แม้ว่าคลาร์กจะเป็นสมาชิกอย่างเป็นทางการของรุ่นปี 1918 ที่โรงเรียนนายทหารเรือสหรัฐฯแต่จริงๆ แล้วเขาสำเร็จการศึกษาในรุ่นปี 1917 เขาถูกส่งไปประจำการที่เรือลาดตระเวนUSS North Carolina ซึ่งทำหน้าที่คุ้มกันกองทหารข้ามมหาสมุทรแอตแลนติก หลังจากสงครามโลกครั้งที่หนึ่งสิ้นสุดลง เขายังคงอยู่ในกองทัพเรือประจำการ โดยปฏิบัติหน้าที่ในทะเลบนเรือพิฆาตUSS Aaron Ward  , USS Aulick และUSS Brooks ในตะวันออกกลาง เขาเป็นผู้บังคับบัญชาเรือ Brooksเมื่อเขากลับมายังสหรัฐฯ จากนั้นก็ได้รับมอบหมายให้เป็นผู้บังคับบัญชาเรือUSS Bulmer  ซึ่งได้รับมอบหมายให้ปฏิบัติภารกิจบรรเทาทุกข์ในอเมริกาและตะวันออกใกล้ คลา ร์กกลับมายังสหรัฐฯ ในปี 1923 และได้รับการแต่งตั้งเป็นอาจารย์ผู้สอนที่โรงเรียนนายทหารเรือในช่วงปี 1923–1924 จากนั้นเขาไปที่ฐานทัพอากาศนาวิกโยธินเพนซาโคลาในฟลอริดาเพื่อฝึกบินและสำเร็จการศึกษาเป็นนักบินนาวิกโยธินเมื่อวันที่ 16 มีนาคม 1925

คลาร์กดำรงตำแหน่งที่หลากหลายตลอดช่วงที่เหลือของทศวรรษ 1920 และทศวรรษ 1930 ในปี 1925 เขาช่วยผู้บัญชาการจอห์น ร็อดเจอร์สเตรียมการสำหรับการบินครั้งแรกจากชายฝั่งตะวันตกไปยังฮาวายในปี 1925 และได้รับจดหมายชมเชยสำหรับการปฏิบัติหน้าที่นี้ ในปี 1926 เขาทำหน้าที่เป็นเจ้าหน้าที่การบินอาวุโสบนเรือUSS Mississippi ปีต่อมา เขาเป็นผู้ช่วยผู้บัญชาการกองเรือรบที่สาม และทำหน้าที่เป็นเจ้าหน้าที่การบินของกองเรือ ตั้งแต่ปี 1928 ถึง 1931 คลาร์กเป็นรองผู้บังคับบัญชา ของฐานทัพอากาศ นาวิกโยธินอนาคอสเทีย ในวอชิงตัน ดี.ซี. และในช่วงสองปีต่อมาดำรง ตำแหน่งผู้บังคับบัญชาของฝูงบินรบที่สอง ซึ่งประจำการอยู่บนเรือบรรทุกเครื่องบินUSS Lexington 

เขาดำรงตำแหน่งสมาชิกด้านการบินของคณะกรรมการตรวจสอบและสำรวจ กรมทหารเรือ ตั้งแต่ปี พ.ศ. 2476 ถึงกรกฎาคม พ.ศ. 2479 และระหว่างการปฏิบัติหน้าที่ในทะเลครั้งต่อไปในเดือนกรกฎาคม พ.ศ. 2479 ถึงมิถุนายน พ.ศ. 2480 เขาได้ดำรงตำแหน่งผู้ช่วยเจ้าหน้าที่ฝ่ายอากาศและผู้แทนประจำเรือ บรรทุกเครื่องบิน ของเรือ Lexington ^{[ 4 ]}ที่หน่วยบินประจำกองเรือNAS San Diegoรัฐแคลิฟอร์เนีย ตั้งแต่เดือนกรกฎาคม พ.ศ. 2480 ถึงพฤษภาคม พ.ศ. 2482 เขาเป็นเจ้าหน้าที่บริหารของฐานทัพอากาศประจำกองเรือ เพิร์ลฮาร์เบอร์ จากนั้นเขาดำรงตำแหน่งผู้ตรวจสอบอากาศยานของกองทัพเรือที่บริษัทCurtiss Aircraft Corporationเมืองบัฟฟาโล รัฐนิวยอร์ก

จากนั้นคลาร์กถูกส่งไปประจำการที่ฐานทัพอากาศนาวิกโยธินแจ็กสันวิลล์รัฐฟลอริดา ในตำแหน่งรองผู้บังคับการเรือ ตั้งแต่เดือนธันวาคม 1940 จนถึงเดือนพฤษภาคม 1941 ต่อมาเขาถูกย้ายไปประจำการบนเรือรบยูเอสเอส ยอร์กทาวน์ ในตำแหน่งรองผู้บังคับการเรือเช่นกัน เขาอยู่ในตำแหน่งนั้นเมื่อญี่ปุ่นโจมตีเพิร์ลฮาร์เบอร์และได้กลับไปยังตำแหน่งเดิมบนเรือ ย อร์กทาวน์ทันเวลาที่จะเข้าร่วมในการโจมตีหมู่ เกาะ กิลเบิร์ตและหมู่เกาะมาร์แชลล์

