กลับไปหน้าบทความ

อ่าน 9 นาที

การเลี้ยวเบนอิเล็กตรอนของไมโครคริสตัล

การเลี้ยวเบนอิเล็กตรอนของไมโครคริสตัลหรือ MicroED เป็นวิธีการCryoEMที่พัฒนาโดย ห้องปฏิบัติการ Gonenในช่วงปลายปี 2013 ที่วิทยาเขตวิจัย Janeliaของสถาบันการแพทย์ Howard Hughes MicroED

การเลี้ยวเบนอิเล็กตรอนของไมโครคริสตัล

การเลี้ยวเบนอิเล็กตรอนของไมโครคริสตัลหรือ MicroED [ 1 ] [ 2 ] เป็นวิธีการCryoEMที่พัฒนาโดย ห้องปฏิบัติการ Gonenในช่วงปลายปี 2013 ที่วิทยาเขตวิจัย Janeliaของสถาบันการแพทย์ Howard Hughes MicroED เป็นรูปแบบหนึ่งของผลึกศาสตร์อิเล็กตรอนที่ใช้ผลึก 3 มิติบางๆ ในการกำหนดโครงสร้างโดยการเลี้ยวเบนอิเล็กตรอนก่อนการสาธิตนี้ ผลึกศาสตร์อิเล็กตรอนของโมเลกุลขนาดใหญ่ (โปรตีน) ส่วนใหญ่ใช้กับผลึก 2 มิติ เป็นต้น[ 3 ] [ 4 ]วิธีนี้เป็นหนึ่งในวิธีการสมัยใหม่หลายวิธีในการกำหนดโครงสร้างอะตอมโดยใช้การเลี้ยวเบนของอิเล็กตรอนซึ่งสาธิตครั้งแรกสำหรับตำแหน่งของอะตอมไฮโดรเจนในผลึก NH4Cl โดย WE Laschkarew และ ID Usykin ในปี 1933 [ 5 ]ซึ่งต่อมาได้ถูกนำมาใช้กับพื้นผิว[ 6 ]ผ่านการเลี้ยวเบนของอิเล็กตรอนแบบพรีเซสชัน[ 7 ] โดยงานในช่วงแรกส่วนใหญ่อธิบายไว้ในงานของBoris Vainshtein [ 8 ]และDouglas L. Dorset [ 9 ]

วิธีการนี้ได้รับการพัฒนาขึ้นเพื่อกำหนดโครงสร้างของโปรตีนจากนาโนคริสตัล ซึ่งโดยทั่วไปแล้วไม่เหมาะสำหรับการเลี้ยวเบนรังสีเอกซ์เนื่องจากขนาดของมัน[ 10 ]คริสตัลที่มีขนาดเล็กกว่าขนาดที่จำเป็นสำหรับการตกผลึกด้วยรังสีเอกซ์ ถึงหนึ่งในพันล้านส่วน สามารถให้ข้อมูลคุณภาพสูงได้[ 11 ]ตัวอย่างจะถูกแช่แข็งแบบไฮเดรตเช่นเดียวกับวิธีการ CryoEM อื่นๆ แต่แทนที่จะใช้กล้องจุลทรรศน์อิเล็กตรอนแบบส่งผ่าน ( TEM ) ในโหมดการถ่ายภาพ จะใช้ใน โหมด การเลี้ยวเบนโดยมีการเปิดรับอิเล็กตรอนต่ำ (โดยทั่วไป < 0.01 e 2 /s) นาโนคริสตัลจะถูกฉายรังสีและหมุนอย่างต่อเนื่อง[ 2 ]ในขณะที่การเลี้ยวเบนจะถูกบันทึกด้วยกล้องความเร็วสูงในรูปแบบภาพยนตร์[ 2 ]จากนั้นข้อมูล MicroED จะถูกประมวลผลโดยใช้ซอฟต์แวร์สำหรับการตกผลึกด้วยรังสีเอกซ์เพื่อการวิเคราะห์โครงสร้างและการปรับปรุง[ 12 ]ฮาร์ดแวร์และซอฟต์แวร์ที่ใช้ในการทดลอง MicroED เป็นมาตรฐานและหาได้ง่าย[ 13 ] [ 14 ]

