ในการรบที่แชนเซลเลอร์วิลล์ฮาวาร์ดประสบความพ่ายแพ้ทางทหารครั้งสำคัญครั้งแรกจากสองครั้ง ในวันที่ 2 พฤษภาคม ค.ศ. 1863 กองทัพของเขาอยู่ทางปีกขวาของแนวรบฝ่ายสหภาพ ทางตะวันตกเฉียงเหนือของทางแยกแชนเซล เลอร์วิลล์ โรเบิร์ต อี. ลีและพลโทโทมัส เจ. "สโตนวอลล์" แจ็กสันได้วางแผนการที่กล้าหาญ โดยให้กองทัพทั้งหมดของแจ็กสันเคลื่อนพลอ้อมปีกของฝ่ายสหภาพและโจมตี ฮาวาร์ดได้รับการเตือนจากพลตรีโจเซฟ ฮุกเกอร์ผู้บัญชาการกองทัพแห่งโปโตแมคในขณะนั้น ว่าปีกของเขา "ลอยอยู่กลางอากาศ" ไม่ได้ถูกยึดไว้ด้วยสิ่งกีดขวางทางธรรมชาติ เช่น แม่น้ำ และกองกำลังฝ่ายสัมพันธมิตรอาจกำลังเคลื่อนพลมาทางเขา ฮาวาร์ดไม่ใส่ใจคำเตือน และแจ็กสันก็โจมตีตั้งแต่ก่อนพลบค่ำ ทำให้กองทัพที่ 11 แตกพ่ายและแผนการของฝ่ายสหภาพต้องหยุดชะงักอย่างร้ายแรง

ในการรบที่เกตตีสเบิร์กกองทัพที่ 11 ซึ่งยังคงบอบช้ำจากความพ่ายแพ้อย่างยับเยินในเดือนพฤษภาคม ได้เข้าสู่สนามรบในช่วงบ่ายของวันที่ 1 กรกฎาคม ค.ศ. 1863 การวางตำแหน่งแนวป้องกันที่ผิดพลาดของพลจัตวาฟรานซิส ซี. บาร์โลว์ หนึ่งในผู้บัญชาการกองพลรองของฮาวาร์ด ถูกกองทัพฝ่ายสัมพันธมิตรของพลโทริ ชาร์ด เอส. อีเวลล์ใช้ประโยชน์และกองทัพที่ 11 ก็พ่ายแพ้อีกครั้ง บังคับให้ต้องล่าถอยผ่านถนนในเมืองเกตตีสเบิร์ก ทิ้งทหารจำนวนมากไว้เบื้องหลังและถูกจับเป็นเชลย บนเนินสุสานทางใต้ของเมือง ฮาวาร์ดได้โต้เถียงกับพลตรีวินฟิลด์ เอส. แฮนค็อกเกี่ยวกับผู้บัญชาการการป้องกัน แฮนค็อกถูกส่งมาโดยพลตรีจอร์จ จี. มีด พร้อมคำสั่งเป็นลายลักษณ์อักษรให้เข้ารับตำแหน่ง แต่ฮาวาร์ดยืนยันว่าเขาเป็นนายพลที่มีอาวุโสสูงสุดในขณะนั้น ในที่สุดเขาก็ยอมอ่อนข้อ

ความขัดแย้งมุ่งเน้นไปที่สามประเด็น: 1) การที่โฮเวิร์ดเลือก Cemetery Hill เป็นกุญแจสำคัญในการป้องกัน 2) จังหวะเวลาที่โฮเวิร์ดออกคำสั่งในช่วงบ่ายให้ละทิ้งตำแหน่งทางเหนือและตะวันตกของเมือง และ 3) ความไม่เต็มใจของโฮเวิร์ดที่จะยอมรับว่าแฮนค็อกซึ่งเป็นผู้ใต้บังคับบัญชาของเขาได้แซงหน้าเขาไปแล้ว นักประวัติศาสตร์จอห์น เอ. คาร์เพนเตอร์เห็นว่าโฮเวิร์ดเพียงผู้เดียวที่เลือก Cemetery Hill อย่างชาญฉลาด คำสั่งให้ถอนตัวน่าจะเป็นคำสั่งที่ถูกต้อง และความขัดแย้งระหว่างโฮเวิร์ดและแฮนค็อกอาจหลีกเลี่ยงได้หากมีดเองได้ลงสนาม^{[ 11 ]}

