ในลานอารามแห่งหนึ่ง ความคิดคำนึงและความสงสัยเกี่ยวกับอาชีพของมาธิสถูกขัดจังหวะโดยชวาลบ์ผู้นำชาวนาและเรจินาบุตรสาวของเขา ด้วยความสงสารในชะตากรรมของชาวนา เขาจึงเสนอให้ม้าของตนและอยู่เผชิญหน้ากับซิลเวสเตอร์ที่ไล่ตามมา ซึ่งไม่กล้าจับกุมจิตรกรคนโปรดของพระคาร์ดินัล

เหตุการณ์จลาจลระหว่างชาวคาทอลิก ชาวลูเธอรัน และนักศึกษาหน้าบ้านพักของอัลเบรชต์ในเมืองไมนซ์ ถูกระงับได้ก็ต่อเมื่อ พระคาร์ดินัล เสด็จ มาพร้อมกับพระธาตุของนักบุญมาร์ติน เท่านั้น

เขาให้สัญญากับพ่อค้าไรดิงเกอร์ว่าจะยกเลิกคำสั่งเผาหนังสือ แต่ต่อมาก็ยอมจำนนต่อโปเมอร์เฟลด์ที่ชี้ให้เห็นว่าเขาไม่สามารถขัดขืนโรมได้ แมทิสซึ่งได้กลับมาพบกับเออร์ซูลาลูกสาวของไรดิงเกอร์อีกครั้ง ถูกซิลเวสเตอร์จำได้ และได้อ้อนวอนอัลเบรชต์อย่างสุดซึ้งไม่ให้เข้าร่วมในการปราบปรามการก่อจลาจลของชาวนา เมื่อรู้ว่าเขาไม่สามารถเปลี่ยนใจเพื่อนได้ อัลเบรชต์จึงอนุญาตให้เขาเดินทางผ่านไปร่วมกับพวกเขาได้

ในตอนแรกพวกชาวลูเธอรันโกรธแค้นเมื่อคาปิโตนำทหารไปยังที่ซ่อนหนังสือจำนวนมากในบ้านของไรดิงเกอร์ ("Ein Verbrechen / Gegen Luther, gegen deutsche Glaubenskraft" [อาชญากรรม / ต่อลูเธอรัน ต่ออำนาจแห่งศรัทธาของเยอรมัน]) แต่ก็สงบลงเมื่อเขาเปิดเผยจดหมายจากลูเธอรันถึงอัลเบรชต์ ซึ่งแนะนำให้เขาแสดงให้เห็นถึงทัศนะที่ก้าวหน้าของตนโดยการแต่งงาน:

อัลเบรชต์ "เจ้าชายผู้ทรงอำนาจทางศาสนาที่สุดในเยอรมนี" ผู้ซึ่ง "...กุมชะตากรรมของจักรวรรดิไว้ในมือ" กำลังประสบปัญหาทางการเงินอย่างหนักจนมีแนวโน้มว่าเขาจะตกลง และไรดิงเกอร์ขอให้อูร์ซูลาพิจารณาเรื่องนี้ เพราะจะเป็นประโยชน์ต่อทั้งศาสนาลูเธอรันและจักรวรรดิ แมทิสมาเพื่อกล่าวอำลาและยืนยันว่าเธอไม่สามารถติดตามเขาไปทำสงครามได้ เมื่อบิดาของเธอกลับมา เธอก็ยินยอมตามแผนการนั้น

ในตอนท้ายของฉากที่ 3 ชายทุกคนต่างขับขานบทเพลงสรรเสริญพระเจ้า ศาสนา และมาตุภูมิ:

The peasant army has captured the Helfensteins, marching the Count to execution and humiliating the Countess. Asked for their demands, one of the peasants replies, amongst others, that they do not accept any ruler save the emperor ("Kein Herrscher gilt / Als der Kaiser"). Mathis remonstrates and is beaten down. The federal army arrives and the disheartened peasants prepare for battle but are quickly overrun; Schwalb is killed and Mathis barely saved by the Countess. He flees with the orphaned Regina.

Albrecht discusses his debts and Luther's challenge with Capito and agrees to interview a rich bride. He is astonished when Ursula enters and, dubious of her avowals, reproaches her for lending herself to the scheme. She admits that she is motivated not by love but by her faith to attempt his conversion, and in turn reproaches him for his vacillations and his lack of vision. He appears to be profoundly moved by her plea, but when the others are called in he announces that he will reform his ways by striving to return to his vows and to lead a simple life.

In the Odenwald forest Mathis lulls the haunted Regina to sleep with a description of a concert of angels, she joining in the folksong "Es sungen drei Engel" (this is the music of the symphony's first movement). No sooner is she asleep but Mathis, now in the garb of Grünewald's Saint Anthony, is beset by tempters: a figure resembling the Countess Helfenstein offers a life of luxury; Pommersfelden praises power over money; Ursula appears in the guises of a beggar, then a seductress and, led to the scaffold, as a martyr; Capito, now a scholar, tells 'Anthony' the world can be mastered by science and reproaches him for unobjectivity; Schwalb upbraids for his unwarlike compassion. The chorus unite in an enactment of the temptation scene of the Isenheim Altarpiece before the scene suddenly changes to that of Anthony's visit to St. Paul the Simple. Paul/Albrecht consoles Anthony/Mathis and calls him to his duty: "go forth and paint".

Ursula cares for the dying Regina, who confuses Mathis' painting of the dying Christ with her father. Only the sight of Mathis calms her before she dies. In the morning (following the interlude from the Symphony) he is visited by Albrecht who offers his home, but Mathis prefers to spend his last days in solitude. Packing his trunk, he bids farewell to good intentions – a scroll, ambition – compass and ruler, creation – paints and brush, acclaim – a gold chain, questioning – books, and last, kissing a ribbon from Ursula – to love.