คณะกรรมการนโยบายทางทหารจัดตั้งขึ้นในเดือนกันยายน พ.ศ. 2485 เพื่อกำกับดูแลการดำเนินงานของโครงการแมนฮัตตันที่ดำเนินการโดยพลเอกโกรฟส์เนื่องจากสมาชิกของกลุ่มนโยบาย (รองประธานาธิบดีเฮนรี เอ. วอลเลซรัฐมนตรีว่าการกระทรวง กลาโหม เฮนรี สติมสันและพลเอกจอร์จ ซี. มาร์แชลล์ ) มีหน้าที่อื่นๆ อีกมากมายและไม่สามารถให้เวลาในการกำกับดูแลอย่างเพียงพอ โกรฟส์คัดค้านข้อเสนอของสติมสันสำหรับคณะกรรมการที่มีสมาชิกเจ็ดหรือเก้าคน เนื่องจากเขาชอบคณะกรรมการสามคนมากกว่า เพราะเขาสามารถแจ้งข้อมูลให้คนสามคนทราบได้อย่างดี ดังนั้นจึงมีการจัดตั้งคณะกรรมการขึ้นโดยมีบุชหรือคอนันต์เป็นตัวสำรองสำหรับตำแหน่งประธาน พร้อมด้วยพลเรือตรีวิลเลียม อาร์. เพอร์เนลล์แห่งกองทัพเรือและโกรฟส์ ต่อมาสติมสันตัดสินใจว่าสมาชิกจากกองทัพบกควรเป็นวิลเฮล์ม ดี. สไตเออร์ไม่ใช่โกรฟส์^{[ 1 ]}

นักวิทยาศาสตร์ได้รับเงินเดือน (หลังจากการปรึกษาหารือกับคณะกรรมการนโยบายทางทหาร) ในอัตราเดียวกับที่พวกเขาได้รับอยู่แล้ว ซึ่งทำให้เกิดปัญหาในการสรรหาบุคลากรผู้เชี่ยวชาญ เนื่องจากพวกเขาไม่สามารถได้รับการชดเชยค่าครองชีพในพื้นที่ห่างไกลอย่างลอสอะลามอสได้ (ปัญหานี้เกิดขึ้นกับนักวิทยาศาสตร์มากกว่าวิศวกร) เงินเดือนของผู้ที่เคยได้รับค่าจ้างเพียงเก้าเดือนต่อปีได้รับการเพิ่มขึ้นเป็นสิบสองเดือนเต็ม อย่างไรก็ตาม นั่นหมายความว่าออปเพนไฮเมอร์ซึ่งเดิมได้รับเงินเดือนจากมหาวิทยาลัยของรัฐ ได้รับเงินเดือนน้อยกว่าผู้ใต้บังคับบัญชาบางคนที่มาจากมหาวิทยาลัยขนาดใหญ่ทางตะวันออก โกรฟส์จึงตัดสินใจยกเว้นออปปีและเพิ่มเงินเดือนของเขาให้เท่ากับคนอื่นๆ (โดยไม่ปรึกษาเขา) ^{[ 2 ]}

คณะกรรมการนโยบายทางทหารถูกแทนที่โดยคณะกรรมการชั่วคราวซึ่งประกอบด้วยพลเรือน 9 คนในเดือนพฤษภาคม พ.ศ. 2488 ^{[ 3 ]}

คณะกรรมการเป้าหมายถูกจัดตั้งขึ้นโดยนายพลโกรฟส์เมื่อนายพลจอร์จ ซี. มาร์แชลล์ ขอให้เขา วางแผนการทิ้งระเบิดปรมาณู ซึ่งคณะกรรมการนโยบายทางทหารได้หารือกันซ้ำแล้วซ้ำเล่า คณะกรรมการอยู่ภายใต้การดูแลของโทมัส ฟาร์เรล^{[ 4 ]} คณะกรรมการประชุมครั้งแรกเมื่อวันที่ 27 เมษายน จากนั้นในวันที่ 2 พฤษภาคม พ.ศ. 2488 ที่วอชิงตัน และวันที่ 10 พฤษภาคม ที่ลอสอะลามอส^{[ 5 ]}

