพยายามของ BKA และ CIA ไม่ละเอียดถี่ถ้วนพอที่จะจับกลุ่มที่วางแผนเหตุการณ์ 9/11 ได้^{[ 10 ]}เจ้าหน้าที่ได้อธิบายว่าชายทั้งสองเป็นบุคคลเพียงคนเดียวที่รวบรวมสมาชิกของกลุ่มเข้าด้วยกัน^{[ 10 ] [ 29 ]}

ตลอดหลายเดือนในปี 1999 สมาชิกกลุ่มได้ชมภาพการต่อสู้ของกลุ่มญิฮาดในอัฟกานิสถาน บอสเนีย และเชชเนียภูมิภาคหลังนี้ได้รับการยอมรับในระดับนานาชาติว่าเป็นสาธารณรัฐของรัสเซียแต่มีกลุ่มแบ่งแยกดินแดนอาศัยอยู่กองทัพของรัฐที่แยกตัวออกมา ซึ่งไม่ได้รับการยอมรับ ในชื่อสาธารณรัฐเชชเนียแห่งอิช เคเรีย รวมถึงกลุ่มติดอาวุธชาวเชชเนียที่นับถือศาสนาอิสลาม ได้ก่อกบฏต่อรัสเซียในช่วงสงครามเชชเนียครั้งที่สอง (1999–2009) เมื่อได้เห็นการต่อสู้ของกลุ่มอิสลาม สมาชิกกลุ่มนี้จึงเกิดแรงบันดาลใจที่จะเข้าร่วมการต่อสู้ด้วยตนเอง^{[ 10 ] [ 15 ] [ 30 ] [ 31 ]}สมาชิกเกือบทั้งหมดหยุดติดต่อกับครอบครัว^{[ 13 ]}ไม่มีผู้หญิงคนใดเข้าร่วมงานแต่งงานของบาฮาจีที่มัสยิดอัลกุดส์ในเดือนตุลาคม 1999 แม้แต่เจ้าสาวของเขา อัตตา อัลเชห์ฮี บิน อัลชิบห์ และจาร์ราห์ เข้าร่วมงาน บิน อัล-ชิบห์ เป็นผู้กล่าวสุนทรพจน์หลักในงาน และเขาได้กระตุ้นให้แขกคนอื่นๆ ต่อสู้กับชาวยิว^{[ 32 ] [ 33 ]}

หลังเหตุการณ์ 9/11 ไม่นาน ทางการเยอรมนีพบว่ากลุ่มดังกล่าววางแผนจี้เครื่องบินสหรัฐฯ โดยอิสระจากอัล-เคดา และเข้าร่วมแผนการที่คล้ายกันของอัล-เคดาในระหว่างดำเนินการ อย่างไรก็ตาม ข้อเท็จจริงนี้ถูกหักล้างในปี 2004 โดยคณะกรรมการสอบสวนเหตุการณ์ 9/11 ของรัฐบาลสหรัฐฯ ซึ่งสรุปผลจากคำสอบสวนของบิน อัล-ชิบห์ หลังจากการจับกุมเขาในปี 2002 คณะกรรมการอ้างว่าในช่วงปลายปี 1999 สมาชิกกลุ่มดังกล่าวขึ้นรถไฟที่มุ่งหน้าไปทางตะวันออก ซึ่งเป็นทิศทางของเชชเนีย และโดยบังเอิญ สมาชิกอัล-เคดาชื่อคาลิด อัล-มาสรีก็อยู่บนรถไฟขบวนเดียวกัน เขาได้พบกับกลุ่มดังกล่าว จากนั้นก็ชักชวนให้พวกเขาร่วมองค์กร ก่อนหน้านี้ เซลล์ดังกล่าวไม่มีความเชื่อมโยงกับอัล-เคดา และไม่มีเจตนาที่จะโจมตีสหรัฐฯ เจ้าหน้าที่หน่วยข่าวกรองของเยอรมนี แมนเฟรด เมอร์ค กล่าวว่า ผลการค้นพบนี้ช่วยให้เขาเข้าใจว่าเหตุใดการเฝ้าระวังกลุ่มหัวรุนแรงอิสลามในประเทศของเยอรมนีก่อนเหตุการณ์ 9/11 จึงไม่สามารถจับแผนการดังกล่าวได้ เพราะแผนการนี้ไม่ได้จัดทำขึ้นในฮัมบูร์ก^{[ 15 ]}

