มอร์แกน จูเนียร์ เคยเล่นให้กับสโมสรซานโตส เอฟซี ในจาเมกา ขณะที่ยังเป็นนักเรียน โดยทำได้ 8 ประตูในฤดูกาล 2008–09

หลังจากประสบความสำเร็จในระดับนักเรียนชายกับวิทยาลัยเซนต์จอร์จ^{[ 2 ]}มาร์วิน มอร์แกน จูเนียร์ ได้เซ็นสัญญากับสโมสรฟุตบอลบอยส์ทาวน์ในเดือนกุมภาพันธ์ พ.ศ. 2553 ^{[ 3 ] [ 4 ]}

มอร์แกน จูเนียร์ ประสบความสำเร็จในฤดูกาลแรกของเขาใน DPL โดยนำทีมของเขาจบอันดับท็อป 6 และคว้าแชมป์ Champions Cup ในปี 2010 สำหรับฤดูกาล 2010–11 มอร์แกน จูเนียร์ มีบทบาทสำคัญในตำแหน่งกองกลางของทีมบอยส์ทาวน์ แม้ว่าเขาจะพลาดการลงเล่นหลายสัปดาห์เนื่องจากไปทดสอบฝีเท้ากับสโมสรต่างๆ ในเดนมาร์กและกับเบอร์มิงแฮมซิตี้ในอังกฤษ^{[ 5 ] [ 6 ]}เขาไม่สามารถเซ็นสัญญากับเบอร์มิงแฮมได้ เนื่องจากไม่ผ่านคุณสมบัติในการขอใบอนุญาตทำงาน^{[ 7 ]}

มอร์แกนกลับมาที่บอยส์ทาวน์ในเดือนมกราคม 2012 เพื่อเล่นต่อจนจบฤดูกาลเรดสไตรป์พรีเมียร์ลีก^{[ 8 ]}เขาพาทีมจบอันดับสองในเรดสไตรป์พรีเมียร์ลีกอีกครั้งและผ่านเข้ารอบการแข่งขันชิงแชมป์สโมสรซีเอฟยูปี 2013 ^{[ 9 ] [ 10 ]}

มอร์แกนลงเล่นให้กับบอยส์ทาวน์ในสองนัดแรกของฤดูกาล 2011–12 แต่ถูกพิจารณาว่าไม่มีสิทธิ์ เนื่องจากเขาไม่ได้รับการอนุมัติจากUSSF หลังจากเล่นใน USL Premier Development Leagueในสหรัฐอเมริกาให้กับเวนทูราเคาน์ตี้ฟิวชั่นภายใต้สัญญายืมตัว^{[ 11 ] [ 12 ]}

ในปี 2013 มอร์แกน จูเนียร์ ย้ายไปอยู่กับทีมคู่แข่งร่วมลีกอย่างวอเตอร์เฮาส์ เอฟซี^{[ 13 ]}เขาอยู่กับวอเตอร์เฮาส์เพียงฤดูกาลเดียว ก่อนจะย้ายไปอาร์เน็ตต์ การ์เดนส์ในฤดูกาล 2014–15 ^{[ 14 ] [ 15 ]}ในฤดูกาลแรกที่ลงเล่นให้กับอาร์เน็ตต์ เขาช่วยให้สโมสรคว้าแชมป์ฤดูกาลปกติและแชมป์เพลย์ออฟได้สำเร็จ^{[ 16 ] [ 17 ]}

