อ่าน 7 นาที
การประกอบโมเลกุลขนาดใหญ่
ใน ชีววิทยาระดับโมเลกุล คำว่า การประกอบโมเลกุลขนาดใหญ่ ( MA ) หมายถึงโครงสร้างทางเคมีขนาดใหญ่ เช่น ไวรัส และ อนุภาค นาโนที่ไม่ใช่ชีวภาพ ออร์ แก เนลล์และ เยื่อ หุ้มเซลล์ และ...
การประกอบโมเลกุลขนาดใหญ่

ในชีววิทยาระดับโมเลกุลคำว่าการประกอบโมเลกุลขนาดใหญ่ ( MA ) หมายถึงโครงสร้างทางเคมีขนาดใหญ่ เช่นไวรัส และ อนุภาคนาโนที่ไม่ใช่ชีวภาพ ออร์ แกเนลล์และเยื่อ หุ้มเซลล์ และไรโบโซมเป็นต้น ซึ่งเป็นส่วนผสมที่ซับซ้อนของพอลิเปปไทด์ พอลินิวคลีโอไทด์ พอลิแซ็กคาไรด์หรือ โมเลกุลพอลิ เมอร์ ขนาด ใหญ่อื่นๆโดยทั่วไปแล้วจะมีมากกว่าหนึ่งชนิด และส่วนผสมเหล่านี้จะถูกกำหนดในเชิงพื้นที่ (เช่น ในแง่ของรูปร่างทางเคมี) และในแง่ขององค์ประกอบทางเคมีและโครงสร้าง พื้นฐาน โมเลกุลขนาดใหญ่พบได้ในสิ่งมีชีวิตและสิ่งไม่มีชีวิต และประกอบด้วยอะตอมหลายร้อยหรือหลายพันอะตอมที่ยึดติดกันด้วยพันธะโควาเลนต์มักมีลักษณะเฉพาะคือหน่วยที่ซ้ำกัน (เช่น เป็นพอลิเมอร์ ) การประกอบของโมเลกุลเหล่านี้อาจเป็นชีวภาพหรือไม่ใช่ชีวภาพก็ได้ แม้ว่าคำว่า MA จะใช้กันทั่วไปในชีววิทยามากกว่า และคำว่าการประกอบโมเลกุลเหนือ ระดับ มักใช้ในบริบทที่ไม่ใช่ชีวภาพ (เช่น ในเคมีโมเลกุลเหนือระดับและนาโนเทคโนโลยี ) โครงสร้างโมเลกุลขนาดใหญ่ (MAs) ยึดติดกันเป็นรูปทรงที่กำหนดโดยปฏิกิริยาระหว่างโมเลกุลที่ไม่ใช่พันธะโควาเลนต์ (แทนที่จะเป็นพันธะโควาเลนต์ ) และสามารถอยู่ในโครงสร้างที่ไม่ซ้ำกัน (เช่น ในไรโบโซม (ภาพ) และโครงสร้างของเยื่อหุ้มเซลล์) หรือในรูปแบบเชิงเส้น วงกลม เกลียว หรือรูปแบบอื่นๆ ที่ซ้ำกัน (เช่น ในเส้นใยแอคตินและมอเตอร์ของแฟลเจลลัมภาพ) กระบวนการที่ทำให้เกิดโครงสร้างโมเลกุลขนาดใหญ่เหล่านี้เรียกว่าการประกอบตัวเองของโมเลกุลซึ่งเป็นคำที่ใช้โดยเฉพาะในบริบทที่ไม่ใช่ทางชีววิทยา มีวิธีการทางกายภาพ/ชีวฟิสิกส์ เคมี/ชีวเคมี และการคำนวณที่หลากหลายสำหรับการศึกษาโครงสร้างโมเลกุลขนาดใหญ่ เนื่องจากขนาด (มิติของโมเลกุล) ของโครงสร้างโมเลกุลขนาดใหญ่ ความพยายามในการอธิบายองค์ประกอบและโครงสร้างของพวกมัน และการค้นหากลไกที่อยู่เบื้องหลังการทำงานของพวกมันจึงเป็นหัวใจสำคัญของวิทยาศาสตร์โครงสร้างสมัยใหม่

