หลังจากการเปิดวิทยาลัยเซนต์จอห์นในปี พ.ศ. 2410 นักเรียนเตรียมบวชส่วนใหญ่ของสังฆมณฑลเซนต์ปอลได้รับการศึกษาที่นั่นหรือที่สถาบันเตรียมบวชอื่นๆ ในสหรัฐอเมริกาหรือในยุโรป อย่างไรก็ตามโทมัส เกรซหวังว่าในที่สุดจะมีการก่อตั้งวิทยาลัยเฉพาะสำหรับสังฆมณฑล และในเดือนพฤศจิกายน พ.ศ. 2409 เขาได้ซื้อที่ดิน 40 เอเคอร์ริมฝั่งทะเลสาบโจฮันนาด้วยความหวังว่าในที่สุดจะกลายเป็นโรงเรียน เตรียมบวช ^{[ 1 ]}

จอห์น ไอร์แลนด์ผู้สืบทอดตำแหน่งของเกรซเข้ารับตำแหน่งในเดือนมิถุนายน พ.ศ. 2427 และในเดือนธันวาคมของปีเดียวกันนั้น ได้ประกาศแผนการสร้างโรงเรียนศาสนศาสตร์สำหรับสังฆมณฑล ซึ่งต่อมาจะกลายเป็นวิทยาลัยเซนต์โทมัสวิทยาลัยที่เพิ่งก่อตั้งใหม่นี้ไม่ได้มีความพิเศษเฉพาะตัวในบรรดาสถาบันคาทอลิกในยุคนั้น เนื่องจากทำหน้าที่เป็นทั้งโรงเรียนศาสนศาสตร์ โรงเรียนศาสนศาสตร์ระดับรอง วิทยาลัยจูเนียร์ โรงเรียนมัธยม และโรงเรียนมัธยมต้น^{[ 1 ]}ที่ดินบริเวณทะเลสาบโจฮันนาในที่สุดก็กลายเป็นโรงเรียนเตรียมศาสนศาสตร์นาซาเรธฮอลล์ วิทยาลัยเซนต์โทมัสก่อตั้งขึ้นในปี พ.ศ. 2428

มีความต้องการที่จะจัดตั้งวิทยาลัยศาสนศาสตร์โดยเฉพาะ และได้มีการวางแผนจัดตั้งวิทยาลัยศาสนศาสตร์ขนาดใหญ่บนที่ดินตรงข้ามกับวิทยาลัย ผู้สนับสนุนหลักของไอร์แลนด์สำหรับโครงการนี้คือเจมส์ เจ. ฮิลล์ประธานบริษัทรถไฟเกรทนอร์เทิร์นฮิลล์เป็นโปรเตสแตนต์แต่ภรรยาของเขา แมรี ฮิลล์ เป็นคาทอลิกที่เคร่งครัด เพื่อเป็นเกียรติแก่ภรรยาของเขา เจมส์ ฮิลล์ ได้บริจาคเงิน 500,000 ดอลลาร์เพื่อสร้าง SPS ^{[ 2 ]}

วิทยาเขตของวิทยาลัยเซนต์พอลได้รับการออกแบบโดยสถาปนิกCass Gilbertซึ่งเป็นผู้ออกแบบอาคารรัฐสภาแห่งรัฐมินนิโซตา ด้วย อาคารดั้งเดิมทั้งหกหลังถูกสร้างขึ้นให้มีลักษณะคล้ายสถานีรถไฟ (อาคารบริหารของ SPS) เครื่องจักรไอน้ำ (โรงยิมและโรงงาน) ตู้รถไฟ (อาคารCretin , Grace (แม้ว่าจะสร้างในปี 1913) และ Loras) โรงอาหารและโรงเก็บรถไฟ (อาคารเรียน) วิทยาเขตนี้สร้างเสร็จสมบูรณ์ในปี 1894 แถวหอพัก (อาคาร Loras, Cretin และ Grace) ที่ SPS ได้รับการเสนอชื่อเข้าสู่ทะเบียนสถานที่ทางประวัติศาสตร์แห่งชาติในปี 1986 ในฐานะเขตประวัติศาสตร์แต่การขึ้นทะเบียนไม่เคยได้รับการอนุมัติอย่างเป็นทางการ^{[ 3 ]}