หลังจากพบกับอัล-มาสรีแล้ว อัตตา อัล-เชห์ฮี บิน อัล-ชิบห์ และจาร์ราห์ ก็เดินทางเข้าอัฟกานิสถานแยกกันเพื่อพบกับผู้นำของอัล-เคดา ทั้งสี่คนได้รับการฝึกฝนให้เป็นผู้ก่อการร้ายญิฮาด และได้รับฟังแผนการจี้เครื่องบินโดยสารของอเมริกา^{[ 10 ] [ 15 ]}ในที่สุดสมาชิกบางส่วนก็ได้พบกันในอัฟกานิสถาน ภาพวิดีโอดิบที่มีการประทับเวลาวันที่ 8 มกราคม แสดงให้เห็นผู้คนหลายคนกำลังดูบิน ลาเดนพูดที่ ฐานฝึกอบรม ทาร์นัคฟาร์ม ของอัล-เคดา ในประเทศนั้น ซึ่งรวมถึงอัตตา บิน อัล-ชิบห์ จาร์ราห์ เจ้าหน้าที่อัล-เคดา อบู ฟาราจ อัล-ลิบบีและ ไซฟ์ อัล-อาเดล และ ฟา ฮิด โมฮัมเหม็ด อัลลี มซาลัม ซึ่งคนหลังนี้ถูกต้องการตัวในข้อหาเข้าร่วมใน การวางระเบิดสถานทูตสหรัฐฯ ในแอฟริกาตะวันออกของอัล-เคดาในปี 1998 ภาพวิดีโอที่คล้ายกันซึ่งบันทึกเวลาไว้เมื่อวันที่ 18 มกราคม แสดงให้เห็น Atta และ Jarrah กำลังกล่าวถึงพินัยกรรมฉบับ สุดท้ายของพวกเขา และกำลังพูดคุยเกี่ยวกับเอกสารที่ไม่ระบุรายละเอียดบนพื้นข้างๆ พวกเขา การบันทึกก่อนหน้านี้มีแนวโน้มที่จะถูกนำไปใช้ในวิดีโอโฆษณาชวนเชื่ออย่างเป็นทางการของอัล-เคดา การบันทึกทั้งสองรายการถูกเผยแพร่ในปี 2549 ความพยายามในภายหลังของเจ้าหน้าที่ในการอ่านริมฝีปากของ Atta และ Jarrah เกี่ยวกับการพูดคุยเรื่องเอกสารนั้นไม่เป็นผลสำเร็จ^{[ 34 ]}สมาชิกกลุ่มที่ไปเยือนอัฟกานิสถานในที่สุดก็กลับไปยังฮัมบูร์ก^{[ 10 ] [ 15 ]}

ระหว่างปี 1998 ถึง 2000 Bahaji, bin al-Shibh และ Essabar อาศัยอยู่กับ Atta ในอพาร์ตเมนต์ของเขาบนถนน Marienstraße (Marien Street) ในฮัมบูร์ก ที่นั่น กลุ่มดังกล่าวได้วางแผนรายละเอียดของการจี้เครื่องบินของอัล-เคดา^{[ 20 ] [ 13 ] [ 35 ]}ผู้สอบสวนมีความเห็นไม่ตรงกันว่า Jarrah เคยอาศัยอยู่ที่นั่นหรือไม่^{[ 35 ] [ 36 ]}ที่น่าสังเกตคือ Jarrah เป็นสมาชิกเพียงคนเดียวที่ยังคงติดต่อกับครอบครัวในช่วงวางแผนการโจมตี ครอบครัวของเขาพยายามโน้มน้าวให้เขาหันเหออกจากลัทธิอิสลาม และเขาอาจมีข้อสงสัยเกี่ยวกับการเข้าร่วมในการจี้เครื่องบินด้วยซ้ำ ในช่วงกลางปี ​​2001 ขณะที่อาศัยอยู่ในสหรัฐอเมริกา เขาได้ละทิ้งบทบาทของตนในฐานะผู้จี้เครื่องบินที่คาดการณ์ไว้ชั่วคราว หนึ่งหรือสองครั้ง^{[ 10 ] [ 13 ]}