โกรฟส์เน้นย้ำถึงความจำเป็นในการกำหนดเป้าหมายสี่เป้าหมาย โดยสามเป้าหมายสำหรับการโจมตีแต่ละครั้ง สำหรับการทิ้งระเบิดแบบมองเห็นได้ (ไม่ใช่เรดาร์) เว้นแต่เครื่องบินทิ้งระเบิดจะไม่สามารถกลับมาพร้อมระเบิดได้ และการพิจารณาถึงระยะทำการของเครื่องบินB-29 Superfortressพลเอกมาร์แชลล์กล่าวว่าท่าเรือบนชายฝั่งตะวันตกของญี่ปุ่นควรได้รับการพิจารณา เนื่องจากเป็นเส้นทางเชื่อมต่อที่สำคัญไปยังแผ่นดินใหญ่เอเชีย พวกเขาจะต้องใช้การประมาณการแบบอนุรักษ์นิยมของพลังของระเบิด ซึ่งในขณะนั้นอยู่ที่ 5,000 ถึง 15,000 ตันของ TNT ( Little Boy ) หรือ 700 ถึง 5,000 ตันของ TNT ( Fat Man ) สิ่งเหล่านี้จะกำหนดความสูงของการระเบิดที่ต้องการด้วย^{[ 6 ]}

โกรฟส์คิดว่าการกำหนดเป้าหมายควรอยู่ในวอชิงตัน แม้ว่าเจ้าหน้าที่กองทัพอากาศบางคนในคณะกรรมการจะคิดว่าเช่นเดียวกับอาวุธใหม่ ๆ อื่น ๆ ควรให้ผู้บัญชาการภาคสนามเป็นผู้ดำเนินการอย่างเต็มที่ แต่ (เช่นเดียวกับการลบเกียวโตออกจากรายชื่อ) รัฐมนตรีว่าการกระทรวงกลาโหมเฮนรี สติมสันจะเป็นผู้มีอำนาจตัดสินใจขั้นสุดท้าย สติมสันลบเกียวโตออกจากรายชื่อ ซึ่งเขาเคยไปเยือนเมื่อครั้งดำรงตำแหน่งผู้ว่าการทั่วไปของฟิลิปปินส์ เกียวโตทำให้เขาประทับใจในวัฒนธรรมโบราณ มีความสำคัญทางศาสนาอย่างมาก และเป็นเมืองหลวงโบราณของญี่ปุ่น โกรฟส์ได้สังเกตขนาดและจำนวนโรงงานขนาดเล็กที่คาดว่าจะมีอยู่ รวมถึงพื้นที่ที่กว้างใหญ่พอที่จะได้รับความรู้ที่สมบูรณ์เกี่ยวกับผลกระทบของระเบิดปรมาณูแฮร์ริสันส่งข้อความจากโกรฟส์ไปยังที่ประชุมพ็อตสดัมแต่เขายังคงไม่เห็นด้วย และในวันรุ่งขึ้นตอบกลับว่าทรูแมนเห็นด้วย ดังนั้นจึงไม่มีการพูดคุยเกี่ยวกับเกียวโตอีกหลังจากนั้นต่อมาเขาได้พูดคุยกับอาร์โนลด์ ซึ่งยังคงเกียวโตไว้ในรายชื่อเป้าหมายที่ห้ามการทิ้งระเบิดแบบธรรมดา เพื่อไม่ให้ถูกโจมตีด้วยการทิ้งระเบิดแบบธรรมดา หลังสงคราม เขายินดีที่เมืองนี้ถูกถอดออกจากรายชื่อเป้าหมาย เนื่องจาก (ด้วยจำนวนประชากรของนางาซากิที่น้อยกว่ามาก) ทำให้จำนวนผู้เสียชีวิตของญี่ปุ่นลดลงอย่างมาก^{[ 7 ]}

สมาชิกที่ระบุโดย Groves ^{[ 8 ]}ได้แก่:

จากเขตวิศวกรแมนฮัตตัน:

• โทมัส ฟาร์เรลล์
• จอห์น ฟอน นอยมันน์
• อาร์บี วิลสัน (น่าจะเป็นรอสโค ซี. วิลสัน )
• วิลเลียม จี. เพนนีย์ (ชาวอังกฤษ)

จากสำนักงานของเฮนรี เอช. อาร์โนลด์ :

• วิลเลียม พี ฟิชเชอร์
• เดวิด เอ็ม. เดนนิสัน
• ดร. เจซี สเตียร์นส์: น่าจะเป็นจอยซ์ ซี. สเตียร์นส์ ; แม้ว่าบทความเกี่ยวกับเขาจะชี้ให้เห็นว่าโกรฟส์เข้าใจผิด และสมาชิกคณะกรรมการเป้าหมายอาจเป็น โรเบิร์ต สเตียร์นส์ ก็ตาม