เมื่อวันที่ 17 กันยายน พ.ศ. 2482 กองทัพโซเวียตได้โจมตีโปแลนด์ตะวันออก ซึ่งเป็นส่วนหนึ่งของ การรุกรานโปแลนด์ร่วมกันของเยอรมนีและโซเวียตหลังจากการแบ่งประเทศโดยกองกำลังยึดครองภูมิภาควิลนีอุสถูกโอนไปยังลิทัวเนียซึ่งเป็นอิสระในขณะนั้น เมื่อวันที่ 18 Mackiewicz ได้ตีพิมพ์บทความแสดงความยินดีต่อการถอนตัวของบอลเชวิกจากวิลนีอุส ส่งผลให้เขาถูกกล่าวหาว่าต่อต้านโปแลนด์และสนับสนุนลิทัวเนีย [ ^{4 ​​] Mackiewicz}ยังคงอยู่ในวิลนีอุส และระหว่างเดือนตุลาคม พ.ศ. 2482 ถึงพฤษภาคม พ.ศ. 2483 เขาเป็นผู้จัดพิมพ์และบรรณาธิการบริหารของGazeta Codzienna ( หนังสือพิมพ์รายวัน ) ซึ่งเป็นหนังสือพิมพ์รายวันภาษาโปแลนด์ที่ต่อต้านชาตินิยมและต่อต้านโซเวียตในวิลนีอุสที่อยู่ภายใต้การควบคุมของลิทัวเนีย ในบทความของเขา เขาพยายามริเริ่มการเจรจาทางการเมืองระหว่างชาวลิทัวเนียและชาวโปแลนด์ ในเดือนพฤษภาคม ปี 1940 รัฐบาลลิทัวเนียได้สั่งห้ามเขาไม่ให้ดำรงตำแหน่งเป็นผู้จัดพิมพ์และนักข่าวอีกต่อไป

หลังจากสหภาพโซเวียตบุกและผนวกลิทัวเนียเมื่อวันที่ 15 มิถุนายน พ.ศ. 2483 แมคคีวิชเลิกประกอบอาชีพและไปทำงานเป็นคนตัดไม้และคนขับรถม้า ในเดือนมิถุนายน พ.ศ. 2484 กองทัพเยอรมันเข้ายึดครองลิทัวเนีย ในช่วงสี่เดือนแรกของการยึดครอง แมคคีวิชกลับมาทำงานเป็นนักข่าวให้กับหนังสือพิมพ์ภาษาโปแลนด์ที่เยอรมันจัดทำชื่อGoniec Codziennyซึ่งเขาได้ตีพิมพ์บทความต่อต้านโซเวียตหลายบทความและข้อความบางส่วนจากหนังสือเล่มหนึ่งของเขา^{[ 4 ]}

ในปี พ.ศ. 2485 เขาได้เห็นการสังหารหมู่ที่โปนารี ซึ่งมี ชาวยิวโปแลนด์ประมาณ 100,000 คนถูกสังหารโดยหน่วย SD , SS ของเยอรมัน และผู้ร่วมมือกับนาซีชาวลิทัวเนียYpatingasis būrysซึ่งเขาได้บรรยายไว้ในหนังสือของเขาในปี พ.ศ. 2512 ชื่อ Nie trzeba głośno mówić (ไม่ควรพูดออกมาดังๆ) ^{[ 5 ]}ในช่วงปลายปี พ.ศ. 2485 (ต้นปี พ.ศ. 2486) เขาถูกตัดสินประหารชีวิตโดยกลุ่มต่อต้านเนื่องจากผลงานของเขาที่Gazeta CodziennaและGoniec Codziennyคำตัดสินนั้นไม่ได้ถูกดำเนินการ และต่อมาถูกยกเลิกอย่างเป็นทางการ^{[ 6 ]}