บิน อัล-ชิบห์ ได้รับเลือกจากผู้บังคับบัญชาระดับสูงของอัล-เคดาให้เป็นผู้ก่อการร้าย และเขาได้ทำวิดีโอประกาศว่าเขาจะเป็นผู้พลีชีพ^{[ 13 ]}อย่างไรก็ตาม เขาไม่สามารถขอวีซ่าเดินทาง ไปอเมริกาได้ ดังนั้นเขาจึงทำหน้าที่เป็นผู้ประสานงานระหว่างกลุ่มกับผู้นำของอัล-เคดา ซึ่งเกี่ยวข้องกับงานหลายอย่าง รวมถึงการแจ้งให้กลุ่มทราบเกี่ยวกับการโอนเงินจากผู้บังคับบัญชาระดับสูง^{[ 20 ] [ 13 ]}เอล-โมตัสซาเดก ช่วยเหลือด้านโลจิสติกส์และจ่ายค่าใช้จ่ายของสมาชิกบางคน เช่นค่าเล่าเรียนของ นักเรียน ^{[ 37 ] [ 38 ]}เขายังมีอำนาจในการจัดการบัญชีธนาคารของอัล-เชห์ฮี และลงนามในพินัยกรรมของอัตตา^{[ 16 ]}บาฮาจีเป็นผู้เชี่ยวชาญด้านคอมพิวเตอร์ของกลุ่ม และเอสซาบาร์ช่วยพวกเขาในการปลอมแปลงและแก้ไขหนังสือเดินทาง^{[ 13 ]}

ในเดือนมกราคม พ.ศ. 2543 เพื่อปกปิดเวลาที่พวกเขาอยู่ในอัฟกานิสถานจากเจ้าหน้าที่รักษาความปลอดภัยที่สนามบินนานาชาติ อัตตาและอัล-เชห์ฮีได้แจ้งว่าหนังสือเดินทาง ของพวกเขา ถูกขโมยและได้รับหนังสือเดินทางเปล่าฉบับใหม่ จาร์ราห์ก็ทำเช่นเดียวกันในเดือนกุมภาพันธ์^{[ 11 ]}ทั้งสามคนเดินทางออกจากเยอรมนีไปยังสหรัฐอเมริกาในปลายปีนั้น และลงทะเบียนเรียนที่Huffman Aviationซึ่งเป็นโรงเรียนสอนการบินในเมืองเวนิส รัฐฟลอริดา [ ^{13 ] [ 39 ] บิน}อัล-ชิบห์ ช่วยชายทั้งสามคนหาโรงเรียน และส่งเงิน 120,000 ดอลลาร์สหรัฐ ให้พวกเขา สำหรับค่าใช้จ่ายในการดำรงชีวิตในอเมริกา รวมถึงค่าเล่าเรียนด้วย^{[ 13 ]}เอล-โมตัสซาเดกยังคงจ่ายค่าเช่าบ้านของพวกเขาในเยอรมนีเพื่อให้ดูเหมือนว่าพวกเขาวางแผนที่จะกลับมา^{[ 37 ] [ 38 ]}เอสซาบาร์เดินทางออกจากฮัมบูร์กไปยังปากีสถานในวันที่ 30 สิงหาคม พ.ศ. 2544 เพื่อที่เขาจะได้ข้ามพรมแดนอัฟกานิสถานไปแจ้งผู้นำของอัล-เคดาถึงวันที่จะโจมตี^{[ 13 ] [ 15 ]}บาฮาจีเดินทางไปปากีสถานในวันที่ 3 กันยายน และอาจจะพักอยู่ที่นั่น^{[ 15 ] [ 40 ]}

