เมืองชาเกน (Schagen) ถูกกล่าวถึงในเอกสารต่างๆ ตั้งแต่ราวปี 975 หนึ่งในนั้นคือการสำรวจประชากรที่พบว่ามีผู้คนอาศัยอยู่ 43 คน นอกจากนี้ ชาเกนยังถูกกล่าวถึงในเอกสารในชื่อ สกา (Scagha) ตั้งแต่ราวปี 989 ในเวลานั้น ชาเกนเป็นศูนย์กลางของเนินเขาที่สร้างขึ้นเพื่ออยู่อาศัย ชื่อสกาอาจหมายถึงตำแหน่งที่ตั้งอยู่เหนือน้ำ ซึ่งอาจหมายถึง "จุดสูง" ต่อมามีแนวชายฝั่งอยู่ใกล้กับชาเกน เมื่อทะเลลดระดับลงอีกครั้งในช่วงปลายศตวรรษที่ 13 สถานที่ต่างๆ ในภูมิภาคนี้ก็เจริญเติบโต ที่ดินรอบๆ ชาเกนมีความอุดมสมบูรณ์เป็นพิเศษ จึงทำให้เมืองนี้เติบโตและยังคงเป็นเมืองหลักในพื้นที่

ในปี ค.ศ. 1415 พระเจ้าวิลเลียมที่ 6พระราชทานสิทธิเมืองแก่เมืองนี้ ในปี ค.ศ. 1427 พระเจ้าฟิลิปผู้ทรงคุณธรรมแห่งเบอร์กันดีทรงยกเมืองชาเกนให้แก่พระเจ้าวิลเลียมแห่งบรอนคอร์สต์ พระลุงของพระองค์ ซึ่งเป็นหนึ่งในบุตรนอกสมรสทั้งเจ็ดของพระเจ้าอัลเบรชต์แห่งบาวาเรียและพระนางมาเรียแห่งบรอนคอร์สต์ ชา เกนจึง กลายเป็นดินแดนศักดินาที่มีสิทธิในระดับภูมิภาคเพิ่มเติมจากสิทธิในเมือง รวมถึงการควบคุมเมืองเล็กๆ รอบๆ ชาเกนด้วย พระเจ้าวิลเลียมทรงสั่งให้สร้างปราสาทซึ่งพระองค์ประทับอยู่ตั้งแต่ปี ค.ศ. 1440 ในปี ค.ศ. 1460 โบสถ์แห่งชาเกนซึ่งอุทิศให้แก่นักบุญคริสโตเฟอร์ได้รับการประกอบพิธีศักดิ์สิทธิ์ ในปี ค.ศ. 1463 ชาเกนได้รับสิทธิในการจัดตลาดปศุสัตว์และกลายเป็นเมืองการค้าสำหรับภูมิภาคที่กว้างขึ้น

ตั้งแต่ปี ค.ศ. 1603 มีการจัดตลาดม้าประจำปีขึ้นในเมืองชาเกน โดยได้รับอนุญาตจากรัฐฮอลแลนด์และเวสต์ฟรีสแลนด์

ในช่วงเริ่มต้นของยุคทองเมืองชาเก็นมีการเติบโตน้อยมาก ต่างจากเมืองอื่นๆ ในภูมิภาคเดียวกัน เช่นอัลก์มาร์เอ็นคูเซนเม เด มบลิกและฮอร์นต่อมาในยุคทอง เมืองนี้ได้รับประโยชน์จากความเจริญรุ่งเรืองที่เพิ่มขึ้น แต่ก็ไม่มากเท่ากับเมืองอื่นๆ เหล่านั้น แม้หลังจากยุคทองสิ้นสุดลง การเติบโตก็ยังคงจำกัด ส่วนหนึ่งเป็นเพราะการถมทะเลในพื้นที่โดยรอบ ทำให้ชาเก็นสามารถเจริญรุ่งเรืองทางเศรษฐกิจได้อีกครั้งในศตวรรษที่ 19 โดยเฉพาะอย่างยิ่ง ตลาดปศุสัตว์มีบทบาทสำคัญ เมื่อปี 1865 ทางรถไฟระหว่างอัลก์มาร์และเดนเฮลเดอร์เริ่มใช้งาน ตลาดและอุตสาหกรรมในครัวเรือนก็เจริญรุ่งเรือง ในเวลานั้น ชาเก็นมีประชากรประมาณ 2,060 คน