การพัฒนา

การเลี้ยวเบนของอิเล็กตรอนเพื่อแก้ปัญหาโครงสร้างผลึกมีมาตั้งแต่ยุคแรกเริ่มของการเลี้ยวเบนของอิเล็กตรอน การสาธิต MicroED ที่ประสบความสำเร็จครั้งแรกได้รับการรายงานในปี 2013 โดยห้องปฏิบัติการGonen [ 1 ]สำหรับโครงสร้างของไลโซไซม์ซึ่งเป็นโปรตีนทดสอบคลาสสิกในผลึกศาสตร์รังสีเอกซ์

การจัดเตรียมการทดลอง

โปรโตคอลโดยละเอียดสำหรับการตั้งค่ากล้องจุลทรรศน์อิเล็กตรอนและการเก็บรวบรวมข้อมูลได้รับการเผยแพร่แล้ว[ 15 ]

เครื่องมือวัด

กล้องจุลทรรศน์

ข้อมูล MicroED รวบรวมโดยใช้กล้องจุลทรรศน์อิเล็กตรอนแบบส่งผ่าน (ไครโอเจนิก)กล้องจุลทรรศน์สามารถติดตั้งช่องรับแสงเฉพาะพื้นที่ได้ แต่ MicroED ก็สามารถทำได้โดยไม่ต้องใช้ช่องรับแสงเฉพาะพื้นที่เช่นกัน แม้ว่าจะมีการรายงานโครงสร้างบางอย่างโดยไม่ต้องแช่แข็ง แต่บางครั้งความเสียหายจากรังสีก็ลดลงและได้ความละเอียดสูงขึ้นโดยใช้การทำความเย็นแบบไครโอเจนิก แม้แต่กับโมเลกุลขนาดเล็ก[ 16 ]

เครื่องตรวจจับ

มีการใช้เครื่องตรวจจับหลายชนิดเพื่อรวบรวมข้อมูลการเลี้ยวเบนของอิเล็กตรอนในการทดลอง MicroED เครื่องตรวจจับที่ใช้ เทคโนโลยี อุปกรณ์ประจุคู่ (CCD)และเซมิคอนดักเตอร์โลหะออกไซด์เสริม (CMOS)ได้ถูกนำมาใช้แล้ว ด้วยเครื่องตรวจจับ CMOS สามารถตีความจำนวนอิเล็กตรอนแต่ละตัวได้[ 17 ]เมื่อไม่นานมานี้ เครื่องตรวจจับอิเล็กตรอนโดยตรงได้ถูกนำมาใช้อย่างประสบความสำเร็จทั้งในโหมดเชิงเส้นและโหมดการนับ[ 18 ] [ 19 ]ในตัวอย่างเหล่านี้ การนับอิเล็กตรอนทำให้สามารถกำหนดเฟสและแสดงภาพไฮโดรเจนในโปรตีนได้ตั้งแต่เริ่มต้น

การเก็บรวบรวมข้อมูล

การเลี้ยวเบนยังคงอยู่

การตีพิมพ์หลักฐานแนวคิดเบื้องต้นเกี่ยวกับ MicroED ใช้ผลึกไลโซไซม์[ 1 ]รวบรวมข้อมูลได้มากถึง 90 องศาจากผลึกนาโนเดี่ยว โดยมีขั้นตอน 1 องศาแยกกันระหว่างเฟรม แต่ละรูปแบบการเลี้ยวเบนถูกรวบรวมด้วยอัตราปริมาณรังสีต่ำมากที่ ~0.01 e 2 /s ข้อมูลจากผลึก 3 ชิ้นถูกรวมเข้าด้วยกัน[ 20 ]เพื่อให้ได้โครงสร้างที่มีความละเอียด 2.9Å พร้อมสถิติการปรับแต่งที่ดี ทำให้สามารถกำหนดโครงสร้างของโปรตีนที่ไวต่อปริมาณรังสีจากไมโครคริสตัล 3 มิติในสภาวะแช่แข็งได้

