หลังจากการประกาศเอกราชเมื่อวันที่ 16 กุมภาพันธ์ พ.ศ. 2461 ลิทัวเนียต้องรับประกันการปกป้องพรมแดน ซึ่งเป็นภารกิจที่ยากลำบาก เนื่องจากพรมแดนมีการเปลี่ยนแปลง (ลิทัวเนียเข้าครอบครองภูมิภาคไคลเปดาในปี พ.ศ. 2466 และมีข้อพิพาทกับโปแลนด์ อย่างต่อเนื่อง เกี่ยวกับภูมิภาควิลนีอุส ) และหน่วยงานที่ปกป้องพรมแดนก็เปลี่ยนแปลงไปด้วย (ศุลกากรและหน่วยลาดตระเวน กองกำลังอาสาสมัคร และกองทัพ) ^{[ 2 ]}

การจัดตั้งกองทหารรักษาชายแดนชุดแรกเริ่มต้นขึ้นเมื่อวันที่ 1 กุมภาพันธ์ 1920 ต่อมาเมื่อวันที่ 26 มกราคม 1922 โจนาส ชิมคุ ส รัฐมนตรีว่าการกระทรวงกลาโหมของลิทัวเนีย ได้ออกคำสั่งกำหนดให้วันที่ 29 มิถุนายน เป็นวันกองทหารรักษาชายแดน ในเวลานั้น กองทหารรักษาชายแดนทำหน้าที่ปกป้องชายแดน และมีการจัดตั้งตำรวจชายแดนแห่งรัฐขึ้นในเขตไคลเปดาเมื่อวันที่ 18 มิถุนายน 1923 ภายหลัง กองทหารรักษาชายแดนซึ่งเป็นหน่วยงานของกระทรวงกลาโหมถูกยุบ และตำรวจชายแดนของกระทรวงมหาดไทยเข้ามารับหน้าที่ปกป้องชายแดนของรัฐเมื่อวันที่ 1 มกราคม 1924 ก่อนการยึดครองของโซเวียตครั้งแรกจำนวนตำรวจชายแดนของลิทัวเนียไม่มากนัก คือ 1,656 นายในปี 1931 และ 1,934 นายในปี 1933

ความแข็งแกร่งนี้ได้รับการรักษาไว้จนถึงเดือนมิถุนายน พ.ศ. 2483 เมื่อสหภาพโซเวียตบุกและยึดครองลิทัวเนีย หลังจากนั้น เจ้าหน้าที่รักษาชายแดนบางส่วนถูกกดขี่ทางการเมือง ตำรวจชายแดนถูกยุบ และกองทัพแดงเข้าควบคุมชายแดนลิทัวเนียกับนาซีเยอรมนีใกล้สิ้นสุดสงครามโลกครั้งที่สองสหภาพโซเวียตเข้ายึดครองลิทัวเนียเป็นครั้งที่สอง ตลอดการปกครอง พวกเขาปกป้องเฉพาะชายแดนลิทัวเนียกับสาธารณรัฐประชาชนโปแลนด์เท่านั้น^{[ 2 ]}

หลังจากลิทัวเนียได้รับเอกราชคืนเมื่อวันที่ 11 มีนาคม 1990 ลิทัวเนียต้องรับประกันการปกป้องและความมั่นคงของพรมแดน ด้วยมติเมื่อวันที่ 3 เมษายน 1990 สภาสูงสุด (รัฐสภาลิทัวเนีย) ได้มอบหมายให้คณะรัฐมนตรีจัดตั้งกระทรวงกลาโหม ซึ่งเป็นการเริ่มต้นการจัดตั้งหน่วยรักษาพรมแดนของรัฐขึ้นใหม่ เมื่อวันที่ 10 กันยายน 1990 รัฐบาลได้มีมติจัดตั้งหน่วยงานในกระทรวงกลาโหมเพื่อรับประกันการคุ้มครองทางเศรษฐกิจของพรมแดนลิทัวเนีย เมื่อวันที่ 10 ตุลาคม 1990 รัฐบาลมีมติจัดตั้งด่านพรมแดน 61 แห่ง ด่านเหล่านี้ควรจะเริ่มดำเนินการภายในวันที่ 19 พฤศจิกายน แต่เนื่องจากขาดแคลนทรัพยากรและบุคลากร จึงไม่ได้ดำเนินการทั้งหมดตามที่ตั้งใจไว้^{[ 3 ]}

