ฟอยส์เข้ามารับตำแหน่งในสังฆมณฑลโควิงตันในช่วงที่มีการฟ้องร้องดำเนินคดีแบบกลุ่มเกี่ยวกับการล่วงละเมิดทางเพศเด็กโดยพนักงานของสังฆมณฑลกว่า 80 คน ซึ่งรวมถึงบาทหลวงด้วย^{[ 3 ]}การฟ้องร้องดังกล่าวเกิดขึ้นหนึ่งวันก่อนที่ฟอยส์จะได้รับการแต่งตั้งเป็นบิชอป เดิมทีมีการเรียกร้องค่าเสียหาย 50 ล้านดอลลาร์^{[ 4 ]}แต่จำนวนเงินก็เพิ่มขึ้นเรื่อยๆ ในระหว่างการดำเนินคดีหลายปี ฟอยส์ให้คำมั่นว่าจะพบกับเหยื่อผู้ถูกล่วงละเมิดทุกคนที่ยินดีจะพบ โดยกล่าวว่า

“ผู้ที่ได้รับความเสียหายจากการกระทำที่น่าละอายและน่ารังเกียจเหล่านี้ บัดนี้ต้องการคริสตจักรที่เป็นสถาบัน และที่สำคัญยิ่งกว่านั้นคือคริสตจักรที่เป็นผู้ดูแล เพื่อมอบความสบายใจและความสงบสุขให้มากที่สุดเท่าที่จะเป็นไปได้ หัวใจของเราต้องเปิดกว้างอยู่เสมอ เหมือนหัวใจของพระคริสต์” ^{[ 5 ]}

ในที่สุด ฟอยส์ได้พบกับเหยื่อผู้ถูกล่วงละเมิดกว่า 70 รายด้วยตนเอง และตกลงที่จะสร้างระบบการจ่ายเงินชดเชย โดยที่เหยื่อผู้ถูกล่วงละเมิดระหว่างปี 1948 ถึง 1998 จะได้รับการชดเชยโดยไม่ต้องผ่านกระบวนการพิจารณาคดีการจ่ายเงินชดเชยครั้งนี้ทำให้สังฆมณฑลต้องเสียค่าใช้จ่ายไป 120 ล้านดอลลาร์ เหยื่อแต่ละรายได้รับเงินระหว่าง 5,000 ถึง 450,000 ดอลลาร์ ขึ้นอยู่กับความรุนแรงของคดี ฟอยส์กล่าวว่า:

“แม้ว่าเงินจำนวนใดก็ไม่สามารถชดเชยความโหดร้ายที่เกิดขึ้นที่นี่ได้ แต่ฉันขอภาวนาว่าการประนีประนอมนี้จะนำมาซึ่งความสงบสุขและการเยียวยาให้กับเหยื่อและคนที่พวกเขารักได้บ้าง” ^{[ 6 ]}

จำนวนผู้เข้ารับการเรียกให้เป็นพระสงฆ์ในสังฆมณฑลเพิ่มขึ้นอย่างมากในช่วงที่ฟอยส์ดำรงตำแหน่ง มีการคาดการณ์ว่าประสบการณ์ของฟอยส์ในฐานะผู้อำนวยการฝ่ายส่งเสริมการเรียกให้เป็นพระสงฆ์ในสังฆมณฑลสตูเบนวิลล์เป็นปัจจัยหนึ่ง ควบคู่ไปกับทรัพยากรของสังฆมณฑลที่มากขึ้นสำหรับการส่งเสริมการเรียกให้เป็นพระสงฆ์^{[ 7 ]}ณ ปี 2013 สังฆมณฑลมีนักศึกษาศาสนศาสตร์ 28 คน ที่กำลังศึกษาเพื่อเป็นพระสงฆ์^{[ 8 ]}

เพื่อเป็นการเตรียมพร้อมสำหรับการวางจำหน่ายหนังสือบทภาวนาประจำวัน ฉบับที่สาม และคำแนะนำทั่วไปเกี่ยวกับบทภาวนาประจำวันฟอยส์ได้ออกคำสั่งห้ามไม่ให้ฆราวาสจับมือกันระหว่าง การสวด บทภาวนา "พระบิดาของเรา" ในพิธีมิสซาคำสั่งดังกล่าวระบุว่า

“ควรสังเกตเป็นพิเศษเกี่ยวกับท่าทางในการสวดบทข้าแต่พระบิดา มีเพียงพระสงฆ์เท่านั้นที่ได้รับคำสั่งให้ “ยื่น” มือออกไป ไม่มีคำสั่งให้ทั้งพระสังฆราชหรือฆราวาสทำเช่นเดียวกัน ไม่มีการกำหนดท่าทางใดๆ สำหรับฆราวาสในหนังสือมิสซาโรมัน หรือคำแนะนำทั่วไปของหนังสือมิสซาโรมัน ดังนั้นฆราวาสไม่ควรยื่นมือออกไปหรือจับมือกัน” ^{[ 9 ] [ 10 ]}

พระราชกฤษฎีกาดังกล่าวทำให้เกิดข้อโต้แย้งในสังฆมณฑล^{[ 11 ]}

หลังจากเหตุการณ์ที่อนุสรณ์สถานลินคอล์นในวอชิงตัน ดี.ซี. ในเดือนมกราคม 2019 ระหว่างนักเรียนจากโรงเรียนมัธยมคาทอลิกโควิงตันและนักเคลื่อนไหวชาวอเมริกันพื้นเมืองนาธาน ฟิลลิปส์สังฆมณฑลและโรงเรียนมัธยมได้ออกแถลงการณ์ร่วมกันประณามการกระทำของนักเรียนโควิงตันในเบื้องต้น อย่างไรก็ตาม หลังจากมีรายละเอียดเพิ่มเติมปรากฏขึ้น ฟอยส์ได้ถอนแถลงการณ์ดังกล่าว เขาขอโทษนักเรียน โดยอ้างว่าสังฆมณฑลถูก "ข่มขู่และกดดันให้แถลงการณ์ก่อนกำหนด" ฟอยส์กล่าวว่า "ผมขอโทษเป็นพิเศษต่อนิโคลัส แซนด์แมนและครอบครัวของเขา รวมถึงครอบครัวโควิงตันทั้งหมดที่รู้สึกถูกทอดทิ้งในช่วงเวลาที่ยากลำบากนี้" ^{[ 12 ] [ 13 ] [ 14 ]}