รายชื่อซอฟต์แวร์ชีวสารสนเทศแบบโอเพนซอร์ส

นี่คือรายชื่อซอฟต์แวร์ คอมพิวเตอร์ ที่สร้างขึ้นเพื่อใช้ในงานชีวสารสนเทศศาสตร์และเผยแพร่ภายใต้ ใบอนุญาต ซอฟต์แวร์โอเพนซอร์สพร้อมบทความในวิกิพีเดีย

ซอฟต์แวร์	คำอธิบาย	แพลตฟอร์ม	ใบอนุญาต	นักพัฒนา
.NET Bio	ชุดเครื่องมือที่ไม่ขึ้นกับภาษาใดๆ สร้างขึ้นโดยใช้ Microsoft 4.0 .NET Framework เพื่อช่วยเหลือนักพัฒนา นักวิจัย และนักวิทยาศาสตร์	.NET Framework	อะปาเช่	โครงการความร่วมมือ
แอมโฟรา	ซอฟต์แวร์วิเคราะห์ เมตาจีโนมิกส์	ลินุกซ์	จีพีแอล	โจนาธาน ไอเซน
อันดูริล	กรอบ งานเวิร์กโฟลว์แบบอิงส่วนประกอบสำหรับการวิเคราะห์ข้อมูล	ลินุกซ์ , มอสซาเรลล่า , วินโดวส์	จีพีแอล	มหาวิทยาลัยเฮลซิงกิ
ร้านอาหารอะปาเช่	เขียนด้วยภาษาจาวา	ลินุกซ์ , มอสซาเรลล่า , วินโดวส์	ใบอนุญาต Apache 2.0	มูลนิธิซอฟต์แวร์ Apache , myGrid
นักออกแบบแอสคาลาฟ	โปรแกรมคอมพิวเตอร์สำหรับการสร้างแบบจำลองโมเลกุลทั่วไป เพื่อการออกแบบและการจำลองโมเลกุล	วินโดวส์	จีพีแอลวี2	โมเลกุลที่คล่องตัว
ออโต้ด็อก	ชุดเครื่องมือเชื่อมต่ออัตโนมัติ	ลินุกซ์ , แมคโอเอสเอ็กซ์ , เอสจีไอ ไอริกซ์และวินโดวส์	จีพีแอล	สคริปส์ รีเสิร์ช
อาโวกาโดร	โปรแกรมแก้ไขและแสดงภาพโมเลกุลที่พัฒนาด้วยภาษา C++ ( Qt ) สำหรับใช้ในเคมีเชิงคำนวณ การสร้างแบบจำลองโมเลกุล ชีวสารสนเทศศาสตร์ วิทยาศาสตร์วัสดุ และสาขาที่เกี่ยวข้อง	ลินุกซ์ , มอสซาเรลล่า , ยูนิก , วินโดวส์	ใบอนุญาต BSDแบบ 3 ข้อ	โครงการเคมีแบบเปิด
BEDtools	"การคำนวณจีโนม" — การจัดการชุดพิกัดและการสกัดลำดับจากไฟล์ BED	ลินุกซ์	เอ็มไอที	ห้องปฏิบัติการควินแลนมหาวิทยาลัยยูทาห์
ไบโอคลิปส์	แพลตฟอร์มภาพสำหรับเคมีบำบัดและชีวสารสนเทศศาสตร์บนพื้นฐานของ แพลตฟอร์มไคลเอ็นต์แบบริช ของ Eclipse (RCP)	ลินุกซ์ , มอสซาเรลล่า , วินโดวส์^{[ 1 ]}	สุริยุปราคาสาธารณะ	โครงการไบโอคลิปส์
ไบโอคอนดักเตอร์	ชุดเครื่องมือภาษา R (ภาษาโปรแกรม)	ลินุกซ์ , มอสซาเรลล่า , วินโดวส์	ศิลปะ 2.0	ศูนย์วิจัยมะเร็งเฟรด ฮัทชินสัน
ไบโอจาวา	ฟังก์ชันไลบรารี Javaสำหรับจัดการลำดับ, โครงสร้างโปรตีน, ตัวแยกวิเคราะห์ไฟล์, การทำงานร่วมกันของ CORBA, ระบบการระบุคำอธิบายแบบกระจาย (DAS), การเข้าถึง AceDB, การเขียนโปรแกรมแบบไดนามิก และรูทีนทางสถิติอย่างง่าย	ลินุกซ์ , มอสซาเรลล่า , วินโดวส์	LGPL v2.1	มูลนิธิโอเพ่นไบโออินฟอร์เมติกส์
ไบโอเจเอส	ไลบรารี JavaScriptของส่วนประกอบต่างๆ สำหรับแสดงภาพข้อมูลทางชีววิทยา	เว็บเบราว์เซอร์	อะปาเช่	ชุมชน BioJS
