ในเดือนสิงหาคม พ.ศ. 2537 สเตย์นได้รับการแต่งตั้งเป็นเลขาธิการกระทรวงกลาโหมคนแรก ซึ่งเป็นตำแหน่งพลเรือนใหม่ที่อยู่เหนือกระทรวงกลาโหมเขาลาออกในเดือนสิงหาคม พ.ศ. 2541 ^{[ 1 ]}เขากล่าวว่าการลาออกของเขาเกิดจากความไม่โปร่งใสในการบริหารการเงินและการจัดซื้อจัดจ้างที่เกี่ยวข้องกับข้อตกลงอาวุธซึ่งลงนามในปี พ.ศ. 2542 หลังจากที่เขาลาออกไปแล้ว เขาให้การเป็นพยานเกี่ยวกับข้อตกลงดังกล่าวต่อคณะกรรมการจัดซื้อจัดจ้างอาวุธในเดือนพฤษภาคม พ.ศ. 2557 และวิพากษ์วิจารณ์อย่างรุนแรงต่อการกระทำของอดีตรัฐมนตรีว่าการกระทรวงกลาโหมโจ โมดิเซและอดีตหัวหน้าฝ่ายจัดซื้อจัดจ้างของกองทัพแอฟริกาใต้ ชามิน "ชิปปี้" ชาอิก^{[ 3 ] [ 4 ] [ 8 ]}

ในเดือนธันวาคม พ.ศ. 2535 ในสิ่งที่บางครั้งเรียกว่า "คืนแห่งนายพล" ^{[ 12 ]}เดอ เคลร์กได้พบกับสเตย์น และในวันรุ่งขึ้นได้ประกาศว่าสมาชิก SADF จำนวน 23 คนถูกบังคับให้เกษียณหรือถูกระงับการปฏิบัติหน้าที่เพื่อรอการสอบสวนเพิ่มเติม^{[ 7 ] [ 10 ] [ 13 ]}ตามคำบอกเล่าของสเตย์น เขาได้นำเสนอรายงานสถานการณ์เกี่ยวกับการสอบสวนของเขาต่อเดอ เคลร์ก แต่ไม่ได้แนะนำการดำเนินการหรือการไล่ออกใด ๆ โดยเฉพาะ แต่เดอ เคลร์กได้ตัดสินใจเกี่ยวกับการไล่ออกหลังจากปรึกษาหารือกับผู้นำ SADF แล้ว^{[ 7 ]}

สเตย์นได้ส่งรายงานเพิ่มเติมอีกหลายฉบับให้กับเดอ เคลอร์ก ก่อนที่คณะกรรมาธิการปิดตัวลงในเดือนกรกฎาคม พ.ศ. 2536 ^{[ 7 ]}บางประเด็นที่สเตย์นหยิบยกขึ้นมานั้นถูกส่งกลับไปยังคณะกรรมาธิการโกลด์สโตน หรือถูกนำไปพิจารณาโดย คณะ กรรมาธิการความจริงและการปรองดอง^{[ 9 ]}

มีการดำเนินการสอบสวนทางอาญาต่อเจ้าหน้าที่ SADF ที่เกี่ยวข้องตามคำแนะนำของ Steyn ตามที่Georg Meiring หัวหน้า SADF กล่าว การสอบสวนเริ่มต้นในเดือนมกราคม 1993 ภายใต้การดูแลของอัยการสูงสุดแห่ง ทราน ส์วาลและวิทส์วอเตอร์สแรนด์แต่ไม่สามารถพิสูจน์ข้อกล่าวหาของ Steyn ได้^{[ 7 ]}ในที่สุดWouter Bassonหนึ่งในนายพลที่ถูกระงับในเดือนธันวาคม 1992 ^{[ 11 ]}เป็นเจ้าหน้าที่ SADF เพียงคนเดียวที่ต้องเผชิญกับข้อหาทางอาญาสำหรับกิจกรรมที่คณะกรรมการ Steyn สอบสวน^{[ 9 ] [ 14 ]}อันที่จริง Steyn ได้กล่าวไว้ในรายงานฉบับแรกของเขาว่าข้อสงสัยของเขาจะพิสูจน์ได้ยากอย่างแน่ชัด โดยเฉพาะอย่างยิ่งเนื่องจากการทำลายบันทึกและหลักฐานอื่น ๆ โดยเจ้าหน้าที่ SADF ^{[ 10 ] [ 15 ]}

รายงานของคณะกรรมาธิการถูกเปิดเผยบางส่วนในปี 1997 แต่เพิ่งได้รับการเปิดเผยอย่างเป็นทางการในปี 2006 ^{[ 16 ] [ 17 ]}ตามรายงานของMail and Guardianประธานาธิบดีเนลสัน แมนเดลา ได้ตัดสินใจว่าข้อค้นพบนั้น "ร้ายแรง" มากจนการเผยแพร่อาจคุกคามเสถียรภาพของการเปลี่ยนผ่านหลังยุคการแบ่งแยกสีผิว^{[ 18 ]}รายงานแสดงให้เห็นว่าคณะกรรมาธิการพบหลักฐานเบื้องต้นแต่ส่วนใหญ่ยังไม่ได้รับการยืนยันอย่างเพียงพอ ว่าสมาชิก SADF มีส่วนเกี่ยวข้องในเรื่องต่อไปนี้:

• การสังหารนอกกระบวนการยุติธรรม รวมถึงการวางยาพิษ^{[ 11 ] [ 17 ]}
• การโจมตีทางเคมี^{[ 9 ]}
• การสะสมอาวุธในโปรตุเกส ที่อื่นในแอฟริกา และภายในประเทศ^{[ 9 ] [ 17 ]}
• การทุจริต^{[ 9 ] [ 17 ]}
• ความรุนแรงบนรถไฟและความรุนแรงในหอพัก^{[ 17 ]}
• การจัดหาการฝึกอบรมทางทหารให้กับผู้ก่อความไม่สงบในประเทศเพื่อนบ้าน^{[ 17 ]}และให้กับอินคาธา^{[ 9 ]}
• กิจกรรมของกองกำลังที่สามผ่าน "โครงการปาสตูร์" ^{[ 17 ]}

หน่วยงานของกองทัพแอฟริกาใต้ (SADF) ที่มีส่วนเกี่ยวข้องกับกิจกรรมดังกล่าว ได้แก่กองพันแพทย์ที่ 7หน่วยรบพิเศษและหน่วยข่าวกรองทางทหารและกองอำนวยการรวบรวมข้อมูลลับ นอกจากนี้ ยังมีรายงานว่าบางโครงการดำเนินการร่วมกับตำรวจหรือสำนักงานความร่วมมือพลเรือนด้วย