ในช่วงต้นทศวรรษ 1980 คณะผู้บริหารมหาวิทยาลัยแคลิฟอร์เนียได้ริเริ่มกระบวนการอย่างเป็นทางการเพื่อระบุสถานที่ตั้งสำหรับวิทยาเขตใหม่ของมหาวิทยาลัยแคลิฟอร์เนีย ในขณะนั้น หุบเขาซานโฮาคินโดดเด่นในฐานะภูมิภาคที่ใหญ่ที่สุดและมีประชากรหนาแน่นที่สุดในรัฐที่ยังไม่มีมหาวิทยาลัยแคลิฟอร์เนียตั้งอยู่ เมื่อวันที่ 19 พฤษภาคม 1988 คณะผู้บริหารมหาวิทยาลัยแคลิฟอร์เนียได้ลงมติให้ดำเนินการตามแผนการจัดตั้งวิทยาเขตใหม่ในภูมิภาคนี้ การตัดสินใจนี้ได้รับอิทธิพลอย่างมากจากแรงกดดันด้านการลงทะเบียนเรียนที่เพิ่มขึ้นซึ่งรู้จักกันในชื่อ "Tidal Wave II" ^{[ 17 ]}ซึ่งลูกหลานของกลุ่มเบบี้บูมเมอร์จะเริ่มลงทะเบียนเรียนในวิทยาลัย ทำให้ความต้องการในวิทยาเขตที่มีอยู่เพิ่มขึ้น^{[ 18 ] [ 19 ]}ในปี 1989 คณะผู้บริหารยังได้อนุญาตให้อธิการบดีมหาวิทยาลัยแคลิฟอร์เนียในขณะนั้นเดวิด พี. การ์ดเนอร์เริ่มกระบวนการวางแผนสำหรับวิทยาเขตใหม่มากถึงสามแห่งเพื่อตอบสนองความต้องการด้านการศึกษาเหล่านี้^{[ 20 ] [ 21 ]}ความสนใจหันไปที่หุบเขาซานโฮาคินอย่างรวดเร็ว ซึ่งแม้จะมีขนาดและความสำคัญ แต่ก็ยังไม่มีสถาบันของ UC ให้บริการ^{[ 22 ]} ผู้อยู่อาศัยในภูมิภาคที่ต้องการเข้าเรียนในวิทยาเขตของ UC ต้องเดินทางเป็นระยะทางไกลไปยังเมืองชายฝั่งหรือพื้นที่แซคราเมนโต ซึ่งส่งผลให้อัตราการสำเร็จการศึกษาในภูมิภาคนี้ต่ำกว่าส่วนอื่นๆ ของรัฐ^{[ 23 ]}

ทีมที่ปรึกษาผู้เชี่ยวชาญหลากหลายสาขา ซึ่งประกอบด้วยนักชีววิทยา วิศวกร นักเศรษฐศาสตร์ นักวิเคราะห์ทรัพยากรทางวัฒนธรรม และนักวางแผนทางวิชาการ ได้ถูกรวบรวมเพื่อวิเคราะห์สถานที่ที่ได้รับการคัดเลือกทั้งแปดแห่ง ขั้นตอนการทบทวนนี้ยังรวมถึงเวทีสาธารณะขนาดใหญ่ที่จัดโดยคณะทำงานคัดเลือกสถานที่ตั้งของ UC ซึ่งจัดขึ้นในเมืองสำคัญๆ เช่นเบเคอร์สฟิลด์เฟรสโนและโมเดสโตผู้มีส่วนได้ส่วนเสียหลายร้อยคน รวมถึงผู้นำชุมชน ผู้อยู่อาศัยในท้องถิ่น และเจ้าหน้าที่ที่ได้รับการเลือกตั้ง เข้าร่วมการประชุมเหล่านี้เพื่อแสดงความคิดเห็นและหารือเกี่ยวกับผลกระทบของวิทยาเขตต่อภูมิภาคของพวกเขา ในปี 1992 สถานที่ต่างๆ ถูกคัดเลือกอีกครั้ง คราวนี้เหลือผู้เข้ารอบสุดท้ายสามแห่ง ได้แก่ เฟรสโน มาเดรา และเมอร์เซด^{[ 24 ] [ 25 ]}อย่างไรก็ตาม แผนการเลือกสถานที่สุดท้ายต้องหยุดชะงักชั่วคราวเนื่องจากข้อจำกัดทางเศรษฐกิจและปัญหางบประมาณของรัฐ ทำให้ความคืบหน้าล่าช้าไปจนถึงปี 1993 ^{[ 26 ] [ 27 ]}