ไบโอโมบี้	ทะเบียนบริการเว็บ	เว็บเบราว์เซอร์	ศิลปะ	มูลนิธิโอเพ่นไบโออินฟอร์เมติกส์
ไบโอเพิร์ล	ชุดเครื่องมือภาษา Perl	ข้ามแพลตฟอร์ม	งานศิลปะ , GPL	มูลนิธิโอเพ่นไบโออินฟอร์เมติกส์
ไบโอพีเอชพี	ชุดเครื่องมือภาษา PHPพร้อมคลาสสำหรับการวิเคราะห์ลำดับดีเอ็นเอและโปรตีน การจัดเรียงลำดับ การแยกวิเคราะห์ฐานข้อมูล และเครื่องมือชีวสารสนเทศอื่นๆ	ข้ามแพลตฟอร์ม	จีพีแอล เวอร์ชัน 2	มูลนิธิโอเพ่นไบโออินฟอร์เมติกส์
ไบโอไพธอน	ชุดเครื่องมือภาษา Python	ข้ามแพลตฟอร์ม	ไบโอไพธอน^{[ 2 ]}	มูลนิธิโอเพ่นไบโออินฟอร์เมติกส์
ไบโอรูบี้	ชุดเครื่องมือภาษา Ruby	ลินุกซ์ , มอสซาเรลล่า , วินโดวส์^{[ 3 ]}	GPL v2 หรือRuby	มูลนิธิโอเพ่นไบโออินฟอร์เมติกส์
ระเบิด	อัลกอริทึมและโปรแกรมสำหรับเปรียบเทียบข้อมูลลำดับทางชีวภาพขั้นต้น รวมถึงลำดับดีเอ็นเอและโปรตีน	ข้ามแพลตฟอร์ม	สาธารณสมบัติ	ศูนย์ข้อมูลเทคโนโลยีชีวภาพแห่งชาติ
ซีพี2เค	ทำการจำลองระดับอะตอมของระบบของแข็ง ของเหลว โมเลกุล และชีวภาพ โดยใช้ภาษา Fortran 2003	ลินุกซ์ , มอสซาเรลล่า , วินโดวส์	GPLและLGPL	ซอฟต์แวร์โอเพนซอร์สฟรีภายใต้ลิขสิทธิ์ GNU GPLv2 หรือเวอร์ชันที่ใหม่กว่า
ซีไบโอพอร์ทัล	เป้าหมายหลักของ cBioPortal คือการทำให้ข้อมูลจีโนมมะเร็งที่ซับซ้อนเข้าถึงได้และตีความได้ง่ายสำหรับนักชีววิทยาด้านมะเร็งและแพทย์ผู้เชี่ยวชาญ โดยการแปลงข้อมูลหลายรูปแบบให้เป็นภาพแสดงผลแบบโต้ตอบที่ช่วยอำนวยความสะดวกในการค้นพบทางชีววิทยาและการตัดสินใจทางคลินิก	เว็บเบราว์เซอร์	เอจีพีแอล	ชุมชน cBioPortal
เอ็มโบส	ชุดโปรแกรมสำหรับจัดลำดับดีเอ็นเอ ค้นหาข้อมูล และอื่นๆ ที่เขียนด้วยภาษาซี	ลินุกซ์ , มอสซาเรลล่า , ยูนิกซ์ , วินโดวส์^{[ 4 ]}	GPLและLGPL	โครงการความร่วมมือ
กาแล็กซี	ระบบ เวิร์กโฟลว์ทางวิทยาศาสตร์และการบูรณาการข้อมูล	เหมือนยูนิก	วิชาการฟรี	โครงการความร่วมมือ
รูปแบบยีน	ระบบเวิร์กโฟลว์ทางวิทยาศาสตร์ที่ช่วยให้เข้าถึงเครื่องมือวิเคราะห์จีโนมได้หลายร้อยรายการ	ระบบปฏิบัติการ คล้าย Unix (เซิร์ฟเวอร์สาธารณะ); Linux , macOS , Windows	เอ็มไอที	สถาบันบรอด มหาวิทยาลัย แคลิฟอร์เนียซานดิเอโก
โต๊ะทำงาน Geworkbench	แพลตฟอร์ม การบูรณาการข้อมูลจีโนม	ลินุกซ์ , มอสซาเรลล่า , วินโดวส์	ใบอนุญาต GeWorkbench ^{[ 5 ]}	มหาวิทยาลัยโคลัมเบีย
จีเอ็มโอดี	ชุดเครื่องมือสำหรับแก้ไขปัญหาทั่วไปหลายประการในฐานข้อมูลทางชีววิทยา	ระบบปฏิบัติการคล้าย Unix (เซิร์ฟเวอร์), เว็บเบราว์เซอร์ (ไคลเอ็นต์)	แตกต่างกันไปตามเครื่องมือ	โครงการความร่วมมือ
