ป้อมปราการที่ชื่อว่าปราสาทอิชิคุระ(石倉城, Ishikura-jō )ถูกสร้างขึ้นบนฝั่งแม่น้ำโทเนะใกล้กับที่ตั้งของปราสาทในปัจจุบันในปี ค.ศ. 1470 โดยตระกูลนากาโนะ ผู้รับใช้ของตระกูลอุเอสึกิผู้ปกครองภูมิภาคคันโตในตำแหน่งคันโตคันเรอิอย่างไรก็ตามปราสาทได้รับความเสียหายหลายครั้งจากน้ำท่วมของแม่น้ำโทเนะ

ตระกูลอุเอสึกิพ่ายแพ้ต่อตระกูลโอดาวาระ โฮโจในยุทธการคาวาโกะเมื่อปี ค.ศ. 1546 ซึ่งเป็นช่วงเวลาเดียวกับที่ตระกูลนากาโนะแปรพักตร์ไปอยู่ฝ่ายโฮโจ อย่างไรก็ตาม ตระกูลโฮโจถูกขับไล่ออกไปโดยอุเอสึกิ เคนชินในปี ค.ศ. 1560 ซึ่งเคนชินได้ขยายปราสาทอิชิคุระให้เป็นหนึ่งในเจ็ดป้อมปราการหลักของเขาในภูมิภาคคันโต กองกำลังผสมของตระกูลโฮโจและทาเคดะได้ยึดปราสาทคืนมาได้ในปี ค.ศ. 1562 แต่ก็ไม่สามารถรักษาไว้ได้ เคนชินจึงมอบปราสาทให้แก่คิตาโจ ทาคาฮิโระแต่ในปี ค.ศ. 1567 คิตาโจแปรพักตร์ไปอยู่ฝ่ายโฮโจ และต่อมาในปี ค.ศ. 1579 ก็แปรพักตร์ไปอยู่ฝ่ายทาเคดะ

เมื่อตระกูลทาเคดะถูกกำจัดโดยโอดะ โนบุนางะในปี 1582 ปราสาทแห่งนี้จึงตกเป็นของทาคิกาวะ คาซึมาสุผู้ซึ่งอาศัยอยู่ที่นี่เพียงสามเดือนจนกระทั่งโนบุนางะถูกลอบสังหาร ตระกูลโฮโจฉวยโอกาสนี้เพื่อยึดปราสาทคืน แต่ก็ถูกกำจัดโดยโทโยโทมิ ฮิเดโยชิในปี 1590 เช่น กัน

หลังจากที่โทกูงาวะ อิเอยาสุเข้าควบคุมแคว้นคันโตในปี 1590 เขาได้แต่งตั้งฮิไรวะ ชิกาโยชิหนึ่งในแม่ทัพที่เขาไว้วางใจที่สุด ให้ดำรงตำแหน่งผู้ดูแลปราสาท อย่างไรก็ตาม ในปี 1601 ซาไก ชิเกทาดะได้รับการแต่งตั้งเป็นไดเมียวแห่งมาเอบาชิ โดยมีรายได้เริ่มต้น33,000โคคุตระกูลซาไกปกครองต่อมาอีกเจ็ดชั่วอายุคน โดยได้สร้างปราสาทมาเอบาชิขึ้นใหม่ทั้งหมดบนพื้นที่สูง พร้อมด้วยลานปราสาทหลายแห่งและหอประชุม สามชั้น ในช่วงที่ตระกูลซาไกปกครอง รายได้ของแคว้นเพิ่มขึ้นเป็น 150,000 โคคุก่อนที่จะถูกโอนไปยังแคว้นฮิเมจิใน ปี 1749

ต่อมาปราสาทมาเอบาชิถูกมอบให้กับสาขาหนึ่งของตระกูลมัตสึไดระจากจังหวัดเอจิเซ็นและมัตสึไดระ โทโมโนริปกครองตั้งแต่ปี 1749 ถึง 1767 อย่างไรก็ตาม การกัดเซาะจากแม่น้ำโทเนะและน้ำท่วมยังคงสร้างความเดือดร้อนให้กับปราสาทอย่างต่อเนื่อง และในปี 1767 มัตสึไดระ โทโมโนริจึงตัดสินใจย้ายที่ประทับจากมาเอบาชิไปยังปราสาทคาวาโกะและลดฐานะแคว้นมาเอบาชิให้เป็นดินแดนแยกต่างหากของแคว้นคาวาโกะ

ในช่วงยุคบาคุมัตสึความเจริญรุ่งเรืองและความสำคัญทางเศรษฐกิจที่เพิ่มขึ้นของเมืองมาเอบาชิอันเนื่องมาจากการค้าผ้าไหมทำให้ชาวเมืองยื่นคำร้องต่อเจ้าเมืองให้กลับมายังปราสาทมาเอบาชิ รัฐบาลโชกุนโทกูงาวะก็มองว่าพื้นที่มาเอบาชิเป็นสถานที่ลี้ภัยที่เหมาะสมหากเอโดะถูกโจมตีโดยชาติตะวันตก และสนับสนุนการย้ายถิ่นฐานครั้งนี้ ปราสาทมาเอบาชิแห่งใหม่สร้างเสร็จในปี 1866 และตระกูลมัตสึไดระย้ายกลับมายังมาเอบาชิในปี 1867 ฐานของปราสาทใหม่ตั้งอยู่ลึกเข้าไปในแผ่นดินมากกว่าเดิมเล็กน้อย และกำแพงด้านนอกได้รับการสร้างใหม่ด้วยเส้นซิกแซกเพื่อหลีกเลี่ยงมุมอับ นี่เป็นปราสาทญี่ปุ่นแห่งสุดท้ายที่สร้างขึ้นในยุคเอโดะ