คำว่า "หมู่เกาะมาเลย์" มาจากแนวคิดของชาวยุโรปเกี่ยวกับ " เชื้อชาติมาเลย์ " (กลุ่มย่อยที่ไม่ใช่ชาวโอเชียเนียที่มีวัฒนธรรมคล้ายคลึงกันของชาวออสโตรเนเซียน ) ^{[ 7 ]}ซึ่งเป็นแนวคิดทางเชื้อชาติที่ล้าสมัยซึ่งเสนอโดยนักสำรวจชาวยุโรป^{[ 8 ]}

อัลเฟรด วอลเลซนักธรรมชาติวิทยาในศตวรรษที่ 19 ใช้คำว่า "หมู่เกาะมาเลย์" เป็นชื่อหนังสือที่มีอิทธิพลของเขาซึ่งบันทึกการศึกษาของเขาในภูมิภาคนี้ วอลเลซยังเรียกพื้นที่นี้ว่า "หมู่เกาะอินเดีย" และ "หมู่เกาะอินโด-ออสเตรเลีย" ^{[ 9 ] [ 10 ]}เขารวมหมู่เกาะโซโลมอนและคาบสมุทรมาเลย์ไว้ในภูมิภาคนี้ด้วยเนื่องจากมีความคล้ายคลึงกันทางกายภาพ^{[ 7 ]}ดังที่วอลเลซได้กล่าวไว้^{[ 11 ]}มีข้อโต้แย้งสำหรับการไม่รวมปาปัวนิวกินีด้วยเหตุผลทางวัฒนธรรมและภูมิศาสตร์: ปาปัวนิวกินีมีวัฒนธรรมที่แตกต่างจากประเทศอื่นๆ ในภูมิภาคนี้มาก และในทางธรณีวิทยาไม่ได้เป็นส่วนหนึ่งของทวีปเอเชียเช่นเดียวกับหมู่เกาะของชั้นหินซุนดา (ดูออสเตรเลีย )

Insulindiaเป็นคำศัพท์ทางภูมิศาสตร์ที่ค่อนข้างโบราณ^{[ 12 ] [ 13 ] [ 14 ]}สำหรับเอเชียตะวันออกเฉียงใต้ทางทะเล ซึ่งบางครั้งขยายไป ไกลถึงออสเตรเลีย^{[ 15 ]}พบได้บ่อยในภาษาโปรตุเกสและสเปน [ ^{16 ] [ 17 ] [ 18 ]}และบางครั้งก็ใช้ในประวัติศาสตร์ศิลปะหรือมานุษยวิทยา เพื่อ ^{อธิบาย}เขตเชื่อมต่อระหว่างวัฒนธรรมของโอเชียเนียและเอเชียตะวันออกเฉียง^{ใต้[ 19} ]

Insulindia ถูกใช้เป็น คำศัพท์ ทางภูมิรัฐศาสตร์ในการอภิปรายเชิงวิชาการเกี่ยวกับอดีตอาณานิคมของยุโรปในเอเชียตะวันออกเฉียงใต้ทางทะเล โดยเฉพาะอย่างยิ่งหมู่เกาะอินเดียตะวันออกของดัตช์และหมู่เกาะอินเดียตะวันออกของโปรตุเกส (" โปรตุเกส Insulindia ") ^{[ 20 ]}เช่นเดียวกับอดีตอาณานิคมของฝรั่งเศสในเอเชียตะวันออกเฉียงใต้ที่ยังคงเรียกว่า อินโด จีนฝรั่งเศส^{[ 21 ]}นอกจากนี้ยังใช้เพื่ออธิบายและระบุตำแหน่งของชาวจีนพลัดถิ่นทางวัฒนธรรม (" ชาวจีน Insulindia ") ^{[ 22 ]}ทั่วเกาะต่างๆ ในเอเชียตะวันออกเฉียงใต้^{[ 23 ]}

หมู่เกาะนี้ถูกเรียกว่า " อินเดียตะวันออก " ^{[ 24 ]}ตั้งแต่ปลายศตวรรษที่ 16 และตลอดช่วงยุคอาณานิคมของยุโรป บางครั้งก็ยังคงเรียกเช่นนั้น^{[ 3 ]}แต่การใช้คำว่า "อินเดียตะวันออก" ในวงกว้างนั้นรวมถึงอินโดจีนและอนุทวีปอินเดียด้วย

พ่อค้าและนักทำแผนที่ชาวอาหรับเรียกหมู่เกาะนี้ว่าจาซิเราะห์ อัล-จาวีหรือ หมู่เกาะชวา^{[ ​​25 ] [ 26 ]}ผู้คนที่มาจากภูมิภาคนี้มักถูกระบุด้วยชื่อ 'อัล-จาวี' ^{[ 27 ]}ต่อมาคำว่า 'จาวี' ถูกนำมาใช้กับอักษรจาวีซึ่งหมายถึงอักษรอาหรับที่ดัดแปลงมาใช้เขียนภาษามาเลย์^{[ 28 ]}

คำว่า " เอเชียตะวันออกเฉียงใต้ทางทะเล " ส่วนใหญ่มีความหมายเหมือนกัน โดยครอบคลุมทั้งเกาะต่างๆ ในเอเชียตะวันออกเฉียงใต้และชุมชนที่คล้ายเกาะใกล้เคียง เช่น ชุมชนที่พบในคาบสมุทรมาเลย์^{[ 29 ]}

วอลเลซใช้คำว่าหมู่เกาะมาเลย์เป็นชื่อหนังสือที่มีอิทธิพลของเขา ซึ่งบันทึกการศึกษาของเขาในภูมิภาคนี้ เขาเสนอสิ่งที่ต่อมาเป็นที่รู้จักในชื่อ " เส้นวอลเลซ " ซึ่งเป็นเส้นแบ่งเขตที่แยกพืชและสัตว์ของเอเชียและออสเตรเลีย เส้นแบ่งเขตยุคน้ำแข็งนี้เกิดขึ้นจากช่องแคบน้ำลึกระหว่างบอร์เนียวและสุลาเวสีและผ่านช่องแคบลอมบอกระหว่างบาหลีและลอมบอกปัจจุบันถือว่าเป็นพรมแดนด้านตะวันตกของ เขตเปลี่ยนผ่าน วอลเลซระหว่างภูมิภาคทางภูมิศาสตร์สัตว์ของเอเชียและออสเตรเลีย เขตนี้มีส่วนผสมของสายพันธุ์ที่มีต้นกำเนิดจากเอเชียและออสเตรเลีย รวมถึงสายพันธุ์เฉพาะถิ่นของตนเองด้วย