เจ็นจีไอเอส	แอปพลิเคชันที่ช่วยให้สามารถผสานรวมข้อมูลแผนที่ดิจิทัลเข้ากับข้อมูลเกี่ยวกับลำดับทางชีวภาพที่เก็บรวบรวมจากสิ่งแวดล้อมได้	วินโดวส์ , มอสซาเรลล่า	จีพีแอล	โครงการความร่วมมือ
จีโนแคด	เครื่องมือช่วยออกแบบด้วยคอมพิวเตอร์ (CAD) สำหรับชีววิทยาเชิงสังเคราะห์ ใช้ในการออกแบบโครงสร้างทางพันธุกรรมโดยอิงตามกฎไวยากรณ์	ลินุกซ์ , มอสซาเรลล่า , วินโดวส์	ใบอนุญาต Apache 2.0	ทีม GenoCAD ( สถาบันชีวสารสนเทศแห่งเวอร์จิเนีย )
จีโนมสเปซ	แอปพลิเคชันบนเว็บแบบรวมศูนย์ที่ให้บริการการแปลงรูปแบบข้อมูลและอำนวยความสะดวกในการเชื่อมต่อกับเครื่องมือชีวสารสนเทศอื่นๆ	เว็บเบราว์เซอร์	แอลจีพีแอล	โครงการความร่วมมือกับ สถาบันบรอด (Broad Institute )
อ่อนโยน	เทียบเท่ากับVector NTIซึ่งเป็นเครื่องมือเฉพาะที่ใช้ในการวิเคราะห์และแก้ไขไฟล์ลำดับ ดีเอ็นเอ	ลินุกซ์ , มอสซาเรลล่า , วินโดวส์	จีพีแอล	แม็กนัส มันสเก
เก็ต	การสืบค้นฐานข้อมูลอ้างอิงทางพันธุกรรมอย่างมีประสิทธิภาพ รวมถึงUniProt , National Center for Biotechnology Informationและโครงการฐานข้อมูลจีโนม Ensembl	ลินุกซ์ , มอสซาเรลล่า , วินโดวส์	บีเอสดี	ลอร่า ลูบเบิร์ต และลิออร์ แพชเตอร์
โกรแมคส์	ชุดโปรแกรมจำลองพลศาสตร์โมเลกุล ออกแบบมาเพื่อใช้ในการจำลองโปรตีน ไขมัน และกรดนิวคลีอิกเป็นหลัก	ลินุกซ์ , มอสซาเรลล่า , วินโดวส์	สาธารณะทั่วไป 1.0	จีโนวิซ
โปรแกรมดูจีโนมแบบบูรณาการ	โปรแกรมดูข้อมูลจีโนมบนเดสก์ท็อปที่ใช้ภาษาJava	ลินุกซ์ , มอสซาเรลล่า , วินโดวส์	สาธารณะทั่วไป 1.0	จีโนวิซ
อินเตอร์ไมน์	ระบบคลังข้อมูลขนาดใหญ่สำหรับการวิเคราะห์และบูรณาการชุดข้อมูลทางชีววิทยา เขียนด้วยภาษา Java และ JavaScript	ข้ามแพลตฟอร์ม	แอลจีพีแอล	มหาวิทยาลัยเคมบริดจ์
เซิร์ฟเวอร์ LabKey	แพลตฟอร์มซอฟต์แวร์นี้ช่วยให้องค์กรต่างๆ สามารถบูรณาการ วิเคราะห์ และแบ่งปันข้อมูลชีวการแพทย์ที่ซับซ้อนได้	ลินุกซ์ , มอสซาเรลล่า , วินโดวส์	อะปาเช่	มูลนิธิซอฟต์แวร์แล็บคีย์
แลมม์พีเอส	โปรแกรมจำลองพลศาสตร์โมเลกุลที่เขียนด้วยภาษาC++	ลินุกซ์ , มอสซาเรลล่า , วินโดวส์	อะปาเช่	ห้องปฏิบัติการแห่งชาติแซนเดีย
แม่	ซอฟต์แวร์สำหรับวิเคราะห์ข้อมูลลำดับแอมพลิคอนยีน 16S rRNA	ลินุกซ์ , มอสซาเรลล่า , วินโดวส์	จีพีแอล	มหาวิทยาลัยมิชิแกน
เน็กซ์โฟลว์	ระบบจัดการเวิร์กโฟลว์ที่ใช้สำหรับการสร้างและเรียกใช้ไปป์ไลน์ชีวสารสนเทศที่ปรับขนาดได้และทำซ้ำได้ โดยเฉพาะอย่างยิ่งในสภาพแวดล้อมการประมวลผลบนคลาวด์และประสิทธิภาพสูง	ลินุกซ์ , มอสซาเรลล่า , วินโดวส์	ใบอนุญาต Apache 2.0	ทีม Nextflow ^{[ 6 ]}
