ในปี ค.ศ. 1533 เลย์ตันได้กลายมาเป็นตัวแทนของการปฏิรูปศาสนาภายใต้การนำของโธมัส ครอมเว ลล์ ใน เดือนธันวาคมปีนั้น เขาได้เดินทางไปยังอารามไซออนสองปีต่อมา เขาได้มีบทบาทสำคัญในการสอบสวนโธมัส มอร์และจอห์น ฟิชเชอร์ในเดือนกรกฎาคม ค.ศ. 1535 หลังจากที่มอร์ถูกประหารชีวิต เลย์ตันได้เดินทางไปยังมหาวิทยาลัยออกซ์ฟอร์ดพร้อมกับจอห์น อัป ไรซ์ชาวเวลส์ เพื่อตรวจสอบสถาบันแห่งนั้น พวกเขาอยู่ที่นั่นสองสามสัปดาห์และกลับมาอีกครั้งในเดือนกันยายนเป็นเวลาหลายวัน ซึ่งในเวลานั้นพวกเขาได้ริเริ่มการเปลี่ยนแปลงในลำดับการศึกษาและระเบียบวินัยของมหาวิทยาลัย พวกเขาก่อตั้งตำแหน่งอาจารย์ใหม่ เลย์ตันและไรซ์เห็นด้วยกับการเรียนรู้รูปแบบใหม่ที่หยั่งรากในออกซ์ฟอร์ด และไม่ชอบรูปแบบการศึกษาแบบดั้งเดิมที่เรียกว่าปรัชญาสกอลัสติซิสซึม

เลย์ตันเขียนถึงครอมเวลล์ว่า 'เราได้ส่งดันซ์ [ดันส์ สก็อตัส] ไปอยู่ที่โบคาร์โดแล้ว และเนรเทศเขาออกจากอ็อกซ์ฟอร์ดไปตลอดกาล พร้อมกับคำอธิบายที่งุนงงทั้งหมดของเขา และตอนนี้เขากลายเป็นคนรับใช้ทั่วไปของทุกคน ถูกตรึงไว้บนเสาในบ้านพักอาศัยสาธารณะทุกหลัง: id quod oculis meis vidi'(ฉันเห็นมันด้วยตาตัวเอง)

ในช่วงต้นปี ค.ศ. 1535 พระเจ้าเฮนรีที่ 8 ทรงมีพระราชดำริให้สำรวจการเงินของศาสนจักร โดยใช้ชื่อว่าValor Ecclesiasticus (ภาษาละติน: "การประเมินมูลค่าศาสนจักร") เริ่มตั้งแต่เดือนมกราคม คณะกรรมการที่ได้รับการแต่งตั้งจากรัฐบาลได้รวบรวมข้อมูลสำคัญเกี่ยวกับสถานะทางการเงินของสถาบันทางศาสนาเกือบทั้งหมดในราชอาณาจักร คณะกรรมการได้ตรวจสอบเอกสารและสมุดบัญชีของศาสนจักร และรายงานผลการตรวจสอบต่อพระมหากษัตริย์

เลย์ตันและโทมัส เลห์ ได้เดินทางไปเยี่ยมชมอารามหลายแห่ง เริ่มตั้งแต่วันที่ 1 สิงหาคม ค.ศ. 1535 การเยี่ยมชมของพวกเขาเริ่มต้นที่อารามอีฟแชมและต่อด้วยบาธ (7 สิงหาคม) และทางตะวันตก ในตอนแรก เลห์พบว่าเลย์ตันค่อนข้างผ่อนปรน แต่เขากลับเข้มงวดมากขึ้นในการบริหารจัดการคำสาบานแห่งอำนาจสูงสุดของกษัตริย์ เขาเดินทางต่อไปยังอารามบรูตัน อารามกลาสตันเบอรี (ซึ่งเขาได้ส่งตัวอย่างหนามกลาสตันเบอรีอันเลื่องชื่อไปยังโทมัส ครอมเวลล์^{[ 2 ]} ) และบริสตอล กลับไปยังออกซ์ฟอร์ด (12 กันยายน) ในวันที่ 26 กันยายน ค.ศ. 1535 เขาอยู่ที่เวฟเวอร์ลีย์ในซัสเซ็กซ์ และเดินทางต่อไปยังชิเชสเตอร์ อารันเดล ลูอิส และแบทเทิล และเข้าสู่เคนต์ ไปถึงอัลลิงบอร์นในวันที่ 1 ตุลาคม ในวันที่ 23 ตุลาคม เขาอยู่ที่แคนเทอร์เบอรี และเกือบถูกไฟไหม้เสียชีวิตที่อารามเซนต์ออกัสติน

หลังจากกลับไปยังที่พักของเขาในPaternoster Rowเขาได้รับคำสั่งตามคำขอของเขาเอง ให้ไปเยี่ยมเยียนสำนักสงฆ์ทางเหนือ ระหว่างทางเขาได้ไปเยี่ยมชมอารามต่างๆ ใน​​Bedfordshire , Northamptonshire และLeicestershireเขาได้รวบรวมคำสารภาพบาปทุกประเภท ในขณะเดียวกันก็ร่ำรวยขึ้นเรื่อยๆ เมื่อวันที่ 22 ธันวาคม ค.ศ. 1535 เขาได้พบกับ Legh ที่Lichfieldเดินทางถึง York ในวันที่ 11 มกราคม และดำเนินการเยี่ยมเยียนสำนักสงฆ์ใน Yorkshire ต่อไป หลังจากนั้น Layton ได้เดินทางผ่านNorthumberland และกลับมายัง ลอนดอนโดยผ่านทางChester

