Kwang Hyun Koกล่าวถึงความเป็นไปได้ที่การสูญพันธุ์ของมนุษย์นีแอนเดอร์ทาลอาจเกิดขึ้นหรือเร่งให้เกิดขึ้นจากความขัดแย้งรุนแรงกับมนุษย์โฮโมเซเปียนส์ ความรุนแรงในสังคมนักล่าและเก็บเกี่ยวในยุคแรกมักเกิดขึ้นจากการแข่งขันแย่งชิงทรัพยากรหลังภัยพิบัติทางธรรมชาติ ดังนั้นจึงเป็นไปได้ที่จะกล่าวว่าความรุนแรง รวมถึงสงครามดั้งเดิมอาจเกิดขึ้นระหว่างมนุษย์ทั้งสองสายพันธุ์^{[ 23 ]} Marcellin Bouleนักบรรพชีวินวิทยาชาวฝรั่งเศส(บุคคลแรกที่ตีพิมพ์การวิเคราะห์มนุษย์นีแอนเดอร์ทาล) ในปี 1912 ^{[ 24 ]}มักถูกอ้างถึงว่าเป็นผู้เผยแพร่ภาพลักษณ์ที่โหดร้ายของมนุษย์นีแอนเดอร์ทาล แม้ว่าเขาจะไม่ได้คิดค้นแนวคิดเรื่องความขัดแย้ง แต่การวิเคราะห์ทางสัณฐานวิทยาที่เฉพาะเจาะจงและมีข้อบกพร่องของ Boule ซึ่งอิงจากโครงกระดูกที่เป็นโรคข้ออักเสบอย่างรุนแรง ได้ตอกย้ำภาพลักษณ์ของมนุษย์นีแอนเดอร์ทาลว่าเป็นสิ่งมีชีวิตที่ไร้สติปัญญา รุนแรง หรือคล้ายลิงที่สมควรถูกแทนที่ด้วยมนุษย์ยุคใหม่ แนวคิดที่ว่ามนุษย์นีแอนเดอร์ทาลเป็นเผ่าพันธุ์ที่รุนแรง แตกต่าง และด้อยกว่ามนุษย์ยุคใหม่ มีต้นกำเนิดมาก่อนหน้านี้ โดยเฉพาะอย่างยิ่งจากวิลเลียม คิง (1864) หลังจากการ ค้นพบ หุบเขานีแอนเดอร์ ทาลครั้งแรกในปี 1856 (1856) ซึ่งตั้งชื่อว่าHomo neanderthalensisและเปรียบเทียบเผ่าพันธุ์นี้กับHomo sapiens ทันที และจัดให้อยู่ในระดับต่ำในลำดับวิวัฒนาการ ซึ่งบ่งชี้ถึงความเหนือกว่าในเชิงลำดับชั้นของมนุษย์ยุคใหม่ แนวคิดเรื่องการแทนที่ด้วยความรุนแรงมีรากฐานมาจากอุดมการณ์อาณานิคมในศตวรรษที่ 19 สังคมดาร์วินิสม์และทฤษฎีวิวัฒนาการยุคแรกๆ ที่มองว่าการสูญพันธุ์เป็นผลตามธรรมชาติของการแข่งขันระหว่างผู้ที่เหนือกว่าและผู้ที่ด้อยกว่า^{[ 25 ] [ 26 ] [ 27 ]}

สมมติฐานเกี่ยวกับช่วงเวลาอันยาวนานของขอบเขตที่ค่อนข้างคงที่ในตะวันออกกลางระหว่างมนุษย์นีแอนเดอร์ทาลและมนุษย์ยุคใหม่ อาจเป็นเพราะแต่ละสายพันธุ์มีการปรับตัวทางพันธุกรรมต่อโรคติดเชื้อในเอเชียและแอฟริกาตามลำดับ ขอบเขตดังกล่าวจะถูกลบเลือนไปโดยวิวัฒนาการของทั้งปรสิตและโฮสต์ รวมถึงการถ่ายทอดยีนระหว่างประชากรโฮมินิน ทำให้มนุษย์ยุคใหม่สามารถขยายตัวออกจากแอฟริกาได้^{[ 28 ]}