ในปี 2004 คณะกรรมการสอบสวนเหตุการณ์ 9/11 อ้างว่าโมฮาเมดู อูลด์ สลาฮีชายชาวมอริเตเนีย มีบทบาทในการนำกลุ่มก่อการร้ายเดินทางไปยังอัฟกานิสถาน หลังจากพบกับอัล-มาสรีบนรถไฟไปยังเชชเนีย ในขณะที่กลุ่มก่อการร้ายนี้กำลังปฏิบัติการอยู่ หน่วยข่าวกรองของเยอรมนีและสหรัฐอเมริกาเชื่อว่าสลาฮีมีความเชื่อมโยงกับอัล-เคดา แต่ไม่ทราบว่าเขาอาศัยอยู่ในเยอรมนี เขาประกอบธุรกิจนำเข้าส่งออกในเมืองดุยส์บูร์กและคณะกรรมการกล่าวหาว่าบนรถไฟ อัล-มาสรีขอให้กลุ่มก่อการร้ายไปพบชายคนหนึ่งชื่อ "อาบู มูซาบ" ซึ่งก็คือสลาฮี ในเมืองนั้น ที่นั่น สลาฮีได้เตือนพวกเขาว่าการข้ามพรมแดนไปยังเชชเนียเป็นเรื่องยาก และบอกว่าพวกเขาควรไปที่ปากีสถานแทน เพื่อไปพบกับผู้ปฏิบัติงานของอัล-เคดาที่จะช่วยพวกเขาข้ามพรมแดนไปยังอัฟกานิสถานได้^{[ 10 ] [ 15 ] [ 50 ]}ไม่นานหลังจากเหตุการณ์ 9/11 สลาฮีถูกสหรัฐฯ จับตัวและส่งไปยังกวนตานาโม^{[ 15 ]}เขาถูกคุมขังอยู่ที่นั่นจนถึงปี 2016 เมื่อศาลในค่ายพบว่าข้อสรุปของคณะกรรมการ 9/11 เกี่ยวกับเขานั้นเป็นเท็จ ในช่วงที่จอร์จ ดับเบิลยู บุช ดำรงตำแหน่งประธานาธิบดีสลาฮีถูกทรมานด้วย " เทคนิคการสอบสวนขั้นสูง " ซึ่งเป็นชื่อที่ฝ่ายบริหารใช้เรียกการทรมานผู้ต้องขังอย่างเป็นระบบในศูนย์กักกันของอเมริกาทั่วโลก^{[ 51 ] [ 52 ] [ 53 ]}

ในเดือนกรกฎาคม พ.ศ. 2544 อัตตาได้พบกับรามซี บิน อัล-ชิบห์ในสเปนเพื่อหารือรายละเอียดของแผนการ และตัดสินใจขั้นสุดท้ายว่าเป้าหมายของผู้ก่อการร้ายคืออะไร บิน อัล-ชิบห์บอกเขาว่าบิน ลาเดนต้องการให้การโจมตีเกิดขึ้นโดยเร็วที่สุด^{[ 54 ]}ไม่นานหลังจากเหตุการณ์ 9/11 เจ้าหน้าที่เยอรมันระบุว่าบิน อัล-ชิบห์น่าจะย้ายไปปากีสถานหรืออัฟกานิสถาน ในขณะที่เจ้าหน้าที่ปากีสถานกล่าวว่าพวกเขาไม่มีบันทึกว่าเขาเข้าประเทศ สหรัฐฯ ประกาศว่าต้องการตัวเขาเนื่องจากมีความเชื่อมโยงกับกลุ่มก่อการร้าย^{[ 55 ]}

ในปี 2545 บิน อัล-ชิบห์ ถูกปากีสถานจับกุมในเมืองการาจีจากนั้นถูกส่งตัวให้กับสหรัฐอเมริกา^{[ 56 ] [ 47 ]}บิน อัล-ชิบห์ ถูกควบคุมตัวโดยซีไอเอ ซึ่งทรมานเขาเป็นเวลาสี่ปีในสถานที่ลับ ต่างๆ ที่ซีไอเอดำเนินการอยู่ทั่วโลก^{[ 47 ] [ 57 ]}ในระหว่างที่ถูกควบคุมตัว ทนายความของเขาได้เผยแพร่คำแถลงดังกล่าวจากเขาว่า สมาชิกของกลุ่มฮัมบูร์กมีเพียงเขา อัตตา อัล-เชห์ฮี และจาร์ราห์ เท่านั้น เรื่องนี้ถูกกล่าวถึงใน บทความ ของ CBSNews.comที่ประทับเวลาไว้ในปี 2545 แต่บทความดังกล่าวน่าจะเขียนขึ้นในปี 2547 และบ่งชี้ว่าคำแถลงดังกล่าวถูกเผยแพร่ในเดือนสิงหาคม 2546 ^{[ 16 ]}

