สวนพฤกษศาสตร์แห่งแรกในบรัสเซลส์เป็นของÉcole Centraleแห่งแผนก Dyleซึ่งก่อตั้งขึ้นในช่วงที่ฝรั่งเศสปกครองเบลเยียมในปลายศตวรรษที่ 18 เนื่องจากค่าใช้จ่ายสูง โรงเรียนของฝรั่งเศสเหล่านี้จึงถูกยุบไปในไม่ช้า และเทศบาล บางแห่ง รวมถึงเมืองบรัสเซลส์ได้เข้าดูแลสวนที่กำลังจะถูกทิ้งร้าง ในปี 1815 เบลเยียมได้กลายเป็นส่วนหนึ่งของสหราชอาณาจักรเนเธอร์แลนด์ในช่วงเวลาเดียวกันนั้น ค่าใช้จ่ายในการบำรุงรักษาสวนถูกมองว่าสูงเกินไปโดยฝ่ายบริหารของเมือง ในปี 1826 กลุ่มชนชั้น กลางในท้องถิ่น จึงตัดสินใจสร้างสวนพฤกษศาสตร์รูปแบบใหม่ในบรัสเซลส์ ในขณะนั้นชนชั้นกลางเป็นชนชั้นนำกลุ่มใหม่ และเนื่องจากบริษัทเป็นวิธีการระดมทุนที่ได้รับความนิยม สวนจึงถูกสร้างขึ้นในรูปแบบบริษัท ผู้สร้างคิดว่านี่จะเป็นการมีส่วนร่วมในการสร้างชื่อเสียงให้กับเมือง แม้ว่าจะมีรากฐานมาจากกิจการเอกชน แต่ก็ตั้งใจที่จะเป็นสถาบันระดับชาติที่อุทิศให้กับวิทยาศาสตร์และการศึกษาพฤกษศาสตร์^{[ 2 ]}

ทั้งเมืองบรัสเซลส์และกระทรวงมหาดไทยต่างให้การสนับสนุนทางการเงินแก่สวนพฤกษศาสตร์ อย่างไรก็ตาม การได้รับเอกราชของเบลเยียม (ค.ศ. 1830–31) ส่งผลเสียต่อสถาบันที่ก่อตั้งในเนเธอร์แลนด์แห่งนี้ มันถูกมองว่าเป็นสวนส้มเป็นเพียงสนามเด็กเล่นสำหรับชนชั้นสูงในท้องถิ่น และไม่เป็นประโยชน์ต่อการเกษตรของประเทศ นับจากนั้นเป็นต้นมา สวนแห่งนี้ต้องดิ้นรนเพื่อความอยู่รอด รัฐและเมืองไม่ต้องการสนับสนุนอีกต่อไป เว้นแต่ว่ามันจะพิสูจน์ได้ว่ามีประโยชน์ต่อประเทศโดยรวม ดังนั้นสวนพฤกษศาสตร์จึงจำเป็นต้องพัฒนาธุรกิจเชิงพาณิชย์ มันขายต้นไม้ได้หลายพันต้น และสร้างสถานที่ท่องเที่ยวและกิจกรรมที่ใช้เงินจำนวนมากสำหรับชนชั้นสูงในท้องถิ่น เช่นพิพิธภัณฑ์สัตว์น้ำห้องเต้นรำ งานแสดงสินค้า สถานเพาะเลี้ยงปลา คอนเสิร์ต เป็นต้น ในช่วงทศวรรษ ค.ศ. 1860 อาคารที่เก่าแก่จำเป็นต้องได้รับการปรับปรุง คณะกรรมการของสมาคมพืชสวนพยายามระดมทุน แต่ค่าใช้จ่ายสูงเกินไปสำหรับบริษัท ในปี ค.ศ. 1870 รัฐบาลเบลเยียมจึงเข้าควบคุมบริษัท สวนพฤกษศาสตร์แห่งชาติถูกก่อตั้งขึ้นในปีเดียวกันนั้นเองบาร์เตเลมี ดูมอร์ติเยร์นักการเมืองและนักพฤกษศาสตร์ชาวเบลเยียม มีบทบาทสำคัญในกระบวนการนี้ เขาต้องการให้มีการสร้าง " สวนพฤกษศาสตร์คิว แห่งเบลเยียม " ในเมืองหลวง ซึ่งก็คือสวนพฤกษศาสตร์ที่อุทิศให้กับการจำแนกประเภทพืช นั่นเป็นเหตุผลที่หลายเดือนก่อนที่รัฐจะซื้อสวนแห่งนี้ รัฐบาลได้ซื้อหอ พรรณไม้ ฟอน มาร์ติอุส อันโด่งดัง ซึ่งตั้งอยู่ในมิวนิกดังนั้นในปี 1870 เบลเยียมจึงมีหอพรรณไม้ที่ยอดเยี่ยมและอาคารที่เหมาะสม นี่เป็นการเริ่มต้นยุคใหม่สำหรับพฤกษศาสตร์ของเบลเยียม