โรคติดเชื้อที่แพร่กระจายโดยโฮโมเซเปียนส์อาจแพร่ไปยังนีแอนเดอร์ทาล ซึ่งจะมีภูมิคุ้มกันต่อการติดเชื้อที่พวกเขาไม่เคยสัมผัสมาก่อนได้ไม่ดี ส่งผลให้เกิดผลร้ายแรงต่อประชากรนีแอนเดอร์ทาลโฮโมเซเปียนส์อาจมีความเสี่ยงต่อโรคของนีแอนเดอร์ทาลน้อยกว่า ส่วนหนึ่งเป็นเพราะพวกเขาวิวัฒนาการเพื่อรับมือกับภาระโรคที่สูงกว่ามากในเขตร้อน จึงสามารถรับมือกับเชื้อโรคชนิดใหม่ได้ดีกว่า และส่วนหนึ่งเป็นเพราะจำนวนโฮโมเซเปียนส์ ที่มากกว่า หมายความว่าแม้การระบาดที่ร้ายแรงก็ยังคงมีผู้รอดชีวิตเพียงพอสำหรับประชากรที่ดำรงอยู่ได้^{[ 29 ]}

หากไวรัสสามารถแพร่กระจายระหว่างสองสายพันธุ์ที่คล้ายคลึงกันนี้ได้อย่างง่ายดาย อาจเป็นเพราะพวกมันอาศัยอยู่ใกล้กันโฮโมเซเปียนส์อาจแพร่เชื้อไปยังนีแอนเดอร์ทาลและป้องกันไม่ให้โรคระบาดลุกลามไปในขณะที่จำนวนนีแอนเดอร์ทาลลดลง กระบวนการเดียวกันนี้อาจอธิบายถึง ความทนทาน ของโฮโมเซเปียนส์ต่อโรคและปรสิตของนีแอนเดอร์ทาลได้เช่นกัน โรคใหม่ๆ ของมนุษย์น่าจะแพร่จากแอฟริกาไปยังยูเรเซีย สิ่งที่เรียกว่า "ความได้เปรียบของแอฟริกา" นี้ยังคงอยู่จนกระทั่งการปฏิวัติทางการเกษตรเมื่อ 10,000 ปีก่อนในยูเรเซีย หลังจากนั้นสัตว์เลี้ยงในบ้านก็แซงหน้าไพรเมตอื่นๆ ในฐานะแหล่งที่มาของการติดเชื้อใหม่ๆ ของมนุษย์ที่แพร่หลายที่สุด แทนที่ "ความได้เปรียบของแอฟริกา" ด้วย "ความได้เปรียบของยูเรเซีย" ผลกระทบที่ร้ายแรงของไวรัสจากยูเรเซียต่อประชากรพื้นเมืองอเมริกันในอดีตให้ภาพรวมว่ามนุษย์ยุคใหม่อาจส่งผลกระทบต่อกลุ่มบรรพบุรุษของโฮมินินในยูเรเซียเมื่อ 40,000 ปีก่อนได้อย่างไร จีโนมของมนุษย์และนีแอนเดอร์ทาล และการปรับตัวต่อโรคหรือปรสิตอาจให้ข้อมูลเชิงลึกเกี่ยวกับเรื่องนี้ได้^{[ 30 ] [ 28 ]}

ในช่วงปลายศตวรรษที่ 20 ใน ปาปัวนิวกินีเนื่องจากการประกอบพิธีศพแบบ กินเนื้อมนุษย์ ทำให้ ชาวฟอเร่ถูกทำลายล้างด้วยโรคสมองเสื่อมชนิดติดต่อได้โดยเฉพาะโรคคุรุ ซึ่งเป็น โรคร้ายแรงที่แพร่กระจายโดยการรับประทานพรีออนที่พบในเนื้อเยื่อสมอง อย่างไรก็ตาม บุคคลที่มีพันธุกรรมPRNP ชนิด 129 จะมีภูมิคุ้มกันต่อพรีออนโดยธรรมชาติ การศึกษาพันธุกรรมนี้ทำให้ค้นพบว่าพันธุกรรมชนิด 129 แพร่หลายในมนุษย์ยุคใหม่ทั้งหมด ซึ่งอาจบ่งชี้ถึงการกินเนื้อมนุษย์อย่างแพร่หลายในช่วงใดช่วงหนึ่งของชีวิตมนุษย์ยุคก่อนประวัติศาสตร์ เนื่องจากเป็นที่ทราบกันดีว่ามนุษย์นีแอนเดอร์ทาลเคยปฏิบัติการกินเนื้อมนุษย์ในระดับหนึ่งและอยู่ร่วมกับมนุษย์ยุคใหม่ นักมานุษยวิทยาบรรพกาลชาวอังกฤษ ไซมอน อันเดอร์ดาวน์ จึงสันนิษฐานว่ามนุษย์ยุคใหม่ได้แพร่เชื้อโรคสมองเสื่อมคล้ายคุรุไปยังมนุษย์นีแอนเดอร์ทาล และเนื่องจากพันธุกรรมชนิด 129 ดูเหมือนจะไม่มีอยู่ในมนุษย์นีแอนเดอร์ทาล โรคนี้จึงทำให้พวกเขาตายอย่างรวดเร็ว^{[ 31 ] [ 32 ]}

จากการวิเคราะห์ทางพันธุกรรมในช่วงเวลาของมนุษย์นีแอนเดอร์ทาลกลุ่มสุดท้าย เมื่อประมาณ 45,000 ถึง 40,000 ปีก่อน พบว่ามีการถ่ายทอดยีนจากมนุษย์นีแอนเดอร์ทาลไปยังมนุษย์ยุคใหม่ประมาณ 10% แต่แทบไม่มีการถ่ายทอดยีนจากมนุษย์ยุคใหม่ไปยังมนุษย์นีแอนเดอร์ทาลเลย นี่อาจเป็นผลจากความคลาดเคลื่อนเนื่องจากจำนวนจีโนมของมนุษย์นีแอนเดอร์ทาลกลุ่มหลังมีจำนวนน้อย หรืออาจเป็นเพราะลูกผสมไม่สามารถอยู่รอดได้ในกลุ่มมนุษย์นีแอนเดอร์ทาล หรืออาจเป็นเพราะมนุษย์นีแอนเดอร์ทาลที่สามารถสืบพันธุ์ได้ถูกรวมเข้ากับกลุ่มมนุษย์ยุคใหม่ แต่ในทางกลับกันไม่เป็นเช่นนั้น หากผลกระทบนี้เกิดขึ้นจริงในระยะยาว มันจะเพิ่มขนาดของกลุ่มยีน ของมนุษย์ยุคใหม่ และลดขนาดของกลุ่มยีนของมนุษย์นีแอนเดอร์ทาลที่มีอยู่น้อยอยู่แล้ว ส่งผลให้จำนวนของมนุษย์นีแอนเดอร์ทาลลดลงต่ำกว่าระดับที่สามารถดำรงอยู่ได้ และนำไปสู่การสูญพันธุ์ในที่สุด^{[ 57 ] [ 58 ]}การศึกษาล่าสุดได้เสนอแบบจำลองทางคณิตศาสตร์ เชิงวิเคราะห์ เพื่ออธิบายการหายไปของมนุษย์นีแอนเดอร์ทาลผ่านการเจือจางทางพันธุกรรมอย่างต่อเนื่องซึ่งเกิดจากคลื่นการอพยพขนาดเล็กของโฮโมเซเปียนส์เข้าสู่ประชากรมนุษย์นีแอนเดอร์ทาล อย่างไรก็ตาม ดังที่ผู้เขียนชี้ให้เห็น ปัจจัยอื่นๆ ที่เป็นไปได้ เช่น การเปลี่ยนแปลงของสิ่งแวดล้อม การแข่งขัน หรือความผันผวนของประชากร ไม่สามารถตัดออกได้^{[ 59 ]}

