สำนักงานสืบสวนความมั่นคงแห่งรัฐก่อตั้งขึ้นครั้งแรกในยุคอาณานิคมในปี 1913 ในฐานะหน่วยข่าวกรองของตำรวจแห่งชาติบุคคลแรกที่ควบคุมหน่วยงานนี้คือ เซลิม ซากี หัวหน้ากองตำรวจประจำกรุงไคโร ในปี 1936 ใน รัชสมัย ของพระเจ้าฟารุกหน่วยงานนี้ได้ขยายขนาดและจัดตั้งสำนักงานบริหาร 2 แห่ง คือที่กรุงไคโรและที่ เมือง อเล็กซานเดรียและในยุคนั้น หัวหน้าหน่วยงานคือผู้บัญชาการตำรวจหลวงซึ่งได้รับคำสั่งโดยตรง จาก พระมหากษัตริย์

หน่วยงานดังกล่าวได้รับการปฏิรูปและปรับโครงสร้างใหม่หลังการรัฐประหาร ในปี 1952 เพื่อให้สอดคล้องกับความกังวลด้านความมั่นคงของระบอบสังคมนิยมใหม่ ในเดือนสิงหาคม ปี 1952 หน่วยงานความมั่นคงแห่งรัฐถูกแยกออกเป็นหน่วยงานอิสระของ กระทรวง มหาดไทยแยกต่างหากจากกองบัญชาการตำรวจปกติ และมุ่งเน้นอย่างเข้มข้นไปที่ภัยคุกคามทางการเมืองต่อความมั่นคงของรัฐ หน่วยงานความมั่นคงแห่งรัฐได้รับเอกราชจากกองบัญชาการตำรวจและได้รับอำนาจทางกฎหมายในการจับกุม ควบคุมตัว และดำเนินคดี มีการจัดตั้งศาลความมั่นคงแห่งรัฐแยกต่างหากเพื่อดำเนินคดีกับผู้ถูกควบคุมตัวที่ถูกจับกุมโดย SSIS แยกต่างหากจากกระบวนการยุติธรรมปกติ หัวหน้าคนแรกของ SSIS คือ พลตำรวจตรีอัยมาน มาห์ฟูด อดีตนายทหารที่ผันตัวมาเป็นตำรวจและเป็นส่วนหนึ่งของขบวนการนายทหารอิสระของกามาล อับเดล นัสเซอร์