ในปี 2549 CIA ได้ส่งบิน อัล-ชิบห์ไปยังกวนตานาโม^{[ 13 ]}เช่นเดียวกับสลาฮี เขาถูกทรมานโดยเจ้าหน้าที่ของค่าย ในปี 2551 เขาถูกฟ้องร้องต่อศาลของค่ายในข้อหาเกี่ยวข้องกับกลุ่มดังกล่าว เขาตั้งใจที่จะแก้ต่างให้ตัวเองในการพิจารณาคดีในภายหลัง แม้ว่าจะยอมรับว่าเป็นสมาชิกก็ตาม ในการพิจารณาคดีที่เริ่มต้นในปี 2555 และดำเนินต่อไปอีกหลายปี เขาถูกดำเนินคดีร่วมกับผู้ต้องหาอีกสี่คนที่วางแผนเหตุการณ์ 9/11 ได้แก่ คาลิด เชค โมฮัมเหม็ด, อัมมาร์ อัล-บาลูชี , มุส ตาฟาอัล-ฮาวซาวีและวาลิด บิน อัตตาชในปี 2566 ทนายความของบิน อัล-ชิบห์ได้โต้แย้งสำเร็จว่าเขาไม่มีความสามารถทางจิตใจที่จะแก้ต่างให้ตัวเองในคดีร่วมกันเนื่องจากความเครียดทางจิตใจจากการถูกทรมานโดย CIA และเจ้าหน้าที่ของค่ายเป็นเวลาหลายปี จากนั้นผู้พิพากษาจึงย้ายเขาไปพิจารณาคดีแยกต่างหาก ซึ่งยังคงกำหนดไว้ว่าจะเกิดขึ้นในปี 2025 ^{[ 58 ] [ 46 ] [ 47 ]}

มูเนียร์ เอล-โมตัสซาเดก ถูกจับกุมในเยอรมนีสองเดือนหลังเหตุการณ์ 9/11 และถูกตั้งข้อหาว่ามีส่วนเกี่ยวข้องกับกลุ่มก่อการร้าย^{[ 21 ] [ 16 ]}ในช่วงเวลาเดียวกันนั้น อับเดลกานี มซูดี เพื่อนของเขาก็ถูกจับกุมที่นั่นเช่นกัน^{[ 16 ]}หลังจากที่สหรัฐฯ จับกุมบิน อัล-ชิบห์ และคาลิด เชค โมฮัมเหม็ด ได้แล้ว อัยการเยอรมันได้ขอให้สหรัฐฯ เรียกทั้งสองคนมาเป็นพยานในการพิจารณาคดีของเอล-โมตัสซาเดก แต่สหรัฐฯ ปฏิเสธ^{[ 6 ] [ 16 ]}ถึงกระนั้น เขาก็ถูกตัดสินว่ามีความผิด และต่อมาในปี 2003 ถูกตัดสินจำคุก 15 ปี อย่างไรก็ตาม คำพิพากษาของเขาถูกยกเลิกในภายหลัง เมื่อศาลตัดสินว่าการพิจารณาคดีของเขาน่าจะรวมถึงคำให้การดังกล่าวด้วย เอล-โมตัสซาเดกได้รับการปล่อยตัวจากเรือนจำ จากนั้นถูกจับกุมอีกครั้ง และการพิจารณาคดีใหม่ก็เริ่มต้นขึ้น^{[ 16 ]}เช่นเดียวกัน สหรัฐอเมริกาไม่อนุญาตให้บิน อัล-ชิบห์และโมฮัมเหม็ดเป็นพยานในการพิจารณาคดีของมซูดี เขาถูกตัดสินว่าไม่มีความผิดในปี 2547 เนื่องจากหากไม่มีคำให้การ อัยการก็ไม่มีหลักฐานที่เพียงพอต่อเขา เขาถูกเนรเทศไปยังโมร็อกโกในปี 2548 ^{[ 16 ] [ 59 ]}เอล-โมตัสซาเดกถูกตัดสินว่ามีความผิดในปี 2549 และถูกจำคุกตั้งแต่ปี 2550 ถึง 2561 ^{[ 60 ] [ 61 ] [ 21 ]}หลังจากได้รับการปล่อยตัว เขาก็ถูกเนรเทศไปยังโมร็อกโกเช่นกัน^{[ 21 ]}