จากการศึกษาของ Rios และคณะ รูปแบบความสัมพันธ์ทางสายเลือดในซากมนุษย์นีแอนเดอร์ทัลที่ค้นพบแสดงให้เห็นว่ามี^การผสมพันธุ์ ในหมู่ญาติ [ ^{60 ]}เช่น การจับคู่ระหว่างพี่น้องต่างมารดาและ/หรือลุง/ป้ากับหลานชาย/หลานสาว^{[ 61 ]}นักวิจัยตั้งสมมติฐานว่ามนุษย์นีแอนเดอร์ทัลอาจถูกแยกตัวออกเป็นกลุ่มเล็กๆ ในช่วงสภาพอากาศที่รุนแรง ซึ่งส่งผลให้เกิดพฤติกรรมการผสมพันธุ์ในหมู่ญาติ^{[ 62 ]}เนื่องจากการขาดความหลากหลายทางพันธุกรรม ประชากรมนุษย์นีแอนเดอร์ทัลจึงมีความเสี่ยงต่อการเปลี่ยนแปลงสภาพภูมิอากาศ โรคภัยไข้เจ็บ และปัจจัยกดดันอื่นๆ มากขึ้น ซึ่งอาจนำไปสู่การสูญพันธุ์ของพวกเขา^{[ 63 ] [ 64 ]}รูปแบบที่คล้ายคลึงกับสมมติฐานการผสมพันธุ์ในหมู่ญาติสามารถพบได้ในกอริลลาที่ใกล้สูญพันธุ์ ประชากรของพวกมันมีขนาดเล็กมากจนทำให้เกิดการผสมพันธุ์ในหมู่ญาติ ซึ่งทำให้พวกมันมีความเสี่ยงต่อการสูญพันธุ์มากยิ่งขึ้น^{[ 65 ] [ 66 ]}

การสูญพันธุ์ครั้งสุดท้ายของพวกเขาสอดคล้องกับเหตุการณ์ไฮน์ริชครั้งที่ 4 ซึ่งเป็นช่วงเวลาของฤดูกาลที่รุนแรง เหตุการณ์ไฮน์ริชครั้งต่อๆ มายังเกี่ยวข้องกับการเปลี่ยนแปลงทางวัฒนธรรมครั้งใหญ่เมื่อประชากรมนุษย์ในยุโรปล่มสลาย^{[ 67 ] [ 68 ]}การเปลี่ยนแปลงสภาพภูมิอากาศนี้อาจทำให้ประชากรนีแอนเดอร์ทัลในหลายภูมิภาคลดลง เช่นเดียวกับช่วงอากาศหนาวจัดก่อนหน้านี้ แต่พื้นที่เหล่านี้กลับมีประชากรเพิ่มขึ้นจากการอพยพของมนุษย์ ส่งผลให้นีแอนเดอร์ทัลสูญพันธุ์^{[ 69 ]}ในคาบสมุทรไอบีเรียตอนใต้ มีหลักฐานว่าประชากรนีแอนเดอร์ทัลลดลงในช่วง H4 และการแพร่กระจายของทุ่งหญ้าทะเลทรายที่Artemisia ครอบงำ ^{[ 70 ]}

ข้อมูลเผยให้เห็นว่าการเปลี่ยนแปลงสภาพภูมิอากาศอย่างฉับพลัน แม้ว่าจะมีความสำคัญในระดับท้องถิ่น แต่ก็มีผลกระทบจำกัดต่อประชากรนีแอนเดอร์ทัลทั่วโลก การผสมพันธุ์ข้ามสายพันธุ์และการกลืนกลาย ซึ่งถูกตั้งสมมติฐานว่าเป็นสาเหตุของการตายของประชากรนีแอนเดอร์ทัลในยุโรป ประสบความสำเร็จเฉพาะในกรณีที่มีการแข่งขันด้านอาหารในระดับต่ำเท่านั้น การวิจัยในอนาคตจะตรวจสอบแบบจำลองการผสมพันธุ์ข้ามสายพันธุ์ และการผสมข้ามสายพันธุ์อาจได้รับการประเมินโดยใช้บันทึกทางจีโนมจากยุคน้ำแข็งครั้งสุดท้าย (Fu et al., 2016) ^{[ 71 ]}

