ในเดือนเมษายน ปี 1939 ปีกสะพานเดินเรือถูกขยายเพื่อรองรับปืนกลฮอตช์คิสส์ หลังจากสงครามเริ่มต้นขึ้น พื้นที่เก็บระเบิดน้ำลึกเพิ่มขึ้นเป็น 48 ลูก และมีการติดตั้งรางคู่หนึ่งที่ท้ายเรือสำหรับ ระเบิดน้ำลึก ขนาด 35 กิโลกรัม (77 ปอนด์)แต่ละรางสามารถบรรจุระเบิดน้ำลึกได้ 3 ลูก และเก็บไว้อีก 15 ลูกในคลังเก็บระเบิด ในช่วงต้นปี 1940 ปืนใหญ่ขนาด 37 มม. แบบสองกระบอกได้เข้ามาแทนที่ปืนใหญ่แบบกระบอกเดียว และในเดือนตุลาคม-พฤศจิกายนปืนกลต่อต้านอากาศยานบราวนิงขนาด 13.2 มิลลิเมตร คู่หนึ่งถูกติดตั้งบน ดาดฟ้าท้ายเรือในปี 1941-1942 ปืนใหญ่บนดาดฟ้าท้ายเรือถูกย้ายไปยังตำแหน่งด้านหน้าสะพานเดินเรือและปืนกลฮอตช์คิสส์ถูกจัดวางใหม่บนแท่นใหม่บนโครงสร้างส่วนกลางของเรือ เรือL'Indomptableได้รับการปรับปรุงโครงสร้างส่วนท้ายเรือในปี 1941 เพื่อสร้างแท่นเหนือเครื่องยกกระสุนด้านท้ายเรือ และแท่นด้านข้างแต่ละด้านสำหรับปืนขนาด 37 มม. แท่นปืนคู่ถูกย้ายตำแหน่งไปไว้บนแท่นด้านบนและแท่นด้านล่างแท่นหนึ่ง ในขณะที่อีกแท่นหนึ่งถูกติดตั้งด้วยแท่นปืนเดี่ยว เนื่องจากแท่นปืนคู่มีจำนวนไม่เพียงพอ ในปี พ.ศ. 2485 เรือลำนี้ได้รับการติดตั้ง ระบบ โซนาร์ Alpha-2 ไว้ชั่วคราว เพื่อรอการดัดแปลงตัวเรือให้รองรับโดมใต้น้ำแบบยืดหยุ่นตามที่กำหนดไว้ในปีถัดไป^{[ 5 ]}   

เมื่อเรือLe Fantasqueเข้าประจำการ พวกมันถูกจัดให้อยู่ในกองพล เบาที่ 8 และ 10 ( Division légère ) ที่เพิ่งก่อตั้งขึ้นใหม่ ซึ่งต่อมาได้รับการกำหนดชื่อใหม่เป็นกองพลลาดตระเวน ( Division de contre-torpilleurs ) โดยทั้งสองกองพลถูกจัดให้อยู่ในกองเรือ เบาที่ 2 ( 2eme Escadre légère ) ในเมืองเบรสต์เมื่อวันที่ 12 พฤษภาคม 1936 เรือL'Indomptableและเรือดำน้ำPasteurได้ชนกันที่ปากแม่น้ำฌีรงด์ระหว่างการฝึกซ้อมของกองเรือเบาที่ 2 ^{[ 6 ]}อัลเบิร์ต เลอบรุนประธานาธิบดีของฝรั่งเศสได้เปิดอาคารใหม่ของโรงเรียนนายเรือ ( École Navale ) ในเมืองเบรสต์ และตรวจแถวกองเรือเบาที่ 2 ซึ่งรวมถึงเรือL'Indomptable , L'Audacieux , Le FantasqueและLe Terribleเมื่อวันที่ 30 พฤษภาคม 1936

ตั้งแต่วันที่ 1 ตุลาคม พ.ศ. 2479 เรือ L'Indomptable , Le TriomphantและLe Malinได้รับมอบหมายให้ประจำการในกองเรือเบาที่ 8 ในขณะที่เรือ Le Fantasque , Le TerribleและL'Audacieuxอยู่ในกองเรือที่ 10 ^{[ 7 ]}ระหว่างวันที่ 15 มกราคมถึง 26 กุมภาพันธ์ พ.ศ. 2480 กองเรือเบาที่ 2 ได้แล่นเรือไปทางใต้ไกลถึงเมืองโคนากรีแอฟริกาตะวันตกของฝรั่งเศสในวันที่ 27 พฤษภาคมอัลฟองส์ กาสนิเยร์-ดู ปาร์ค รัฐมนตรีว่าการกระทรวงกองทัพเรือ ได้ตรวจแถวกองเรือ ซึ่งรวมถึง เรือLe Fantasque ทั้งหมดด้วย^{[ 8 ]}

