ไม่ทราบวันที่ก่อสร้างที่แน่นอนของปราสาทเคานาสแห่งแรก ข้อมูลทางโบราณคดีบ่งชี้ว่ามีการสร้างปราสาทหินขึ้นบนพื้นที่ดังกล่าวในช่วงกลางศตวรรษที่ 14 ^{[ 1 ]}ตั้งอยู่บนฝั่งที่สูงใกล้กับจุดบรรจบของแม่น้ำ ห่างจากเมืองหลวงวิลนีอุส ประมาณ 100 กิโลเมตร (62 ไมล์)ปราสาทแห่งนี้ทำหน้าที่เป็นด่านหน้าเชิงยุทธศาสตร์ คอยปกป้องเมืองใกล้เคียงรวมถึงเส้นทางการค้า ปราสาทแห่งนี้เป็นทรัพย์สินของผู้ปกครองลิทัวเนีย 

บันทึกลายลักษณ์อักษรระบุว่า ในปี ค.ศ. 1361 แกรนด์มาสเตอร์แห่งอัศวินทิวโทนิก วินริช ฟอน คนิโปรเดได้ออกคำสั่งให้รวบรวมข้อมูลเกี่ยวกับปราสาท โดยเฉพาะความหนาของกำแพง เพื่อเตรียมการโจมตีปราสาท ในเดือนมีนาคม-เมษายน ค.ศ. 1362 ปราสาทถูกล้อมโดยอัศวินทิวโทนิกในระหว่างการโจมตีครั้งนี้ อัศวินได้สร้างหอคอยล้อมและติดตั้งเครื่องมือเจาะกำแพง อาจมีการใช้อาวุธปืนแบบดั้งเดิม เนื่องจาก เทคโนโลยี ดินปืนเพิ่งเริ่มเกิดขึ้นในยุโรป ในเวลานั้น กำแพงปราสาทสูงกว่า11 เมตร (36 ฟุต)เมื่อรวมความสูงของช่องยิงแล้ว ตามบันทึกของวิกันด์แห่งมาร์บูร์ก กองกำลังรักษาการณ์ของปราสาทประกอบด้วยทหารลิทัวเนียประมาณ 400 นาย บัญชาการโดยเจ้าชายไวโดตัส โอรสของแกรนด์ดยุคเคสตูติสหลังจากสามสัปดาห์ อัศวินก็สามารถเจาะกำแพงปราสาทได้และยึดปราสาทได้ในไม่ช้า ในวันอาทิตย์อีสเตอร์ปี ค.ศ. 1362 อัศวินได้ประกอบพิธีมิสซาที่ปราสาทเพื่อรำลึกถึงชัยชนะของพวกเขา

ปรากฏว่าจากกำลังป้องกันปราสาท 400 นาย มีเพียง 36 นายเท่านั้นที่รอดชีวิต คำถามยังคงค้างคาอยู่เกี่ยวกับการขาดการสนับสนุนจากภายนอกของผู้ป้องกันปราสาทในระหว่างการปิดล้อม ไม่ว่าอย่างไรก็ตาม เคสตูติสก็ยึดปราสาทเคานาสคืนและสร้างขึ้นใหม่ในไม่ช้า แต่ปราสาทแห่งนี้ยังคงเป็นจุดขัดแย้งระหว่างชาวลิทัวเนียและอัศวินทิวโทนิกเป็นเวลาหลายปี ในปี 1384 ปราสาทเคานาสถูกยึดคืนโดยอัศวินทิวโทนิก ในเวลานั้นแกรนด์มาสเตอร์คอนราด โซลเนอร์ ฟอน โรเทนสไตน์เริ่มการบูรณะปราสาทเคานาสและเปลี่ยนชื่อเป็นมารีเอ็นแวร์เดอร์ การปรากฏตัวของอัศวินในเคานาสคุกคามระบบป้องกันปราสาททั้งหมดตามแนวแม่น้ำเนมูนัส เมื่อเผชิญกับสถานการณ์นี้ ชาวลิทัวเนียจึงโจมตีปราสาทในปลายปีเดียวกัน