หลังปี 1954-1955 เมื่อความสัมพันธ์ระหว่างอียิปต์และสหภาพโซเวียตดีขึ้นอย่างมาก หน่วย SSIS ได้รับการฝึกฝนอย่างเข้มข้นจากหน่วยงานความมั่นคงแห่งรัฐของโซเวียตในด้านการปราบปรามทางการเมือง การแทรกซึม การสอดแนมสาธารณะ การข่มขู่สาธารณะ และการสอบสวนแบบบีบบังคับเทคนิคที่เรียนรู้ใหม่เหล่านี้มักถูกนำมาใช้กับผู้ต้องสงสัยในคดีลาวอนเจ้าหน้าที่ความมั่นคงแห่งรัฐถูกส่งไปยังสหภาพโซเวียตเพื่อเข้ารับการฝึกอบรมภายใต้KGBในยุคของนาเซอร์ หน่วยงานความมั่นคงแห่งรัฐมักคุกคามชุมชนชาวยิวในอียิปต์ ทรัพย์สินของชาวยิวถูกแทรกซึมโดยเจ้าหน้าที่ความมั่นคงแห่งรัฐในช่วงกลางดึก และชาวยิวหลายพันคนในอียิปต์ถูกจับกุมและทรมานโดยหน่วยงานนี้ ย่านที่อยู่อาศัย ของชาวยิวทั่วอียิปต์ยังอยู่ภายใต้การสอดแนมอย่างเข้มงวดจากหน่วยงานความมั่นคงแห่งรัฐ หน่วยงานความมั่นคงแห่งรัฐประสบความสำเร็จในการจับกุมชาวยิวชาวอียิปต์และอิสราเอลที่เป็นสายลับให้กับอิสราเอล และหน่วยงานสามารถสอบสวนพวกเขาโดยใช้วิธีการทรมานเพื่อรวบรวมข้อมูลสำคัญที่ช่วยลดคดีการเป็นสายลับลงได้ หลังปี 1963 เจ้าหน้าที่หน่วยความมั่นคงแห่งรัฐของอียิปต์ถูกส่งไปยังแอลจีเรียซีเรีย เยเมน และอิรักเพื่อฝึกอบรมหน่วยงานความมั่นคงแห่งรัฐที่จัดตั้งขึ้นใหม่ของระบอบบาธและระบอบชาตินิยมในประเทศเหล่านั้น ในช่วงทศวรรษ 1960 หน่วย SSIS ได้สร้างความสัมพันธ์ใหม่กับหน่วยงานความมั่นคงแห่งรัฐของเยอรมนีตะวันออกซึ่งยกระดับความสามารถของ SSIS ในการต่อต้านการบ่อนทำลายทางการเมืองไปสู่ระดับที่มีประสิทธิภาพสูง ผู้สมัครเข้ารับการคัดเลือกอย่างพิถีพิถันโดยพิจารณาจากความน่าเชื่อถือทางการเมือง และชาวมุสลิมที่เคร่งครัดแทบจะถูกห้ามเข้าร่วมในช่วงยุคของนาเซอร์ เจ้าหน้าที่ส่วนใหญ่ได้รับการคัดเลือกจากกองทัพ และ ตำรวจทั่วไปซึ่งพิสูจน์แล้วว่ามีความน่าเชื่อถือทางการเมือง ผู้สมัครต้องได้รับการแนะนำจากเจ้าหน้าที่ตำรวจที่ภักดีและเจ้าหน้าที่ความมั่นคงแห่งรัฐที่ยังคงปฏิบัติหน้าที่อยู่ ในช่วง ยุค ของซาดัตและมูบารักหน่วยงานยังคงมุ่งเน้นไปที่กลุ่มอิสลามหัวรุนแรง แต่ลดการปราบปรามฝ่ายค้านเสรีนิยม ลง หน่วย SSIS มีความเชี่ยวชาญในการส่งสายลับและผู้แทรกซึมเข้าไปในกลุ่มอิสลามิสต์ ซึ่งเป็นแนวทางที่ต่อมาถูกนำไปใช้ด้วยความโหดเหี้ยมและมีประสิทธิภาพโดยผู้ฝึกอบรมของหน่วยงานในแอลจีเรียและซีเรียการทรมานถูกนำมาใช้อย่างแพร่หลายในระหว่างการสอบสวน ผู้ถูกควบคุมตัวมักถูกทุบตีจนตาย และการล่วงละเมิดทางเพศถูกใช้เป็นรูปแบบหนึ่งของการทรมานต่อผู้ถูกควบคุมตัวที่เป็นกลุ่มอิสลามิสต์ หน่วยงานนี้ได้รับการยกย่องจากหน่วยงานต่อต้านการก่อการร้ายของชาตะวันตกว่าเป็นหน่วยงานที่มีความสามารถและเชี่ยวชาญอย่างมืออาชีพ

ในรายงานเมื่อปี พ.ศ. 2545 คณะกรรมการต่อต้านการทรมานแห่งสหประชาชาติได้แสดงความกังวลเป็นพิเศษต่อหลักฐานการทรมานและการปฏิบัติที่ไม่เหมาะสมอย่างแพร่หลายในสถานที่ราชการภายใต้การควบคุมของกรมสืบสวนความมั่นคงแห่งรัฐ ซึ่งมีรายงานว่าการกระทำดังกล่าวเกิดขึ้นได้ง่ายขึ้นเนื่องจากไม่มีการตรวจสอบโดยหน่วยงานอิสระในสถานที่ดังกล่าว^{[ 6 ]}ฮิวแมนไรท์วอทช์รายงานว่า “ทางการอียิปต์มีประวัติอันยาวนานและมีเอกสารหลักฐานมากมายเกี่ยวกับการจับกุมโดยพลการ การกักขังโดยไม่ให้ติดต่อกับโลกภายนอก และการทรมานและการปฏิบัติที่ไม่เหมาะสมอื่นๆ ต่อผู้ถูกควบคุมตัว” และโดยเฉพาะอย่างยิ่ง SSI ได้กระทำการทรมานและปฏิเสธสิทธิมนุษยชนขั้นพื้นฐานแก่ผู้ถูกควบคุมตัว^{[ 7 ]}เอกสารทางการทูตของสหรัฐฯ รายงานว่าความโหดร้ายและการทรมานของตำรวจเป็น “เรื่องปกติและแพร่หลาย” เอกสารดังกล่าวยังรายงานด้วยว่าหน่วยงานด้านความมั่นคงทำหน้าที่เป็น “เครื่องมือแห่งอำนาจที่รับใช้และปกป้องระบอบการปกครอง” ^{[ 8 ]}

