แชนลีย์ได้รับการบวชเป็นบาทหลวงประจำอัครสังฆมณฑลบอสตันในปี 1960 ^{[ 4 ]}หลังจากได้รับการบวช แชนลีย์ได้รับมอบหมายให้เป็นผู้ช่วยบาทหลวงที่โบสถ์เซนต์แพทริกในสโตนแฮม รัฐแมสซาชูเซตส์ปีต่อมา ผู้ปกครองคนหนึ่งในสโตนแฮมได้ร้องเรียนต่อตำรวจว่าแชนลีย์ได้ล่วงละเมิดทางเพศลูกชายวัย 11 ปีของเขา ตำรวจพร้อมที่จะดำเนินคดีกับแชนลีย์ แต่พ่อของเด็กได้ถอนฟ้อง แม่ของเด็กได้เขียนจดหมายร้องเรียนถึงพระคาร์ดินัลริชาร์ด คูชิงอาร์คบิชอป แต่ก็ไม่ได้รับการตอบกลับใดๆ นอกจากนี้ยังมีข้อร้องเรียนอื่นๆ เกี่ยวกับแชนลีย์ในสโตนแฮม^{[ 3 ]}

ในปี พ.ศ. 2510 บาทหลวงที่ศาลเจ้าแห่งชาติพระแม่ลาซาเล็ตต์ในเมืองแอตเทิลโบโร รัฐแมสซาชูเซตส์ได้เขียนจดหมายร้องเรียนถึงอัครสังฆมณฑลเกี่ยวกับแชนลีย์ บาทหลวงได้ถ่ายทอดข้อกล่าวหาจากเด็กชายสองคนว่าแชนลีย์ล่วงละเมิดทางเพศพวกเขาในระหว่างการไปเยี่ยมกระท่อมในบลูฮิลส์ในช่วงสุดสัปดาห์^{[ 5 ]}

ในปี พ.ศ. 2512 แชนลีย์ได้เริ่มก่อตั้งกลุ่มเยาวชนเพื่อช่วยเหลือผู้คนในย่านร็อกซ์เบอ รีของบอสตัน โดยให้ความช่วยเหลือผู้ ที่ติดยาเสพติดและเยาวชนที่หนีออกจากบ้านซึ่งกำลังดิ้นรนกับเรื่องเพศ ของตนเอง เขาได้รับฉายาว่า " บาทหลวงฮิปปี้ " เนื่องจากผมยาวและความคิดเห็นที่ตรงไปตรงมา รวมถึงการปฏิเสธการประณามการรักร่วมเพศของคริสตจักรอย่างเปิดเผย งานเขียนของแชนลีย์รวมถึงหนังสือChanging Norms of Sexuality [ ^{6 ] งาน}ของเขากับเยาวชนเป็นแรงบันดาลใจให้แม่ชีสามรูปเริ่มก่อตั้งหน่วยงานทางสังคมที่คล้ายกันในบอสตัน^{[ 3 ]}

ตามคำบอกเล่าของหญิงคนหนึ่งที่เข้าร่วมการประชุมคริสตจักรในปี 1977 ในเมืองโรเชสเตอร์ รัฐนิวยอร์กแชนลีย์ได้กล่าวสุนทรพจน์โดยระบุว่า เมื่อผู้ใหญ่และเด็กมีเพศสัมพันธ์กัน 'ผู้ใหญ่ไม่ใช่ผู้ล่อลวง แต่เป็น 'เด็ก' ต่างหากที่เป็นผู้ล่อลวง และยิ่งไปกว่านั้น เด็กไม่ได้รู้สึกบอบช้ำทางจิตใจจากการกระทำนั้นโดยตรง แต่เด็กจะรู้สึกบอบช้ำทางจิตใจเมื่อตำรวจและเจ้าหน้าที่ 'ลาก' เด็กไปสอบสวน' หญิงคนนั้นได้ส่งบันทึกของเธอไปยังอัครสังฆมณฑลบอสตัน^{[ 3 ] [ 7 ] : 148}

ในปี พ.ศ. 2522 แชนลีย์ได้เข้าร่วมการประชุมเรื่องเพศศึกษาที่บอสตันในฐานะตัวแทนของอัครสังฆมณฑล นิตยสารGaysweek ฉบับวันที่ 12 กุมภาพันธ์ พ.ศ. 2522 ระบุว่าผู้เข้าร่วมประชุมหลายคนได้ตัดสินใจก่อตั้งสมาคมรักชาย-เด็กชายแห่งอเมริกาเหนือ (NAMBLA) ^{[ 8 ] [ 9 ]}อย่างไรก็ตาม แชนลีย์ไม่ได้มีส่วนเกี่ยวข้อง แต่ทนายความโรเดอริค แมคลีช และพอล บูซา ผู้กล่าวหาแชนลีย์ ได้กล่าวอ้างอย่างไม่ถูกต้องในภายหลังว่าแชนลีย์เป็น "สมาชิกผู้ก่อตั้ง NAMBLA" ในคดีความและระหว่างการพิจารณาคดีของเขา^{[ 7 ] : 144, 184}