ฮาวาร์ดเริ่มเผยแพร่เรื่องราวที่ว่า ความล้มเหลวของกองทัพของเขาแท้จริงแล้วเกิดจากการล่มสลายของกองทัพที่ 1ของ พลตรี แอ็บเนอร์ ดับเบิลเดย์ทางตะวันตก ซึ่งเป็นเหตุผลส่วนหนึ่งที่ทำให้ดับเบิลเดย์ถูกปลดจากตำแหน่งผู้บัญชาการกองทัพ อย่างไรก็ตาม ข้ออ้างนี้ไม่ได้รับการยอมรับจากประวัติศาสตร์ (ความจริงแล้วตรงกันข้าม) และชื่อเสียงของกองทัพที่ 11 ก็เสียหายยับเยิน บางคนโต้แย้งว่า ฮาวาร์ดควรได้รับเครดิตบางส่วนสำหรับความสำเร็จในที่สุดที่เกตตีสเบิร์ก เพราะเขาวางกำลังพลกองพลหนึ่งของเขา (ของพลตรี อดอล์ฟ ฟอน สไตน์เวห์ร) ไว้บนเนินสุสานอย่างชาญฉลาด เพื่อเป็นกองกำลังสำรองและแนวป้องกันที่สำคัญในเวลาต่อมา

ตลอดการสู้รบสามวันที่เหลือ กองทัพยังคงตั้งรับอยู่รอบเนินสุสาน ต้านทานการโจมตีของพลตรีจูบัล เออร์ ลี ในวันที่ 2 กรกฎาคม และเข้าร่วมการป้องกันบริเวณขอบของการโจมตีของพิกเก็ตต์ ในวันที่ 3 กรกฎาคม ที่เกตตีสเบิร์ก น้องชายของโฮเวิร์ด พันตรี ชาร์ลส์ เฮนรี โฮเวิร์ด ยัง ทำหน้าที่เป็นผู้ช่วยของเขาด้วย^{[ 12 ]}

กองทัพของฮาวาร์ดและกองทัพที่ 11 ถูกย้ายไปยังสมรภูมิทางตะวันตกพร้อมกับกองทัพที่ 12 ของนายพลเฮนรี สโลคัม เพื่อเป็นส่วนหนึ่งของกองทัพคัมเบอร์แลนด์ในเทนเนสซีโดยมี "ไฟท์ติ้ง โจ" ฮุกเกอร์ เป็นผู้บัญชาการอีกครั้ง ใน ยุทธการที่แชตทานูกา กองทัพของฮาวาร์ด ได้เข้าร่วมการโจมตีอย่างฉับพลันที่ยึดมิชชันนารีริดจ์ได้ และบังคับให้พลเอก แบร็กซ์ตัน แบรกก์ ต้องล่าถอย ในเดือนกรกฎาคม ค.ศ. 1864 หลังจากการเสียชีวิตของพลตรีเจมส์ บี. แมคเฟอร์ สัน คำสั่งของวิลเลียม เทคัมเซห์ เชอร์แมน ได้มอบอำนาจ บัญชาการชั่วคราวของกองทัพเทนเนสซีให้กับนายทหารที่มียศสูงสุดในสนามรบในวันนั้น คือ พลตรีจอห์น เอ. โลแกนไม่นานหลังจากความสำเร็จในยุทธการที่แอตแลนตา เชอร์แมน (ซึ่งชื่นชอบการมอบอำนาจบัญชาการให้กับผู้สำเร็จการศึกษาจากเวสต์พอยต์) ได้แต่งตั้งฮาวาร์ดให้ดำรงตำแหน่งบัญชาการถาวรของกองทัพเทนเนสซี ในตอนท้ายของ "รายงานหลังปฏิบัติการ" ที่พลตรี จอห์น เอ. โลแกน ยื่นเมื่อวันที่ 10 กันยายน ค.ศ. 1864 โลแกนได้กล่าวถึงการดำรงตำแหน่งผู้บัญชาการกองทัพเทนเนสซีเป็นเวลาเพียงสี่วัน รายงานโดยละเอียดของโลแกนจบลงด้วยข้อความว่า: "ข้าพเจ้าได้ถอนกองทัพเทนเนสซีในคืนวันที่ 26 และเคลื่อนทัพไปตามด้านหลังของส่วนกลางและด้านขวาของกองทัพไปยังตำแหน่งฝั่งตรงข้ามลำธารพรอคเตอร์ หลังจากจัดวางกำลังทหารในคืนนั้นแล้ว ข้าพเจ้าก็ได้รับการปลดจากตำแหน่งโดยพลตรี ฮาวาร์ด"