พาธวิซิโอ	ซอฟต์แวร์สำหรับเดสก์ท็อปเพื่อวาด วิเคราะห์ และแสดงภาพเส้นทางชีวภาพ	ลินุกซ์ , มอสซาเรลล่า , วินโดวส์	อะปาเช่ 2.0	มหาวิทยาลัยมาสทริชต์
ส้ม	ชุดซอฟต์แวร์สำหรับ การทำเหมืองข้อมูลและการเรียนรู้ของเครื่องแบบใช้ส่วนประกอบเขียนด้วยภาษา C++ มีส่วนหน้าสำหรับการเขียนโปรแกรมแบบภาพเพื่อการวิเคราะห์ข้อมูลเชิงสำรวจและการแสดงภาพแบบโต้ตอบและ มีส่วนเชื่อมต่อและไลบรารี Pythonสำหรับการเขียนสคริปต์	ลินุกซ์ , มอสซาเรลล่า , วินโดวส์	จีพีแอล	มหาวิทยาลัยลูบลิยานา
SAMtools	เครื่องมือสำหรับโต้ตอบกับข้อมูลการจัดลำดับจีโนมความเร็วสูงและการจัดเรียงลำดับในรูปแบบ sam/bam	ยูนิกซ์ / ลินุกซ์	เอ็มไอที	โครงการความร่วมมือ
ชุด SOAP	ชุดเครื่องมือสำหรับการประกอบ การจัดเรียง และการวิเคราะห์ข้อมูล ลำดับดีเอ็นเอแบบอ่านสั้นจากเทคโนโลยี การจัดลำดับรุ่นใหม่ (Next Generation Sequencing: NCT)	ยูนิซ / ลินุกซ์ , มอสซาเรลล่า	จีพีแอล	บีจีไอ
แพ็คเกจสเตเดน	การประกอบ การแก้ไข และการวิเคราะห์ลำดับ โดยส่วนใหญ่ประกอบด้วย gap4, gap5 และ spin เขียนด้วยภาษา C, C++, Fortran และ Tcl	ลินุกซ์ , มอสซาเรลล่า , วินโดวส์	บีเอสดี	สถาบันเวลล์คัมทรัสต์แซงเกอร์สภาวิจัยทางการแพทย์
โต๊ะทำงานทาเวอร์นา	เครื่องมือสำหรับออกแบบและดำเนินการเวิร์กโฟลว์	ลินุกซ์ , มอสซาเรลล่า , วินโดวส์	แอลจีพีแอล	มายกริด
เทรเซอร์	ไคลเอ็นต์โอเพนซอร์สสำหรับตรวจสอบประสิทธิภาพและการใช้ทรัพยากรในเวิร์กโฟลว์ด้านชีวสารสนเทศ โดยใช้ eBPF	ลินุกซ์	ใบอนุญาตแบบกำหนดเอง (ดูรายละเอียดได้ที่ GitHub)	โครงการ Tracer บน GitHub
ที-เร็กซ์ (เว็บเซิร์ฟเวอร์)	การอนุมาน การตรวจสอบความถูกต้อง และการแสดงภาพของแผนภูมิวิวัฒนาการและเครือข่ายวิวัฒนาการ	เว็บเบราว์เซอร์ , วินโดวส์	จีเอ็นยู (จีพีแอล)เวอร์ชัน 3	Université du Québec à Montréal ^{[ 7 ]}
ยูจีน	เครื่องมือชีวสารสนเทศแบบบูรณาการ เขียนด้วยภาษาC++ ( Qt )	ลินุกซ์ , มอสซาเรลล่า , วินโดวส์	จีพีแอล 2	ยูนิโปร
ยูนิเปปท์	การวิเคราะห์ความหลากหลายทางชีวภาพด้วยเมตาโปรตีโอมิกส์ เขียนด้วยภาษา Ruby และ JavaScript	เว็บเบราว์เซอร์	เอ็มไอที	มหาวิทยาลัยเกนต์
โวทกา	แพ็กเกจสร้างแบบจำลองระดับหยาบสำหรับพลศาสตร์โมเลกุล เขียนด้วยภาษา C++, Perl และ BASH	ลินุกซ์ , มอสซาเรลล่า , วินโดว์และระบบปฏิบัติการยูนิกซ์อื่นๆ	ใบอนุญาต Apache 2.0	สถาบันวิจัยโพลิเมอร์แม็กซ์พลังค์