สมาชิกสภานิติบัญญัติของรัฐบางคนแสดงความสงสัยต่อความเป็นไปได้ของโครงการ โดยวุฒิสมาชิกจอห์น เบอร์ตันเรียกข้อเสนอนี้ว่า “ โครงการสิ้นเปลืองงบประมาณ ที่ใหญ่ที่สุด เท่าที่เคยมีมา” ^{[ 28 ]}ความล่าช้าเพิ่มเติมเกิดขึ้นเมื่อพบว่าการประเมินผลกระทบสิ่งแวดล้อมสำหรับพื้นที่มาเดราและเมอร์เซดนั้นไม่เพียงพอหรือไม่สมบูรณ์ ทำให้ต้องมีการตรวจสอบรอบใหม่^{[ 29 ]}ในที่สุด เมื่อวันที่ 19 พฤษภาคม 1995 คณะผู้บริหารมหาวิทยาลัยแคลิฟอร์เนียได้ตัดสินใจขั้นสุดท้ายที่จะตั้งวิทยาเขตใหม่ใน เมอร์ เซดโดยเลือกที่นี่เหนือพื้นที่อีกสองแห่งที่เข้ารอบสุดท้ายในมาเดราและเฟรสโน^{[ 30 ] [ 31 ]}

หลังจากที่มหาวิทยาลัยแคลิฟอร์เนียได้ดำเนินการคัดเลือกพื้นที่เสร็จสิ้น เจ้าหน้าที่ในระดับรัฐ ระดับภูมิภาค และระดับท้องถิ่นได้เริ่มดำเนินการจัดทำแผนงานและกลยุทธ์การอนุรักษ์ที่ครอบคลุมซึ่งจำเป็นต่อการแก้ไขปัญหาความท้าทายด้านการพัฒนาต่างๆ ที่เกี่ยวข้องกับโครงการ UC Merced ในเดือนตุลาคม พ.ศ. 2539 เทศมณฑลเมอร์เซดได้แก้ไขแผนแม่บท โดยกำหนดพื้นที่แผนพัฒนาเมืองเฉพาะ (SUDP) อย่างเป็นทางการ และร่าง เป้าหมาย การวางแผนสาธารณะ ระยะยาวหลาย ประการที่มุ่งกำหนดทิศทางการพัฒนาในอีกหลายทศวรรษข้างหน้า ในบรรดาลำดับความสำคัญที่กำหนดไว้ในแผนนี้ ได้แก่ ความมุ่งมั่นในการปกป้องพื้นที่เกษตรกรรม การอนุรักษ์ พื้นที่ชุ่มน้ำธรรมชาติและทรัพยากรสิ่งแวดล้อมอื่นๆ การส่งเสริมการเติบโต อย่างยั่งยืน และการรับรองว่าวิทยาเขต UC Merced จะถูกสร้างขึ้นอย่างทันท่วงทีและคำนึงถึงสิ่งแวดล้อม ในเดือนเมษายน พ.ศ. 2540 เมืองเมอร์เซดได้ขยายขอบเขตอิทธิพลเพื่อรวมพื้นที่ SUDP และตกลงที่จะร่วมมืออย่างใกล้ชิดกับเทศมณฑลเมอร์เซดเพื่ออำนวยความสะดวกในการพัฒนาโครงการ^{[ 32 ]}

ในเดือนกุมภาพันธ์ พ.ศ. 2541 ได้มีการจัดตั้งความร่วมมืออย่างเป็นทางการระหว่างมหาวิทยาลัยแคลิฟอร์เนียเทศมณฑลเมอร์เซดเมืองเมอร์เซด มูลนิธิเวอร์จิเนีย สมิธ และเขตชลประทานเมอร์เซด ทีมความร่วมมือนี้ได้เริ่มต้นขั้นตอนการวางแผนแนวคิดสำหรับชุมชนมหาวิทยาลัยที่วางแผนไว้ ในฐานะส่วนหนึ่งของโครงการริเริ่มนี้ เทศมณฑลเมอร์เซดได้นำ “ชุดแนวทาง” มาใช้ ซึ่งมีจุดมุ่งหมายเพื่อสร้างกรอบสำหรับการประเมินและจัดการการพัฒนาที่เกี่ยวข้องกับมหาวิทยาลัยเพื่อให้แน่ใจว่ายังคงสอดคล้องกับแผนแม่บทที่มีอยู่^{[ 33 ]}กระบวนการวางแผนนี้สิ้นสุดลงด้วยการเผยแพร่รายงานแนวคิดชุมชนมหาวิทยาลัยในเดือนพฤษภาคม พ.ศ. 2542 ซึ่งเป็นเอกสารพื้นฐานที่ช่วยชี้นำขั้นตอนในอนาคต ในขณะเดียวกัน การหารือได้เริ่มต้นขึ้นระหว่างตัวแทนของมหาวิทยาลัยและเทศมณฑล และหน่วยงานอนุญาตของรัฐบาลกลางและรัฐ เพื่อปรับปรุงกระบวนการอนุมัติใบอนุญาตมาตรา 404 และการอนุมัติตามกฎระเบียบอื่นๆ ในขณะนั้น ความพยายามในการวางแผนเบื้องต้นส่วนใหญ่มุ่งเน้นไปที่ พื้นที่ ทะเลสาบโยเซมิตีซึ่งอยู่ติดกับพื้นที่วิทยาเขตที่เสนอ ความใกล้ชิดของทะเลสาบถือเป็นทรัพย์สินที่สำคัญ ทั้งในแง่ของความสวยงามและความสามารถในการแยกแยะ UC Merced ออกจากวิทยาเขต UC อื่นๆ^{[ 34 ]}