พิธีอุทิศวิทยาลัยศาสนศาสตร์เซนต์พอลมีผู้เข้าร่วมมากมาย อาทิผู้แทนพระสันตะปาปาประจำสหรัฐอเมริกา อาร์ชบิชอปฟราน เชสโก ซาโตลลี อาร์ ชบิชอปอีกสี่รูป บิชอปสิบรูป และบาทหลวงกว่าสี่ร้อยรูปพิธีมิสซาใหญ่มีผู้เข้าร่วมทั้งหมด 20,000 คน พิธีมิสซาจัดขึ้นกลางแจ้ง โดยมีการสร้างแท่นบูชาติดกับอาคารบริหาร

เมื่อเปิดทำการในปี 1894 วิทยาลัยศาสนศาสตร์เซนต์ปีเตอร์สเบิร์ก (SPS) มี นักศึกษาศาสนศาสตร์ 65 คน และในปี 1900 จำนวนนักศึกษาเพิ่มขึ้นเป็น 110 คน จากทั่วภาคตะวันตกตอนกลางและไกลถึงซานฟรานซิสโก รัฐแคลิฟอร์เนีย

การมีส่วนร่วมอย่างลึกซึ้งของ John Ireland กับมหาวิทยาลัยคาทอลิกแห่งอเมริกานำไปสู่ความสัมพันธ์ที่อนุญาตให้ผู้สำเร็จการศึกษาจาก SPS ทุกคนสามารถยื่นขอรับปริญญาตรีจาก CUA ได้^{[ 4 ] : 98}

จากนั้นไอร์แลนด์ก็เริ่มโครงการ SPS ระยะที่สอง คือการสร้างโบสถ์เซนต์แมรี การตกแต่งภายในค่อนข้างเรียบง่ายในตอนแรก จนกระทั่งอาร์ชบิชอปออสติน ดาวลิง ดำเนินการปรับปรุงภายในในช่วงทศวรรษ 1920 ^{[ 4 ] : 113}โบสถ์แห่งนี้ได้รับการอุทิศในวันที่ 4 พฤษภาคม 1905 โดยบิชอปโจเซฟ คอตเตอร์แห่งวินอนา บิชอปเจมส์ แมคโกล ริก แห่งดูลูธ เป็นผู้ประกอบพิธีมิสซาใหญ่ และบิชอปโท มั ส โอ'กอร์แมนแห่งซูฟอลส์ เป็นผู้เทศน์^{[ 4 ]}

การเสียชีวิตอย่างไม่คาดคิดของคอตเตอร์และบิชอปจอห์น แชนลีย์แห่งฟาร์โก และการลาออกของบิชอปจอห์น สตาริฮาแห่งลีด ทั้งหมดเกิดขึ้นในปี 1909 ทำให้เกิดวิกฤตการณ์ของคณะบิชอปในมิดเวสต์ตอนบน นอกจากนี้ ยัง มีการจัดตั้ง สังฆมณฑลครุกสตันและสังฆมณฑลบิสมาร์กขึ้น ส่งผลให้มีสังฆมณฑลที่ต้องการบิชอปถึงห้าแห่ง รวมถึงการแต่งตั้งบิชอปผู้ช่วยสำหรับเซนต์พอล ทำให้มีพระสงฆ์หกรูปที่ต้องได้รับการอภิเษกเป็นบิชอป พิธีอภิเษกดังกล่าวจัดขึ้นที่โบสถ์เซนต์แมรีเมื่อวันที่ 19 พฤษภาคม 1910 มีผู้คนประมาณ 1,000 คนมาร่วมพิธีในวันนั้น^{[ 4 ] : 114}

ก่อนการก่อตั้งเซมินารีเซนต์จอห์นวิอานนีย์ นักเรียนได้รับการศึกษาตามแผน "6-6" ที่เซมินารีเตรียมนาซาเรธฮอลล์และเซมินารีเซนต์พอล ในปี 1959 อาร์ชบิชอปวิลเลียมเบรดี้ได้สั่งให้ทำการศึกษาความเป็นไปได้สำหรับแผน "4-4-4" สำหรับการอบรมนักบวช: การศึกษา 4 ปีที่เซมินารีเตรียมนาซาเรธฮอลล์การศึกษา 4 ปีที่วิทยาลัยเซนต์โทมัส และการศึกษา 4 ปีที่เซมินารีเซนต์พอล^{[ 4 ] : 256}แผนนี้ได้รับการสนับสนุนอย่างท่วมท้น อย่างไรก็ตาม เนื่องจากจำนวนนักเรียนลดลงหลังจากสภาวาติกันที่สองในปี 1967 แผน "4-4-4" ดูเหมือนจะไม่สามารถทำได้อีกต่อไป และมีความต้องการที่มากขึ้นในการสร้างวิทยาลัยเซมินารีที่มหาวิทยาลัยเซนต์โทมัสและปิดนาซาเรธฮอลล์^{[ 4 ] : 259}โรงเรียนเซนต์จอห์น วิอานนีย์ก่อตั้งขึ้นในปี พ.ศ. 2511 และนาซาเร็ธ ฮอลล์ ปิดตัวลงในปี พ.ศ. 2514 ส่งผลให้ต้องเปลี่ยนไปใช้แผน "4-4" โดยไม่มีโรงเรียนมัธยมศึกษาตอนปลาย