ทั้งกองพลลาดตระเวนที่ 8 และ 10 ได้รับมอบหมายให้เข้าร่วมกองกำลังจู่โจมเมื่อมีการประกาศสงครามในเดือนกันยายน พ.ศ. 2482 โดยออกปฏิบัติการเพียงครั้งเดียวในฐานะหน่วยเต็มรูปแบบในวันที่ 2–6 กันยายน เมื่อตอบสนองต่อรายงานที่ผิดพลาดว่าเรือเยอรมันออกจากท่าเรือ หลังจากนั้นก็ถูกแยกออกเป็นกลุ่มเล็กๆ เพื่อค้นหาเรือโจรสลัดพาณิชย์ของเยอรมันและเรือฝ่าการปิดล้อม^{[ 9 ]}ในช่วงวันที่ 21–30 ตุลาคมกองกำลังจู่โจม ซึ่งรวมถึงเรือ Le Fantasqueทั้งหมดได้คุ้มกันขบวนเรือ KJ 4จากการโจมตีที่อาจเกิดขึ้นโดยเรือลาดตระเวนหนักAdmiral Graf Speeในวันที่ 25 พฤศจิกายน กองพลลาดตระเวนที่ 8ซึ่งประกอบด้วยเรือL'Indomptable , Le MalinและLe Triomphantได้นัดพบกับเรือรบStrasbourgและคุ้มกันเรือลำนั้นไปยัง Brest ^{[ 10 ]}เพื่อเตรียมพร้อมสำหรับการประกาศสงครามของอิตาลี กองกำลังจู่โจม ( Force de Raid ) ซึ่งรวมถึงกองพลลาดตระเวนที่ 8 ได้รวมตัวกันที่เมอร์ส-เอล-เคบีร์แอลจีเรียของฝรั่งเศส ในวันที่ 5-9 เมษายน แต่ก็ต้องกลับไปยังเบรสต์เมื่อเยอรมันบุกนอร์เวย์ในวันที่ 10 ในคืนวันที่ 23/24 เมษายน พ.ศ. 2483 กองพลลาดตระเวนที่ 8 ได้ลาดตระเวนด้วยความเร็วสูงใน Skaggerak ( ปฏิบัติการ Rake ) โดยหวังจะโจมตีเรือสินค้าของเยอรมันที่มุ่งหน้าไปยังนอร์เวย์ พวกเขาพบเรือลาดตระเวน สองลำและสร้างความเสียหายให้กับลำหนึ่ง ขณะเดียวกันก็ปะทะกับ เรือ S-boatสองลำแต่แทบไม่มีผลอะไร และเกือบจะพบขบวน เรือ วางทุ่นระเบิด จากนั้นเรือ Le Malin ก็เริ่มมีปัญหาเครื่องยนต์และเรือต้องลดความเร็ว การโจมตีเฉียดฉิวของเครื่องบินทิ้งระเบิดของเยอรมันทำให้เพลาใบพัด ของ เรือ Le Triomphantเสียหายขณะที่พวกเขากำลังถอนตัว เรือ L'IndomptableและLe Malinกลับมายังเมือง Mers-el-Kébir ในวันที่ 9 พฤษภาคม แต่ได้ย้ายไปยังเมืองแอลเจียร์ ที่อยู่ใกล้เคียงในเวลาต่อมาไม่นาน เรือลำนี้ได้เข้าร่วมในการโจมตีของกองกำลัง Force de Raidในทะเลเมดิเตอร์เรเนียนตะวันตกในวันที่ 12-13 มิถุนายน หลังจากที่อิตาลีประกาศสงครามกับฝ่ายสัมพันธมิตรในวันที่ 10 มิถุนายน จากนั้น L'Indomptableก็เริ่มคุ้มกันขบวนเรืออพยพผู้คนจากแผ่นดินใหญ่ฝรั่งเศสไปยังแอฟริกาเหนือของฝรั่งเศส และคุ้มกันเรือลาดตระเวนที่ค้นหาเรือลาดตระเวนของอิตาลีอย่างไม่ประสบผลสำเร็จในวันที่ 23-24 มิถุนายน หลังจากได้รับรายงานผิดพลาดว่าเรือเหล่านั้นอยู่กลางทะเล หลังจากที่อังกฤษโจมตี Mers-el-Kébirในวันที่ 3 กรกฎาคม เรือลำนี้ได้คุ้มกันเรือลาดตระเวนที่พยายามจะไปรวมกับStrasbourgหลังจากที่เรือหนีออกจาก Mers-el-Kébir และต่อมาได้เดินทางถึงToulon^{[ 11 ]}

เมื่อกองกำลังทะเลเปิด (Forces de haute mer)ถูกจัดตั้งขึ้นในวันที่ 25 กันยายน เรือL'Indomptableเป็นเรือเพียงลำเดียวในชั้นเดียวกันที่ได้รับมอบหมายให้เข้าร่วม และเป็นหนึ่งในเรือคุ้มกันเมื่อกองกำลังดังกล่าวทำการฝึกซ้อมในทะเลเมดิเตอร์เรเนียนตะวันตกในวันที่ 16–18 ตุลาคม เมื่อเยอรมันพยายามยึดเรือฝรั่งเศสในเมืองตูลงในวันที่ 27 พฤศจิกายน 1942 ลูกเรือได้จมเรือลำนี้ เยอรมันพิจารณาที่จะกู้ซากเรือและกำหนดหมายเลขใหม่เป็นSG9แต่เรือได้รับความเสียหายอย่างหนักจากการโจมตีทางอากาศของฝ่ายสัมพันธมิตรในวันที่ 4 กุมภาพันธ์ 7 มีนาคม และ 29 เมษายน 1944 และถูกพิจารณาว่าเป็นการ สูญเสีย โดยสิ้นเชิง ส่วนหัวเรือของ L'Indomptableถูกกู้ขึ้นมาในเดือนกรกฎาคม 1945 และนำไปใช้แทนส่วนหัวเรือของLe Malinซึ่งถูกตัดขาดจากการชนกับLe Terribleซาก เรือ L'Indomptable ถูกแยกชิ้นส่วนในที่เดิมในปี 1950 ^{[ 12 ]}