ความคืบหน้าของโครงการได้รับแรงผลักดันอย่างมากในเดือนมีนาคม พ.ศ. 2539 เมื่อผู้มีสิทธิเลือกตั้งในแคลิฟอร์เนียอนุมัติข้อเสนอที่ 203 หรือกฎหมายพันธบัตรสิ่งอำนวยความสะดวกทางการศึกษาของรัฐ^{[ 35 ]}ข้อริเริ่มพันธบัตรนี้อนุญาตให้จัดสรรเงินทุนสำหรับการก่อสร้างสิ่งอำนวยความสะดวกทางการศึกษาของรัฐแห่งใหม่ รวมถึงสิ่งอำนวยความสะดวกภายในระบบ UC ^{[ 30 ] [ 36 ]}เพื่อเสริมสิ่งนี้ สมาชิกสภาผู้แทนราษฎรเดนนิส คาร์โดซาได้จัดหาเงินทุนของรัฐเพิ่มเติมอีก 55 ล้านดอลลาร์สหรัฐสำหรับ UC Merced โดยมีเจตนาอย่างชัดเจนที่จะทำให้แน่ใจว่าโครงการจะไม่ส่งผลกระทบต่อสถานะทางการเงินของวิทยาเขต UC อีกเก้าแห่ง^{[ 28 ]}ในปี พ.ศ. 2542 คณะผู้บริหารมหาวิทยาลัยแคลิฟอร์เนียได้แต่งตั้งแครอล ทอมลินสัน-คีซีย์ เป็น อธิการบดีผู้ก่อตั้งของ UC Merced ซึ่งเป็นบุคคลสำคัญที่มีบทบาทสำคัญในการสนับสนุนการสนับสนุนและเงินทุนจากรัฐอย่างต่อเนื่อง^{[ 28 ] [ 37 ] [ 38 ]}

เพื่อให้เป็นไปตามมาตรฐานด้านสิ่งแวดล้อม จึงได้มีการกำหนดขอบเขตพื้นที่ชุ่มน้ำอย่างเป็นทางการตามแนวทางของกองวิศวกรกองทัพสหรัฐฯ ปี 1987 พร้อมกับการสำรวจทางชีววิทยาอย่างครอบคลุมตลอดปี 1999 และ 2000 การสำรวจเหล่านี้มุ่งเป้าไปที่สิ่งมีชีวิตหลากหลายชนิด รวมถึงสัตว์ไม่มีกระดูกสันหลังในแอ่งน้ำตามฤดูกาลที่ หายาก พืช สัตว์สะเทินน้ำสะเทินบกและสัตว์เลี้ยงลูกด้วยนมเพื่อประเมินข้อจำกัดทางนิเวศวิทยาที่อาจเกิดขึ้น เนื่องจากความอ่อนไหวของแหล่งที่อยู่อาศัยเหล่านี้ มหาวิทยาลัยแคลิฟอร์เนียและเทศมณฑลเมอร์เซดจึงได้เริ่มการประเมินอย่างละเอียดเกี่ยวกับพื้นที่ทางเลือก 15 แห่งในเขตตะวันออกของเทศมณฑลเมอร์เซด เพื่อพิจารณาว่าพื้นที่ใดบ้างที่มีความขัดแย้งด้านสิ่งแวดล้อมน้อยกว่า ในขณะที่ยังคงบรรลุเป้าหมายการพัฒนาของสถาบันและชุมชน

การศึกษาเหล่านี้นำไปสู่การสร้างการวิเคราะห์ทางเลือกที่ครอบคลุม (CAA) ซึ่งในที่สุดก็แนะนำให้ย้ายที่ตั้งวิทยาเขตหลัก ที่ตั้งใหม่ตั้งอยู่บนพื้นที่ของสนามกอล์ฟ Merced Hills เดิม ซึ่งอยู่ห่างจากที่ตั้งเดิมไปทางใต้ประมาณ 3 ไมล์ แต่ยังคงอยู่ในพื้นที่ของ Virginia Smith Trust ^{[ 39 ]}นอกจากนี้ ชุมชนมหาวิทยาลัยที่วางแผนไว้ยังถูกย้ายไปทางใต้จากพื้นที่ที่มีความอ่อนไหวต่อสิ่งแวดล้อมสูง และอยู่ใกล้กับพื้นที่เมืองและโครงสร้างพื้นฐานที่มีอยู่ ทำให้โครงการสอดคล้องกับรูปแบบการพัฒนาที่มีอยู่ของเมืองเมอร์เซด มากขึ้น ในช่วงต้นปี 2544 ทั้งมหาวิทยาลัยและเทศมณฑลเมอร์เซดได้จัดทำรายงานผลกระทบสิ่งแวดล้อม (EIR) ของตนเองสำหรับแผนวิทยาเขตและชุมชนที่แก้ไขแล้ว ในขณะเดียวกัน UC ก็ได้ดำเนินการขอใบอนุญาตด้านสิ่งแวดล้อมของรัฐบาลกลางเพื่ออำนวยความสะดวกในการขยายในอนาคตเกินกว่าพื้นที่สนามกอล์ฟเดิม