สารประกอบชีวโมเลกุล

สารประกอบชีว โมเลกุล หรือที่เรียกว่าสารประกอบชีวโมเลกุลขนาดใหญ่ คือสารประกอบทางชีวภาพใดๆ ที่ประกอบด้วย พอลิเมอร์ชีวภาพมากกว่าหนึ่งชนิด( โปรตีน , RNA , DNA , [ 5 ]คาร์โบไฮเดรต ) หรือโมเลกุลชีวภาพขนาดใหญ่ที่ไม่ใช่พอลิเมอร์ ( ลิปิด ) ปฏิสัมพันธ์ระหว่างโมเลกุลชีวภาพเหล่านี้เป็นแบบไม่ใช้พันธะโควาเลนต์ [ 6 ] ตัวอย่าง:
- โปรตีนคอมเพล็กซ์ซึ่งบางส่วนเป็นคอมเพล็กซ์ที่มีเอนไซม์หลายชนิดได้แก่โปรตีเอโซม , ดีเอ็นเอพอลิเมอเรส III โฮโลเอนไซม์ , อาร์เอ็นเอพอลิเมอเรส II โฮโลเอนไซม์ , แคปซิดของไวรัสแบบสมมาตร , คอมเพล็กซ์ชาเป อโรนินGroEL - GroES , โฟโตซิสเต็ม I , เอทีพีซินเทส , เฟอร์ริติน
- สารประกอบ RNA-โปรตีน: ไรโบโซม , สไปโซโซม , วอลท์ , SnRNPสารประกอบดังกล่าวในนิวเคลียสของเซลล์เรียกว่าไรโบนิวคลีโอโปรตีน (RNP)
- สารประกอบดีเอ็นเอ-โปรตีน: นิวคลีโอโซม
- สารประกอบโปรตีน-ไขมัน: ไลโปโปรตีน[ 7 ] [ 8 ]
โครงสร้าง ของสารเชิงซ้อนชีวโมเลกุลขนาดใหญ่ได้รับการศึกษาโดย การตกผลึกด้วย รังสีเอกซ์ สเปกโทรส โก ปี NMR ของโปรตีนกล้องจุลทรรศน์อิเล็กตรอนแบบไครโอและการวิเคราะห์อนุภาคเดี่ยว ต่อเนื่อง และโทโมกราฟีอิเล็กตรอน[ 9 ] แบบจำลองโครงสร้างอะตอมที่ได้จากการตกผลึกด้วยรังสีเอกซ์และสเปกโทรสโกปี NMR ของชีวโมเลกุลสามารถเชื่อมต่อเข้ากับโครงสร้างที่ใหญ่กว่ามากของสารเชิงซ้อนชีวโมเลกุลที่ได้จากเทคนิคที่มีความละเอียดต่ำกว่า เช่น กล้องจุลทรรศน์อิเล็กตรอน โทโมกราฟีอิเล็กตรอน และการ กระเจิงรังสีเอกซ์มุมเล็ก[ 10 ]
สารประกอบของโมเลกุลขนาดใหญ่พบได้ทั่วไปในธรรมชาติ โดยมีส่วนเกี่ยวข้องในการสร้างไวรัสและเซลล์สิ่งมีชีวิตทั้งหมด นอกจากนี้ สารประกอบเหล่านี้ยังมีบทบาทพื้นฐานในกระบวนการดำรงชีวิตขั้นพื้นฐานทั้งหมด (เช่นการสังเคราะห์โปรตีนการแบ่งเซลล์ การขนส่ง เวสิเคิลการแลกเปลี่ยนสารภายในและระหว่างเซลล์ เป็นต้น) ในแต่ละบทบาทเหล่านี้ สารประกอบผสมที่ซับซ้อนจะถูกจัดระเบียบในรูปแบบโครงสร้างและเชิงพื้นที่ที่เฉพาะเจาะจง ในขณะที่โมเลกุลขนาดใหญ่แต่ละตัวยึดติดกันด้วยพันธะโควาเลนต์และแรงที่ไม่ใช่โควาเลนต์ภายใน โมเลกุล (เช่น การเชื่อมโยงระหว่างส่วนต่างๆ ภายในแต่ละโมเลกุล ผ่าน ปฏิกิริยาประจุต่อประจุ แรงแวนเดอร์วาลส์และปฏิกิริยาไดโพล-ไดโพลเช่นพันธะไฮโดรเจน ) แต่โดยนิยามแล้ว สารประกอบเชิงซ้อนของโมเลกุลขนาดใหญ่ (MAs) นั้นยึดติดกันด้วย แรง ที่ไม่ใช่โควาเลนต์ เพียงอย่างเดียว ยกเว้นว่าแรงเหล่านี้เกิดขึ้นระหว่างโมเลกุล (เช่นปฏิกิริยาระหว่างโมเลกุล )
มาตราส่วนและตัวอย่างของ MA
ภาพด้านบนแสดงให้เห็นถึงองค์ประกอบและขนาด (มิติ) ที่เกี่ยวข้องกับ MA แต่สิ่งเหล่านี้เป็นเพียงจุดเริ่มต้นของความซับซ้อนของโครงสร้างเท่านั้น ในหลักการแล้ว เซลล์สิ่งมีชีวิตแต่ละเซลล์ประกอบด้วย MA แต่ตัวเซลล์เองก็เป็น MA ด้วยเช่นกัน ในตัวอย่างและสารประกอบและโครงสร้างอื่นๆ ที่คล้ายกัน MA แต่ละตัวมักมีน้ำหนักโมเลกุลหลายล้านดาลตัน (เมกะดาลตัน กล่าวคือ หลายล้านเท่าของน้ำหนักของอะตอมเดี่ยวๆ) แม้ว่าจะยังคงมีอัตราส่วนของส่วนประกอบ (สัดส่วนทางเคมี ) ที่วัดได้ในระดับความแม่นยำระดับหนึ่ง ดังที่กล่าวไว้ในคำอธิบายภาพ เมื่อเตรียมอย่างเหมาะสม MA หรือส่วนประกอบย่อยของ MA มักสามารถตกผลึกเพื่อศึกษาโดยวิธีการตกผลึกโปรตีนและวิธีการที่เกี่ยวข้อง หรือศึกษาโดยวิธีการทางกายภาพอื่นๆ (เช่นสเปกโทรสโกปีกล้องจุลทรรศน์ )


โครงสร้างของไวรัสเป็นหนึ่งใน MA ที่ได้รับการศึกษาเป็นครั้งแรก ตัวอย่างทางชีวภาพอื่นๆ ได้แก่ ไรโบโซม (ภาพบางส่วนด้านบน) โปรตีเอโซม และคอมเพล็กซ์การแปล (ที่มี ส่วนประกอบของ โปรตีนและกรดนิวคลีอิก ) คอมเพล็กซ์การถอดรหัสของโปรคาริโอตและยูคาริโอต และ รูพรุน นิวเคลียร์ และ รูพรุนทางชีวภาพอื่นๆที่อนุญาตให้วัสดุผ่านระหว่างเซลล์และส่วนประกอบของเซลล์เยื่อชีวภาพโดยทั่วไปก็ถือว่าเป็น MA เช่นกัน แม้ว่าข้อกำหนดสำหรับการกำหนดโครงสร้างและพื้นที่จะถูกปรับเปลี่ยนเพื่อรองรับพลวัตโมเลกุล โดยธรรมชาติ ของไขมัน เยื่อหุ้มเซลล์ และของ โปรตีนภายในชั้นไขมันสองชั้น[ 15 ]
การประกอบไวรัส
ในระหว่างการประกอบ ไวริออนของแบคทีริโอเฟจ (ฟาจ) T4 โปรตีนมอร์โฟเจเนติกที่เข้ารหัสโดยยีน ของฟาจ จะโต้ตอบกันในลำดับลักษณะเฉพาะ การรักษาสมดุลที่เหมาะสมในปริมาณของโปรตีนแต่ละชนิดที่ผลิตขึ้นระหว่างการติดเชื้อไวรัสดูเหมือนจะเป็นสิ่งสำคัญสำหรับการสร้างรูปร่าง ของฟาจ T4 ตาม ปกติ [ 16 ] โปรตีนที่เข้ารหัสโดยฟาจ T4 ที่กำหนดโครงสร้างของไวริออนประกอบด้วยส่วนประกอบโครงสร้างหลัก ส่วนประกอบโครงสร้างรอง และโปรตีนที่ไม่ใช่โครงสร้างที่เร่งปฏิกิริยาขั้นตอนเฉพาะในลำดับการสร้างรูปร่าง[ 17 ]