ทั้งกลุ่มสิทธิมนุษยชนของอียิปต์และนานาชาติ รวมถึงคณะกรรมการต่อต้านการทรมานแห่งสหประชาชาติ ได้บันทึกการใช้การทรมานอย่างแพร่หลายโดย SSI โดย Human Rights Watch ได้ระบุ SSI ว่าเป็นสิ่งที่ "วัฒนธรรมการไม่ต้องรับผิดอย่างแพร่หลาย" เกี่ยวกับการทรมาน มีการกล่าวอ้างว่าในช่วงสงครามต่อต้านการก่อการร้าย สหรัฐอเมริกาเคยส่งผู้ก่อการร้ายไปยังหน่วยความมั่นคงแห่งรัฐของอียิปต์เพื่อสอบสวน ซึ่งรวมถึงวิธีการทรมานด้วย นอกจากนี้ยังมีการกล่าวอ้างว่าเจ้าหน้าที่หน่วยความมั่นคงแห่งรัฐของอียิปต์หลายคนได้เดินทางไปยังคิวบาในช่วงยุคของมูบารัคเพื่อทรมานผู้ต้องขังที่อ่าวกวนตานาโม และฝึกทหารสหรัฐฯ เกี่ยวกับเทคนิคการทรมานผู้ต้องขัง^{[ 9 ]}

ทางการอิตาลีที่กำลังสืสวนคดีลักพา ตัว นักบวช ชาวอียิปต์ที่เกิดในอิตาลีฮัสซัน มุสตาฟา โอซามา นัสร์หรือที่รู้จักกันในชื่อ อาบู โอมาร์ จากถนนในเมืองมิลานเมื่อวันที่ 17 กุมภาพันธ์ 2546 ได้กล่าวว่า ปลายทางสุดท้ายของเขาหลังจากถูกลักพาตัวโดยเครื่องบินจากอาเวียโนไปยังรามสไตน์ และจากรามสไตน์ไปยังอเล็กซานเดรีย คืออยู่ในมือของหน่วยสืบสวนพิเศษของอิตาลี (SSI) อย่างน้อยหนึ่งใน เจ้าหน้าที่ ซีไอเอที่ถูกกล่าวหาในคำฟ้อง คือโรเบิร์ต เซลดอน เลดี้กล่าวว่าได้เดินทางไปกับโอมาร์ที่อียิปต์ และใช้เวลาสองสัปดาห์ในกรุงไคโรเพื่อช่วยเหลือในการสอบสวนโอมาร์

หนึ่งในข้อเรียกร้องหลักของผู้ประท้วงในช่วงการปฏิวัติอียิปต์คือการยกเลิกหน่วยงานสืบสวนความมั่นคงแห่งรัฐ^{[ 10 ]}

หลังจากการปฏิวัติ 25 มกราคม 2011 ในวันที่ 4 และ 5 มีนาคม 2011 อาคาร SSI หลายแห่งทั่วอียิปต์ถูกผู้ประท้วงบุกโจมตี ผู้ประท้วงระบุว่าพวกเขาบุกเข้าไปในอาคารเพื่อยึดเอกสารที่พวกเขาเชื่อว่าแสดงให้เห็นถึงอาชญากรรมต่างๆ ที่ SSI กระทำต่อประชาชนชาวอียิปต์ในช่วงการปกครองของมูบารัค^{[ 11 ]} ในคืนวันที่ 5 มีนาคมในกรุงไคโร “ภาพรถบรรทุกที่บรรทุกกระดาษฉีกฝอยออกมาจากบริเวณไคโรทำให้ผู้ประท้วงโกรธแค้น สร้างแรงผลักดันให้ฝูงชนผ่านทหารที่อยู่ด้านนอกและเข้าไปในอาคารหลักที่ถูกทิ้งร้างอย่างเร่งรีบ” ^{[ 12 ]}