นักวิจัยหลายคนโต้แย้งว่า การปะทุ ^ของภูเขาไฟ Campanian Ignimbriteซึ่งเป็นการปะทุของภูเขาไฟใกล้เมืองเนเปิลส์ ประเทศอิตาลี เมื่อประมาณ 39,280 ± 110 ปีก่อน (ประมาณการที่เก่ากว่าคือ ~37,000 ปี) ซึ่งปะทุออกมาเป็นแมกมาประมาณ 200 km³ (48 cu mi) ( ^{ปริมาตร}โดยรวม500 km³ ( 120 cu mi ) )มีส่วนทำให้มนุษย์นีแอนเดอร์ทาลสูญพันธุ์^{[ 72 ]}ข้อโต้แย้งนี้ได้รับการพัฒนาโดย Golovanova et al. ^{[ 73 ] [ 74 ]}สมมติฐานนี้ระบุว่าถึงแม้มนุษย์นีแอนเดอร์ทาลจะเผชิญ กับยุค น้ำแข็งคั่นกลาง หลายครั้ง ในช่วง 250,000 ปีในยุโรป^{[ 75 ]} แต่ ความไม่สามารถในการปรับวิธีการล่าสัตว์ของพวกเขาทำให้พวกเขาสูญพันธุ์เมื่อเผชิญกับ การแข่งขัน จากมนุษย์โฮโมเซเปียนส์เมื่อยุโรปเปลี่ยนไปเป็นทุ่งหญ้าสเตปป์และกึ่งทะเลทรายที่มีพืชพรรณเบาบางในช่วงยุคน้ำแข็งครั้งสุดท้าย^{[ 76 ]}การศึกษาชั้นตะกอนที่ถ้ำเมซไมสกายาชี้ให้เห็นถึงการลดลงอย่างมากของละอองเกสรพืช^{[ 74 ]}ความเสียหายต่อพืชพรรณจะนำไปสู่การลดลงของสัตว์เลี้ยงลูกด้วยนมที่กินพืชซึ่งถูกล่าโดยมนุษย์นีแอนเดอร์ทัล^{[ 74 ] [ 77 ] [ 78 ]}      

กลุ่มนักวิจัยที่ประกอบด้วย Agnit Mukhopadhyay และคนอื่นๆ ได้เสนอว่าการเปลี่ยนแปลงสนามแม่เหล็กโลก Laschampsซึ่งเป็นการกลับทิศทางของสนามแม่เหล็กโลกในช่วงสั้นๆ เมื่อประมาณ 41,000 ปีก่อน อาจมีส่วนทำให้มนุษย์นีแอนเดอร์ทาลสูญพันธุ์ การเปลี่ยนแปลงดังกล่าวทำให้ความเข้มของสนามแม่เหล็กอ่อนลง ซึ่งสนามแม่เหล็กทำหน้าที่ปกป้องโลกจากรังสีที่เป็นอันตราย รวมถึงรังสีอัลตราไวโอเลตซึ่งเป็นอันตรายต่อมนุษย์ มีการโต้แย้งว่ามนุษย์ยุคใหม่อาจมีความอ่อนไหวต่อผลกระทบที่เป็นอันตรายของรังสีน้อยกว่ามนุษย์นีแอนเดอร์ทาล เนื่องจากพวกเขาใช้สีเหลืองดินเป็นเกราะป้องกันแสงแดดและสวมเสื้อผ้าที่ตัดเย็บอย่างดี ซึ่งให้การป้องกันมากกว่าเสื้อผ้าแบบคลุมตัวธรรมดาของมนุษย์นีแอนเดอร์ทาล^{[ 79 ]} Montserrat Sanz Borràs และ José-Miguel Tejero โต้แย้งสมมติฐานนี้ พวกเขาโต้แย้งว่าการศึกษาของมุโคปาธยายล้มเหลวในการตัดความเป็นไปได้ที่มนุษย์นีแอนเดอร์ทาลจะใช้สีเหลืองดินเป็นเกราะป้องกันแสงแดดและสวมใส่เสื้อผ้าที่ตัดเย็บอย่างประณีต ซึ่งทำขึ้นด้วยวิธีการอื่นที่การศึกษาไม่ได้พิจารณา นอกจากนี้ พวกเขายังตั้งข้อสังเกตว่ามีกลุ่มมนุษย์ที่ไม่ได้สวมใส่เสื้อผ้าที่ตัดเย็บอย่างประณีตแต่ก็ยังรอดชีวิตจากการเดินทาง^{[ 80 ]}