รายงานของเลย์ตันและพรรคพวก ซึ่งถูกส่งพร้อมกับเอกสารอื่น ๆ ที่คล้ายคลึงกันไปยังรัฐสภาที่ประชุมเมื่อวันที่ 4 กุมภาพันธ์ ค.ศ. 1536 ได้ตัดสินชะตากรรมของสภาเล็ก ๆ การลงโทษเลย์ตันเป็นหนึ่งในข้อเรียกร้องของการจาริกแสวงบุญแห่งพระคุณ (Pilgrimage of Grace )

ในเดือนพฤษภาคม ค.ศ. 1536 เลย์ตันได้เข้าร่วมในการพิจารณาคดีของแอนน์ โบเลย์นตลอดฤดูใบไม้ร่วง เขาได้ช่วยเหลือในการปราบปรามกบฏทางเหนือ และเมื่อการก่อจลาจลสิ้นสุดลง เขาได้ทำหน้าที่เป็นกรรมการรับฟังคำสารภาพ ตั้งแต่เดือนธันวาคม ค.ศ. 1536 จนถึงสิ้นเดือนเมษายน ค.ศ. 1537 เขาได้ทำหน้าที่พิจารณาคดีนักโทษ ในวันที่ 24 มีนาคม ค.ศ. 1537 เขาและสตาร์คีย์ได้รับหมายเรียกจากพระมหากษัตริย์ให้ไปหารือกับบรรดาบิชอปในวันรุ่งขึ้น (วันอาทิตย์ใบบัว) เกี่ยวกับประเด็นทางศาสนศาสตร์

เลย์ตันกลายเป็นบุคคลสำคัญในการกำจัดศาสนสถานแบบดั้งเดิม โดยเริ่มตั้งแต่ปี 1537 เป็นต้นมา

ในปี ค.ศ. 1534 รัฐสภาได้ออกกฎหมายแต่งตั้งพระเจ้าเฮนรีที่ 8 เป็นประมุขสูงสุดของศาสนจักร การกระทำครั้งสำคัญแรกของพระองค์คือการมุ่งเป้าไปที่สำนักสงฆ์ทั่วราชอาณาจักร เริ่มตั้งแต่ปี ค.ศ. 1536 และทวีความเข้มข้นขึ้นในปี ค.ศ. 1539 พระองค์ทรงยุบอาราม สำนักสงฆ์ คอนแวนต์ และสำนักนักบวชในอังกฤษ เวลส์ และไอร์แลนด์ พระองค์ทรงยึดรายได้ จัดการทรัพย์สิน และจัดสรรเงินให้แก่สมาชิกเดิมและหน้าที่ต่างๆ ผ่านกระบวนการทางปกครองและกฎหมายที่เรียกว่า การยุบอาราม

ในฐานะหัวหน้าคณะกรรมาธิการแห่งการยุบอาราม เลย์ตันมีหน้าที่รับผิดชอบในภาคตะวันออกและภาคใต้ของอังกฤษ จัดการการยอมจำนนของอารามต่างๆ เขาขอให้โทมัส ไรออธสลีย์แนะนำเขาให้ดำรงตำแหน่งนายทะเบียนแห่งเครื่องราชอิสริยาภรณ์การ์เตอร์เมื่อวันที่ 19 กรกฎาคม ค.ศ. 1537 และในวันที่ 21 กรกฎาคม ค.ศ. 1537 เขาได้รับการแต่งตั้งให้ดำรงตำแหน่งเจ้าอาวาสแห่งแฮร์โรว์-ออน-เดอะ-ฮิลล์ซึ่งงานอดิเรกของเขาคือการล่าเหยี่ยวและการปลูกลูกแพร์

เลย์ตันได้รับการแต่งตั้งให้ดำรงตำแหน่งพระสังฆราชแห่งอุลเลสเคลฟที่ยอร์กเมื่อวันที่ 20 มิถุนายน ค.ศ. 1539 และหนึ่งเดือนต่อมาก็ได้รับการแต่งตั้งให้ดำรงตำแหน่งคณบดีแห่งยอร์ก ในตำแหน่งใหม่ของเขา เขาได้อนุมัติให้ทำลายแท่นบูชาเงินของนักบุญวิลเลียม

ในเดือนกันยายน ค.ศ. 1539 เขาได้เดินทางไปเยือนอารามกลาสตันเบอรีโดยไม่แจ้งล่วงหน้า พร้อมด้วยเจ้าหน้าที่อีกสองคนคือ ริชาร์ด พอลลาร์ด และโทมัส มอยล์คณะกรรมาธิการทั้งสามคนมาเพื่อสอบสวนเจ้าอาวาสริชาร์ด ไวติงอย่างไรก็ตาม เลย์ตันและคนอื่นๆ ถูกบังคับให้จับกุมไวติง ซึ่งขณะนั้นมีอายุมากแล้ว หลังจากที่เจ้าอาวาสขัดขืนอำนาจของพวกเขา ไวติงถูกประหารชีวิตในฐานะกบฏในช่วงกลางเดือนพฤศจิกายน

ในปีเดียวกันนั้น เลย์ตันได้วิงวอนขอให้มีการดำรงอยู่ของสถานศักดิ์สิทธิ์ที่บิวลีย์ต่อ ไป