สารประกอบที่ไม่ใช่ชีวภาพ
สุดท้ายนี้ ชีววิทยาไม่ใช่ขอบเขตเดียวของเครื่องจักรระดับโมเลกุล (MA) เท่านั้น สาขาเคมีระดับเหนือโมเลกุลและนาโนเทคโนโลยีต่างก็มีส่วนที่พัฒนาขึ้นเพื่อขยายและต่อยอดหลักการที่แสดงให้เห็นครั้งแรกในเครื่องจักรระดับโมเลกุลทางชีววิทยา โดยเฉพาะอย่างยิ่งในด้านเหล่านี้ การขยายกระบวนการพื้นฐานของเครื่องจักรระดับโมเลกุลและการขยายการออกแบบเครื่องจักรที่รู้จักกันอยู่แล้วไปสู่ประเภทและกระบวนการใหม่ๆ นั้น เป็นสิ่งที่น่าสนใจอย่างยิ่ง
ดูเพิ่มเติม
- การสร้างแบบจำลองหลายสถานะของโมเลกุลชีวภาพ
- โครงสร้างควอเทอร์นารี
- คอมเพล็กซ์โปรตีนหลายชนิด
- ออร์แกเนลล์ : ความหมายที่กว้างที่สุดของ "ออร์แกเนลล์" ไม่ได้รวมเฉพาะโครงสร้างภายในเซลล์ที่มีเยื่อหุ้มเท่านั้น แต่ยังรวมถึงสารประกอบชีวโมเลกุลขนาดใหญ่มากด้วย
- การสร้างแบบจำลองหลายสถานะของโมเลกุลชีวภาพ
อ่านเพิ่มเติม
รีวิวทั่วไป
- Williamson JR (สิงหาคม 2551). "ความร่วมมือในการประกอบโมเลกุลขนาดใหญ่" Nature Chemical Biology . 4 (8): 458– 465. doi : 10.1038/nchembio.102 . PMID 18641626 .
- Perrakis A, Musacchio A, Cusack S, Petosa C (สิงหาคม 2011). "การตรวจสอบคอมเพล็กซ์โมเลกุลขนาดใหญ่: ชุดเครื่องมือของวิธีการ". Journal of Structural Biology . 175 (2): 106– 12. doi : 10.1016/j.jsb.2011.05.014 . PMID 21620973 .
- Dafforn TR (มกราคม 2550). "แล้วคุณรู้ได้อย่างไรว่าคุณมีสารประกอบเชิงซ้อนระดับมหภาค?" . Acta Crystallographica. Section D, Biological Crystallography . 63 (Pt 1): 17– 25. doi : 10.1107/S0907444906047044 . PMC 2483502 . PMID 17164522 .
- Wohlgemuth I, Lenz C, Urlaub H (มีนาคม 2015). "การศึกษาอัตราส่วนเชิงปริมาณของสารประกอบเชิงซ้อนระดับมหภาคโดยใช้สเปกโทรเมตรีมวลแบบเปปไทด์" . Proteomics . 15 ( 5– 6): 862– 79. doi : 10.1002/pmic.201400466 . PMC 5024058 . PMID 25546807 .
