พอร์ตเจฟเฟอร์สันเป็นสถานีปลายทางของสายพอร์ตเจฟเฟอร์สันของรถไฟลองไอส์แลนด์เรลโรด ตั้งอยู่ ในสถานีพอร์ตเจฟเฟอร์สัน รัฐนิวยอร์กสถานีตั้งอยู่บนถนนสาย 25A ของรัฐนิวยอร์ก (ถนนเมน) ทางด้านเหนือของรางรถไฟ แต่สามารถเข้าถึงได้จากถนนโอ๊คแลนด์ รวมถึงถนนเรลโรดและถนนยูเนียนทางด้านใต้ของรางรถไฟด้วย รถไฟที่ให้บริการทั้งหมดเป็นรถไฟดีเซลเท่านั้น และรถไฟส่วนใหญ่ในช่วงนอกเวลาเร่งด่วนจะเป็นรถไฟชัตเติลที่ต้องเปลี่ยนไปขึ้นรถไฟไฟฟ้าที่สถานีฮันติงตัน

สถานีนี้ยังให้บริการ รถโดยสารประจำทาง ของ Suffolk County Transitและบางครั้งก็ให้บริการรถโดยสารประจำทางท้องถิ่นของหมู่บ้าน Port Jefferson ด้วย รถโดยสารประจำทางของ Suffolk County Transit สาย 51 คันหนึ่งจะวิ่งไปยังท่าเรือเฟอร์รี่ Bridgeport & Port Jeffersonซึ่งอยู่ห่างไปทางเหนือประมาณ 1 ไมล์ โดยให้บริการไปยังเมือง Bridgeport รัฐคอนเนตทิคัตด้วยเหตุนี้ป้ายชื่อสถานีบางป้ายจึงอยู่ติดกับป้าย "Bridgeport Ferries"

สถานีพอร์ตเจฟเฟอร์สันเปิดให้บริการครั้งแรกเมื่อวันที่ 13 มกราคม พ.ศ. 2416 โดยทางรถไฟสมิธทาวน์และพอร์ตเจฟเฟอร์สัน^{[ 3 ]}แต่^{ถูกไฟ}ไหม้เมื่อวันที่ 1 กุมภาพันธ์ พ.ศ. 2417 สถานีที่สองสร้างเสร็จในเดือนมิถุนายน พ.ศ. 2418 ในปี พ.ศ. 2438 สาขาพอร์ตเจฟเฟอร์สันได้ขยายไปยังเวดิงริเวอร์สถานีพอร์ตเจฟเฟอร์สันแห่งที่สองปิดทำการในปี พ.ศ. 2446 และถูกใช้เป็นอาคารลานจอดรถ ในขณะที่สถานีที่สามถูกสร้างขึ้นฝั่งตรงข้ามถนนเมน ออกแบบโดยPetit & Greenและได้รับทุนสนับสนุนจากชาวบ้านในหมู่บ้านเบลล์แตร์ ที่อยู่ใกล้เคียง เปิดให้บริการเมื่อวันที่ 29 กรกฎาคม พ.ศ. 2446 ^{[ 5 ]}สถานีพอร์ตเจฟเฟอร์สันกลับมาเป็นสถานีปลายทางของเส้นทางอีกครั้งเมื่อวันที่ 9 ตุลาคม พ.ศ. 2481 เมื่อเส้นทางถูกยกเลิกระหว่างพอร์ตเจฟเฟอร์สันและเวดิงริเวอร์ อาคาร "ลานจอดรถไฟ" ถูกทิ้งร้างในเดือนเมษายน ปี 1963 สถานีได้รับการปรับปรุงใหม่ในปี 1968 แต่ได้รับการบูรณะอีกครั้งในปี 2001 โดยยึดตามแบบเดิมที่สร้างไว้ในปี 1903 พอร์ตเจฟเฟอร์สันอยู่ห่าง จากสถานีเพนน์ 59.4 ไมล์ (95.6 กิโลเมตร)และใช้เวลาเดินทางแตกต่างกันไปตั้งแต่ 1 ชั่วโมง 40 นาที ถึง 2 ชั่วโมง ขึ้นอยู่กับว่าต้องเปลี่ยนไปขึ้นรถไฟฟ้าเพื่อไปยังตัวเมืองหรือไม่ 

