ปฏิกิริยาที่คล้ายกับที่ใช้ในการผลิตสีย้อมอินดิโกนั้นพบได้ในประชากรทั่วไป^{[ 2 ]}ซึ่งขับสารเคมีปริมาณเล็กน้อยออกมาทางปัสสาวะ ปัสสาวะปกติที่ทำปฏิกิริยากับไฮโดรเจนเปอร์ออกไซด์บางครั้งอาจทำให้เกิดสีฟ้าอมเขียว ทริปโตเฟนจะถูกเปลี่ยนเป็นอินโดล ก่อน (ซึ่งถูกขับออกมาทางอุจจาระ) จากนั้นจึงเปลี่ยนเป็นอินดิแคนโดยแบคทีเรียในลำไส้ อินดิแคนซึ่งละลายน้ำได้จึงถูกขับออกมาทางปัสสาวะหลังจากดูดซึมจากลำไส้อินโดลจะถูกเปลี่ยนเป็น3-ไฮดรอกซีอินโดล ( อินดอกซิลหรืออินดิแคน)ในตับ ซึ่งจะถูกจับคู่กับกรดซัลฟิวริกหรือกรดกลูคูโรนิก อีกครั้ง ผ่าน ทางกระบวนการ เผาผลาญสารแปลกปลอม ตามปกติ จากนั้นจึงถูกขนส่งไปยังไตเพื่อขับออก^{[ 3 ] [ 4 ]}

เอนไซม์ "อินดอกซิลเอสเทอเรส" พบในมนุษย์และเกี่ยวข้องกับเส้นทางปฏิกิริยาเคมีอื่นที่เกี่ยวข้องกับอินดอกซิล^{[ 5 ]}

ผู้ที่เป็นโรคผ้าอ้อมสีน้ำเงินจะมีข้อบกพร่องใน การเผา ผลาญทริปโตเฟน ทริปโตเฟนจะถูกเปลี่ยนเป็นอินโดลก่อน จากนั้นจึงเปลี่ยนเป็นอินดิแคนโดยแบคทีเรียในลำไส้ อินดิแคนจะถูกขับออกมาทางปัสสาวะและจากนั้นไปยังผ้าอ้อม ซึ่งเมื่อสัมผัสกับอากาศ อินดิแคนจะถูกออกซิไดซ์โดยออกซิเจนในอากาศกลายเป็นสีย้อมอินดิโกสีน้ำเงิน

อินดิแคนรบกวนขั้นตอนเชิงพาณิชย์หลายอย่างในการวัดบิลิรูบินทั้งหมด^{[ 6 ]}ซึ่งอาจเป็นปัญหาสำหรับผู้ป่วยไตวายที่มีระดับอินดิแคนในเลือดสูง อาจทำให้เกิดอาการทางระบบทางเดินอาหารในผู้ป่วยที่มี การดูดซึม โปรตีนลดลง เช่น ในโรคฮาร์ทนัปทำให้เกิดการย่อยสลายของแบคทีเรียของทริปโตเฟนเป็นอินโดลและเปลี่ยนเป็นอินดิแคน ได้มากขึ้น