- Sinha C, Arora K, Moon CS, Yarlagadda S, Woodrooffe K, Naren AP (ตุลาคม 2014). "การถ่ายโอนพลังงานเรโซแนนซ์ของฟอร์สเตอร์ - แนวทางในการมองเห็นการควบคุมเชิงพื้นที่และเวลาของการก่อตัวของสารประกอบเชิงซ้อนของโมเลกุลขนาดใหญ่และการส่งสัญญาณของเซลล์แบบแบ่งส่วน" . Biochimica et Biophysica Acta (BBA) - General Subjects . 1840 (10): 3067– 72. doi : 10.1016/j.bbagen.2014.07.015 . PMC 4151567 . PMID 25086255 .
- Berg JM, Tymoczko J, Stryer L (2002). ชีวเคมี (ฉบับที่ 5). นิวยอร์ก: WH Freeman. ISBN 978-0-7167-4955-4.
- Lehninger AL, Cox M, Nelson DL (2005). หลักการชีวเคมีของ Lehninger (ฉบับที่สี่). นิวยอร์ก: WH Freeman. ISBN 978-0-7167-4339-2.
บทวิจารณ์เกี่ยวกับปริญญาโทแต่ละสาขา
- Valle M (พฤษภาคม 2011). "เกือบจะสูญหายในการแปล Cryo-EM ของคอมเพล็กซ์โมเลกุลขนาดใหญ่แบบไดนามิก: ไรโบโซม" European Biophysics Journal . 40 (5): 589– 97. doi : 10.1007/s00249-011-0683-6 . PMID 21336521 . S2CID 26027815 .
- Monie TP (2017). "The Canonical Inflammasome: A Macromolecular Complex Driving Inflammation". Macromolecular Protein Complexes . Subcellular Biochemistry. Vol. 83. pp. 43–73 . doi : 10.1007/978-3-319-46503-6_2 . ISBN 978-3-319-46501-2PMID 28271472
- Perino A, Ghigo A, Damilano F, Hirsch E (สิงหาคม 2549). "การระบุคอมเพล็กซ์โมเลกุลขนาดใหญ่ที่รับผิดชอบต่อการควบคุมระดับ cAMP ที่ขึ้นอยู่กับ PI3Kgamma" Biochemical Society Transactions . 34 (Pt 4): 502– 3. doi : 10.1042/BST0340502 . PMID 16856844 .
แหล่งข้อมูลปฐมภูมิ
- Lasker K, Förster F, Bohn S, Walzthoeni T, Villa E, Unverdorben P และคณะ (มกราคม 2012). "สถาปัตยกรรมระดับโมเลกุลของโปรตีเอโซมโฮโลคอมเพล็กซ์ 26S ที่กำหนดโดยวิธีการบูรณาการ" Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America . 109 (5): 1380– 1387. Bibcode : 2012PNAS..109.1380L . doi : 10.1073/ pnas.1120559109 . PMC 3277140. PMID 22307589 .
- Russel D, Lasker K, Webb B, Velázquez-Muriel J, Tjioe E, Schneidman-Duhovny D และคณะ (มกราคม 2012). "การประกอบชิ้นส่วนเข้าด้วยกัน: ซอฟต์แวร์แพลตฟอร์มการสร้างแบบจำลองแบบบูรณาการสำหรับการกำหนดโครงสร้างของกลุ่มโมเลกุลขนาดใหญ่" PLOS Biology 10 ( 1) e1001244. doi : 10.1371/journal.pbio.1001244 . PMC 3260315 . PMID 22272186 .
- Barhoum S, Palit S, Yethiraj A (พฤษภาคม 2016). "การศึกษาการแพร่กระจายของ NMR เกี่ยวกับการก่อตัวของสารเชิงซ้อนระดับโมเลกุลขนาดใหญ่ การแออัด และการจำกัดในวัสดุอ่อน" Progress in Nuclear Magnetic Resonance Spectroscopy . 94–95 : 1–10 . Bibcode : 2016PNMRS..94....1B . doi : 10.1016/j.pnmrs.2016.01.004 . PMID 27247282 .