หลังจากจบฤดูกาล เขากลับไปสหรัฐอเมริกาเพื่อเล่นในลีกฟุตบอลคอสโมโพลิ แทนในนิวยอร์ก กับแลนส์ดาวน์ บอยส์ เอฟซี [ ^{18 ] มอ}ร์แกนกลับไปสโมสรเก่าของเขา อาร์เน็ตต์ การ์เดนส์ ในช่วงต้นฤดูหนาวปี 2016 ^{[ 19 ]}เขาเซ็นสัญญากับสโมสรอีกครั้งสำหรับฤดูกาล 2016–17 ^{[ 20 ]}อาร์เน็ตต์ การ์เดนส์ ได้สิทธิ์เข้ารอบเพลย์ออฟและเข้าถึงรอบชิงชนะเลิศเพลย์ออฟ^{[ 21 ]}มอร์แกนลงเล่นในรอบชิงชนะเลิศ โดยทำประตูได้ในเกมกับพอร์ตมอร์ ยูไนเต็ดซึ่งช่วยให้สโมสรคว้าแชมป์ได้^{[ 22 ] [ 23 ]}เขาเข้าร่วมการแข่งขันแคริบเบียน คลับ แชมเปี้ยนชิพ ปี 2018และทำประตูได้ในเกมกับเซ็นทรัลซึ่งทำให้สโมสรผ่านเข้ารอบชิงชนะเลิศ^{[ 24 ] [ 25 ]}ในรอบชิงชนะเลิศ สโมสรพ่ายแพ้ให้กับแอตเลติโก ปันโตฮาในการดวลจุดโทษ แต่ก็ยังได้สิทธิ์เข้าร่วมการแข่งขันคอนคาแคฟ ลีก ปี 2018 ^{[ 26 ]}

มอร์แกนจะลงเล่นในทั้งสองแมตช์และทำประตูได้ในเกมกับอาราเบ ยูนิโดซึ่งทำให้อาร์เน็ตต์ตกรอบจากการแข่งขันระดับทวีป^{[ 27 ]}อาร์เน็ตต์เซ็นสัญญากับมอร์แกนอีกครั้งสำหรับฤดูกาล 2018–19 โดยเขาจะทำหน้าที่เป็นกัปตันทีม^{[ 28 ]}หลังจากจบฤดูกาล เขาได้ออกจากองค์กรไป^{[ 29 ]}

ในปี 2019 มอร์แกนเล่นในลีกฟุตบอลแคนาดากับสการ์โบโรห์ เอสซี [ ^{30 ] ใน}ฤดูกาลเปิดตัวของเขา เขาช่วยให้สโมสรคว้าสิทธิ์เข้ารอบเพลย์ออฟโดยจบอันดับสองในดิวิชั่นหนึ่งของลีก^{[ 31 ]}มอร์แกนจะเข้าร่วมในรอบชิงชนะเลิศของการแข่งขันชิงแชมป์ CSLซึ่งสการ์โบโรห์เอาชนะเอฟซี ยูเครน ยูไนเต็ดเพื่อคว้าแชมป์^{[ 32 ] [ 33 ]}

เขาเซ็นสัญญากับทีมฝั่งตะวันออกของโตรอนโตอีกครั้งสำหรับฤดูกาล 2020 และช่วยให้สโมสรคว้าแชมป์ดิวิชั่นได้สำเร็จ^{[ 34 ] [ 35 ]}เป็นฤดูกาลที่สองติดต่อกันที่เขาลงเล่นในรอบชิงชนะเลิศกับวอร์คูตาซึ่งสการ์โบโรห์พ่ายแพ้ไปด้วยคะแนน 2–1 ^{[ 35 ] [ 36 ]}มอร์แกนกลับมาเล่นในฤดูกาล2021 ^{[ 37 ]}ตลอดฤดูกาล 2021 เขาปรากฏตัวในรอบชิงชนะเลิศของทัวร์นาเมนต์เชิญ ProSound Cup กับคู่ปรับอย่างวอร์คูตา ซึ่งสการ์โบโรห์พ่ายแพ้ในการดวลจุดโทษ^{[ 38 ] [ 39 ]}เขาคว้าแชมป์สมัยที่สองโดยช่วยให้สการ์โบโรห์เอาชนะวอร์คูตาในรอบเพลย์ออฟปี 2021 ^{[ 40 ] [ 41 ]}

เขากลับมาเล่นให้กับสการ์โบโรห์เป็นฤดูกาลที่สี่ในปี 2023 ^{[ 42 ]}ตลอดฤดูกาล เขาช่วยให้สโมสรคว้าแชมป์ฤดูกาลปกติได้^{[ 43 ]}