หลังเหตุการณ์ 9/11 เยอรมนีเชื่อว่าโมฮัมเหม็ด ไฮดาร์ ซัมมาร์มีความเชื่อมโยงกับการโจมตี แต่เมื่อเขาวางแผนที่จะไปเยือนโมร็อกโกในเดือนตุลาคม ทางการเยอรมนีไม่มีหลักฐานเพียงพอที่จะปฏิเสธการออกหนังสือเดินทางชั่วคราวให้เขา เขาออกเดินทางไปโมร็อกโกในวันที่ 27 ตุลาคม และหายไปจากสายตาของหน่วยข่าวกรองเยอรมันจนกระทั่งเดือนมิถุนายน พ.ศ. 2545 เมื่อโมร็อกโกประกาศว่าพวกเขาจับกุมซัมมาร์ได้ และสหรัฐฯ ได้ช่วยเหลือพวกเขาในการส่งตัวเขากลับไปยังซีเรียเพื่อสอบสวนโดยเจ้าหน้าที่อเมริกัน ซีเรียเป็นพันธมิตรกับสหรัฐฯ ในสงครามต่อต้านการก่อการร้ายเพื่อช่วยแก้ปัญหาการก่อการร้ายที่สำคัญของพวกเขา ทางการเยอรมนีไม่พอใจที่สหรัฐฯ ไม่แจ้งให้พวกเขาทราบว่าพวกเขากำลังส่งพลเมืองเยอรมันไปยังประเทศที่รัฐบาลในขณะนั้นไม่ได้คำนึงถึงสิทธิมนุษยชน อย่าง แท้จริง^{[ 62 ]} ซัมมาร์ถูกจำคุกที่นั่นจนถึงปี พ.ศ. 2557 เมื่อเขาได้รับการปล่อยตัวในการแลกเปลี่ยนนักโทษระหว่างซีเรียและกลุ่มติดอาวุธอิสลามAhrar al-Sham ^{[ 63 ]}จากนั้นเขาเข้าร่วมกับกลุ่มรัฐอิสลามซึ่งเป็นองค์กรติดอาวุธที่มีอำนาจควบคุมทางเหนือของอิรักและซีเรียในช่วงกลางทศวรรษ 2010 และทำงานให้กับพวกเขามากมาย^{[ 64 ]}ในปี 2018 เขาถูกจับในซีเรียและถูกจำคุกที่นั่นอีกครั้ง^{[ 28 ] [ 65 ]}

เช่นเดียวกับกรณีของบิน อัล-ชิบห์ หลังจากการโจมตีไม่นาน เยอรมนีระบุว่าซาอิด บาฮาจีน่าจะย้ายไปปากีสถานหรืออัฟกานิสถาน ปากีสถานกล่าวว่าพวกเขาไม่มีบันทึกว่าเขาเดินทางมาที่นั่น และสหรัฐฯ ประกาศว่าเขาเป็นบุคคลที่ต้องการตัว^{[ 55 ]}ภายในปี 2010 เยอรมนีและสเปนออกหมายจับบาฮาจี^{[ 13 ]}ตั้งแต่ปี 2001 ถึง 2010 พบหลักฐานที่สนับสนุนการเข้าประเทศปากีสถานของเขา ระหว่างเหตุการณ์ 9/11 และปี 2004 เขาได้ส่งจดหมายและอีเมลไปยังญาติในเยอรมนี เจ้าหน้าที่ค้นพบและติดตามกลับไปยังปากีสถาน แม้ว่าจะไม่ใช่ที่อยู่เฉพาะเจาะจงก็ตาม^{[ 15 ]}ในบางช่วงเวลา เขาอาจมีความเกี่ยวข้องกับกลุ่มตาลีบันปากีสถานซึ่งในช่วงสงครามต่อต้านการก่อการร้าย ได้ยึดครองดินแดนที่ไม่มีการปกครองโดยพฤตินัยของรัฐบาลอัฟกานิสถานและปากีสถานตามแนวชายแดน^{[ 66 ] [ 67 ]}ระหว่างการปะทะกันที่นั่นในปี 2009เจ้าหน้าที่ปากีสถานยึดเมืองที่อยู่ภายใต้การควบคุมของตาลีบันคืนมาได้ และพบหนังสือเดินทางปากีสถานที่ออกให้แก่บาฮาจี ที่นั่น ^{[ 40 ]}ตามรายงานของคณะมนตรีความมั่นคงแห่งสหประชาชาติเขาเสียชีวิตที่ชายแดนในปี 2013 ^{[ 68 ]}อย่างไรก็ตาม ณ ปี 2025 เยอรมนียังคงมีหมายจับเขาอยู่^{[ 69 ]}