ดูเพิ่มเติม

เอกสารอ้างอิง

^ https://www.researchgate.net/publication/6490579_Bioclipse_An_open_source_workbench_for_chemo-_and_bioinformatics
^ใบอนุญาตไบโอไพธอน
^ Goto, Naohisa; Prins, Pjotr; Nakao, Mitsuteru; Bonnal, Raoul; Aerts, Jan; Katayama, Toshiaki (2010). "BioRuby: ซอฟต์แวร์ชีวสารสนเทศสำหรับภาษาโปรแกรม Ruby" . Bioinformatics . 26 (20): 2617– 2619. doi : 10.1093/bioinformatics/btq475 . PMC 2951089 . PMID 20739307 .
^ "ดาวน์โหลด EMBOSS "
^ "ใบอนุญาต GeWorkbench" . geWorkbench . มหาวิทยาลัยโคลัมเบีย . 15 มิถุนายน 2014 .
^ "เสริมศักยภาพงานวิจัยทางวิทยาศาสตร์ด้วย Nextflow + AI" 3 ธันวาคม 2024
^ http://www.trex.uqam.ca/

ลิงก์ภายนอก

ซอฟต์แวร์ชีววิทยาฟรี – สารบัญซอฟต์แวร์ฟรี – มูลนิธิซอฟต์แวร์ฟรี

[1] ttps://www.researchgate.net/publication/6490579_Bioclipse_An_open_source_workbench_for_chemo-_and_bioinformatics

[2] ใบอนุญาตไบโอไพธอน

[3] Goto, Naohisa; Prins, Pjotr; Nakao, Mitsuteru; Bonnal, Raoul; Aerts, Jan; Katayama, Toshiaki (2010). "BioRuby: ซอฟต์แวร์ชีวสารสนเทศสำหรับภาษาโปรแกรม Ruby" . Bioinformatics . 26 (20): 2617– 2619. doi : 10.1093/bioinformatics/btq475 . PMC 2951089 . PMID 20739307 .

[4] "ดาวน์โหลด EMBOSS "

[5] "ใบอนุญาต GeWorkbench" . geWorkbench . มหาวิทยาลัยโคลัมเบีย . 15 มิถุนายน 2014 .

[6] "เสริมศักยภาพงานวิจัยทางวิทยาศาสตร์ด้วย Nextflow + AI" 3 ธันวาคม 2024

[7] ttp://www.trex.uqam.ca/

[ 1 ]

[ 2 ]

[ 3 ]

[ 4 ]

[ 5 ]

[ 6 ]

[ 7 ]

รายชื่อซอฟต์แวร์ชีวสารสนเทศแบบโอเพนซอร์ส

ดูเพิ่มเติม

เอกสารอ้างอิง

ลิงก์ภายนอก

ข้อมูลสำคัญจากบทความ