ที่น่าสังเกตที่สุดคือที่ สำนักงานใหญ่ Nasr Cityในกรุงไคโร มีเอกสารจำนวนมากที่ดูเหมือนจะพิสูจน์การสอดส่องประชาชนจำนวนมาก รวมถึงเครื่องมือทรมานและห้องลับ ผู้ประท้วงบุกเข้าไปในอาคารในเมืองอเล็กซานเดรียเมื่อวันที่ 4 มีนาคม หลังจากปะทะกับกองกำลังรักษาความปลอดภัย และในวันที่ 5 มีนาคม ผู้ประท้วงคนอื่นๆ ก็เข้าไปในสำนักงานใหญ่ในเมืองอัสยูต ทางตอนกลาง ในกรุงไคโร อาคารอีกแห่งที่ถูกบุกรุกคือในเมือง 6 ตุลาคมซึ่ง "เอกสารที่บ่งชี้ความผิดมากที่สุดบางส่วนได้ถูกทำลายไปแล้ว" ^{[ 13 ]}หนังสือพิมพ์ McClatchyรายงานว่า เมื่อมีความไม่แน่นอนมากมายเกี่ยวกับความถูกต้องของเอกสารที่ปรากฏออกมา "[เอกสารที่ก่อให้เกิดข้อถกเถียงมากที่สุดที่แพร่กระจายไปทั่วกระดานข้อความบนอินเทอร์เน็ตคือเอกสารที่อ้างว่าแสดงให้เห็นถึงการมีส่วนร่วมของหน่วยงานความมั่นคงแห่งรัฐในการวางระเบิดโบสถ์ที่ร้ายแรงในวันปีใหม่ในเมืองท่าอเล็กซานเดรีย ... ความถูกต้องตามกฎหมายของเอกสารยังไม่ได้รับการตัดสิน แต่การเผยแพร่เอกสารดังกล่าวได้จุดชนวนให้เกิดการประท้วงในวันอาทิตย์ที่กรุงไคโรโดยคริสเตียนคอปติกหลายร้อยคน" ^{[ 14 ]}

เอกสารอื่นๆ ที่ถูกเปิดเผยรวมถึงชื่อของผู้พิพากษาที่เกี่ยวข้องกับการล็อกผลการเลือกตั้ง และชื่อของชาวอียิปต์จำนวนเล็กน้อยที่เป็นผู้ให้ข้อมูล การเผยแพร่ชื่อเหล่านี้ก่อให้เกิดความขัดแย้งทางศีลธรรมสำหรับผู้ประท้วงบางคน โดยต้องชั่งน้ำหนักระหว่างอันตรายที่ผู้ให้ข้อมูลจะได้รับกับความโกรธที่ถูกสอดแนม^{[ 12 ]}

เมื่อวันที่ 15 มีนาคม 2554 SSIS ถูกยุบโดยรัฐมนตรีว่าการกระทรวงมหาดไทยMansour el-Essawyเพื่อตอบสนองต่อการเปิดเผยในช่วงสัปดาห์ก่อนหน้านั้น เขายังประกาศแผนการจัดตั้ง "หน่วยงานความมั่นคงแห่งชาติ" ใหม่เพื่อรับช่วงต่อการต่อต้านการก่อการร้ายและความรับผิดชอบด้านความมั่นคงภายในประเทศอื่นๆ ของ SSIS ^{[ 15 ]}

เจ้าหน้าที่จากหน่วยงานดังกล่าวบ่นว่าในช่วงปีที่โมฮาเหม็ด มอร์ซีดำรงตำแหน่ง กลุ่มภราดรภาพมุสลิมสามารถเข้าถึงไฟล์ของหน่วยงานและก่อให้เกิดช่องโหว่ด้านความปลอดภัย เนื่องมาจากความพยายามในการฟื้นฟูความปลอดภัยในช่วงที่เกิดความไม่สงบจากกลุ่มอิสลามิสต์ หน่วยงานนี้จึงได้รับความเคารพกลับคืนมาในอียิปต์ มากกว่าหน่วยงานก่อนหน้านี้มาก ตามที่ซาราห์ เอล ดีบ จากสำนักข่าวเอพีรายงาน^{[ 5 ]}