Scott และมือกีตาร์ชื่อ Allan McConnell ได้ก่อตั้งวงดนตรีชื่อ The Bootlegs ซึ่งต่อมาได้เปลี่ยนชื่อเป็น Another Pretty Face ในปี 1978 เมื่อ Caldwell และเพื่อนอีกสองคนเข้าร่วม เพื่อนๆ ได้สร้างค่ายเพลง ของตัวเอง ชื่อ New Pleasures “ได้รับการสนับสนุนทางการเงินจาก Z ที่มีชื่อลึกลับ” ^{[ 5 ]}และเริ่มปล่อยซิงเกิลของ Another Pretty Face วงดนตรีประสบความสำเร็จในระดับหนึ่งกับซิงเกิลแรก “All the Boys Love Carrie” / “That's Not Enough” เมื่อNew Musical Expressยกให้เป็น “Single of the Week” วงดนตรีได้เซ็นสัญญากับVirgin Recordsได้รับการนำเสนอบนปกนิตยสาร Soundsและออกทัวร์ร่วมกับStiff Little Fingersหลังจากได้รับเทปเดโมจาก Another Pretty Face แล้ว Virgin ก็ได้ปล่อยตัววงดนตรีหลังจากเซ็นสัญญาได้สี่เดือนNikki Suddenผู้ซึ่งเคยสัมภาษณ์ Another Pretty Face ในเอดินบะระให้กับนิตยสาร ZigZagยืนยันว่า “ผลงานของ APF ยังคงเป็นผลงานที่ดีที่สุดของ Mike Scott” ^{[ 8 ]}

ในช่วงปี 1980 ถึง 1982 สก็อตต์ได้ทำงานร่วมกับ Sudden เป็นครั้งคราว นอกเหนือจากโครงการอื่นๆ Another Pretty Face ยังคงปล่อยเพลงออกมาเรื่อยๆ และได้บันทึกPeel Sessionเมื่อวันที่ 18 กุมภาพันธ์ 1981 ในที่สุดวงดนตรีก็ได้รับความสนใจจาก Nigel Grainge ผู้ก่อตั้งEnsign Records Grainge เซ็นสัญญากับ Another Pretty Face และวงดนตรีก็ย้ายไปลอนดอน เปลี่ยนชื่อเป็น Funhouse (ซึ่งมาจากชื่ออัลบั้มFun House ของ The Stooges ) สก็อตต์เริ่มไม่พอใจกับวงดนตรี เขาอธิบายเสียงของ Funhouse ในภายหลังว่า "คล้ายกับเครื่องบินจัมโบ้เจ็ตที่บินด้วยเครื่องยนต์เพียงเครื่องเดียว" ^{[ 5 ]}สก็อตต์เริ่มทำงานเพลงและบันทึกเสียงเดี่ยว ซึ่งเป็นการตัดสินใจที่นำไปสู่การก่อตั้ง The Waterboys การบันทึกเสียงที่ Redshop Studios ในเดือนธันวาคม 1981 เป็นจุดเริ่มต้นของอัลบั้มแรกของ The Waterboys ที่ชื่อว่าThe Waterboys

สมาชิกของวง The Waterboys มีการเปลี่ยนแปลงอย่างมากตลอดระยะเวลาการก่อตั้งวงAnthony Thistlethwaite , Karl Wallinger , Kevin WilkinsonและSteve Wickhamต่างก็มีส่วนร่วมสำคัญ แต่ Scott อธิบายว่าวงนี้เป็นโครงการของเขาเอง “[สำหรับผม] ไม่มีอะไรแตกต่างกันระหว่าง Mike Scott กับ The Waterboys ทั้งสองอย่างมีความหมายเหมือนกัน หมายถึงตัวผมเองและเพื่อนร่วมเดินทางทางดนตรีของผมในปัจจุบัน” ^{[ 9 ]}ผลงานแรกของ The Waterboys คือซิงเกิล “A Girl Called Johnny” ในเดือนมีนาคม พ.ศ. 2526 อัลบั้มแรกออกวางจำหน่ายในเดือนมิถุนายนปีเดียวกัน นอกจากThe Waterboys แล้ว อัลบั้มอีกสองอัลบั้มถัดมาคือA Pagan PlaceและThis Is the Seaซึ่งวางจำหน่ายในปี พ.ศ. 2527 และ พ.ศ. 2528 ประกอบด้วยเพลงส่วนใหญ่ที่เขียนโดย Scott และรวมกันเป็นช่วง “Big Music” ของวง หลังจากการเพิ่มนักไวโอลินSteve Wickham อย่างเป็นทางการ และการย้ายไปไอร์แลนด์ อัลบั้มสองชุดถัดมาFisherman's Blues (1988) และRoom to Roam (1990) กลับกลายเป็นเพลงโฟล์คที่ได้รับแรงบันดาลใจจากดนตรีเซลติก [ ^{10 ]}ซึ่งมีเสียงคล้ายกับวง We Free Kings ซึ่งเป็นวงที่ Scott และ Wickham เคยแสดงร่วมกันในปี 1986 ^{[ 11 ] สไตล์}ดนตรีของ Scott เปลี่ยนไปอีกครั้งเป็นแนวเพลงที่เน้นกีตาร์มากขึ้น เมื่อเขาบันทึกอัลบั้มDream Harder ในปี 1993 ภายใต้ชื่อ The Waterboys แต่ไม่มีสมาชิกคนอื่น ๆ อัลบั้มนี้กลับมาใช้แนวเพลง "Big Music" อีกครั้ง แต่เป็นอัลบั้มสุดท้ายที่ออกภายใต้ชื่อวงจนถึงปี 2000 วงได้ยุบวงเนื่องจากปัญหาเรื่องบุคลากรและความปรารถนาของ Wickham ที่ต้องการคงไว้ซึ่ง แนว เพลง โฟล์คร็อก หรือเพลงโฟล์ค ล้วน ๆ ^{[ 12 ]}หลังจากอัลบั้มเดี่ยวของ Mike Scott สองชุดA Rock in the Weary Landก็ถูกปล่อยออกมาภายใต้ชื่อ The Waterboys ซึ่งแสดงให้เห็นถึงสไตล์ดนตรีอีกแบบหนึ่งที่ Scott เรียกว่า "Sonic rock" ^{[ 9 ]} Universal Hallในปี 2002 เป็นการกลับมาสู่ แนวเพลง โฟล์กร็อกตามมาด้วยKarma to Burnที่วางจำหน่ายในปี 2005 ซึ่งเป็นอัลบั้มแสดงสดอย่างเป็นทางการชุดแรกของวงBook of Lightningที่วางจำหน่ายในปี 2007 และAn Appointment With Mr Yeatsที่วางจำหน่ายในปี 2011