การหมุนอย่างต่อเนื่อง

MicroED ใช้การหมุนอย่างต่อเนื่องในระหว่างกระบวนการเก็บข้อมูล[ 2 ]โดยผลึกจะหมุนช้าๆ ในทิศทางเดียวในขณะที่การเลี้ยวเบนถูกบันทึกด้วยกล้องความเร็วสูงในรูปแบบภาพยนตร์ ซึ่งนำไปสู่การปรับปรุงคุณภาพข้อมูลหลายประการและอนุญาตให้ประมวลผลข้อมูลโดยใช้ซอฟต์แวร์ผลึกศาสตร์รังสีเอกซ์มาตรฐาน[ 2 ]การหมุนอย่างต่อเนื่องของ MicroED ช่วยปรับปรุงการสุ่มตัวอย่างพื้นที่ผกผัน[ 21 ]

การประมวลผลข้อมูล

โปรโตคอลโดยละเอียดสำหรับการประมวลผลข้อมูล MicroED ได้รับการเผยแพร่แล้ว[ 12 ] เมื่อรวบรวมข้อมูล MicroED โดยใช้การหมุนแท่นอย่างต่อเนื่องสามารถใช้ ซอฟต์แวร์ผลึกศาสตร์ มาตรฐาน [ 14 ] ได้

เมื่อเปรียบเทียบกับวิธีการเลี้ยวเบนอิเล็กตรอนแบบอื่นๆ

วิธีการเลี้ยวเบนอิเล็กตรอนอื่นๆ ที่ได้รับการพัฒนาและแสดงให้เห็นว่าใช้งานได้ ได้แก่ Automated Diffraction Tomography (ADT) [ 22 ]และ Rotation Electron Diffraction (RED [ 23 ] ) วิธีการเหล่านี้แตกต่างจาก MicroED เล็กน้อย: ใน ADT จะใช้ขั้นตอนการเอียงของโกนิโอมิเตอร์ แบบไม่ต่อเนื่อง เพื่อครอบคลุมพื้นที่ผกผันร่วมกับการหมุนลำแสงเพื่อลดผลกระทบของการเลี้ยวเบนแบบไดนามิก[ 22 ] ADT ใช้ฮาร์ดแวร์และซอฟต์แวร์สำหรับการหมุน และกล้องจุลทรรศน์อิเล็กตรอนแบบสแกนส่งผ่านสำหรับการติดตามผลึก[ 22 ] RED ทำใน TEM แต่โกนิโอมิเตอร์จะถูกเอียงเป็นขั้นตอนแบบไม่ต่อเนื่อง และใช้การเอียงลำแสงเพื่อเติมช่องว่าง[ 23 ]ใช้ซอฟต์แวร์ในการประมวลผลข้อมูล ADT และ RED [ 23 ]

เหตุการณ์สำคัญ

ขอบเขตของวิธีการ

MicroED ถูกนำมาใช้เพื่อกำหนดโครงสร้างของโปรตีนทรงกลมขนาดใหญ่[ 24 ]โปรตีนขนาดเล็ก[ 2 ]เปปไทด์[ 25 ]โปรตีนเยื่อหุ้มเซลล์[ 26 ]โมเลกุลอินทรีย์[ 27 ] [ 28 ]และสารประกอบอนินทรีย์[ 29 ]ในตัวอย่างเหล่านี้จำนวนมาก พบว่ามีไฮโดรเจนและไอออนที่มีประจุ[ 25 ] [ 26 ]

