LiSiCA ( Ligand Similarity using Clique Algorithm ) เป็นซอฟต์แวร์คัดกรองเสมือนจริงแบบอิงตามลิ แกนด์ที่ค้นหาความคล้ายคลึงกันแบบ 2 มิติและ 3 มิติระหว่างสารประกอบอ้างอิงและฐานข้อมูลของสารประกอบเป้าหมายซึ่งควรแสดงในรูปแบบ Mol2 ความคล้ายคลึงกันจะแสดงโดยใช้สัมประสิทธิ์ Tanimotoและสารประกอบเป้าหมายจะถูกจัดอันดับตามลำดับ LiSiCA ยังมีให้ใช้งานในรูปแบบปลั๊กอิน LiSiCA PyMOLทั้งบนระบบปฏิบัติการ Linux และ Windows

LiSiCA ต้องการอย่างน้อยหนึ่งสารประกอบอ้างอิงและฐานข้อมูลของสารประกอบเป้าหมายเป็นข้อมูลป้อนเข้า สำหรับการคัดกรองแบบ 3 มิติ ฐานข้อมูลนี้จะต้องเป็นฐานข้อมูลของโครงสร้างที่สร้างขึ้นล่วงหน้าของเป้าหมาย และสำหรับการคัดกรองแบบ 2 มิติ จะต้องเป็นโทโพโลยี ซึ่งก็คือรายการของอะตอมและพันธะ สำหรับสารประกอบเป้าหมายแต่ละตัว ในแต่ละขั้นตอน อัลกอริทึมจะเปรียบเทียบสารประกอบอ้างอิงกับสารประกอบตัวใดตัวหนึ่งจากสารประกอบเป้าหมายโดยพิจารณาจากการแสดงผลแบบ 2 มิติหรือ 3 มิติ สารประกอบทั้งสอง (โมเลกุล) จะถูกแปลงเป็นกราฟโมเลกุล ในการคัดกรองแบบ 2 มิติและ 3 มิติ จุดยอดของกราฟโมเลกุลจะแทนอะตอม ในการคัดกรองแบบ 2 มิติ ขอบของกราฟโมเลกุลจะแทนพันธะโควาเลนต์ ในขณะที่ในการคัดกรองแบบ 3 มิติ ขอบจะถูกวาดระหว่างจุดยอดทุกคู่และไม่มีความหมายทางเคมี จากนั้นกราฟผลิตภัณฑ์ที่สร้างจากกราฟโมเลกุลจะถูกค้นหาโดยใช้อัลกอริทึมคลิกสูงสุดที่ รวดเร็ว ^{[ 1 ] [ 2 ]}เพื่อค้นหาโครงสร้างย่อยที่ใหญ่ที่สุดที่พบร่วมกันในสารประกอบทั้งสอง ความคล้ายคลึงกันระหว่างสารประกอบต่างๆ จะถูกคำนวณโดยใช้สัมประสิทธิ์ทานิโมโตะ และสารประกอบเป้าหมายจะถูกจัดอันดับตามสัมประสิทธิ์ทานิโมโตะของพวกมัน

LiSiCA สามารถค้นหาความคล้ายคลึงกันแบบ 2 มิติและ 3 มิติระหว่างสารประกอบอ้างอิงและฐานข้อมูลสารประกอบเป้าหมาย โดยรับข้อมูลเข้าอย่างน้อยหนึ่งสารประกอบอ้างอิงและฐานข้อมูลสารประกอบเป้าหมาย โดยค่าเริ่มต้นจะส่งคืนเฉพาะสารประกอบที่คล้ายคลึงกับสารประกอบอ้างอิงมากที่สุดจากสารประกอบทั้งหมดในฐานข้อมูลสารประกอบเป้าหมาย พารามิเตอร์เสริมอื่นๆ ที่ LiSiCA ใช้ ได้แก่:

• จำนวนเธรด CPU ที่จะใช้ค่าเริ่มต้น: ค่าเริ่มต้นคือพยายามตรวจจับจำนวน CPU และใช้ทั้งหมด หรือหากไม่สามารถทำได้ จะใช้ 1 เธรด
• มิติของกราฟผลิตภัณฑ์ค่าที่ป้อนได้: 2, 3 ค่าเริ่มต้น: 2
• ระยะห่างเชิงพื้นที่สูงสุดที่อนุญาตสำหรับอะตอมในกราฟผลิตภัณฑ์ 3 มิติ วัดเป็นอังสตรอมค่าเริ่มต้น: 1.0
• ค่าความแตกต่างสูงสุดของเส้นทางที่สั้นที่สุดที่อนุญาตสำหรับกราฟผลิตภัณฑ์ 2 มิติ วัดจากจำนวนพันธะโควาเลนต์ระหว่างอะตอมค่าเริ่มต้น: 1
• พิจารณาไฮโดรเจนค่าเริ่มต้น: เท็จ
• จำนวนโมเลกุลที่มีอันดับสูงสุดที่จะเขียนลงในเอาต์พุตค่าเริ่มต้น: 0
• จำนวนสูงสุดที่อนุญาตให้แสดงผลโครงสร้างที่มีคะแนนสูงสุดค่าเริ่มต้น: 1

นอกจากนี้ ปลั๊กอิน LiSiCA PyMOL ยังมีฟังก์ชันโหลดผลลัพธ์ที่บันทึกไว้ด้วย

• ซอฟต์แวร์ LiSiCA (มีนาคม 2558) ^{[ 3 ]}
• ปลั๊กอิน LiSiCA PyMOL (มีนาคม 2559) ^{[ 4 ]}

คำว่าlisicaใน ภาษา สโลวีเนียมีความหมายว่า 'สุนัขจิ้งจอก' ซึ่งเป็นเหตุผลว่าทำไมโลโก้ของซอฟต์แวร์ LiSiCA จึงเป็นรูปสุนัขจิ้งจอกกำลังคาบโมเลกุลสองตัวอยู่

• ซอฟต์แวร์ LiSiCA
• ปลั๊กอิน LiSiCA