การผ่านร่างข้อเสนอ 203 ถือเป็นช่วงเวลาสำคัญ ซึ่งเป็นครั้งแรกที่เงินพันธบัตรสามารถนำมาใช้ก่อสร้างอาคารใหม่ได้ทั้งในระบบ มหาวิทยาลัยแคลิฟอร์เนียและ มหาวิทยาลัยรัฐแคลิฟอร์เนีย^{[ 30 ] [ 40 ]}ในเดือนมีนาคม พ.ศ. 2544 มูลนิธิเดวิดและลูซิล แพคการ์ด ได้ให้คำมั่นสัญญาว่าจะบริจาคเงินมากกว่า 11 ล้านดอลลาร์เพื่อช่วยให้มหาวิทยาลัยแคลิฟอร์เนียได้ที่ดินทั้งหมด 7,030 เอเคอร์ที่อยู่ในความครอบครองของกองทุนเวอร์จิเนีย สมิธ^{[ 41 ]}ข้อตกลงนี้นำไปสู่การสร้างพื้นที่อนุรักษ์ ขนาด 5,030 เอเคอร์ ซึ่งประกอบด้วยระบบนิเวศสระน้ำตามฤดูกาลที่สำคัญ ในขณะที่พื้นที่ที่เหลืออีก 2,000 เอเคอร์ถูกกำหนดให้มหาวิทยาลัยใช้ประโยชน์ โดยในจำนวนนั้น 750 เอเคอร์ถูกกันไว้ทันทีเพื่อรวมอยู่ในระบบพื้นที่อนุรักษ์ธรรมชาติ ของมหาวิทยาลัย แคลิฟอร์เนีย กองทุนเวอร์จิเนีย สมิธ ใช้เงินที่ได้จากการขายเพื่อเสริมสร้างกองทุนทุนการศึกษา ชำระหนี้คงค้างจากโครงการสนามกอล์ฟเมอร์เซด ฮิลส์ และลงทุนใหม่ในเป้าหมายการพัฒนาระยะยาวของชุมชนโดยรอบ^{[ 42 ]}

แม้ว่าในตอนแรกมหาวิทยาลัยวางแผนที่จะอนุรักษ์แหล่งที่อยู่อาศัยของบึงน้ำตามฤดูกาลไว้ ประมาณ 5,030 เอเคอร์ (2,040 เฮกตาร์) ^{[ 43 ]}แต่ต่อมาพื้นที่ดังกล่าวได้ขยายเป็นประมาณ6,428 เอเคอร์ (2,601 เฮกตาร์)ส่งผลให้มีการจัดตั้งเขตอนุรักษ์บึงน้ำตามฤดูกาลและทุ่งหญ้าเมอร์เซดขึ้นอย่างเป็นทางการ ซึ่งปัจจุบันเป็นส่วนหนึ่งของระบบเขตอนุรักษ์ธรรมชาติของมหาวิทยาลัยแคลิฟอร์เนีย [ ^{44 ] พื้นที่}ที่มหาวิทยาลัยแคลิฟอร์เนีย เมอร์เซดจะสร้างขึ้นในที่สุดนั้น เดิมทีได้รับการพัฒนาเป็นสนามกอล์ฟสาธารณะในช่วงต้นทศวรรษ 1990 ^{[ 45 ]}อย่างไรก็ตาม เมื่อ มีการค้นพบ กุ้งนางฟ้า ที่ใกล้สูญพันธุ์ ในพื้นที่ที่เลือกไว้เดิม โครงการจึงถูกย้าย เนื่องจากที่ดินสนามกอล์ฟนั้นเคยถูกรบกวนมาก่อนแล้ว จึงได้รับการยกเว้นจากปัญหาด้านสิ่งแวดล้อมหลายประการ จึงพิสูจน์ได้ว่าเป็นทางเลือกที่เหมาะสมกว่ามาก^{[ 46 ]}  

UC Merced ได้เปิดสำนักงานบริหารขนาดเล็กที่วิทยาลัย Mercedในปี 1997 ^{[ 47 ]}และในปี 1999 ได้สร้างสำนักงานชั่วคราวขึ้นบนพื้นที่ของฐานทัพอากาศ Castle ที่ปลดประจำการแล้ว ^{[ 48 ]} ในปี 2001 UC Merced ได้ขยายเพิ่มเติมโดย การเปิดศูนย์สาขาในตัวเมืองเบเคอร์สฟิลด์ รัฐแคลิฟอร์เนียภายในพื้นที่ University Square ^{[ 49 ] [ 50 ]}สถานที่แห่งนี้ให้บริการและให้คำปรึกษาแก่นักเรียนทั่วเคอร์นเคาน์ตี้และพื้นที่ทางตอนใต้ของหุบเขาซานโฮาคิน อย่างไรก็ตาม ศูนย์เบเคอร์สฟิลด์ได้ปิดตัวลงอย่างถาวรในปี 2011 ซึ่งเป็นส่วนหนึ่งของความพยายามของ UC Merced ในการจัดการค่าใช้จ่ายและปรับสมดุลงบประมาณการดำเนินงาน^{[ 51 ]}