ชาวลิทัวเนียอาจระดมกำลังทหารใกล้เมืองวิลนีอุสเพื่อเป็นกลยุทธ์ เนื่องจากชาวลิทัวเนียสามารถใช้กระแสน้ำของแม่น้ำเนริสในการขนส่งปืนใหญ่และเสบียงทางทหารจากวิลนีอุสได้ ในขณะที่อัศวินทิวโทนิกน่าจะใช้การขนส่งทางบกหรือทางต้นน้ำ ในระหว่างการโจมตีในปี 1384 ชาวลิทัวเนียได้ติดตั้งปืนใหญ่และเครื่องยิงหินในขณะที่อัศวินทิวโทนิกที่ถูกล้อมก็ได้ติดตั้งปืนใหญ่ในปราสาทเช่นกัน ซึ่งทำลายเครื่องยิงหินของชาวลิทัวเนีย อย่างไรก็ตาม ชาวลิทัวเนียก็ยึดปราสาทได้สำเร็จ

หลังจากปี 1398 อัศวินทิวโทนิกไม่สามารถยึดปราสาทคืนได้อีกต่อไป ไม่นานหลังจากนั้น ชาวลิทัวเนียก็เริ่มสร้างและเสริมความแข็งแกร่งให้กับปราสาท กำแพงใหม่ที่หนาขึ้นถูกสร้างขึ้น โดยมีความหนา 3-3.5 เมตร และสูงกว่า 10 เมตร ฐานรากถูกขยายออกไปด้านนอกเพื่อรองรับการก่อสร้างใหม่ โดยยังคงขนาดของลานปราสาทไว้ เมื่อการก่อสร้างเสร็จสมบูรณ์ ปราสาทก็ได้รับการปรับปรุงให้สามารถต้านทานเทคนิคการทำลายกำแพงที่ทันสมัยที่สุดในยุคนั้นได้ ปราสาทจึงมีหอคอยสี่แห่ง โดยที่ทราบกันว่าหอคอยทางทิศตะวันออกเฉียงใต้มีรูปทรงกลม หอคอยทางทิศตะวันตกเฉียงใต้มีรูปสี่เหลี่ยม และทั้งสองหอคอยมีความสูงสี่ชั้น จำนวนทหารรักษาการณ์ที่บันทึกไว้ในปี 1409 มีจำนวน 600 นาย

หลังยุทธการกรุนวัลด์ปราสาทเคานาสเริ่มถูกใช้เป็นที่ประทับและศูนย์กลางการบริหารราชการแผ่นดินเป็นหลัก หอคอยอย่างน้อยหนึ่งแห่ง หรืออาจมากกว่านั้น จากทั้งหมดสี่แห่งของปราสาท ถูกดัดแปลงเพื่อใช้เป็นที่พักอาศัย ไวทาอูตัสผู้ยิ่งใหญ่เคยมาประทับที่นี่บ่อยครั้งวลาดิสลาฟที่ 2 ยาเกียลโลก็มักจัดงานชุมนุมในปราสาทแห่งนี้ ผู้เฒ่าแห่งเคานาส ( seniūnas ) ซึ่งเป็นตำแหน่งที่สถาปนาขึ้นในปี 1398 ได้รับมอบหมายให้ดูแลปราสาทและได้รับอนุญาตให้พำนักอยู่ที่นี่ เมื่อเมืองได้รับสิทธิจากเมืองมักเดบูร์กในปี 1408 ปราสาทจึงกลายเป็นศูนย์กลางการบริหาร ของ แคว้นเคานาส

