การก่อตั้งสำนักสงฆ์แห่งนี้ได้รับการยกย่องให้แก่อัคเทรด (เสียชีวิต ค.ศ. 1174) ผู้ปกครองแกลโลเวย์ร่วมกับพี่ชายของเขากิลล์ บริกต์ อัคเทรดไม่ได้มีโอกาสได้รับประโยชน์จากความสงบสุขในรัชสมัยของบิดาในแกลโลเวย์เฟอร์กัสแห่งแกลโลเวย์ (เสียชีวิต ค.ศ. 1161) ได้ก่อตั้งสำนักสงฆ์หลายแห่ง เช่นสำนักสงฆ์โซลซีทสำนักสงฆ์เกาะเซนต์แมรีสำนักสงฆ์ดันเดรนแนน สำนักสงฆ์ที่ เคิร์ กคัดไบรต์ (เคิร์กแห่งเซนต์คัทเบิร์ต ) และได้ฟื้นฟูสำนักสงฆ์ที่วิธอร์นชุมชนเก่าแก่ของเซนต์นิเนียนอำนาจของอัคเทรดอยู่ในแกลโลเวย์ตะวันออก ในขณะที่พี่ชายของเขาอยู่ในแกลโลเวย์ตะวันตก รัชสมัยของพวกเขามีความสัมพันธ์ที่วุ่นวายระหว่างกันเองกษัตริย์แห่งไอเลคแห่งไอร์แลนด์กษัตริย์แห่งสกอตแลนด์วิลเลียม เดอะ ไลออนและ กษัตริย์ แห่งอังกฤษ เฮนรี ที่2ลินคลูเดนเป็นสำนักสงฆ์แห่งเดียวที่อูชเทรดก่อตั้งขึ้น และเสียชีวิตด้วยฝีมือของพี่ชายของเขาในปี 1174 ^{[ 3 ]}

ก่อนการก่อตั้งลินคลูเดน มีเพียงบ้านพักของนักบวชในแกลโลเวย์เท่านั้น บ้านพักใหม่ของอัคเทรดเป็นสำนักชีแห่งแรกภายในอาณาเขตของลอร์ดชิป บรรดาแม่ชี กลุ่มแรกที่เข้ามา น่าจะเป็น แม่ชีคณะ คลูนีจากฝรั่งเศสหรืออังกฤษ ต่อมาจึงมีแม่ชีฝึกหัดในท้องถิ่นเข้ามาเสริมเพิ่มเติม

ในช่วงปลายศตวรรษที่ 14 พื้นที่นี้กลายเป็นส่วนหนึ่งของศักดินาของอาร์ชิบัลด์เดอะ กริม เจ้าแห่งแกลโลเวย์ และต่อมาเป็นเอิร์ลแห่งดักลาสคนที่ 3 โดยอ้างว่าแม่ชีที่ลินคลูเดนได้ละเมิดคำปฏิญาณพรหมจรรย์และมีความผิดในพฤติกรรมลามกอนาจาร ซึ่งไม่มีหลักฐานใดๆ เขาจึงพิพากษาและตัดสินว่าพวกเธอมีความผิด^{[ 4 ]}เขาจึงไล่แม่ชีออกจากอาราม เอิร์ลอาร์ชิบัลด์สั่งให้สร้างโบสถ์ใหม่และจัดตั้งวิทยาลัย ขึ้น โดยประกอบด้วยอธิการและนักบวช สิบสอง คน^{[ 5 ]}