แม้ว่าเซมินารีเซนต์พอลและมหาวิทยาลัยเซนต์โทมัสจะเป็นของอัครสังฆมณฑลและตั้งอยู่ติดกัน แต่ทั้งสองแห่งก็ดำเนินการแยกจากกัน ในปี 1980 อธิการวิลเลียม บอมการ์ทเนอร์ เริ่มคิดว่าการร่วมมือกันระหว่างสองสถาบันนี้อาจก่อให้เกิดประโยชน์อย่างมาก^{[ 4 ] : 276}บิชอปคินนีย์แห่งเซนต์คลาวด์เสนอให้ควบรวมกิจการในปี 1981 ^{[ 4 ] : 279}ตั้งแต่ปี 1983 ถึง 1987 มีการอภิปรายและการเมืองมากมายเพื่อพยายามกำหนดว่าการรวมกันดังกล่าวควรมีลักษณะอย่างไร^{[ 4 ] : 279}ในที่สุด ในปี 1987 ก็มีการทำข้อตกลงกัน ภายใต้ข้อตกลงดังกล่าว เซมินารีเซนต์พอลได้สร้างอาคารบริหารและหอพักใหม่ และขายที่ดินและอาคารส่วนใหญ่ให้กับเซนต์โทมัส รวมถึงหอพักโลราส เกรซ และเครติน และโรงอาหารบินซ์ อาคารห้องสมุดไอร์แลนด์รวมอยู่ในการขายด้วย แต่หนังสือยังคงเป็นทรัพย์สินของเซมินารีเซนต์พอล การปรับโครงสร้างองค์กรทำให้ SPS มีทรัพยากรเพิ่มขึ้นสำหรับการฝึกอบรมผู้ที่จะบวชเป็นพระสงฆ์ โรงเรียนศาสนศาสตร์แห่งใหม่ได้เปิดสอนหลักสูตรศาสนศาสตร์ระดับบัณฑิตศึกษาสำหรับฆราวาสที่ต้องการรับบทบาทผู้นำในวัดและโรงเรียนของตน โรงเรียนศาสนศาสตร์ยังคงอยู่ภายใต้การกำกับดูแลของ SPS

โบสถ์เซนต์แมรีก็ได้รับการบูรณะในเวลานั้นเช่นกัน^{[ 4 ] : 331–332}

ในปี 2005 อลอยเซียส อาร์. คัลลาแกนได้รับการแต่งตั้งเป็นอธิการของวิทยาลัยเซนต์พอล ในช่วงที่เขาดำรงตำแหน่งอธิการ วิทยาลัยเซนต์พอลได้เพิ่มจำนวนนักศึกษาและหลักสูตรต่างๆ อย่างมาก

เมื่อวันที่ 1 มกราคม พ.ศ. 2562 โจเซฟ แทปฮอร์นสืบทอดตำแหน่งอธิการของเซนต์พอลเซมินารีต่อจากคัลลาแกน^{[ 5 ]}ภายใต้การนำของแทปฮอร์น การปรับโครงสร้างเพื่อให้สามารถนำหลักสูตรเตรียมความพร้อมมาใช้ได้จึงเริ่มต้นขึ้น

ห้องสมุดอนุสรณ์อาร์ชบิชอปไอร์แลนด์เป็นห้องสมุดด้านศาสนศาสตร์ของ SPS ซึ่งมีหนังสือมากกว่า 110,000 เล่ม ห้องสมุดแห่งนี้ได้รวมเข้ากับ ระบบห้องสมุดของ มหาวิทยาลัยเซนต์โทมัส ทำให้ผู้เรียนที่ไม่ใช่นักศึกษาศาสนศาสตร์สามารถใช้ทรัพยากรของห้องสมุดได้เช่นกัน ชั้นเรียนต่างๆ จัดขึ้นที่ศูนย์การศึกษาเบรดี้ ซึ่งเป็นที่ตั้งของภาควิชาดนตรีระดับปริญญาตรีของ มหาวิทยาลัยเซนต์โทมัสด้วย