แหล่งข้อมูลอื่นๆ
- รางวัลโนเบลสาขาเคมี (2012), รางวัลโนเบลสาขาเคมี 2009, Venkatraman Ramakrishnan, Thomas A. Steitz, Ada E. Yonath, รางวัลโนเบลสาขาเคมี 2009 , เข้าถึงเมื่อ 13 มิถุนายน 2011
- รางวัลโนเบลสาขาเคมี (2012), รางวัลโนเบลสาขาเคมี ปี 1982, แอรอน คลัก, รางวัลโนเบลสาขาเคมี ปี 1982 , เข้าถึงเมื่อ 13 มิถุนายน 2011
ลิงก์ภายนอก
- Beck Group (2019), โครงสร้างและหน้าที่ของกลุ่มโมเลกุลขนาดใหญ่ (หน้าหลักของ Beck Group), Beck Group - โครงสร้างและหน้าที่ของกลุ่มโมเลกุลขนาดใหญ่ - EMBL , เข้าถึงเมื่อ 13 มิถุนายน 2011
- DMA Group (2019), พลวัตของการประกอบโมเลกุลขนาดใหญ่ (หน้าแรกของ DMA Group), ส่วนพลวัตของการประกอบโมเลกุลขนาดใหญ่ | สถาบันแห่งชาติเพื่อการถ่ายภาพทางการแพทย์และวิศวกรรมชีวภาพเข้าถึงเมื่อ 13 มิถุนายน 2011
สรุปเนื้อหา
ข้อมูลสำคัญจากบทความ
ข้อมูลสำคัญเกี่ยวกับ การประกอบโมเลกุลขนาดใหญ่
ใน ชีววิทยาระดับโมเลกุล คำว่า การประกอบโมเลกุลขนาดใหญ่ ( MA ) หมายถึงโครงสร้างทางเคมีขนาดใหญ่ เช่น ไวรัส และ อนุภาค นาโนที่ไม่ใช่ชีวภาพ ออร์ แก เนลล์และ เยื่อ หุ้มเซลล์ และ...
สารประกอบชีวโมเลกุล
สารประกอบ ชีว โมเลกุล หรือที่เรียกว่า สารประกอบชีวโมเลกุลขนาดใหญ่ คือสารประกอบทางชีวภาพใดๆ ที่ประกอบด้วย พอลิเมอร์ชีวภาพ มากกว่าหนึ่งชนิด( โปรตีน , RNA , DNA , [ 5 ] คาร์โบไฮเดรต ) หรือโมเลกุลชีวภาพขนาดใหญ่ที่ไม่ใช่พอลิเมอร์ ( ลิปิด )...
มาตราส่วนและตัวอย่างของ MA
ภาพด้านบนแสดงให้เห็นถึงองค์ประกอบและขนาด (มิติ) ที่เกี่ยวข้องกับ MA แต่สิ่งเหล่านี้เป็นเพียงจุดเริ่มต้นของความซับซ้อนของโครงสร้างเท่านั้น ในหลักการแล้ว เซลล์สิ่งมีชีวิตแต่ละเซลล์ประกอบด้วย MA แต่ตัวเซลล์เองก็เป็น MA ด้วยเช่นกัน...
การประกอบไวรัส
ในระหว่างการประกอบ ไวริออน ของ แบคทีริโอเฟจ (ฟาจ) T4 โปรตีนมอร์โฟเจเนติกที่เข้ารหัสโดย ยีน ของฟาจ จะโต้ตอบกันในลำดับลักษณะเฉพาะ การรักษาสมดุลที่เหมาะสมในปริมาณของโปรตีนแต่ละชนิดที่ผลิตขึ้นระหว่างการติดเชื้อไวรัสดูเหมือนจะเป็นสิ่งสำคัญสำหรับ การสร้างรูปร่าง...