พิธี วางศิลาฤกษ์ของมหาวิทยาลัยจัดขึ้นเมื่อวันที่ 25 ตุลาคม พ.ศ. 2545 และวันแรกของการเรียนการสอนระดับปริญญาตรีคือวันที่ 6 กันยายน พ.ศ. 2548 โดยมีนักศึกษาใหม่ 706 คน นักศึกษาโอนหน่วยกิต 132 คน และนักศึกษาปริญญาโท 37 คน^{[ 52 ]}สุภาพสตรีหมายเลขหนึ่งมิเชล โอบามาได้กล่าวสุนทรพจน์ในพิธีสำเร็จการศึกษาสำหรับนักศึกษาที่สำเร็จการศึกษาครบจำนวนเป็นครั้งแรกของมหาวิทยาลัย^{[ 53 ] [ 37 ]}แคมเปญที่จะนำมิเชล โอบามา มายังมหาวิทยาลัยเริ่มต้นโดยนักศึกษาของรุ่นที่สำเร็จการศึกษา โดยพวกเขาเขียนการ์ดมากกว่า 900 ใบเพื่อขอให้เธอมา^{[ 54 ] [ 55 ]}พิธีสำเร็จการศึกษาครั้งนี้เป็นงานกล่าวสุนทรพจน์ในพิธีสำเร็จการศึกษาครั้งแรกของสุภาพสตรีหมายเลขหนึ่ง^{[ 56 ]}

เมื่อ ภาวะเศรษฐกิจถดถอยครั้งใหญ่เริ่มขึ้นระหว่างปี 2550 ถึง 2552 มหาวิทยาลัยแคลิฟอร์เนียก็ได้รับผลกระทบจากการตัดงบประมาณของรัฐ^{[ 57 ] [ 58 ]}ในช่วงเวลานั้นแอนดรูว์ สกัลล์และคณาจารย์อีก 22 คนจากUC San Diegoได้เขียนจดหมายเรียกร้องให้ปิด UC Merced, UC RiversideและUC Santa Cruzเพื่อเป็นการประหยัดเงิน^{[ 59 ] [ 60 ]}เหตุผลของพวกเขาคือสถาบันเหล่านี้เป็น "สถาบันการสอนในระดับที่สำคัญ" ^{[ 61 ]}เพื่อตอบสนองต่อเรื่องนี้ ประธาน UC มาร์ค ยูดอฟฟ์ได้เขียนจดหมายถึงผู้นำของทั้งสิบวิทยาเขตเพื่อรับรองว่าจะไม่มีการปิดวิทยาเขต^{[ 62 ] [ 63 ]}

ในปี 2553 อาคารหอพักนักศึกษาแห่งใหม่ชื่อ The Summits ได้เปิดให้บริการเพื่อจัดหาหอพักเพิ่มเติมอีกสองแห่งสำหรับนักศึกษาใหม่ อาคารสี่ชั้นสองหลัง ได้แก่ Tenaya Hall และ Cathedral Hall นั้นสงวนไว้สำหรับนักศึกษาใหม่ปี 1 เป็นหลัก สามปีต่อมา อาคารหอพักอีกแห่งหนึ่งชื่อ Half Dome ได้ถูกสร้างขึ้นถัดจาก Tenaya Hall และ Cathedral Hall ที่มีอยู่เดิม Half Dome เป็นที่พักสำหรับทั้งนักศึกษาใหม่และนักศึกษาปัจจุบัน^{[ 64 ]}

ในปี 2010 สำนักงานสำมะโนประชากรของสหรัฐอเมริกา ได้กำหนดให้ UC Merced เป็นพื้นที่ที่กำหนดโดยสำมะโนประชากรแยกต่างหาก^{[ 65 ]} มหาวิทยาลัยเป็นพื้นที่ที่กำหนดโดยสำมะโนประชากร (CDP) ^{[ 65 ]}ซึ่งไม่มีประชากรอาศัยอยู่ทั้งในสำมะโนประชากรปี 2010 และ 2020 ^{[ 66 ]}นอกจากจะไม่มีประชากรแล้ว มหาวิทยาลัยยังครอบคลุมพื้นที่ทั้งหมดในพื้นที่ที่กำหนดโดยสำมะโนประชากรนี้ด้วย