ในปี 2019 LIRR ได้ทำการปรับปรุงอาคารสถานีครั้งใหญ่ โดยบูรณะให้กลับมามีรูปลักษณ์แบบดั้งเดิมในช่วงต้นศตวรรษที่ 20 นอกจากนี้ยังมีการติดตั้งป้ายใหม่งานศิลปะในสถานีและทางเดินปูอิฐอีกด้วย^{[ 6 ]}ในเดือนมิถุนายน 2022 ได้มีการสร้าง เส้นทางรถไฟสำหรับปั่นจักรยาน วิ่ง และเดินเล่นทางด้านตะวันออกของสถานี^{[ 7 ]}

สถานีนี้มี ชานชาลาด้านข้างระดับสูงยาว 10 โบกี้ ตั้ง อยู่ทางทิศเหนือของรางรถไฟ ทางด้านตะวันออกของสถานีเป็นลานจอดรถไฟพอร์ตเจฟเฟอร์สัน ซึ่งมีรางสำหรับจอดเก็บรถไฟเพิ่มเติม

เอ็ม	ชั้นลอย	ทางแยกเชื่อมระหว่างชานชาลาและถนนรถไฟ
ระดับแพลตฟอร์มP	แพลตฟอร์มด้านข้าง
	แทร็ก1	← สาย Port Jefferson Branchมุ่งหน้าไปยังHuntington , Hunterspoint Avenue , Jamaica , Long Island CityหรือPenn Station ( Stony Brook )
	แทร็ก2	← แทร็กการจัดเก็บ →
	แทร็ก3	← แทร็กการจัดเก็บ →
	แทร็กที่4	← แทร็กการจัดเก็บ →
	ระดับพื้นดิน	ทางออก/ทางเข้าสู่ถนนโอ๊คแลนด์และที่จอดรถ

• สถานีรถไฟ LIRR พอร์ตเจฟเฟอร์สัน
• 
  ลานจอดรถและอาคารสถานีรถไฟ ดังที่เห็นในภาพเมื่อปี 1999
• 
  ภาพสถานีในปี 2007 หลังจากโครงการบูรณะในปี 2001
• 
  ป้ายหนึ่งในสถานีนี้เป็นส่วนเสริมของป้ายชื่อสถานี โดยแสดงเส้นทางเชื่อมต่อกับเรือเฟอร์รี่ไปยังบริดจ์พอร์ต

• พอร์ตเจฟเฟอร์สัน – LIRR
• ตารางเวลาเดินรถไฟ LIRR พอร์ตเจฟเฟอร์สัน
• ภาพถ่ายสถานีรถไฟพอร์ตเจฟเฟอร์สันเก่า (นิวส์เดย์)
• เว็บไซต์เรือเฟอร์รี่บริดจ์พอร์ต-พอร์ตเจฟเฟอร์สัน
• TrainsAreFun.com
  • บันทึกความทรงจำเกี่ยวกับการขนส่งสินค้าทางรถไฟสายพอร์ตเจฟเฟอร์สันของ LIRR ในช่วงปี 1948-1951 โดย ปีเตอร์ บอยแลน (26 สิงหาคม 2545)
  • ตู้สินค้า Erie-Lackawanna ที่สถานี Port Jefferson (1978)
  • รถไฟขบวนที่ 161 กำลังจะข้ามถนนเมนสตรีท (สิงหาคม 1979)
• ระบบเชื่อมต่อเจฟฟ์ (LIRR ในปัจจุบัน)
• สถานีจากถนนสายหลัก จาก Google Maps Street View