ต่อมา ฮาวาร์ดได้นำปีกขวาของ การเดินทัพสู่ทะเลอันโด่งดังของพลตรี วิลเลียม เทคัมเซห์ เชอร์แมน[ ^{13 ]}ผ่านจอร์เจียและแคโรไลนา เชอร์แมนซึ่งชื่นชอบฮาวาร์ดมากกว่าโลแกนสำหรับการ ^{บัญชาการ}ถาวรของกองทัพเทนเนสซี ตระหนักถึงความสำเร็จของโลแกนที่แอตแลนตา เพื่อเป็นการยกย่องความเป็นผู้นำที่โดดเด่นของโลแกนที่แอตแลนตา เชอร์แมนขอให้ฮาวาร์ดอนุญาตให้โลแกนนำกองทัพอย่างเป็นทางการในการสวนสนามครั้งใหญ่ในเดือนพฤษภาคม พ.ศ. 2408 ที่วอชิงตัน ฮาวาร์ดตกลงเมื่อเชอร์แมนขอร้องเขาในฐานะสุภาพบุรุษคริสเตียน ในที่สุด เมื่อสงครามสิ้นสุดลง พลเอกเชอร์แมนจะยกย่องฮาวาร์ดในฐานะผู้บัญชาการกองทัพที่มี "ทักษะ ความละเอียดอ่อน และความแม่นยำสูงสุด" ^{[ 12 ]}

ระหว่างเดือนพฤษภาคม ค.ศ. 1865 ถึงกรกฎาคม ค.ศ. 1874 พลเอกฮาวาร์ดดำรงตำแหน่งผู้บัญชาการสำนักงานช่วยเหลือผู้ได้รับ การปลดปล่อย (สำนักงานผู้ลี้ภัย ผู้ได้รับการปลดปล่อย และที่ดินที่ถูกทิ้งร้างของกองทัพบก) ซึ่งเขามีบทบาทสำคัญในยุคการฟื้นฟูและมีหน้าที่ในการบูรณาการผู้ได้รับการปลดปล่อย (อดีตทาส) เข้าสู่สังคมอเมริกัน ฮาวาร์ดได้วางแผนโครงการและแนวทางที่ครอบคลุมกว้างขวาง รวมถึงสวัสดิการสังคมในรูปแบบของเสบียงอาหาร การศึกษา ศาล และการดูแลทางการแพทย์ ฮาวาร์ดมักขัดแย้งกับประธานาธิบดีแอนดรูว์ จอห์นสันซึ่งไม่ชอบด้านสวัสดิการของสำนักงานช่วยเหลือผู้ได้รับการปลดปล่อยอย่างมาก และโดยเฉพาะอย่างยิ่งพยายามที่จะคืนอำนาจทางการเมืองให้กับคนผิวขาวทางใต้ อย่างไรก็ตาม ฮาวาร์ดได้รับการสนับสนุนจากพรรครีพับลิกันหัวรุนแรงในรัฐสภา