ในเดือนมกราคม พ.ศ. 2558 มหาวิทยาลัยแคลิฟอร์เนีย เมอร์เซด ได้รับการจัดอันดับระดับชาติด้วยการจัดประเภทของคาร์เนกีสำหรับการมีส่วนร่วมกับชุมชน ร่วมกับมหาวิทยาลัยแคลิฟอร์เนีย เดวิสและ มหาวิทยาลัยแคลิฟอร์เนีย ลอสแอนเจลิส [ ^{67 ] ต่อ}มาในปีนั้น มหาวิทยาลัยแคลิฟอร์เนียได้เริ่มผลักดันการขยายขีดความสามารถของวิทยาเขตให้รองรับนักศึกษาได้ 10,000 คน^{[ 68 ]}และเพิ่มพื้นที่ใช้สอยเป็นสองเท่า ซึ่งเป็นส่วนหนึ่งของโครงการ 2020 ^{[ 69 ]}การขยายตัวนี้จะเป็นการเติบโตครั้งใหญ่ที่สุดทั้งในด้านอาคารและจำนวนนักศึกษาในวิทยาเขตจนถึงปัจจุบัน และรวมถึงหอพัก สำนักงาน ห้องเรียน และพื้นที่สันทนาการ^{[ 69 ] [ 70 ] [ 71 ]}

เมื่อวันที่ 4 พฤศจิกายน 2558 ไฟซาล โมฮัมหมัด นักศึกษาวัย 18 ปี ได้ใช้มีดล่าสัตว์ แทงและทำร้ายคน 4 คนก่อนที่จะถูกเจ้าหน้าที่ตำรวจมหาวิทยาลัยยิงเสียชีวิต^{[ 72 ] [ 73 ]}

ในเดือนพฤศจิกายน 2015 คณะผู้บริหารมหาวิทยาลัยแคลิฟอร์เนียได้อนุมัติข้อเสนอมูลค่า 1.14 พันล้านดอลลาร์ ซึ่งรู้จักกันในชื่อแผน 2020 เพื่อเพิ่มขีดความสามารถของ UC Merced เป็นสองเท่า ทำให้จำนวนนักศึกษาเพิ่มขึ้นเกือบ 4,000 คน อาคารใหม่สร้างเสร็จในต้นปี 2021 ^{[ 74 ]} ในเดือนเมษายน 2019 สภานักศึกษาของโรงเรียน ซึ่งก็คือสมาคมนักศึกษาของ UC Merced ได้ตัดงบประมาณสำหรับหนังสือพิมพ์ที่ดำเนินการโดยนักศึกษาเพียงฉบับเดียวของ UC Merced คือThe Prodigy ^{[ 75 ]}

UC Merced อ้างว่าเป็นสถาบันแห่งเดียวในสหรัฐอเมริกาที่มีอาคารทั้งหมดได้ รับการรับรอง LEEDความมุ่งมั่น Triple Net Zero คาดว่าจะสร้างขยะฝังกลบสุทธิเป็นศูนย์และการปล่อยก๊าซเรือนกระจกสุทธิเป็นศูนย์ภายในปี 2020 ^{[ 76 ] [ 77 ]}

UC Merced ประกาศความร่วมมือกับUCSFและUCSF Fresnoเพื่อสร้างหลักสูตรแพทยศาสตร์ใหม่ภายในปี 2026 โดยได้รับการสนับสนุนจากผู้ว่าการรัฐGavin Newsom [ ^{78 ] โครงการ} SJV Prime ซึ่งเปิดดำเนินการในปี 2011 ^{[ 79 ]}เป็นส่วนหนึ่งของโรงเรียนแพทย์ UC Merced ที่กำลังจะเกิดขึ้น โดยมุ่งเน้นเป็นพิเศษในการเตรียมความพร้อมและฝึกอบรมนักศึกษาให้เป็นแพทย์ในอนาคตที่จะให้บริการแก่ชุมชนที่ด้อยโอกาสใน Central Valley ของแคลิฟอร์เนีย โครงการ SJV Prime ที่ UC Merced เป็นโครงการริเริ่มที่ไม่เหมือนใครซึ่งออกแบบมาเพื่อตอบสนองความต้องการด้านการดูแลสุขภาพของพื้นที่ ซึ่งเป็นภูมิภาคในแคลิฟอร์เนียที่เผชิญกับความเหลื่อมล้ำด้านสุขภาพอย่างมากเนื่องจากความท้าทายทางเศรษฐกิจและสังคม ระดับความยากจนสูง และการขาดแคลนบุคลากรทางการแพทย์^{[ 80 ]}โรงเรียนแพทย์ของ UC Merced ยังร่วมมือกับโรงเรียนแพทย์ UC San Francisco ซึ่งเสริมสร้างโอกาสทางการศึกษาที่มีให้แก่นักศึกษา SJV Prime และเชื่อมโยงพวกเขากับเครือข่ายผู้เชี่ยวชาญทางการแพทย์ที่กว้างขึ้น^{[ 79 ]}เป็นเส้นทางการศึกษาทางการแพทย์ที่เป็นนวัตกรรมใหม่ที่ช่วยให้นักเรียนสำเร็จการศึกษาระดับปริญญาตรี 4 ปี ตามด้วยการเรียนแพทย์อีก 4 ปี โดยมุ่งเน้นที่การผลิตบุคลากรทางการแพทย์ที่มุ่งมั่นที่จะให้บริการแก่ชุมชนที่ด้อยโอกาสในหุบเขาซานโฮาคิน^{[ 80 ]}