ในช่วงเริ่มต้นของการมีส่วนร่วมของสหรัฐฯ ในสงครามโลกครั้งที่สอง คลาร์กเป็นที่รู้จักในฐานะผู้บัญชาการที่ดุดัน พร้อมที่จะนำกลุ่มของเขาเข้าสู่การรบ^{[ 5 ]}เขาบัญชาการเรือบรรทุกเครื่องบินคุ้มกันUSS Suwannee ในมหาสมุทรแอตแลนติกและนอกชายฝั่งแอฟริกาเหนือระหว่างการยกพลขึ้นบกของฝ่ายสัมพันธมิตรในเดือนพฤศจิกายน พ.ศ. 2485 ( ปฏิบัติการทอร์ช ) จากนั้นเขาก็เข้ารับตำแหน่งผู้บัญชาการเรือUSS Yorktown (CV-10)  ที่ เพิ่งประจำการใหม่ ^{[ b ]}ในช่วงที่คลาร์กเป็นผู้บัญชาการ เรือYorktownได้กลายเป็นฉากของสารคดีเรื่องThe Fighting Ladyซึ่งให้รายละเอียดเกี่ยวกับการปฏิบัติการของเรือบรรทุกเครื่องบินในสงครามโลกครั้งที่สอง ในสารคดี คลาร์กถูกระบุเพียงแค่ชื่อเล่นว่า "Jocko" และให้เสียงพากย์โดยHarry Morgan ^{[ 6 ]}

ในเดือนมกราคม พ.ศ. 2487 พลเรือโทมาร์ค มิตเชอร์ได้แต่งตั้ง เรือ ยอร์กทาวน์เป็นเรือธง มิตเชอร์ประทับใจในความสามารถในการเดินเรือและจิตวิญญาณการต่อสู้ของคลาร์ก ในเดือนกุมภาพันธ์ พ.ศ. 2487 คลาร์กได้รับการเลื่อนยศเป็นพลเรือตรีและถูกย้ายไปประจำการชั่วคราวที่กองกำลังเฉพาะกิจที่ 58โดยยังคงรายงานต่อมิตเชอร์ ซึ่งในขณะนั้นเป็นผู้บัญชาการกองกำลังเฉพาะกิจเรือบรรทุกเครื่องบินเร็วในกองเรือที่ 5เนื่องจากตำแหน่งผู้บัญชาการกองกำลังเฉพาะกิจทั้งหมดถูกครอบครองแล้ว คลาร์กจึงชักธงของเขาขึ้นบนเรือบรรทุกเครื่องบินลำใหม่USS Hornet (CV-12)   [ ^{c ] [ d ] แต่}ในไม่ช้ามิตเชอร์ก็ผิดหวังกับผลงานของพลเรือตรีชาร์ลส์ อลัน พาวนอลล์ผู้บัญชาการกองกำลังเฉพาะกิจที่ 3 และเปลี่ยนตัวเขาด้วยคลาร์ก คลาร์กบัญชาการกองกำลังนี้ในยุทธการหมู่เกาะมาเรียนาสและในหลายโอกาสกองกำลังเฉพาะกิจของเขาถูกส่งไปทางเหนือเพื่อสกัดกั้นเครื่องบินญี่ปุ่นที่บินลงมาจากญี่ปุ่นผ่านเกาะต่างๆ ระหว่างทาง กลุ่มบินของเขาทำการโจมตีทางอากาศบนเกาะชิจิจิมะและอิโวะจิมะบ่อยครั้งจนลูกเรือของกองเรือบรรทุกเครื่องบินเร็วตั้งฉายาให้ว่า "จ็อกโกจิมะ" ^{[ 7 ] [ e ]}

คลาร์กบัญชาการกลุ่มภารกิจของเขาร่วมกับกองกำลังเฉพาะกิจที่ 58 ที่เหลือในการรบที่ทะเลฟิลิปปินส์เรือธงของเขาคือเรือบรรทุกเครื่องบินฮอร์เน็ตในวันที่สองของการรบ เมื่อเครื่องบินของเขากลับมาหลังจากพระอาทิตย์ตกดิน คลาร์กสั่งให้เรือของเขาเปิดไฟ ทำให้เครื่องบินส่วนใหญ่สามารถลงจอดได้อย่างปลอดภัย^{[ 8 ]}

คลาร์กเป็นผู้บัญชาการกองกำลังเรือบรรทุกเครื่องบินเร็ว (TF 77) ในช่วงสงครามเกาหลีต่อมาเขาได้รับการเลื่อนยศเป็นพลเรือโทและขึ้นเป็นผู้บัญชาการกองเรือที่ 7ขณะดำรงตำแหน่งผู้บัญชาการกองเรือที่ 7เขาได้ใช้เรือUSS New Jersey เป็นเรือธง ก่อนที่จะเกษียณอายุราชการจากกองทัพเรือในวันที่ 1 ธันวาคม 1953 เขาได้รับการเลื่อนยศเป็นพลเรือเอก