ในช่วงทศวรรษ 1980 แชนลีย์ดำรงตำแหน่งบาทหลวงเป็นเวลาหลายปีที่โบสถ์เซนต์ฌองผู้ประกาศข่าวประเสริฐในเมืองนิวตัน รัฐแมสซาชูเซตส์^{[ 10 ]}

ในปี 1990 อัครสังฆมณฑลได้จัดให้แชนลีย์ไปปฏิบัติหน้าที่ชั่วคราวในสังฆมณฑลซานเบอร์นาร์ดิโนทางตอนใต้ของแคลิฟอร์เนีย ในระหว่างที่ทำงานในแคลิฟอร์เนีย แชนลีย์จะได้รับลาป่วยโดยได้รับค่าจ้างจากอัครสังฆมณฑล บิชอปโรเบิร์ต เจ. แบงค์สได้เขียนจดหมายในเดือนมกราคม 1990 ถึงบิชอปแห่งซานเบอร์นาร์ดิโนระบุว่าแชนลีย์มีประวัติที่สะอาด แชนลีย์ยังได้ลงนามในคำให้การเป็นลายลักษณ์อักษรต่อสังฆมณฑลซานเบอร์นาร์ดิโนว่าเขาไม่มีข้อกล่าวหาการกระทำผิดใดๆ ในแมสซาชูเซตส์

แชนลีย์ได้รับมอบหมายให้ช่วยเหลือบาทหลวงที่โบสถ์เซนต์แอนน์ในซานเบอร์นาร์ดิโน รัฐแคลิฟอร์เนียขณะประจำการอยู่ที่เซนต์แอนน์ แชนลีย์และบาทหลวงจอห์น เจ. ไวท์ ได้เปิดที่พักแบบเบดแอนด์เบรกฟาสต์ขนาดเล็กในปาล์มสปริงส์ รัฐแคลิฟอร์เนียซึ่งให้บริการแก่ชายรักร่วมเพศ^{[ 11 ]}ในเดือนตุลาคม พ.ศ. 2536 สังฆมณฑลซานเบอร์นาร์ดิโนได้รับจดหมายจากบาทหลวงจอห์น บี. แมคคอร์แมค ผู้ช่วยของพระคาร์ดินัลลอว์ ซึ่งระบุว่าอัครสังฆมณฑลได้รับบันทึก ข้อกล่าวหา การล่วงละเมิดทางเพศเด็ก ในอดีต ของแชนลีย์ สังฆมณฑลซานเบอร์นาร์ดิโนจึงสั่งพักงานแชนลีย์ทันที^{[ 11 ]}

ในช่วงปลายปี 1993 อัครสังฆมณฑลได้ส่งแชนลีย์ไปที่สถาบันแห่งการดำรงชีวิตซึ่งเป็นสถานพยาบาลทางจิตเวชในเมืองฮาร์ตฟอร์ด รัฐคอนเนตทิคัตเพื่อรับการประเมิน ขณะอยู่ที่สถาบัน พวกเขาได้วินิจฉัยว่าแชนลีย์เป็น ' คนหลงตัวเอง ' และ ' ชอบแสดงออกเกิน จริง ' ตามรายงานของThe Boston Globeแชนลีย์ 'ยอมรับข้อร้องเรียนที่สำคัญ' โดยบันทึกของเขาระบุว่า 'ยอมรับการมีเพศสัมพันธ์ 9 ครั้ง โดย 4 ครั้งเกี่ยวข้องกับเด็กผู้ชาย' ^{[ 12 ]}ตามที่ Wypijewski กล่าว ข้อความที่แน่นอนในบันทึกคือ: "สาระสำคัญของข้อร้องเรียน—กิจกรรมทางเพศกับเด็กชายวัยรุ่น 4 คน และกับผู้ชายและผู้หญิง" ^{[ 7 ] : 143}

แชนลีย์ย้ายไปนิวยอร์กซิตี้ในปี 1995 เพื่อดำรงตำแหน่งผู้ช่วยผู้อำนวยการของลีโอเฮาส์ ซึ่งเป็นสถานพักอาศัยของชาวคาทอลิกในแมนฮัตตัน ในปี 1997 พระคาร์ดินัลจอห์น โอคอนเนอร์แห่งอัครสังฆมณฑลนิวยอร์กกำลังพิจารณาเลื่อนตำแหน่งแชนลีย์เป็นผู้อำนวยการ อย่างไรก็ตาม พระคาร์ดินัลลอว์ได้ห้ามปรามเขา โดยอ้างถึงความอับอายที่อาจเกิดขึ้นกับคริสตจักรจากอดีตของแชนลีย์^{[ 5 ]}