ในช่วงต้นเดือนกุมภาพันธ์ พ.ศ. 2568 มหาวิทยาลัย UC Merced ได้รับสถานะ R1 จากการจัดประเภทสถาบันอุดมศึกษาของ Carnegie [ ^{81 ] ด้วย}สถานะนี้ UC Merced จึงกลายเป็นมหาวิทยาลัย R1 เพียงแห่งเดียวในCentral Valleyซึ่งได้รับการประกาศโดยสภาการศึกษาแห่งอเมริกาและเกิดขึ้นไม่ถึงยี่สิบปีหลังจากที่ UC Merced เปิดทำการในปี พ.ศ. 2548 ทำให้เป็นหนึ่งในสถาบันที่อายุน้อยที่สุดที่ได้รับการจัดประเภทนี้^{[ 82 ]}

UC Merced เป็นหนึ่งในสิบวิทยาเขตหลักของ ระบบ มหาวิทยาลัยแคลิฟอร์เนีย อยู่ภายใต้การกำกับดูแลของ คณะกรรมการผู้บริหาร 26 คนซึ่งประกอบด้วยเจ้าหน้าที่ 18 คนที่ได้รับการแต่งตั้งจากผู้ว่าการรัฐแคลิฟอร์เนีย สมาชิก โดยตำแหน่ง 7 คนและผู้แทนนักศึกษา 1 คน ประธานมหาวิทยาลัยแคลิฟอร์เนียคนปัจจุบันคือJames Millikenและหัวหน้าฝ่ายบริหารของ UC Merced คือJuan Sánchez Muñoz [ ^{83 ] นโยบาย}ทางวิชาการกำหนดโดยสภาวิชาการของแต่ละโรงเรียน และองค์กรนิติบัญญัติซึ่งรวมถึงคณาจารย์ของมหาวิทยาลัยทั้งหมด^{[ 84 ]}รองอธิการบดี 9 คน ทำหน้าที่จัดการด้านวิชาการ การวิจัย ความหลากหลาย วิทยาศาสตร์ทางทะเล กิจการนักศึกษา การวางแผน ความสัมพันธ์ภายนอก กิจการธุรกิจ และวิทยาศาสตร์สุขภาพ และรายงานโดยตรงต่ออธิการบดี^{[ 85 ]}

Carol Tomlinson-Keaseyเป็นอธิการบดี คนแรก ของมหาวิทยาลัยและดำรงตำแหน่งตั้งแต่ปี 1999 จนกระทั่งลาออกในวันที่ 31 สิงหาคม 2006 ^{[ 86 ]}ใน วันที่ 21 กันยายน 2006 คณะผู้บริหารได้แต่งตั้ง Roderic B. Park อดีตอธิการบดีชั่วคราวของมหาวิทยาลัยโคโลราโดที่โบลเดอร์ให้ดำรงตำแหน่งอธิการบดีรักษาการของ UC  Merced ^{[ 87 ]} Park ดำรงตำแหน่งอธิการบดีรักษาการจนกระทั่งSung-Mo (Steve) KangคณบดีของBaskin School of Engineeringที่UC Santa Cruzเข้ารับตำแหน่งในต้นเดือนมีนาคม 2007 Kang ดำรงตำแหน่งจนถึงปี 2011

หลังจากการค้นหาทั่วประเทศ เมื่อ วันที่ 24 พฤษภาคม 2011 คณะผู้บริหารมหาวิทยาลัยแคลิฟอร์เนียได้แต่งตั้งโดโรธี ลีแลนด์ซึ่งดำรงตำแหน่งอธิการบดีของGeorgia College & State University ในขณะนั้น ให้เป็นอธิการบดีคนใหม่ของมหาวิทยาลัย เมื่อวันที่ 13 พฤษภาคม 2019 ลีแลนด์ได้ประกาศว่าจะลาออกจากตำแหน่ง โดยมีผลตั้งแต่ วันที่ 15 สิงหาคม 2019 ^{[ 88 ]}นาธาน โบรสตอม รองประธานบริหารและหัวหน้าเจ้าหน้าที่การเงินของ UC ทำหน้าที่เป็นอธิการบดีชั่วคราวจนถึงเดือนกรกฎาคม 2020 ^{[ 89 ]}ในเดือนกรกฎาคม 2020 ฮวน ซานเชซ มูโนซซึ่งดำรงตำแหน่งอธิการบดีของUniversity of Houston-Downtown ในขณะนั้น ได้รับการแต่งตั้งให้ดำรงตำแหน่งอธิการบดี^{[ 90 ]}

UC Merced ได้รับเงินทุนจากแหล่งต่างๆ ทั้งจากรัฐบาลกลาง รัฐ และเอกชน ยกเว้นสัญญาของรัฐบาลบางฉบับ การสนับสนุนจากภาครัฐจะถูกจัดสรรให้กับ UC Merced และวิทยาเขตอื่นๆ ของระบบมหาวิทยาลัยแคลิฟอร์เนียผ่านสำนักงานอธิการบดีของ UC และคิดเป็นเปอร์เซ็นต์จำนวนมากของรายได้ทั้งหมดของมหาวิทยาลัย^{[ 91 ]}