เมื่อพรรครีพับลิกันหัวรุนแรงได้อำนาจในปี พ.ศ. 2410 พวกเขาให้สิทธิคนผิวดำในการออกเสียงเลือกตั้งในภาคใต้และจัดตั้งการเลือกตั้งใหม่ ซึ่งกลุ่มพันธมิตรรีพับลิกันที่ประกอบด้วยคนผิว ดำที่ได้รับการปลดปล่อย รี พับลิกันจากภาคเหนือที่ลงมาทางใต้และถูกเรียกอย่างดูหมิ่นว่าคาร์เพ็ตแบ็กเกอร์และชาวใต้ที่สนับสนุนการฟื้นฟูประเทศ ซึ่งถูกเรียกว่าสกาลาแวกส์ได้รับชัยชนะ ยกเว้นในรัฐเวอร์จิเนีย สำนักงานนี้มีบทบาทอย่างมากในการช่วยเหลือคนผิวดำในการจัดตั้งองค์กรทางการเมือง ดังนั้นจึงกลายเป็นเป้าหมายของความเป็นปรปักษ์ทางการเมือง^{[ 14 ]}

จอห์นสันเรียกโฮเวิร์ดว่าเป็นคนคลั่งไคล้^{[ 15 ]}ฝ่ายตรงข้ามของการฟื้นฟูอ้างว่า ในการใช้อำนาจทั้งทางพลเรือนและทางทหารในทางที่ผิดสำนักงานจึงกลายเป็นเผด็จการส่วนกลางโฮเวิร์ดอธิบายขอบเขตอำนาจอันมหาศาลของเขาว่า:

...อำนาจที่เกือบไร้ขีดจำกัดมอบขอบเขตและเสรีภาพในการกระทำแก่ฉัน... อำนาจนิติบัญญัติ ตุลาการ และบริหารถูกรวมเข้าด้วยกันในการแต่งตั้งของฉัน^{[ 16 ]}

จอห์นสันแสดงปฏิกิริยาต่อความหมายของการดำเนินการที่ไร้ขอบเขตต่อพลเรือนเช่นนี้:

อำนาจที่มอบให้แก่ผู้บัญชาการเหนือประชาชนทั้งหมด... คืออำนาจของกษัตริย์ผู้ทรงอำนาจเบ็ดเสร็จ... พระองค์เท่านั้นที่ได้รับอนุญาตให้กำหนดสิทธิของบุคคลและทรัพย์สิน... อำนาจนี้มอบที่ดินและทรัพย์สินทั้งหมดในเขตของพระองค์ให้พระองค์จัดการได้อย่างอิสระ และพระองค์สามารถแจกจ่ายให้แก่ใครก็ได้ตามที่พระองค์พอพระทัยโดยไม่มีข้อจำกัดใดๆ เนื่องจากไม่ผูกพันกับกฎหมายของรัฐ และไม่มีกฎหมายอื่นใดที่จะควบคุมประชาชน พระองค์จึงสามารถบัญญัติกฎหมายอาญาของตนเองได้ และสามารถทำให้โหดร้ายได้มากเท่ากับกฎหมายใดๆ ในประวัติศาสตร์... ทุกสิ่งที่พระองค์เลือกที่จะเรียกเป็นอาชญากรรมล้วนเป็นอาชญากรรม และทุกคนที่พระองค์ประกาศว่ามีความผิดก็จะถูกตัดสินลงโทษ^{[ 17 ]}

กรอบความคิดเชิงอุดมการณ์ที่จำกัดของนายพลฮาวาร์ดและผู้ช่วยของเขาส่งเสริมความพยายามในการปฏิรูปสังคมทางใต้แบบหัวรุนแรงโดยไม่ตระหนักถึงความจำเป็นของกฎหมายที่สำคัญ พวกเขาคิดว่าการขจัดความไม่เท่าเทียมกันทางกฎหมายทั้งหมด เช่น การอนุญาตให้คนผิวดำเป็นพยานในศาล จะเพียงพอที่จะรับประกันการคุ้มครอง รัฐทางใต้แสร้งทำเป็นปฏิบัติตามประเด็นนี้เพื่อยุติภัยคุกคามจากระบบศาลของสำนักงานฟรีดเมน^{[ 18 ]}