Zakariya Essabar เป็นสมาชิกกลุ่มคนที่สามที่เยอรมนีระบุว่าน่าจะอยู่ในอัฟกานิสถานหรือปากีสถาน และสหรัฐฯ ประกาศว่าต้องการตัวเขา คำกล่าวเหล่านี้มาจาก บทความ ของ Washington Postเมื่อวันที่ 23; ซึ่งแตกต่างจาก bin al-Shibh และ Bahaji บทความไม่ได้กล่าวถึงว่าปากีสถานมีบันทึกการเข้าประเทศของ Essabar หรือไม่^{[ 55 ]}เยอรมนีออกหมายจับ Essabar ภายในปี 2004 ^{[ 15 ]}และจนถึงปี 2011 สถานที่อยู่ของเขายังคงไม่เป็นที่ทราบแน่ชัด^{[ 70 ]}

เมื่อวันที่ 3 กันยายน 2544 บาฮาจีขึ้นเครื่องบินจากฮัมบูร์กไปยังอิสตันบูลพร้อมกับผู้โดยสารชายอีกสองคน ซึ่งในรายชื่อผู้โดยสารระบุชื่อว่า "อับเดลลาห์ โฮเซย์นี" และ "อัมมาร์ มูลา" แต่ชื่อเหล่านี้อาจไม่ใช่ชื่อจริง เนื่องจากหนังสือเดินทางของพวกเขา ซึ่งเป็นของฝรั่งเศสและเบลเยียมตามลำดับ ถูกพบว่าเป็นของปลอม เจ้าหน้าที่สืบสวนของเยอรมนีเชื่อว่า "มูลา" คือ อาห์เหม็ด ทาเลบ และ "โฮเซย์นี" คือ อิสมาอิล เบน มราเบเต ทั้งสองเป็นชายชาวแอลจีเรียอายุประมาณ 40 กว่าปี ซึ่งมีผู้ให้ข้อมูลแก่ตำรวจเยอรมนีกล่าวหาว่าทั้งสองเคยอยู่ในค่ายอัล-เคดาในอัฟกานิสถานร่วมกับบาฮาจีและเอสซาบาร์หลังเหตุการณ์ 9/11 ตั๋วเครื่องบินของ "โฮเซย์นี" และ "มูลา" ถูกซื้อก่อนเหตุการณ์ 9/11 นานแล้ว คือเมื่อวันที่ 14 สิงหาคม เป็นที่ทราบกันว่าหลังจากเที่ยวบินนั้น ทาเลบได้เดินทางไปยังการาจีและเควตตาประเทศปากีสถาน ในเมืองการาจี เขาพักอยู่ที่โรงแรมการาจีเอ็มบาสซีร่วมกับบาฮาจี มราเบเต และโมฮัมเหม็ด เบลฟัตมี สมาชิกอัล-เคดาจากแอลจีเรีย เมืองเควตตาตั้งอยู่ใกล้ชายแดนอัฟกานิสถาน และเป็น "จุดเริ่มต้นยอดนิยม" สำหรับผู้ที่ต้องการเดินทางเข้าไปในอัฟกานิสถานเพื่อก่อการร้าย^{[ 19 ] [ 26 ] [ 27 ]}