ในเดือนเมษายน ปี 1943 แมคคีวิชได้รับเชิญจากคณะกรรมการระหว่างประเทศเรื่องคาทีนซึ่งนำโดยเจ้าหน้าที่เยอรมันผู้ยึดครอง ให้ไปยังสถานที่เกิดเหตุการณ์สังหารหมู่คาทีนโดยได้รับความยินยอมจากรัฐบาลพลัดถิ่นของโปแลนด์เขาได้ช่วยในการขุดค้นหลุมฝังศพหมู่ครั้งแรกของเจ้าหน้าที่โปแลนด์ที่ถูกสังหารโดยหน่วยNKVD ของโซเวียต ที่นั่นในปี 1940 เมื่อเขากลับไปยังวิลนีอุส หนังสือพิมพ์รายวันท้องถิ่นที่ได้รับการสนับสนุนจากเยอรมันชื่อGoniec Codziennyได้ตีพิมพ์บทสัมภาษณ์ของแมคคีวิชในชื่อเรื่อง "Widziałem na własne oczy" ("ฉันเห็นด้วยตาของฉันเอง") ต่อมาเขาเดินทางไปอิตาลีและทำงานให้กับกองทัพที่ 2 (โปแลนด์)ในฐานะนี้ เขาได้รวบรวมเอกสารที่เกี่ยวข้องโดยตรงกับการสังหารหมู่ที่คาติน ภายใต้ชื่อZbrodnia katyńska w świetle dokumentów (การสังหารหมู่ที่คาตินในมุมมองของหลักฐานใหม่) ซึ่งตีพิมพ์ในปี 1948 โดยมีคำนำโดยพลเอกวลาดิสลาฟ อันเดอร์สในเวลาเดียวกัน เขาได้เขียนหนังสือของตนเองภายใต้ชื่อKatyń. Zbrodnia bez sądu i kary (คาติน การฆาตกรรมโดยไม่มีการพิจารณาคดีหรือคำพิพากษา) ฉบับพิมพ์ครั้งแรกในภาษาโปแลนด์ถูกทำลายโดยสำนักพิมพ์ในลอนดอนสหราชอาณาจักร ด้วยเหตุผลทางการเมือง ในปี 1949 เขาได้ตีพิมพ์ฉบับภาษาเยอรมันKatyn – ungesühntes Verbrechenในซูริค สวิตเซอร์แลนด์ ในปี 1951 เขาได้ตีพิมพ์หนังสือฉบับภาษาอังกฤษในชื่อThe Katyn Wood Murdersซึ่งเป็นหนังสือภาษาอังกฤษเล่มแรกเกี่ยวกับเรื่องนี้ (ฉบับภาษาอิตาลีในปี 1954 ในชื่อIl Massacro della foresta di Katynฉบับภาษาสเปนในปี 1957 ในชื่อLas Fosas de Katynและฉบับภาษารัสเซียที่ตีพิมพ์ในแคนาดาในปี 1988 ในชื่อКатынь ) ในปี 1952 เขาได้ให้การต่อหน้าคณะกรรมการวุฒิสภาสหรัฐฯที่รู้จักกันในชื่อ "คณะกรรมการคัดเลือกเพื่อสืบสวนและศึกษาข้อเท็จจริง หลักฐาน และสถานการณ์ของการสังหารหมู่ในป่าคาติน" เกี่ยวกับลักษณะการฆ่าล้างเผ่าพันธุ์ของการสังหารหมู่ที่คาติน (ฉบับภาษาโปแลนด์ของKatyń. Zbrodnia bez sądu i karyตีพิมพ์ในปี 1997 ในโปแลนด์ และอีกครั้งภายใต้ชื่อที่แตกต่างกัน: Sprawa mordu katyńskiego. Ta książka była pierwszaในปี 2009)

ในปี พ.ศ. 2485 Mackiewicz ถูกกล่าวหาว่าร่วมมือกับเยอรมันในช่วงที่ถูกยึดครองเนื่องจากงานของเขาในฐานะนักข่าวและผู้จัดพิมพ์ที่Gazeta CodziennaและGoniec Codzienny [ ^{4 ] ใน}บทความเหล่านี้ Mackiewicz ได้เสนอแนวคิดหลายประการ โดยเฉพาะอย่างยิ่งการกลับคืนสู่พรมแดนของโปแลนด์ก่อนสงครามเป็นเพียงความฝันลมๆ แล้งๆ และไม่ใช่ข้อสมมติฐานที่มีประโยชน์ ซึ่งชาวโปแลนด์ในท้องถิ่นบางคนในขณะนั้นถือว่าเป็นเรื่องที่คิดไม่ถึง

เขายังประกาศอีกว่าการต่อต้านผู้รุกรานเพียงรายเดียวคือเยอรมนี (เช่นเดียวกับการต่อต้านของโปแลนด์) มีความหมายเหมือนกับการช่วยเหลือผู้รุกรานรายที่สองคือสหภาพโซเวียต เพราะเจตนาของพวกเขานั้นเหมือนกัน แต่การต่อต้านคอมมิวนิสต์นั้นสำคัญกว่า^{[ 1 ]}

^{ในช่วงสี่เดือนแรกของการยึดครองของเยอรมัน Mackiewicz ทำงานเป็นนักข่าวให้กับหนังสือพิมพ์โฆษณาชวนเชื่อภาษาโปแลนด์ ที่}นาซีควบคุมGoniec Codzienny [ ^{7 ]}ซึ่งเขาได้ตีพิมพ์บทความต่อต้านโซเวียตหลายบทความ และข้อความบางส่วนจากนวนิยายของเขาเรื่องDroga Donikąd (The Road to Nowhere)

งานนี้ภายใต้การยึดครองของนาซี และความสงสัยเกี่ยวกับการกลับคืนสู่พรมแดนโปแลนด์ก่อนสงคราม ส่งผลให้เขาถูกศาลพิเศษของกองทัพบ้านเกิด (การต่อต้านใต้ดินของโปแลนด์) ตัดสินประหารชีวิต อย่างไรก็ตาม การประหารชีวิตนี้ไม่เคยถูกดำเนินการ และต่อมาถูกยกเลิกอย่างเป็นทางการ สถานการณ์รอบด้านนี้ไม่ชัดเจน^{[ 4 ]}

ตามที่Czesław Miłosz กล่าว เขาไม่ใช่ผู้ร่วมมือ^{[ 1 ]} Miłosz กล่าวว่าในปี พ.ศ. 2490 Mackiewicz ได้รับการยกเว้นความผิดโดยสิ้นเชิงและเป็นเรื่องที่ถกเถียงกันได้ว่าคำวิจารณ์ที่เป็นที่นิยมเกี่ยวกับนวนิยายของเขาได้รับอิทธิพลจากความเห็นอกเห็นใจโซเวียตของฝ่ายตรงข้ามของเขามากน้อยเพียงใด

ข้อกล่าวหาดังกล่าวส่งผลเสียต่อการรับรู้ของชาวโปแลนด์ที่มีต่อ Mackiewicz และผลงานของเขา โดยเฉพาะอย่างยิ่งหลังสงครามโลกครั้งที่สอง^{[ 1 ]}