ในปี พ.ศ. 2415 โฮเวิร์ด พร้อมด้วยร้อยโทโจเซฟ เอ. สเลเดนซึ่งทำหน้าที่เป็นผู้ช่วยของเขา ได้รับคำสั่งให้ไปที่ดินแดนแอริโซนาเพื่อเจรจาสนธิสัญญาสันติภาพกับโคชีสส่งผลให้มีการลงนามสนธิสัญญาในวัน ที่ 12 ตุลาคม^{[ 19 ]}เหตุการณ์ในประวัติศาสตร์อเมริกันครั้งนี้ถูกนำมาสร้างเป็นภาพยนตร์เรื่อง "Broken Arrow" (ดูด้านล่าง )

เขาได้รับแต่งตั้งให้เป็นผู้บัญชาการกรมโคลัมเบียในปี 1874 และเดินทางไปทางตะวันตกสู่ป้อมแวนคูเวอร์ใน ดิน แดนวอชิงตันที่ซึ่งเขาได้เข้าร่วมรบในสงครามอินเดียนโดยเฉพาะอย่างยิ่งกับ ชนเผ่า เนซเพอร์ซใน ดินแดน ไอดาโฮและมอนทานาในปี 1877 ซึ่งส่งผลให้หัวหน้าเผ่าโจเซฟยอมจำนน หัวหน้าเผ่าโจเซฟวิพากษ์วิจารณ์ฮาวาร์ดว่าเร่งให้เกิดสงครามโดยพยายามบังคับให้ชนเผ่าเนซเพอร์ซย้ายไปยังเขตสงวนที่เล็กลง โดยไม่มีการแจ้งล่วงหน้า ไม่มีการปรึกษาหารือ และไม่มีเวลาเตรียมตัว โจเซฟกล่าวว่า "ถ้าพลเอกฮาวาร์ดให้เวลาผมมากพอที่จะรวบรวมปศุสัตว์ของผมและปฏิบัติต่อทู-ฮูล-ฮูล-ซูทอย่างที่ควรจะเป็น สงครามก็คงไม่มีขึ้น"

ต่อมา ฮาวาร์ดดำรงตำแหน่งผู้บัญชาการโรงเรียนนายทหารสหรัฐฯที่เวสต์พอยต์ในปี 1881–1882 เขาทำหน้าที่เป็นผู้บัญชาการกรมแพลตต์ตั้งแต่ปี 1882 ถึง 1886 และกองพลทหารแปซิฟิกตั้งแต่ปี 1886 ถึง 1888 ตั้งแต่ปี 1888 ตำแหน่งสุดท้ายของเขาคือผู้บัญชาการกรมตะวันออก ( กองพลทหารแอตแลนติก ) ที่ป้อมโคลัมบัสบนเกาะกอฟเวอร์เนอร์ในอ่าวนิวยอร์ก ซึ่งครอบคลุมรัฐทางตะวันออกของแม่น้ำมิสซิสซิปปี เขาเกษียณจากกองทัพสหรัฐฯ ในตำแหน่งนั้นในปี 1894 ด้วยยศพลตรีรัฐบาลฝรั่งเศสได้มอบเครื่องราชอิสริยาภรณ์เลฌียงด อเนอร์ให้แก่เขา ในปี 1884 และต่อมาเขาได้รับการเลื่อนยศเป็นนายทหารและผู้บัญชาการ^{[ 20 ]}