UC Merced ได้รับการจัดอันดับที่ 58 (ร่วม) ^{[ 111 ]}ใน การจัดอันดับ "มหาวิทยาลัยแห่งชาติที่ดีที่สุด" ประจำปี 2025 ของUS News & World Report (จากมหาวิทยาลัยแห่งชาติทั้งหมด 436 แห่งที่รวมอยู่ในการจัดอันดับ) ^{[ 112 ]} ในการจัดอันดับปี 2025 เดียวกันนี้ UC Merced ยังได้รับการจัดอันดับที่ 26 (ร่วม) ในหมวด " โรงเรียนรัฐบาลชั้นนำ " อันดับที่ 3 (ร่วม) ใน " ผู้มีผลงานยอดเยี่ยมด้านการเคลื่อนย้ายทางสังคม " อันดับที่ 145 ใน " โรงเรียนที่คุ้มค่าที่สุด " และอันดับที่ 139 (ร่วม) ใน " หลักสูตรวิศวกรรมศาสตร์ระดับปริญญาตรีที่ดีที่สุด " ในโรงเรียนที่มีระดับปริญญาสูงสุดคือปริญญาเอก^{[ 112 ]}

ในปี 2024 วอชิงตัน มันธ์ลี่จัดอันดับให้ UC Merced อยู่ในอันดับที่ 72 จาก 438 มหาวิทยาลัยทั่วประเทศในสหรัฐอเมริกา โดยพิจารณาจากผลงานของ UC Merced ที่มีต่อประโยชน์สาธารณะ ซึ่งวัดจากความก้าวหน้าทางสังคม การวิจัย และการส่งเสริมการบริการสาธารณะ^{[ 113 ]}

ห้องสมุดเป็นอาคารหลังแรกที่เปิดให้บริการในวิทยาเขต ในช่วงภาคเรียนฤดูใบไม้ร่วงปี 2548 ขณะที่การก่อสร้างอาคารอื่นๆ ยังคงดำเนินอยู่ หลักสูตรการเรียนการสอนทั้งหมดจึงดำเนินการในห้องสมุด คำขวัญอย่างเป็นทางการของห้องสมุดคือ "ไม่ใช่สิ่งที่ห้องสมุดวิจัยอื่นๆ เป็น แต่เป็นสิ่งที่ห้องสมุดวิจัยเหล่านั้นจะเป็น" ^{[ 132 ]}

ห้องสมุดมีสื่ออิเล็กทรอนิกส์มากกว่าสื่อสิ่งพิมพ์ โดยประกอบด้วยวารสารออนไลน์ประมาณ 70,000 เล่ม และหนังสืออิเล็กทรอนิกส์ 3.965 ล้านเล่ม (รวมถึง หนังสือ HathiTrust ฉบับเต็ม 3.15 ล้านเล่ม) เมื่อเทียบกับหนังสือสิ่งพิมพ์ 102,000 เล่ม ห้องสมุดแห่งนี้ให้บริการเข้าถึงฐานข้อมูล 937 ฐาน^{[ 133 ]}

Kolligian เป็นห้องสมุดสีเขียว^และได้รับการรับรอง LEED Gold [ ^{134 ]}

ในปี พ.ศ. 2549 มหาวิทยาลัยได้เปิดโรงยิม ศูนย์สันทนาการและสุขภาพ โจเซฟ เอ็ดเวิร์ด กัลโลมี "สนามบาสเก็ตบอลขนาดมาตรฐาน NCAA สิ่งอำนวยความสะดวกสำหรับการออกกำลังกาย ห้องสำหรับการแสดง การศึกษาด้านสุขภาพและการออกกำลังกาย และศูนย์สุขภาพนักศึกษา ราเจนเดอร์ เรดดี" ^{[ 136 ]}

มหาวิทยาลัยดำเนินการระบบขนส่งสาธารณะของตนเองชื่อ CatTracks ระบบนี้มีหลายเส้นทางให้บริการที่พักอาศัยนอกวิทยาเขตและสถานที่ต่างๆ ในใจกลางเมืองเมอร์เซด ซึ่งอยู่ห่างจากวิทยาเขต ประมาณ 6.5 ไมล์ (10.5 กม.) ^{[ 142 ]} 

สมาคมนักศึกษาแห่งมหาวิทยาลัยแคลิฟอร์เนีย เมอร์เซด (ASUCM) เป็นองค์กรนักศึกษาที่ทำหน้าที่เป็นตัวแทนของนักศึกษาระดับปริญญาตรีในมหาวิทยาลัย^{[ 143 ]} ASUCM ให้ทุนสนับสนุนชมรมและองค์กรนักศึกษา รวมถึงการมาเยือนมหาวิทยาลัยของKarl Roveในปี 2010 ^{[ 144 ]}คณะกรรมการกิจกรรมนักศึกษาขององค์กรนี้จะนำผู้มีความสามารถจากภายนอกมาสู่มหาวิทยาลัย เช่น นักแสดงตลกและนักดนตรี^{[ 145 ]}