อาคาร Loras, Grace และ Cretin เป็นอาคารหอพักดั้งเดิมของ SPS ซึ่งถูกขายให้กับมหาวิทยาลัยเซนต์โทมัสในระหว่างข้อตกลงความร่วมมือระหว่างโรงเรียนศาสนศาสตร์และมหาวิทยาลัย การก่อสร้างอาคารหอพักและอาคารบริหารในปัจจุบันเริ่มต้นในปี 1988 และแล้วเสร็จในปี 1989

นักศึกษาศาสนศาสตร์ในโครงการเตรียมความพร้อมอาศัยอยู่ในอดีตอารามซึ่งอยู่ห่างจากวิทยาเขตไปหลายช่วงตึก

ศูนย์กลาง วิสัยทัศน์ ของไอร์แลนด์สำหรับ SPS คือโบสถ์น้อยที่อุทิศให้กับพระแม่มารีผู้ทรงพร ศิลาฤกษ์ของโบสถ์น้อยถูกวางในระหว่างพิธีมิสซาใหญ่เมื่อวันที่ 2 กรกฎาคม พ.ศ. 2444 ซึ่งเป็นวันครบรอบ 50 ปีของการมาถึงของบิชอปโจเซฟ เครตินในสังฆมณฑลใหม่^{[ 4 ]} แม้ว่าจะมีการวางแผนไว้ตั้งแต่ปี พ.ศ. 2434 แต่โบสถ์น้อยก็สร้างเสร็จสมบูรณ์โดยสถาปนิก แคลเรนซ์ เอช . จอห์นสตัน ซีเนียร์ซึ่งเป็นผู้สร้างโครงการก่อสร้างที่ทะเยอทะยานของฮิลล์เป็นครั้งสุดท้ายในรูป แบบ โรมาเนสก์ แบบอิตาลี โบสถ์น้อยเซนต์แมรีได้รับการเสกอย่างเป็นทางการโดยบิชอปคอตเตอร์เมื่อวันที่ 24 พฤษภาคม พ.ศ. 2448 ในพิธีมิสซาใหญ่ครั้งสำคัญอีกครั้งหนึ่งซึ่งจัดโดยบิชอปแมคโกลริก ภายใต้การนำของอาร์ชบิชอปออสติน ดาวลิงการตกแต่งภายในของโบสถ์น้อยเสร็จสมบูรณ์ในช่วงทศวรรษ พ.ศ. 2463

บิชอปฟุลตัน ชีแอนในหนังสืออัตชีวประวัติของท่านชื่อ "สมบัติในดินเหนียว " กล่าวถึงจุดเริ่มต้นความรักของท่านที่มีต่อการสวดภาวนาประจำวัน ณ โบสถ์เซนต์แมรี

โบสถ์ได้รับการบูรณะใหม่ในปี พ.ศ. 2531 ซึ่งเป็นส่วนหนึ่งของการก่อสร้างอาคาร SPS ใหม่ โดยมีการออกแบบใหม่โดยFrank Kacmarcikซึ่งรวมถึงการกลับด้านภายในโบสถ์ การนำรูปปั้นออกจากแท่นบูชาด้านข้าง และการถอดหรือปรับปรุงส่วนประกอบการตกแต่งภายในหลายส่วน^{[ 4 ]}

ปัจจุบัน การตกแต่งภายในโบสถ์ได้เริ่มขึ้นอีกครั้ง โดยมี การนำภาพเขียน ชุด "สถานีแห่งไม้กางเขน" ดั้งเดิม กลับมาประดิษฐานในโบสถ์ ติดตั้งและอุทิศรูปปั้นพระแม่แห่งความเชื่อมั่น (Madonna della Fiducia) ในช่องแท่นบูชาด้านข้าง และนำพระธาตุของแม่เทเรซาแห่งกัลกัตตามาประดิษฐานเพื่อให้ผู้คนได้สักการะในโบสถ์ การเพิ่มเติมใหม่ทั้งหมดนี้ดำเนินการภายใต้การดูแลของอธิการAloysius Callaghan

ณ ปีการศึกษา 2022–2023 SPS มีนักศึกษาศาสนศาสตร์ 82 คนที่กำลังเตรียมตัวเป็นบาทหลวง ซึ่งมาจาก 16 สังฆมณฑลและชุมชนทางศาสนา นักศึกษาเหล่านี้กระจายอยู่ในหลักสูตรเตรียมการเป็นบาทหลวง หลักสูตรเตรียมศาสนศาสตร์ และหลักสูตรศาสนศาสตร์^{[ 6 ]}