ในปี ค.ศ. 1927 หลังจากการสวรรคตของจักรพรรดินีชาร์ลอตต์ ไม่ นาน มีการเสนอให้จัดตั้งสวนพฤกษศาสตร์แห่งชาติขึ้นที่บริเวณบูชูต์ แต่กว่าจะมีการตัดสินใจขั้นสุดท้ายและเริ่มการก่อสร้างครั้งใหญ่ก็ต้องรอจนถึงปี ค.ศ. 1937 ทางทิศตะวันออกเฉียงใต้ของปราสาทบูชูต์ ได้มีการสร้าง "พระราชวังแห่งพืช" ซึ่งประกอบด้วย เรือนกระจกหลายหลัง และทางทิศตะวันตกเฉียงใต้ของปราสาท ก็ได้ มีการสร้างเรือนกระจกบาลาต์ แบบวิคตอเรียนขึ้น เรือนกระจกนี้ได้รับการออกแบบในปี ค.ศ. 1853 โดยสถาปนิกอัลฟองส์ บาลาต์และถูกขนย้ายมาจากที่ตั้งเดิมที่สวนพฤกษศาสตร์แห่งบรัสเซลส์

ในช่วงสงครามโลกครั้งที่สองปราสาทบูชูต์ถูกกองกำลังเยอรมันยึดครองและพื้นที่โดยรอบถูกดัดแปลงเป็นป้อมปราการ มีการสร้างค่ายทหารหกหลังไว้ข้างๆ พระราชวังพืช และมีการสร้างกำแพงคอนกรีตป้องกัน ลานเกียรติยศของปราสาทบูชูต์ถูกใช้เป็นที่เก็บกระสุน ในขณะที่ปืนใหญ่ถูกวางไว้ตามแนวชายแดนของพื้นที่ ทหารเยอรมันกลุ่มสุดท้ายออกจากพื้นที่บูชูต์ในวันที่ 3 กันยายน 1944 เพียงไม่กี่วันต่อมา กองกำลังพันธมิตรก็มาถึง พวกเขาใช้ที่นี่เป็นสถานที่ฝึกซ้อม พร้อมทั้งประจำการยานพาหนะประมาณ 200 คัน ในวันที่ 29 พฤศจิกายน 1944 ระเบิดลูกหนึ่งได้ระเบิดขึ้นทางด้านตะวันตกของอุทยาน ทำให้หน้าต่างของปราสาทบูชูต์พังเสียหาย ระเบิดลูกที่สองระเบิดขึ้นในวันที่ 2 ธันวาคม ที่ปราสาทฮูควอร์สต์ ที่อยู่ใกล้เคียง ทำให้ปราสาทถูกทำลายอย่างสิ้นเชิง

ในบรรดาพันธุ์ไม้ที่เก่าแก่ที่สุดของสวนคือต้นไซแคดยักษ์แห่งแหลมตะวันออก ( Encephalartos altensteinii ) ซึ่งคาดว่ามีอายุราว 300 ปี ซึ่งเดิมทีถูกนำมายังยุโรปในฐานะหินถ่วง เรือ เพื่อเป็นการปรับปรุงโครงสร้างให้ทันสมัยเพื่อรับมือกับความท้าทายทางวิทยาศาสตร์ในอนาคต เรือนกระจกเก่าแก่ในศตวรรษที่ 20 ที่ทรุดโทรมซึ่งเป็นที่อยู่ของต้นไซแคดโบราณนี้จึงมีกำหนดที่จะถูกรื้อถอน แต่ต้นไม้เองจะได้รับการอนุรักษ์ไว้ในที่เดิม^{[ 3 ]}