โครงสร้างใหม่ของอัลฟา-ไซนูคลีนในโรคพาร์กินสัน

โครงสร้างแรกที่ได้รับการแก้ไขโดย MicroED ได้รับการตีพิมพ์ในช่วงปลายปี 2015 [ 25 ]โครงสร้างเหล่านี้เป็นชิ้นส่วนของเปปไทด์ที่ประกอบเป็นแกนพิษของα-synculeinซึ่งเป็นโปรตีนที่ก่อให้เกิดโรคพาร์กินสันและนำไปสู่ความเข้าใจในกลไกการรวมตัวของสารพิษ โครงสร้างได้รับการแก้ไขที่ความละเอียด 1.4 Å

โครงสร้างโปรตีนใหม่ของ R2lox

โครงสร้างใหม่ของโปรตีนตัวแรกที่ได้รับการแก้ไขโดย MicroED ได้รับการตีพิมพ์ในปี 2019 [ 30 ]โปรตีนดังกล่าวคือเมทัลโลเอนไซม์ R2-like ligand-binding oxidase (R2lox) จาก Sulfolobus acidocaldarius โครงสร้างได้รับการแก้ไขที่ความละเอียด 3.0 Å โดยการแทนที่โมเลกุลโดยใช้แบบจำลองที่มีความเหมือนของลำดับ 35% ซึ่งสร้างขึ้นจากโฮโมล็อกที่ใกล้เคียงที่สุดที่มีโครงสร้างที่ทราบแล้ว

อ่านเพิ่มเติม

  • ข้อมูลเบื้องต้นเกี่ยวกับ MicroED จาก ThermoFisher Scientific ผู้ผลิตกล้องจุลทรรศน์อิเล็กตรอนแบบส่งผ่านรายใหญ่
    • วิดีโอสัมภาษณ์เกี่ยวกับการพัฒนา MicroED และการประยุกต์ใช้งาน
  • ข้อมูลเบื้องต้นเกี่ยวกับ MicroED จาก Janelia Archives
  • ข้อมูลเบื้องต้นและผลงานตีพิมพ์เกี่ยวกับ MicroED จากห้องปฏิบัติการ Gonen
ดึงข้อมูลมาจาก " https://en.wikipedia.org/w/index.php?title=Microcrystal_electron_diffraction&oldid=1335132454 "

สรุปเนื้อหา

ข้อมูลสำคัญจากบทความ

ข้อมูลสำคัญเกี่ยวกับ การเลี้ยวเบนอิเล็กตรอนของไมโครคริสตัล

การเลี้ยวเบนอิเล็กตรอนของไมโครคริสตัลหรือ MicroED เป็นวิธีการCryoEMที่พัฒนาโดย ห้องปฏิบัติการ Gonenในช่วงปลายปี 2013 ที่วิทยาเขตวิจัย Janeliaของสถาบันการแพทย์ Howard Hughes MicroED

การพัฒนา

การเลี้ยวเบนของอิเล็กตรอนเพื่อแก้ปัญหาโครงสร้างผลึกมีมาตั้งแต่ยุคแรกเริ่มของการเลี้ยวเบนของอิเล็กตรอน การสาธิต MicroED ที่ประสบความสำเร็จครั้งแรกได้รับการรายงานในปี 2013 โดยห้องปฏิบัติการ Gonen [ 1 ] สำหรับโครงสร้างของ ไลโซไซม์ ซึ่งเป็นโปรตีนทดสอบคลาสสิกใน...

การจัดเตรียมการทดลอง

โปรโตคอลโดยละเอียดสำหรับการตั้งค่ากล้องจุลทรรศน์อิเล็กตรอนและการเก็บรวบรวมข้อมูลได้รับการเผยแพร่แล้ว [ 15 ]

เครื่องมือวัด

ข้อมูล MicroED รวบรวมโดยใช้ กล้องจุลทรรศน์อิเล็กตรอนแบบส่งผ่าน (ไครโอเจนิก) กล้องจุลทรรศน์สามารถติดตั้งช่องรับแสงเฉพาะพื้นที่ได้ แต่ MicroED ก็สามารถทำได้โดยไม่ต้องใช้ช่องรับแสงเฉพาะพื้นที่เช่นกัน แม้ว่าจะมีการรายงานโครงสร้างบางอย่างโดยไม่ต้องแช่แข็ง...