ในปี ค.ศ. 1894 เมืองชาเกนตกตะลึงกับคดีฆาตกรรมสองศพ เมื่อคลาส โบเอส วัย 17 ปี ฆ่าเพื่อนบ้านวัย 55 ปี และหลานสาววัย 17 ปีของเธอ^{[ 5 ] [ 6 ]}คดีฆาตกรรมดังกล่าวได้รับความสนใจจากสื่อทั่วประเทศอย่างกว้างขวาง และทำให้แม่ของฆาตกรฆ่าตัวตาย^{[ 7 ]}นายกเทศมนตรีคนใหม่ไซมอน เบอร์แมนเป็นหัวหน้าคณะกรรมการที่เสนอเงินรางวัล 750 กิลเดอร์ ซึ่งบริจาคโดยชาวบ้าน สำหรับข้อมูล^{[ 5 ] [ 6 ] [ 7 ] [ 8 ] [ 9 ] [ 10 ]}ในปี ค.ศ. 1895 โบเอสถูกตัดสินจำคุกตลอดชีวิต ต่อมาเปลี่ยนเป็น 25 ปี เขาได้รับการปล่อยตัวจากเรือนจำใน ^{ปี ค.ศ. 1922 และเสียชีวิตใน ปี}ค.ศ. 1956 เป็นเวลาหลายปีที่ชื่อ "คลาส โบเอส" ถูกนำมาใช้ในเนเธอร์แลนด์สำหรับเด็กหนุ่มที่ประพฤติตัวไม่ดี

ในช่วงศตวรรษที่ 20 ความเจริญรุ่งเรืองลดลงอย่างช้าๆ โดยเฉพาะอย่างยิ่งหลังสงครามโลกครั้งที่สองภาคเกษตรกรรมประสบกับความตกต่ำอย่างมาก เนื่องจากชาเก็นไม่ได้พึ่งพาเกษตรกรรมเพียงอย่างเดียว การตกต่ำจึงน้อยกว่าชุมชนชนบทโดยรอบ ประมาณปี 1960 ชาเก็นเริ่มเจริญรุ่งเรืองอีกครั้ง แม้ว่าประชากรจะยังต่ำกว่า 5,000 คนก็ตาม ทศวรรษที่ 1970 เป็นช่วงที่ชาเก็นเฟื่องฟูอย่างมาก ในช่วงต้นทศวรรษที่ 1990 การเติบโตค่อยๆ ลดลง แต่ชาเก็นยังคงแข็งแกร่งเมื่อเทียบกับเทศบาลใกล้เคียง

ระหว่างปี 2005 ถึง 2007 โยฮัน ฮุยเบอร์ส ชาวเมืองชาเกน ได้สร้างเรือจำลองตามแบบเรือโนอาห์ในพระคัมภีร์ ไบเบิลขึ้นที่เมืองชาเก น เรือของโยฮันเปิดให้ประชาชนเข้าชมในเดือนเมษายน 2007 และต่อมาได้ถูกลากไปมาระหว่างเมืองท่าต่างๆ ในเนเธอร์แลนด์

• ไรน์ บูมสมา (1879 ในชาเกน – 1943 ในค่ายกักกันนอยเอนกัมม์) นักฟุตบอลชาวดัตช์
• ริชาร์ด โรเซนดาล (เกิดปี 1972 ที่เมืองวาร์เมนฮุยเซน) นักปั่นจักรยานประเภทลู่ เข้าร่วมการแข่งขันกีฬาโอลิมปิกฤดูร้อนปี 1996
• รูเบน ฮูเคส (เกิดปี 1979 ที่เมืองชาเกน) นักยูโดชาวดัตช์ เจ้าของเหรียญทองแดงโอลิมปิกฤดูร้อนปี 2008
• เซเลสต์ พลัค (เกิดปี 1995 ในเมืองตุยต์เจนฮอร์น) เป็นนักวอลเลย์บอลชาวดัตช์
• Pleuni Cornelisse (เกิดปี 1999 ในเมืองชาเกน) นักยูโดชาวดัตช์