นายพลฮาวาร์ดเป็นที่จดจำในฐานะผู้มีบทบาทในการก่อตั้งมหาวิทยาลัยฮาวาร์ดซึ่งได้รับการจัดตั้งขึ้นโดยรัฐสภาในปี พ.ศ. 2410 ^{[ 21 ]}โรงเรียนแห่งนี้ไม่ยึดติดกับนิกายใดๆ และเปิดรับทั้งชายและหญิงโดยไม่คำนึงถึงเชื้อชาติ ในวันที่ 20 พฤศจิกายน พ.ศ. 2409 ฮาวาร์ดเป็นหนึ่งในสมาชิก 10 คนจากกลุ่มต่างๆ ที่มีความห่วงใยต่อสังคมในเวลานั้น ซึ่งได้ประชุมกันที่วอชิงตัน ดี.ซี. เพื่อหารือเกี่ยวกับแผนการจัดตั้งวิทยาลัยศาสนศาสตร์เพื่อฝึกอบรมนักเทศน์ผิวดำ อย่างไรก็ตาม ความสนใจมีมากพอที่จะสร้างสถาบันการศึกษาสำหรับสาขาอื่นๆ นอกเหนือจากการเป็นบาทหลวง ผลที่ได้คือสถาบันฮาวาร์ดนอร์มอลและศาสนศาสตร์เพื่อการศึกษาของนักเทศน์และครู ในวันที่ 8 มกราคม พ.ศ. 2410 คณะกรรมการบริหารได้ลงมติเปลี่ยนชื่อสถาบันเป็นมหาวิทยาลัยฮาวาร์ด ฮาวาร์ดดำรงตำแหน่งอธิการบดีตั้งแต่ปี พ.ศ. 2412 ถึง พ.ศ. 2417

เขาถูกอ้างว่ากล่าวว่า “การต่อต้านการศึกษาของคนผิวดำแสดงออกไปทั่วทุกหนแห่งด้วยการรวมตัวกันไม่ยอมให้คนเป็นอิสระมีห้องหรืออาคารใดๆ ที่จะใช้เป็นโรงเรียนสอนได้ ในปี พ.ศ. 2408 พ.ศ. 2409 และ พ.ศ. 2400 กลุ่มคนชั้นต่ำได้เผาอาคารเรียนและโบสถ์ที่ใช้เป็นโรงเรียนเป็นระยะๆ ในทุกส่วนของภาคใต้ ทุบตีครูหรือขับไล่พวกเขาออกไป และในหลายกรณีก็ฆ่าพวกเขา” ^{[ 22 ]}เขายังได้ก่อตั้งมหาวิทยาลัย Lincoln Memorialในเมือง Harrogate รัฐเทนเนสซีในปี พ.ศ. 2438 เพื่อการศึกษาของ “คนขาวบนภูเขา”

พลเอกฮาวาร์ดเป็นสมาชิกของ สมาคมซิ นซินเนติสมาคมทหารแห่งกองทัพสหรัฐและกองทัพใหญ่แห่งสาธารณรัฐ

ฮาวาร์ดเสียชีวิตที่เมืองเบอร์ลิงตัน รัฐเวอร์มอนต์เมื่อวันที่ 26 ตุลาคม ค.ศ. 1909 และถูกฝังอยู่ที่สุสานเลควิวในเมืองเบอร์ลิงตัน เมื่อเสียชีวิต ฮาวาร์ดเป็นนายพลกองทัพสหภาพคนสุดท้ายที่ยังมีชีวิตอยู่ซึ่งดำรงตำแหน่งนายพลประจำการในกองทัพบกสหรัฐฯ

ในคำประกาศเกียรติคุณเหรียญกล้าหาญ ของฮาวาร์ด ซึ่งออกให้เมื่อวันที่ 1 มิถุนายน ค.ศ. 1862 ณแฟร์โอ๊คส์รัฐเวอร์จิเนีย ระบุว่าเขาเป็น "พลตรี อาสาสมัครสหรัฐฯ" โดยมีใจความดังนี้:

เขาเป็นผู้นำกองทหารราบที่ 61 แห่งนิวยอร์กในการบุกโจมตี ซึ่งในระหว่างนั้นเขาได้รับบาดเจ็บสาหัสที่แขนขวาถึงสองครั้ง จนต้องตัดแขนทิ้ง