นอกจากอัลบั้มที่เขาปล่อยออกมากับวง The Waterboys แล้ว สก็อตต์ยังปล่อยอัลบั้มเดี่ยวอีกสองอัลบั้มในช่วงทศวรรษ 1990 อัลบั้มแรกคือBring 'Em All In (1995) ซึ่งบันทึกเสียงที่Findhorn Foundationทางตอนเหนือของสกอตแลนด์ โดยไมค์ สก็อตต์เล่นเครื่องดนตรีทุกชิ้นด้วยตัวเอง นักดนตรีและนักเขียนแดเนียล เลวิตินปิดท้ายหนังสือของเขาในปี 2009 เรื่องThe World in Six Songsด้วยการกล่าวถึงเพลง " Bring 'Em All In " อย่างละเอียด โดยยกย่องว่าเป็น "หนึ่งในเพลงรักที่ยิ่งใหญ่ที่สุดเท่าที่เคยเขียนมา"

สำหรับอัลบั้มเดี่ยวชุดที่สองของเขาStill Burning (1997) สก็อตต์ได้รวบรวมกลุ่มนักดนตรีรับจ้าง รวมถึงPino PalladinoและJim Keltner โดยมี Ian McNabbอดีตนักร้องนำวงIcicle Works มาร่วมเป็นแขกรับเชิญ เพลงจากทั้งสองอัลบั้มปรากฏอยู่ใน อัลบั้มรวมเพลงThe Whole of the Moon: The Music of Mike Scott and the Waterboys ในปี 1998 ร่วมกับเพลงจากวง The Waterboys

อัลบั้มเดี่ยวของสก็อตได้รับการตอบรับที่ดีจากนักวิจารณ์ แต่ยอดขายลดลงอย่างมากเมื่อเทียบกับผลงานในนามวง Waterboys หลังจากความล้มเหลวทางด้านการค้าของอัลบั้มStill Burningในปี 1997 สก็อตถูกค่ายChrysalis Records ยกเลิก สัญญา และเขาตัดสินใจที่จะนำชื่อวง Waterboys กลับมาใช้ใหม่เพื่อเข้าถึงตลาดที่กว้างขึ้น ซึ่งกระบวนการนี้ได้อธิบายไว้โดยละเอียดในหนังสืออัตชีวประวัติของเขา

สก็อตต์ก่อตั้งค่ายเพลงของตัวเองในปี 2003 ชื่อ Puck Records ซึ่งเป็นค่ายที่ออกอัลบั้มUniversal Hall ของวง The Waterboys ต่อมา ในปี 2005 ค่าย Puck Records ก็ได้ออกอัลบั้ม Karma to Burnซึ่งประกอบด้วยเพลงจากผลงานเดี่ยวของสก็อตต์ที่วง The Waterboys ในขณะนั้นเคยเล่นไว้ด้วย

หลังจากใช้เวลาเตรียมการมาหลายปี สก็อตต์ก็ได้จัดแสดงโชว์An Appointment with Mr. Yeatsซึ่งเปิดตัวครั้งแรกในดับลิน ณโรงละคร Abbey Theatre ของเยตส์เอง ในการแสดง สก็อตต์ได้ร่วมงานกับสตีฟ วิคแฮมและนักดนตรีคนอื่นๆ และบทกวีของดับเบิลยู บี เยตส์ก็ถูกนำมาใส่ทำนองเพลงโดยสก็อตต์ การแสดงจัดขึ้นระหว่างวันที่ 15 ถึง 20 มีนาคม 2010

• นำพวกมันทั้งหมดเข้ามา (1995)
• สิงโตแห่งรัก (วางจำหน่ายเฉพาะสมาชิกแฟนคลับ)
• ดอกทานตะวัน (วางจำหน่ายเฉพาะสมาชิกแฟนคลับ)
• ยังคงลุกไหม้ (1997)
• The Whole of the Moon: The Music of Mike Scott and the Waterboys (1998) (รวมเพลงฮิต)

• " นำพวกมันเข้ามาให้หมด " (1995)
• " การสร้างเมืองแห่งแสงสว่าง " (1995)
• " รักยังไงก็เถอะ " (1997)
• " หายาก ล้ำค่า และหายไปแล้ว " (1998)

• "Death in Venice" b/w "Mafia" และบทนำของ "Goodbye 1970s" (1979) (7")

• "Out of Control" (1981) bw "This Could Be Hell" (12"; หายากกว่า 7")