ดัฟฟีมีความเกี่ยวข้องกับดนตรีของมหาวิหารเมโทรโพลิแทนแห่งพระคริสต์ราชาแห่งลิเวอร์พูลมานานกว่าสามสิบหกปี โดยส่วนใหญ่ดำรงตำแหน่งหัวหน้าฝ่ายดนตรี (ค.ศ. 1966–1996) แปดเดือนก่อนการประกอบพิธีเสกและเปิดมหาวิหาร ดัฟฟีได้รับข้อเสนอให้ดำรงตำแหน่งรักษาการหัวหน้าคณะนักร้องประสานเสียงที่มหาวิหารเมโทรโพลิแทนแห่งลิเวอร์พูล และหลังจากนั้นไม่นาน เขาก็ได้รับการแต่งตั้งเป็นหัวหน้าฝ่ายดนตรีอย่างเป็นทางการ

เนื่องจากจัดขึ้นที่ลิเวอร์พูล ดัฟฟีจึงรับผิดชอบดนตรีสำหรับการเฉลิมฉลองทางศาสนาที่เปิดและปิดการประชุมอภิบาลแห่งชาติของคริสตจักรโรมันคาทอลิกในปี 1980 นักเทววิทยาเฟอร์กัส เคอร์บรรยายถึงการเฉลิมฉลองใน วารสาร New Blackfriarsว่า: ^{[ 3 ]} "การเรียบเรียง...โดยฟิลิป ดัฟฟี...ได้รับการยอมรับอย่างง่ายดายจากผู้ร่วมพิธีทั้งหมด...มีความงดงามที่เกือบจะป่าเถื่อนแต่มีระเบียบวินัยอย่างยิ่ง ซึ่งไม่เคยมีมาก่อนในคริสตจักรคาทอลิกอังกฤษในยุคปัจจุบัน..." ผลงานของดัฟฟีได้รับการยอมรับในภายหลังโดยสมเด็จพระสันตะปาปาจอห์น ปอลที่ 2ซึ่งทรงแต่งตั้งเขาเป็นอัศวินแห่งเครื่องราชอิสริยาภรณ์นักบุญเกรกอรีมหาราช

การประพันธ์เพลงสำหรับคณะนักร้องประสานเสียงและผู้ร่วมพิธีของเขาได้รับการยอมรับอีกครั้งในปี 1982 ระหว่างการเสด็จเยือนสหราชอาณาจักรอีกครั้งของสมเด็จพระสันตะปาปาจอห์น ปอลที่ 2 เพลงของดัฟฟีได้รับเลือกสำหรับพิธีมิสซาใหญ่ของพระสันตะปาปาที่จัดขึ้นในลิเวอร์พูล เวมบลีย์ แมนเชสเตอร์ คาร์ดิฟฟ์ และคริสตัลพาเลซเกี่ยวกับการเฉลิมฉลองของพระสันตะปาปาในลิเวอร์พูลเดอะแท็บเล็ต รายงานว่า " บทเพลงกลอเรียส อัลเลลูยาสและโฮซันนาสของลิเวอร์พูลคงทำให้สวรรค์วิ่งมาที่หน้าต่าง" ในปีเดียวกันนี้ ดัฟฟียังได้ก่อตั้งวงออร์เคสตรามหาวิหารเมโทรโพลิแทน ซึ่งปัจจุบันรู้จักกันในชื่อวงออร์เคสตราโฮปเมโทรโพ ลิแทน ^{[ 4 ]}

ดัฟฟีเป็นสมาชิกของคณะกรรมการแห่งชาติว่าด้วยดนตรีคริสตจักรของบิชอปโรมันคาทอลิกมาหลายปี นอกจากนี้เขายังเป็นสมาชิกของสภาของUniversa Laus (สมาคมระหว่างประเทศของนักพิธีกรรมและนักดนตรี) และRoyal School of Church Musicอีก ด้วย ^{[ 1 ]}ตามคำเชิญของอาร์ชบิชอปแห่งแคนเทอร์เบอรี ดัฟฟีเป็นสมาชิกของคณะกรรมการอาร์ชบิชอปว่าด้วยดนตรีคริสตจักรในคริสตจักรแองลิกันตั้งแต่ปี 1988 ถึง 1992

นับตั้งแต่ออกจากมหาวิหาร ดัฟฟี่ได้เข้าร่วมการร้องเพลงและการอำนวยเพลง กิจกรรมล่าสุดของเขารวมถึงบทบาทนักร้องเสียงเทเนอร์ในเพลงเรควีเอมของโมสาร์ทและนักร้องเสียงบาริโทนในเพลงเรควีเอมของบราห์มส์ดัฟฟี่มักทำหน้าที่เป็นหัวหน้าผู้ขับร้องให้กับSchola Gregorianaซึ่งเป็นกลุ่มที่ตั้งอยู่ในเคมบริดจ์ที่อุทิศตนให้กับการขับร้องแบบเกรโกเรียนเขานำกลุ่มนี้ไปทัวร์แสดงคอนเสิร์ต 10 วันในเวนิสเขาเป็นรองผู้อำนวยการฝ่ายดนตรีของSchola ^{[ 5 ]}และเขายังคงเป็นผู้นำการฝึกอบรมเชิงปฏิบัติการเกี่ยวกับการขับร้องในบางส่วนของประเทศ

ดัฟฟี่ทำงานที่มหาวิทยาลัยลิเวอร์พูลโฮปตั้งแต่ปี 2000 ถึง 2015 นอกจากการเป็นอาจารย์สอนดนตรีแล้ว เขายังเป็นหัวหน้าหลักสูตรปริญญาตรีศิลปศาสตรบัณฑิตสาขาศิลปะสร้างสรรค์และการแสดง ดัฟฟี่เกษียณจากตำแหน่งอาจารย์ประจำเต็มเวลาในปี 2008 และดำรงตำแหน่งผู้อำนวยการฝ่ายการแสดงของมหาวิทยาลัย จากนั้นก็ดำรงตำแหน่งผู้อำนวยการวงประสานเสียงของมหาวิทยาลัยต่อไปอีกหลายปี

ในปี 2013 ดัฟฟี่ได้ก่อตั้ง Liverpool Bach Collective ขึ้น^{[ 6 ]}กลุ่มนี้แสดงเพลงแคนตาตาของบาคในช่วงสวดมนต์เย็นวันอาทิตย์ในโบสถ์ต่างๆ รอบเมืองลิเวอร์พูล Bach Collective ประกอบด้วยนักร้อง 8 คนและนักดนตรีประมาณ 10 คน ในช่วงสามปีแรก กลุ่มนี้ได้แสดงเพลงแคนตาตา 29 เพลงในโบสถ์ 19 แห่งที่แตกต่างกัน

ดัฟฟี่เป็นโปรดิวเซอร์และผู้ดำเนินรายการเพลงคลาสสิกรายสัปดาห์ รายการนี้ออกอากาศทางสถานีวิทยุ Radio Cityซึ่งเป็นสถานีวิทยุท้องถิ่นอิสระของลิเวอร์พูลในช่วงเก้าปีแรกของการออกอากาศ^{[ 7 ] [ 8 ] [ 9 ]}