ในช่วงเวลาใดเวลาหนึ่งในวันที่ 11 กันยายนหรือใกล้เคียง Naamen Meziche ได้เดินทางออกจากฮัมบูร์กไปยังอัฟกานิสถาน และมีข่าวลือว่าเขาเสียชีวิตที่นั่นในปี 2011 ^{[ 70 ]}

มามูน ดาร์คาซานลีไม่ได้ถูกจับกุมเพราะอยู่ในกลุ่มที่ฮัมบูร์ก แต่ในปี 2547 สเปนได้ออก หมายจับ สหภาพยุโรป (EU) โดยกล่าวหาว่าเขามีส่วนเกี่ยวข้องกับกลุ่มอัล-เคดาอีกกลุ่มหนึ่งที่ก่อเหตุระเบิดรถไฟในมาดริดเมื่อต้นปีนั้น ความพยายามที่จะส่งตัวดาร์คาซานลีกลับไปยังสเปนถูกขัดขวางโดยผู้พิพากษาในเยอรมนี และต่อมาทางการเยอรมนีพบว่าหมายจับของสหภาพยุโรปขัดต่อรัฐธรรมนูญของเยอรมนีดังนั้นในปี 2548 เขาจึงได้รับการปล่อยตัว^{[ 13 ]}ในปี 2549 สเปนสรุปว่าการวางระเบิดในมาดริดไม่ได้กระทำโดยกลุ่มอัล-เคดา แต่เป็นกลุ่มอิสระ^{[ 71 ]}

มัสยิดอัลกุดส์ยังคงเปิดทำการหลังเหตุการณ์ 9/11 แม้ว่าเยอรมนีจะทราบว่ามัสยิดแห่งนี้มีส่วนเกี่ยวข้องกับการก่อการร้ายญิฮาด ในช่วงเวลานี้ มัสยิดอาจยังคงเชื่อมโยงกับอัล-เคดาผ่านผู้มาเยือนบ่อยครั้งชื่อ อาหมัด ซิดิกี^{[ 13 ] [ 72 ]}เขาอาศัยอยู่ในฮัมบูร์กตั้งแต่ปี 2001 ถึง 2009 จากนั้นจึงเดินทางไปปากีสถาน ซึ่งเขาได้รับการฝึกฝนในค่ายนักรบอิสลามหลายแห่ง^{[ 13 ] [ 73 ] [ 74 ]}ในเดือนกรกฎาคม 2010 ซิดิกีถูกจับกุมในอัฟกานิสถาน และถูกสอบสวนที่เรือนจำบากรามที่นั่น^{[ 13 ] [ 74 ]}ที่น่าสังเกตคือ สหรัฐฯ ทรมานนักโทษของบากรามในช่วงทศวรรษ 2000 และอาจยังคงทำเช่นนั้นอยู่จนถึงปี 2012 ^{[ 75 ] [ 76 ]}ตามข้อมูลของสหรัฐฯ ซิดิกีบอกพวกเขาว่าบิน ลาเดนเพิ่งสั่งให้อัล-เคดาก่อการร้ายโจมตีทั่วยุโรป ซึ่งจะคล้ายกับการโจมตีมุมไบในปี 2008ที่กระทำโดยลัชการ์ อี-ไทบา [ ^{13 ] [ 77 ] [ 72 ] ซิ}ดิกียังกล่าวอีกว่าที่ค่ายฝึกแห่งหนึ่ง เขาได้พบกับบาฮาจี^{[ 74 ]}ในเดือนสิงหาคม 2010 ทางการเยอรมนีบุกค้นและปิดมัสยิดเนื่องจากมีความเชื่อมโยงกับการก่อการร้าย ในเดือนตุลาคมการโจมตีด้วยโดรนทำให้มีผู้เสียชีวิต 5 คนในปากีสถาน ผู้ก่อเหตุยังไม่เป็นที่รู้จัก แต่ก่อนที่ซิดิกีจะถูกจับกุม เขาอาจให้ตำแหน่งเป้าหมายแก่อัล-เคดา^{[ 13 ] [ 78 ] [ 72 ]}แผนการของบิน ลาเดนถูกขัดขวางในที่สุดโดยเจ้าหน้าที่ยุโรป^{[ 79 ]}