นักศึกษาศาสนศาสตร์มีส่วนร่วมในกิจกรรมที่หลากหลาย รวมถึงคณะนักร้องประสานเสียง คณะนักร้องประสานเสียง ละครเวที และกีฬา ในอดีต SPS เคยมีโครงการละครเวทีมาตั้งแต่ปี 1939 ^{[ 7 ]}ดูเหมือนว่าโครงการนี้จะยุติลงในช่วงปลายทศวรรษ 1960 ในปี 2013 นักศึกษาศาสนศาสตร์ได้ฟื้นฟูโครงการละครเวทีและได้จัดการแสดงละครและละครเพลงต่างๆ มากมาย ซึ่งหลายเรื่องเป็นผลงานต้นฉบับ ตั้งแต่นั้นมา แม้ว่าการแสดงส่วนใหญ่จะจัดโดยนักศึกษาศาสนศาสตร์จาก SPS เท่านั้น แต่Saint John Vianney College Seminaryก็ได้รับเชิญให้เข้าร่วมในการแสดงบางส่วนด้วย

ทุกปีในเดือนตุลาคมวิทยาลัยเซนต์จอห์น วิอานนีย์ เซมินารี (ใช้ชื่อทีมว่า "JAXX") และ SPS (ใช้ชื่อทีมว่า "Sons of Thunder") จะแข่งขันฟุตบอลธง กันเอง ในชื่อ "Rectors' Bowl" โดย SPS ชนะการแข่งขัน Rectors' Bowl ไปแล้ว 12 ครั้งจากทั้งหมด 19 ครั้ง ในฤดูใบไม้ผลิ จะมีการแข่งขันบาสเกตบอลระหว่างบาทหลวงและนักศึกษาศาสนศาสตร์ โดยวิทยาลัยเซนต์จอห์น วิอานนีย์ เซมินารีและ SPS จะแข่งขันกัน และผู้ชนะจะได้ไปแข่งขันกับทีมที่ประกอบด้วยบาทหลวงจากอัครสังฆมณฑลเซนต์พอลและมินนิอาโพลิสนักศึกษาศาสนศาสตร์มักเล่นฟริสบี บาสเกตบอล และกีฬาอื่นๆ ด้วยกันเป็นประจำ พวกเขายังเข้าร่วมการแข่งขันอื่นๆ ของเซมินารีเป็นประจำ เช่นการแข่งขันฟุตบอลและวอลเลย์บอลของเซมินารีคอนเซปชั่ น

วิทยาลัยศาสนศาสตร์เซนต์พอลเปิดสอนหลักสูตรปริญญาโท 3 หลักสูตร ได้แก่ ปริญญาโทศาสนศาสตร์ (Master of Divinity) สำหรับนักศึกษาศาสนศาสตร์ที่ต้องการบวชเป็นพระสงฆ์ ปริญญาโทศิลปศาสตรมหาบัณฑิตสาขาศาสนศาสตร์ (Master of Arts in Theology) เป็นหลักสูตร 2 ปี 36 หน่วยกิตที่เน้นด้านศาสนศาสตร์เชิงวิชาการ แม้ว่านักศึกษาในหลักสูตร MAT ส่วนใหญ่จะเป็นฆราวาส แต่นักศึกษาศาสนศาสตร์ก็สามารถเรียนควบคู่ไปกับปริญญาโทศาสนศาสตร์ (M.Div.) ได้เช่นกัน^{[ 8 ]}นอกจากนี้ SPS ยังมีหลักสูตรปริญญาโทศิลปศาสตรมหาบัณฑิตสาขาความเป็นผู้นำด้านการอภิบาล (MAPL) ซึ่งมี 36 หน่วยกิตเช่นกัน

เซมินารีเซนต์พอลมีสถาบันฝึกอบรมสำหรับนักบวชและฆราวาส 5 แห่ง ในปี 2023 สถาบันฝึกอบรมผู้ช่วยบาทหลวงมีผู้ชาย 33 คนที่กำลังฝึกอบรมเพื่อเป็นผู้ช่วยบาทหลวงถาวรสถาบันการสอนคำสอนอาร์ชบิชอปแฮร์รี่ เจ. ฟลินน์มี ผู้เข้าร่วม โครงการฝึกอบรมศรัทธาแบบไม่ได้รับปริญญาเป็นเวลา 2 ปี จำนวน 2,200 คน นักเรียน 30 คนในสถาบันผู้นำโรงเรียนคาทอลิกและผู้เข้าร่วม 867 คนในสถาบันฝึกอบรมนักบวชอย่างต่อเนื่อง^{[ 6 ]}สถาบันฝึกอบรมเทววิทยาคาทอลิกมีไว้สำหรับการศึกษาเพิ่มเติมของนักวิชาการและนักเทววิทยา^{[ 9 ]}