กองกำลังรักษาความปลอดภัยของโซเวียต โดยส่วนใหญ่คือOMONได้ดำเนินการโจมตีเจ้าหน้าที่รักษาชายแดนลิทัวเนียที่ไม่มีอาวุธ: ที่ทำการของเจ้าหน้าที่รักษาชายแดนถูกเผาและทำลาย รถยนต์ถูกขโมยและวางระเบิด และเจ้าหน้าที่ถูกทำร้ายและคุกคาม เมื่อวันที่ 19 พฤษภาคม 1991 Gintaras Žagunis เจ้าหน้าที่ประจำจุดผ่านแดน Krakūnai ที่ชายแดนลิทัวเนีย-เบลารุส ถูกยิงเสียชีวิตขณะปฏิบัติหน้าที่ เมื่อวันที่ 31 กรกฎาคม 1991 เจ้าหน้าที่ลิทัวเนีย 7 นายถูกสังหารที่ จุดผ่านแดน Medininkaiผู้รอดชีวิตเพียงคนเดียวคือTomas Šernasกลายเป็นคนพิการ^{[ 4 ]}การโจมตีจุดผ่านแดนของลิทัวเนียยังคงดำเนินต่อไปจนกระทั่งความพยายามก่อรัฐประหารในมอสโกเมื่อวันที่ 23 สิงหาคม 1991 ^{[ 2 ]}

กระทรวงกลาโหมออกคำสั่งให้เปลี่ยนชื่อหน่วยพิทักษ์ชายแดนเป็นหน่วยพิทักษ์ชายแดนแห่งรัฐ โดยมีผลตั้งแต่วันที่ 6 สิงหาคม พ.ศ. 2535 เมื่อทหารโซเวียตคนสุดท้ายออกจากลิทัวเนียในวันที่ 31 สิงหาคม พ.ศ. 2536 หน่วยพิทักษ์ชายแดนแห่งรัฐก็ได้รับการจัดตั้งขึ้นอย่างดีแล้ว ในวันที่ 18 กรกฎาคม พ.ศ. 2537 รัฐบาลได้มีมติปรับโครงสร้างหน่วยพิทักษ์ชายแดนแห่งรัฐที่กระทรวงกลาโหมให้เป็นกรมตำรวจชายแดนที่กระทรวงมหาดไทย เช่นเดียวกับในช่วงระหว่างสงครามโลกครั้งที่หนึ่งและครั้งที่สอง การรักษาความปลอดภัยชายแดนของลิทัวเนียกลายเป็นหน้าที่ของตำรวจชายแดน^{[ 2 ]}

หลังจากระบบการรักษาความปลอดภัยชายแดนได้รับการฟื้นฟู สถานะทางกฎหมายของพรมแดนรัฐจะต้องได้รับการกำหนดและปักธงพรมแดน สนธิสัญญาว่าด้วยการฟื้นฟูพรมแดนรัฐระหว่างลิทัวเนียและลัตเวียได้รับการลงนามเมื่อวันที่ 29 มิถุนายน พ.ศ. 2536 ต้องใช้ความพยายามทางการทูตอย่างมากในการสรุปและลงนามในสนธิสัญญาเกี่ยวกับพรมแดนรัฐกับเบลารุสเมื่อวันที่ 6 กุมภาพันธ์ พ.ศ. 2538 ^{[ 5 ]}สนธิสัญญาที่คล้ายกันนี้ได้รับการลงนามกับโปแลนด์ในปีเดียวกัน^{[ 2 ]}สนธิสัญญาว่าด้วยการกำหนดเขตแดนพรมแดนรัฐระหว่างลิทัวเนียและสหพันธรัฐรัสเซียได้รับการลงนามในระหว่างการประชุมสุดยอดที่มอสโกเมื่อวันที่ 24 ตุลาคม พ.ศ. 2540

