ในชีววิทยาโมเลกุลตำแหน่งการตัดหรือตำแหน่งการจดจำการตัดคือบริเวณของ โมเลกุล DNAที่มีลำดับนิวคลีโอไท ด์ที่เฉพาะเจาะจง ( ความยาว 4-8 คู่เบส^{[ 1 ]} ) ซึ่ง เอนไซม์ตัดจำเพาะจะจดจำและตัด DNA ที่ตำแหน่งนั้นหรือใกล้เคียง โดยทั่วไปแล้วลำดับเหล่านี้จะเป็นลำดับพาลินโดรม^{[ 2 ]} (เนื่องจากเอนไซม์ตัดจำเพาะมักจะจับกันเป็นโฮโมไดเมอร์ ) และเอนไซม์ตัดจำเพาะชนิดหนึ่งอาจตัดลำดับระหว่างนิวคลีโอไทด์สองตัวภายในตำแหน่งการจดจำ หรือบริเวณใกล้เคียง

ตัวอย่างเช่น เอนไซม์จำกัดEcoRI ทั่วไป จะจดจำลำดับพาลินโดรม GAATTC และตัดระหว่าง G และ A บนทั้งสายบนและสายล่าง ทำให้เกิดส่วนที่ยื่นออกมา (ส่วนปลายของ สาย DNAที่ไม่มีคู่สมติดอยู่) ที่เรียกว่าปลายเหนียว^{[ 2 ]}ที่ปลายแต่ละด้านของ AATT (AATTC เช่น TTAAC) จากนั้นสามารถใช้ส่วนที่ยื่นออกมานี้เพื่อเชื่อมต่อ (ดูDNA ligase ) ชิ้นส่วนของ DNA ที่มีส่วนยื่นที่เสริมกัน (เช่น ชิ้นส่วนที่ถูกตัดโดย EcoRI อีกชิ้นหนึ่ง)

เอนไซม์จำกัดบางชนิดตัด DNA ที่ไซต์จำกัดในลักษณะที่ไม่เหลือส่วนที่ยื่นออกมา เรียกว่าปลายทู่^{[ 2 ]}ปลายทู่มีโอกาสน้อยมากที่จะถูกเชื่อมต่อโดย DNA ligase เนื่องจากปลายทู่ไม่มีคู่เบสที่ยื่นออกมาซึ่งเอนไซม์สามารถจดจำและจับคู่กับคู่ที่เสริมกันได้^{[ 3 ]}อย่างไรก็ตาม ปลายเหนียวของ DNA มีแนวโน้มที่จะจับกับ DNA ligase ได้สำเร็จมากกว่าเนื่องจากมีนิวคลีโอไทด์ที่เปิดเผยและไม่มีคู่กัน ตัวอย่างเช่น ปลายเหนียวที่ลงท้ายด้วย AATTG มีแนวโน้มที่จะจับกับ ligase ได้มากกว่าปลายทู่ที่ทั้งสาย DNA 5' และ 3' จับคู่กัน ในกรณีตัวอย่าง AATTG จะมีคู่ที่เสริมกันคือ TTAAC ซึ่งจะลดการทำงานของเอนไซม์ DNA ligase ^{[ 4 ]}

ตำแหน่งตัดจำเพาะของเอนไซม์ตัดจำเพาะสามารถนำไปใช้ประโยชน์ได้หลายอย่างในชีววิทยาระดับโมเลกุล เช่น การระบุความแตกต่างของความยาวชิ้นส่วนดีเอ็นเอที่ได้จากการตัดด้วยเอนไซม์ตัดจำเพาะ ( RFLPs ) นอกจากนี้ ตำแหน่งตัดจำเพาะยังเป็นสิ่งสำคัญที่ควรคำนึงถึงเมื่อออกแบบพลาสมิดด้วย

มีฐานข้อมูลหลายแห่งสำหรับไซต์จำกัดและเอนไซม์ ซึ่งฐานข้อมูลที่ไม่ใช่เชิงพาณิชย์ที่ใหญ่ที่สุดคือ REBASE ^{[ 5 ] [ 6 ]}เมื่อเร็วๆ นี้ ได้มีการแสดงให้เห็นว่านัลโลเมอร์ ที่มีนัยสำคัญทางสถิติ (เช่น มอติฟที่ขาดหายไปสั้นๆ ซึ่งคาดว่าจะมีอยู่สูง) ในจีโนมของไวรัสเป็นไซต์จำกัด ซึ่งบ่งชี้ว่าไวรัสอาจกำจัดมอติฟเหล่านี้เพื่ออำนวยความสะดวกในการบุกรุกโฮสต์แบคทีเรีย^{[ 7 ]}ฐานข้อมูลนัลโลเมอร์ประกอบด้วยแคตตาล็อกที่ครอบคลุมของมอติฟที่ขาดหายไปขั้นต่ำ ซึ่งหลายรายการอาจเป็นมอติฟจำกัดที่ยังไม่เป็นที่รู้จัก

• รายการตำแหน่งการตัดของเอนไซม์จำกัด