หลังจากการจับกุมอาร์ชิบัลด์ ดักลาส เอิร์ลแห่งดักลาสคนที่ 4ในยุทธการที่โฮมิลดอนฮิลล์และการจับกุมเขาอีกครั้งใน ยุทธการที่ชรู ว์สเบอรี เอิร์ลผู้นี้ใช้เวลาช่วงหนึ่งเป็นเชลยของพระเจ้าเฮนรีที่ 4 แห่งอังกฤษซึ่งเขาได้สร้างมิตรภาพกับพระมหากษัตริย์ หลักฐานนี้ปรากฏในจดหมายเปิดผนึกลงวันที่ 20 เมษายน ค.ศ. 1408 จากพระเจ้าเฮนรีถึงผู้บัญชาการปราสาททางเหนือทั้งหมดของพระองค์ ซึ่งห้ามไม่ให้พวกเขากระทำการใดๆ ที่เป็นอันตรายต่อบุคคลหรือทรัพย์สินที่เกี่ยวข้องกับวิทยาลัยลินคลูเดน หากพวกเขาเข้ามาในสกอตแลนด์เพื่อวัตถุประสงค์ทางทหาร เป็นเวลาสามปี^{[ 6 ]}

เอิร์ลอาร์ชิบัลด์และผู้สืบทอดของเขาใช้เงินจำนวนมากในการตกแต่งโบสถ์ และยังมีงานแกะสลักตราประจำตระกูลที่สวยงามมากมายอยู่ในซากปรักหักพัง^{[ 7 ]}สุสานของเจ้าหญิงมาร์กาเร็ต เคาน์เตสแห่งดักลาสและดัชเชสแห่งตูแรน พระธิดาของโรเบิร์ตที่ 3 แห่งสกอตแลนด์และพระมเหสีของอาร์ชิบัลด์ ดักลาส เอิร์ลแห่งดักลาสคนที่ 4 ยังคงมีอยู่

อาคารเหล่านี้รอดพ้นจากการถูกทำลายในช่วงการปฏิรูปศาสนาในปี 1560 พิธีมิสซาครั้งสุดท้ายจัดขึ้นในวันคริสต์มาสปี 1585 ซึ่งจัดโดยลอร์ดแม็กซ์เวลล์ [ ^{8 ] อธิการ} คนสุดท้ายโรเบิร์ต ดักลาสออกจากตำแหน่งประมาณปี 1590 จากนั้นกรรมสิทธิ์ก็ตกเป็นของตระกูลแม็กซ์เวลล์แห่งเทอร์เรเกิลส์ซึ่งเป็นชาวคาทอลิก อาคารที่พักอาศัยของโบสถ์วิทยาลัยถูกดัดแปลงเป็นบ้านหอคอย ซึ่งถูกทิ้งร้างในช่วงปลายศตวรรษที่ 1600

โทมัส เพนแนนท์ในหนังสือ"การท่องเที่ยวสกอตแลนด์และการเดินทางสู่หมู่เกาะเฮ บริดีส" ที่เขียนขึ้นในปี 1772 ได้เขียน ถึง สุสาน ของ เจ้าหญิง มาร์กาเร็ต ว่า " กระดูกของพระนางถูกกระจัดกระจายไปทั่วอย่างน่ารังเกียจโดยพวกคนชั่วที่บุกเข้าไปในสุสานเพื่อค้นหาสมบัติ"

ในปี ค.ศ. 1882 เจ้าของคือ กัปตันแม็กซ์เวลล์ แห่งเทอร์เรเกิลส์ได้ทำการทำความสะอาดซากปรักหักพังและล้อมรั้ว พร้อมทั้งจัดหาผู้ดูแลมาประจำการในที่พักบนพื้นที่นั้น ต่อมาในปี ค.ศ. 1922 ซากปรักหักพังดังกล่าวได้ถูกโอนไปอยู่ในความดูแลของรัฐ

ในช่วงไม่กี่ปีที่ผ่านมา ซากปรักหักพังได้รับความเสียหายจากการทำลายล้างอีกครั้ง มีรายงานว่ามีการเทน้ำมันเครื่องที่ใช้แล้วลงบนหุ่นจำลองของเจ้าหญิงมาร์กาเร็ต หลังจากเหตุการณ์นี้ หุ่นจำลองถูกนำออกในปี 1999 เพื่อการอนุรักษ์และปกป้อง และแทนที่ด้วยหุ่นจำลองไฟเบอร์กลาส^{[ 9 ]}