RNA สไปโซโซม SmY
โครงสร้างทุติยภูมิที่เป็นเอกฉันท์ของ SmY RNA จำนวนการแทนที่คู่เบสที่สังเกตได้ในลำดับที่มีการจัดเรียงโครงสร้าง 68 ลำดับในการจัดเรียงเมล็ดพันธุ์ Rfam แสดงไว้สำหรับแต่ละคู่เบส ซึ่งแสดงให้เห็นถึงการสนับสนุนอย่างกว้างขวางสำหรับโครงสร้างที่คาดการณ์นี้[ 1 ]
ตัวระบุ
เครื่องหมาย	สมยี
อาร์แฟม	RF01844
ข้อมูลอื่นๆ
ประเภทRNA	snRNA, การตัดต่อ
โดเมน	โครมาโดเรีย
โครงสร้างPDB	พีดีบี

กรดไรโบนิวคลีอิก SmY ( SmY RNA ) เป็นกลุ่มของRNA นิวเคลียร์ขนาดเล็ก ที่พบในหนอน ตัวกลมบางชนิดเชื่อกันว่ามีส่วนเกี่ยวข้องกับ การเชื่อมต่อข้าม สาย mRNA (mRNA trans-splicing )

RNA ของ SmY มีความยาวประมาณ 70–90 นิวคลีโอไทด์ และมี โครงสร้างทุติยภูมิร่วมกันโดยมีก้านห่วง สองอันขนาบข้าง ไซต์การจับแบบฉันทามติสำหรับโปรตีนSm ^{[ 2 ] [ 3 ]}โปรตีน Sm เป็นส่วนประกอบร่วมกันของsnRNPของ สไปโซโซม

พบ RNA ของ SmY ในหนอนตัวกลมในชั้นChromadoreaซึ่งรวมถึงหนอนตัวกลมที่ได้รับการศึกษามากที่สุด (เช่นCaenorhabditis , PristionchusและAscaris ) แต่ไม่พบในTrichinella spiralis ที่มีความสัมพันธ์ห่างไกลกว่า ในชั้นDorylaimiaจำนวนยีน SmY ในแต่ละสปีชีส์แตกต่างกัน โดย สปีชีส์ CaenorhabditisและPristionchus ส่วนใหญ่มีสำเนา พาราโลกัสที่เกี่ยวข้อง 10–26 ชุด ในขณะที่หนอนตัวกลมชนิดอื่นมี 1–5 ชุด^{[ 1 ]}

RNA SmY ตัวแรกถูกค้นพบในปี 1996 ในการเตรียมสไปโซโซมของ Ascaris lumbricoides ที่บริสุทธิ์ เช่นเดียวกับ RNA อีกตัวที่เรียกว่า SmXซึ่งไม่สามารถตรวจพบความคล้ายคลึงกับ SmY ได้^{[ 2 ]}มีการระบุโฮโมล็อก SmY สิบสองตัวโดยใช้การคำนวณในCaenorhabditis elegansและสิบตัวในCaenorhabditis briggsae [ ^{3 ] มี}การโคลนและจัดลำดับทรานสคริปต์หลายตัว จาก ยีน SmY เหล่านี้ในการสำรวจอย่างเป็นระบบของ ทรานสคริปต์ RNA ขนาดเล็กที่ไม่เข้ารหัสในC. elegans ^{[ 4 ]}

การสำรวจอย่างเป็นระบบของ ทรานสคริปต์ ที่มีหมวก 5′ ของ 2,2,7-trimethylguanosine (TMG) ในC.elegansโดยใช้แอนติบอดี ต่อต้าน TMG ระบุทรานสคริปต์ SmY ที่มีหมวก TMG สองรายการ^{[ 5 ]} การวิเคราะห์ลำดับของไซต์การจับ Sm ที่เป็นไปได้ในทรานสคริปต์เหล่านี้บ่งชี้ว่าทรานสคริปต์ SmY, U5 snRNA , U3 snoRNAและทรานสคริปต์ RNA ผู้นำที่ถูกตัดต่อ ( SL1และSL2 ) ทั้งหมดมีลำดับการจับ SM ที่เป็นฉันทามติที่คล้ายคลึงกันมาก (AAU ₄ – ₅ GGA) ไซต์การจับ SM ที่คาดการณ์ไว้ที่ระบุใน ทรานสคริปต์ U1 , U2และU4 snRNA แตกต่างจากฉันทามตินี้^{[ 5 ]}

ในC. elegansนั้น RNA ของ SmY จะถูกแยกออกมาพร้อม กับ สไปโซโซม และ โปรตีนSm, SL75pและSL26p ในขณะที่ snRNA ของ SL1ที่เกี่ยวข้องกับการตัดต่อแบบทรานส์สไปซ์ใน C. elegans ที่ได้รับการศึกษามาดีกว่านั้น จะถูกแยกออกมาพร้อมกับคอมเพล็กซ์กับ Sm, SL75p และ SL21p ( พาราล็อกของ SL26p) ^{[ 2 ] [ 3 ]} การสูญเสียการทำงานของ SL21p หรือ SL26p เพียงอย่างเดียว ทำให้เกิด ฟีโนไทป์ที่ไวต่อความเย็นเพียงเล็กน้อยในขณะที่การลดระดับการทำงานของทั้งสองอย่างจะทำให้ถึงแก่ชีวิต เช่นเดียวกับการลดระดับการทำงานของ SL75p จากผลลัพธ์เหล่านี้ เชื่อว่า RNA ของ SmY มีหน้าที่ในการตัดต่อแบบทรานส์สไปซ์

• หน้าข้อมูล RNA สไปโซโซม SmYที่Rfam