ความสำคัญของปราสาทในการทำหน้าที่บริหารราชการของแกรนด์ดัชชีลดลงหลังจากที่ไวทาอูตัสผู้ยิ่งใหญ่สิ้นพระชนม์ หนึ่งในวัตถุประสงค์ของปราสาทต่อมาคือการเป็นคุกสำหรับขุนนางและเชลยศึกชีคอาห์เหม็ด ข่านองค์สุดท้ายถูกคุมขังอยู่ที่นี่ซิกิสมุนด์ ออกัสตัสมอบปราสาทแห่งนี้ให้แก่พระมเหสีบาร์บารา ราดซิวิลล์ในปี 1549 ในช่วงศตวรรษที่ 16 ปราสาทได้รับการเสริมความแข็งแกร่งและปรับปรุงเพื่อวัตถุประสงค์ในการป้องกันใหม่โดยการสร้างป้อม ปืน ใหญ่ใกล้กับหอคอยทรงกลม ป้อมปืนใหญ่มีเส้นผ่านศูนย์กลางประมาณ40 เมตร (130 ฟุต)และกำแพงป้อมมีความสูงประมาณ12 เมตร (39 ฟุต)กำแพงทำงานร่วมกับคูน้ำป้องกัน มีการติดตั้งหอเล็งยิงที่เชื่อมต่อกับหอคอยที่ด้านล่างของป้อม

ในปี ค.ศ. 1601 ปราสาทเคานาสเป็นที่ตั้งของศาลและหอจดหมายเหตุ ในช่วงปี ค.ศ. 1611 แม่น้ำเนริสได้ท่วมส่วนหนึ่งของปราสาท เนื่องจากทำเลที่ตั้งที่สะดวก ปราสาทแห่งนี้จึงถูกใช้โดย กองทัพ สวีเดนในช่วงสงครามกับเครือจักรภพโปแลนด์-ลิทัวเนียหลังจากนั้นหน้าที่ทางทหารของปราสาทก็ยุติลง ในช่วงกลางศตวรรษที่ 17 ส่วนใหญ่ของปราสาทถูกน้ำท่วมอีกครั้ง ปราสาทถูกใช้เป็นเรือนจำในศตวรรษที่ 18 ต่อมาการปกครองของรัสเซียได้อนุญาตให้สร้างบ้านเรือนบนพื้นที่ของปราสาท ซึ่งส่งผลให้ปราสาทได้รับความเสียหายอย่างมาก

หลังจากนั้นเป็นเวลาหลายปี ปราสาทเคานาสก็ถูกปล่อยทิ้งร้างการอนุรักษ์ปราสาทเริ่มต้นขึ้นในปี 1930 บ้านเรือนที่อยู่อาศัยภายในบริเวณปราสาทถูกรื้อถอน และนักโบราณคดีได้สำรวจพื้นที่ ความพยายามในการอนุรักษ์ปราสาทเพิ่มเติมเริ่มต้นขึ้นในปี 1954 หอคอยทรงกลมได้รับการซ่อมแซม ป้อมปืนถูกขุดขึ้นมาจากใต้ชั้นดินหลายชั้นในภายหลัง ป้อมปืนที่ขุดขึ้นมานั้นอยู่ในสภาพดีเยี่ยม เพื่อเป็นการอนุรักษ์ ป้อมปืนและหอคอยและกำแพงที่เหลืออยู่จึงถูกสร้างหลังคาชั่วคราว ส่วนที่เหลือของหอคอยทรงกลมไม่ได้ถูกสร้างขึ้นใหม่ให้มีความสูงเท่าเดิม เช่นเดียวกับกำแพงปราสาท ส่วนที่เหลืออยู่ส่วนใหญ่เป็นเพียงฐานรากของกำแพงเท่านั้น

การขุดค้นทางโบราณคดีเป็นระยะๆ ยังคงดำเนินต่อไปที่ปราสาทเคานาส หลักฐานที่รวบรวมได้จากการขุดค้นทางโบราณคดีเหล่านี้ชี้ให้เห็นว่า โครงสร้างของปราสาท ยกเว้นป้อมปราการ ยังคงอยู่ในรูปแบบเดิมเช่นเดียวกับตอนที่ได้รับการบูรณะในปี ค.ศ. 1376

ในทศวรรษ 1960 หอคอยทรงกลมได้เปิดเป็นพิพิธภัณฑ์ แต่เนื่องจากโครงสร้างเสื่อมโทรม พิพิธภัณฑ์จึงถูกย้ายไปยังสถานที่อื่น