ตำรวจชายแดนได้รับการปรับโครงสร้างใหม่ในปี 1997, 2000 และเมื่อวันที่ 22 กุมภาพันธ์ 2001 เมื่อรัฐบาลตัดสินใจปรับโครงสร้างกรมตำรวจชายแดนเป็นหน่วยรักษาชายแดนแห่งรัฐภายใต้กระทรวงมหาดไทย^{[ 2 ]}ในการเตรียมการปรับโครงสร้างใหม่ มีการออกกฎหมายจำนวนมากที่ควบคุมกิจกรรมของหน่วยรักษาชายแดนแห่งรัฐ ในบรรดากฎหมายเหล่านี้ กฎหมายที่โดดเด่นที่สุดคือกฎหมายว่าด้วยหน่วยรักษาชายแดนแห่งรัฐและกฎหมายว่าด้วยชายแดนและการคุ้มครองชายแดน ก่อนการปรับโครงสร้างใหม่ สถานะของกรมตำรวจชายแดนและการปฏิบัติงานในตำรวจชายแดนได้รับการควบคุมโดยกฎหมายว่าด้วยตำรวจ กฎหมายว่าด้วยการบริการของรัฐ และอื่นๆ รวมถึงโดยธรรมนูญว่าด้วยการบริการในระบบกระทรวงมหาดไทย กฎหมายเหล่านี้ส่วนใหญ่เกี่ยวข้องกับกิจกรรมทั่วไปของตำรวจ หลังจากการปรับโครงสร้างใหม่เสร็จสมบูรณ์ หน่วยรักษาชายแดนแห่งรัฐเริ่มปฏิบัติหน้าที่รักษาชายแดนตั้งแต่วันที่ 1 พฤษภาคม 2001

ลิทัวเนียเป็นสมาชิกสหภาพยุโรปเมื่อวันที่ 1 พฤษภาคม 2547 และเขตเชงเก้นเมื่อวันที่ 21 ธันวาคม 2550 พรมแดนลิทัวเนียกับแคว้นคาลินินกราด (รัสเซีย) และเบลารุสกลายเป็นพรมแดนภายนอกของสหภาพยุโรปและเขตเชงเก้น การตรวจสอบหนังสือเดินทางที่พรมแดนลัตเวียและโปแลนด์ถูกยกเลิก ในขณะที่การตรวจสอบที่พรมแดนรัสเซียและเบลารุสถูกเพิ่มความเข้มงวดขึ้น

ในปี 2021 ระหว่างวิกฤตชายแดนเบลารุส-สหภาพยุโรปลิทัวเนียประสบกับการหลั่งไหลของผู้อพยพผิดกฎหมายจำนวนมากที่พยายามเข้าประเทศ^{[ 6 ]}การอพยพผิดกฎหมายจากเบลารุสทำให้รัฐบาลลิทัวเนียต้องประกาศ "สถานการณ์พิเศษ" ระดับรัฐ (ระบอบกฎหมายที่คล้ายคลึงกันแต่มีอำนาจน้อยกว่าสถานการณ์ฉุกเฉิน ) ในเดือนกรกฎาคม 2021 เพื่อให้เจ้าหน้าที่รักษาชายแดนสามารถปกป้องชายแดนได้ดียิ่งขึ้น^{[ 7 ]}ในเดือนสิงหาคม 2021 หน่วยงานรักษาชายแดนแห่งรัฐได้นำเสนอโครงการสิ่งกีดขวาง ที่เสนอสำหรับ ชายแดนเบลารุส-ลิทัวเนียทั้งหมดซึ่งจะ สูง 4 เมตร (13 ฟุต) และจะใช้ ลวดหนามแบบคอนเสิร์ตินาหลายชั้น^{[ 8 ]}รัฐสภาลิทัวเนียอนุมัติโครงการนี้โดยเร่งด่วน ในขณะเดียวกัน ภายในสิ้นเดือนกรกฎาคมEU Frontexได้ส่งเจ้าหน้าที่ 100 นาย รถลาดตระเวน 30 คัน และเฮลิคอปเตอร์ 2 ลำ เพื่อสนับสนุนการป้องกันชายแดน^{[ 9 ]}  

ในปี 2024 โดยคำนึงถึงบทเรียนจากการรุกรานยูเครนของรัสเซียรัฐบาลจึงตัดสินใจจัดหาอาวุธหนักให้กับหน่วยรักษาชายแดน^{[ 10 ]}ณ ปลายปี 2024 หน่วยรักษาชายแดนได้รับการติดตั้งปืนไรเฟิลจู่โจมHeckler & Koch G36 และ ปืนกลFN Minimi ^{[ 11 ]}

VSAT แบ่งออกเป็นเขตต่างๆ ดังนี้: ^{[ 12 ]}

• เขตชายแดนวิลนีอุส
• เขตชายแดนวาเรนา
• เขตชายแดนปาเกไก
• เขตยามชายฝั่ง^{[ 13 ]}

หน่วยบัญชาการปฏิบัติการพิเศษ "โควาส"ก่อตั้งขึ้นในปี 2025 โดยการขยายหน่วยปฏิบัติการพิเศษ (SPS)อาจถูกส่งไปสนับสนุนเจ้าหน้าที่รักษาชายแดนในสถานการณ์ที่ไม่ปกติ ดำเนินการจู่โจมและซุ่มโจมตี การเฝ้าระวังทางอาญาและทางทหาร และขบวนรถร่วมกับแผนกอาชญากรรมของหน่วยรักษาชายแดนแห่งรัฐ ปฏิบัติการในพื้นที่ชายแดน ภายในประเทศ และต่างประเทศมีกรณีที่ทราบกันว่าหน่วยนี้ถูกใช้เพื่อควบคุมการจลาจล^{[ 14 ]}

คำสั่งนี้ประกอบด้วยหน่วยต่อไปนี้: ^{[ 15 ]}

• หน่วยปฏิบัติการพิเศษตะวันตก
• หน่วยปฏิบัติการพิเศษตะวันออก

หน่วยการบินของหน่วยรักษาชายแดนแห่งรัฐลิทัวเนียได้รับเฮลิคอปเตอร์ใหม่เพื่อลาดตระเวน ชายแดนภายนอกของ สหภาพยุโรปเครื่องบินที่พร้อมใช้งาน: ^{[ 16 ] [ 17 ]}

อากาศยาน	ต้นทาง	พิมพ์	เข้ารับราชการ	เวอร์ชัน	พร้อมให้บริการ
ยูโรคอปเตอร์ อีซี 120	ยุโรป	เฮลิคอปเตอร์ใช้งานเบาเครื่องยนต์เดี่ยว	2002	อีซี 120บี	2
ยูโรคอปเตอร์ อีซี 135	ยุโรป	เฮลิคอปเตอร์อเนกประสงค์ขนาดเบาแบบสองเครื่องยนต์	2006	อีซี 135ที2+	2
ยูโรคอปเตอร์ อีซี 145	ยุโรป	เฮลิคอปเตอร์อเนกประสงค์ขนาดเบาแบบสองเครื่องยนต์	2006		1
ยูโรคอปเตอร์ อีซี 145	ยุโรป	เฮลิคอปเตอร์อเนกประสงค์ขนาดเบาแบบสองเครื่องยนต์	2025	ตัวแปร H145M D3 [ 18 ]	3 [ 18 ] [ 19 ]